L'office est administré par un conseil d'administration comprenant deux parlementaires, désignés l'un par l'Assemblée nationale et l'autre par le Sénat, des représentants de l'Etat et un représentant du personnel de l'office. Le conseil d'administration fixe les orientations générales concernant l'activité de l'office ainsi que, pour la période comprise entre la date d'entrée en vigueur de la loi n° 2003-1176 du 10 décembre 2003 modifiant la loi n° 52-893 du 25 juillet 1952 relative au droit d'asile et l'adoption de dispositions communautaires en cette matière, la liste des pays considérés comme des pays d'origine sûrs, mentionnés au 2° de l'article 8. Il délibère sur les modalités de mise en oeuvre des dispositions relatives à l'octroi du statut de réfugié ou de la protection subsidiaire. Le président du conseil d'administration est nommé parmi ses membres par décret sur proposition du ministre des affaires étrangères.
Le délégué du haut-commissaire des Nations unies pour les réfugiés ainsi que trois personnalités qualifiées nommées par décret assistent aux séances du conseil d'administration et peuvent y présenter leurs observations et leur propositions. Au moins l'une des trois personnalités qualifiées susmentionnées représente les organismes participant à l'accueil et à la prise en charge des demandeurs d'asile et des réfugiés.
L'office est géré par un directeur général, nommé par décret sur proposition conjointe du ministre des affaires étrangères et du ministre de l'intérieur.
Tous les membres du personnel de l'office sont tenus au secret professionnel en ce qui concerne les renseignements qu'ils auront reçus dans l'exercice de leurs fonctions.
Les locaux de l'office ainsi que ses archives et, d'une façon générale, tous les documents lui appartenant ou détenus par lui sont inviolables.
A l'expiration de leur période d'administration courante par l'office, les dossiers des demandeurs d'asile dont la demande aura été définitivement rejetée seront confiés à la garde du ministère des affaires étrangères. Seules les personnes autorisées par le directeur général de l'office y auront accès. Ces archives ne pourront être librement consultées qu'à l'issue des délais prévus à l'article 7 de la loi n° 79-18 du 3 janvier 1979 sur les archives.
Lorsqu'une demande d'asile est rejetée, le directeur général de l'office ou le président de la commission des recours des réfugiés transmet la décision motivée au ministre de l'intérieur. A la demande de ce dernier, le directeur général de l'office communique à des agents habilités des documents d'état civil ou de voyage permettant d'établir la nationalité de la personne dont la demande d'asile a été rejetée ou, à défaut, une copie de ces documents, à la condition que cette communication s'avère nécessaire à la mise en oeuvre d'une mesure d'éloignement et qu'elle ne porte pas atteinte à la sécurité de cette personne ou de ses proches.