Les fonctionnaires qui perçoivent l'allocation spécifique de cessation anticipée d'activité et leurs ayants droit bénéficient des prestations en nature de l'assurance maladie et maternité du régime général. L'allocation spécifique donne lieu à la perception de la cotisation prévue par les articles L. 131-2 et L. 711-2 du code de la sécurité sociale.

Toutefois, si postérieurement à leur admission au bénéfice de la cessation anticipée d'activité, des fonctionnaires sont victimes d'un accident survenu alors qu'ils se rendent à une convocation de l'administration, ils bénéficient alors des prestations en nature du régime de protection sociale dont ils relevaient antérieurement.

Les retenues pour pension telles que définies à l'article L. 61 du code des pensions civiles et militaires de retraite ainsi qu'à l'article 2 du décret du 18 juin 2004 susvisé ne sont pas prélevées sur l'allocation spécifique, mais font l'objet d'un versement des cotisations employeurs et salariés à la charge de l'employeur. Ces cotisations sont calculées sur la base des éléments de la rémunération soumis à retenue pour pension correspondant à l'indice détenu à la date d'admission au bénéfice de l'allocation.