L'établissement est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général.

Un conseil stratégique, des comités d'orientation nationaux et territoriaux et un conseil scientifique et technique assistent le directeur général et le conseil d'administration dans les domaines relevant de leur compétence.

Le conseil d'administration de l'établissement est composé :

1° De représentants de l'Etat et de ses établissements publics ;

2° De représentants des régions, des départements, des groupements de collectivités territoriales et des communes ayant adhéré au Cérema. Ces représentants sont élus par des collèges électoraux correspondant à chaque catégorie de collectivités territoriales et de groupements ;

3° De personnalités qualifiées extérieures à l'établissement, choisies en raison de leurs compétences, parmi lesquelles des représentants des associations d'usagers et de protection de l'environnement ;

4° De représentants élus du personnel de l'établissement.

Chaque administrateur dispose d'un nombre de voix qui est fonction de la catégorie de membres à laquelle il appartient.

Le nombre total des voix attribuées aux membres mentionnés aux 1° et 2° représente au moins la moitié du nombre total des voix attribuées au sein du conseil d'administration.

Le nombre total des voix attribuées aux membres mentionnés au 2° peut être supérieur au nombre total des voix attribuées aux membres mentionnés au 1°.

La répartition des sièges et des voix des membres mentionnés au 2° tient compte du nombre des pouvoirs adjudicateurs qu'est susceptible de regrouper la catégorie de collectivités territoriales ou de groupements au titre de laquelle ces membres siègent au conseil.

Le conseil d'administration élit son président parmi les membres mentionnés au même 2°.

Le directeur général est nommé par décret.