Le conseil supérieur est composé d'un président, d'un vice-président et de membres qui sont nommés dans les conditions fixées à l'article 10 du décret n° 64-805 du 29 juillet 1964 parmi les préfets titulaires ayant exercé des fonctions territoriales en qualité de préfet.

Lorsqu'il assure les évaluations collégiales prévues à l'article L. 412-2 du code général de la fonction publique des personnes occupant un emploi de préfet ou de sous-préfet, deux au moins de ses membres ne relèvent ni pour leur gestion ni pour leur affectation des administrations centrales du ministère de l'intérieur.
Le président organise les travaux du conseil. Le vice-président est chargé de sa suppléance.
Le président est assisté d'un secrétaire général nommé par le ministre de l'intérieur.