Les demandes d'indemnisation sont portées par chaque intéressé devant une commission nationale présidée par un magistrat de la Cour des comptes. La composition et le fonctionnement de cette commission sont fixés par décret en Conseil d'Etat. A peine de forclusion, la demande d'indemnisation doit être présentée devant la commission au plus tard dans les deux ans suivant la date de publication du décret susmentionné.
La commission évalue le montant de l'indemnisation conformément aux règles prévues à l'article 4 avec le concours éventuel des experts de son choix. Elle peut exiger du demandeur toute information nécessaire à son appréciation. En raison de leur mission, les membres de la commission et les experts sont soumis aux obligations prévues à l'article 226-13 du code pénal. Les décisions de la commission peuvent faire l'objet d'un recours de pleine juridiction devant le Conseil d'Etat.