Ne sont pas applicables aux opérations, travaux ou activités concernant des installations ou enceintes relevant du ministre de la défense et entrant dans le cadre d'opérations secrètes intéressant la défense nationale, les dispositions des articles R. 214-7 et R. 214-8, R. 214-10 à R. 214-14, des articles R. 214-17 et R. 214-23 en tant qu'elles sont relatives à la consultation du conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques, des articles R. 214-27, R. 214-28, R. 214-37 et du 4e alinéa de l'article R. 214-39.
L'instruction du dossier est poursuivie par l'autorité militaire compétente et l'autorisation est délivrée par décret pris sur proposition du ministre de la défense.