Le budget de l'établissement public expérimental relatif à l'exercice 2025 est préparé par le président de l'université de Besançon avant le 31 décembre 2024. Le conseil d'administration provisoire adopte avant le 31 décembre 2024 le budget de l'établissement relatif à l'exercice 2025 dans les conditions prévues à l'article R. 719-51 du code de l'éducation.