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CY Cergy Paris Université est l'établissement public porteur de la politique de site et du projet partagé défini aux articles L. 718-2, L. 718-5 et L. 718-16 du code de l'éducation. La politique de site est portée par le conseil de site, assisté par le comité de direction de site. Les établissements associés sont représentés dans ces instances et participent par leur intermédiaire à la coordination des actions de formation, de recherche et de valorisation de CY Alliance, ainsi qu'à la définition de la stratégie et des orientations de CY Cergy Paris Université.