Les agences régionales de santé concernées sont chargées de l'évaluation de l'expérimentation sur leurs territoires. Elles effectuent un état des lieux de la prise en charge en masso-kinésithérapie pendant l'année précédant le début de l'expérimentation. Elles centralisent annuellement tout au long de l'expérimentation les informations relatives à la qualité de la prise en charge, notamment le nombre de masseurs-kinésithérapeutes participant à l'expérimentation, le nombre de patients reçus en accès direct et les motifs de consultation, le nombre moyen de séances pour ces patients et le nombre d'actes réalisés, le nombre de dossiers médicaux partagés mis à jour, ainsi que les potentiels événements indésirables et le pourcentage de patients orientés vers un médecin.