Avis n°2024.0048/AC/SEAP du 6 juin 2024 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’extension d’indication, sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte de détection des génomes du virus de la grippe A et B, et du SARS-CoV-2 par RT-PCR
Le collège de la Haute Autorité de santé ayant valablement délibéré en sa séance du 6 juin 2024,
Vu le code de la sécurité sociale, notamment son article L. 162-1-7 ; Vu la saisine du ministère de la santé et de la prévention en date du 13 juillet 2023 ; Vu le rapport d’évaluation technologique intitulé « Détection des génomes du virus de la grippe A et B, et du SARS- CoV-2 par RT-PCR dans un contexte d’exposition à risque à un virus influenza zoonotique » adopté par la décision n°2024.0155/DC/SEAP du 6 juin 2024 du collège de la Haute Autorité de santé ;
ADOPTE L’AVIS SUIVANT :
Le ministère de la santé et de la prévention a demandé à la Haute Autorité de santé d’évaluer la pertinence de l’extension d’indication de la détection des génomes des virus de la grippe A et B, et du SARS-CoV-2 par RT-PCR chez des personnes symptomatiques dans un contexte d’exposition à risque à un virus influenza zoonotique quelle que soit la période de l’année.
Considérant l’ensemble des éléments suivants :
– une stratégie diagnostique d’un cas de grippe humaine due à un virus influenza d’origine zoonotique établie et décrite par Santé publique France qui positionne la RT-PCR pour la détection des génomes des virus influenza A et B et du SARS-CoV-2 comme premier test à réaliser ;
– des recommandations internationales (OMS, ECDC, CDC) en accord avec la place de cet acte dans la stratégie d’investigation, d’un cas suspect de grippe humaine due à un virus influenza d’origine zoonotique, décrite par Santé publique France ;
– des données récentes de surveillance des virus influenza porcins dans les populations porcines et des virus influenza aviaires dans l’avifaune sauvage qui montrent une circulation de ces virus toute l’année ;
– une absence de données d’évaluation des performances diagnostiques de la RT-PCR ciblant le génome des virus influenza A pour la détection d’un virus influenza A d’origine zoonotique chez l’Homme ;
– des conditions de réalisation de l’acte dans un contexte d’exposition à risque à un virus influenza zoonotique définies par le Haut conseil de la santé publique ;
– une position favorable des parties prenantes ;
la Haute Autorité de santé donne un avis favorable à l’extension d’indication, sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte de détection des génomes des virus de la grippe A et B et du SARS-CoV-2 par RT-PCR pour les patients rapportant une exposition à risque à un virus influenza zoonotique et présentant des symptômes compatibles avec une infection par le virus SARS-CoV-2 ou une infection respiratoire hivernale, dont la grippe et quelle que soit la période de l’année (service attendu suffisant et amélioration du service attendu [ASA] de niveau III).
Afin d’optimiser la détection du virus, la RT-PCR détectant les génomes des virus de la grippe A et B, et du SARS- CoV-2 doit être réalisée le plus rapidement possible après le début des symptômes.
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Pour la détection des virus influenza A qu’ils soient d’origine humaine ou zoonotique, la technique de RT-PCR doit être spécifique du gène de matrice M (région conservée parmi les virus influenza A) avec des amorces et sondes actualisées aux virus influenza de type A en circulation.
En l’absence de données de performances diagnostiques de la RT-PCR ciblant le génome des virus de la grippe A pour détecter un virus influenza d’origine zoonotique chez des patients symptomatiques rapportant une exposition à risque et compte tenu de l’évolution génétique constante des virus influenza A, y compris dans cette zone conservée du génome viral, un résultat négatif ne doit pas exclure une grippe zoonotique.
Concernant les conditions de réalisation de la détection des génomes des virus de la grippe A et B, et du SARS- CoV-2 par RT-PCR, celles-ci sont décrites dans l’avis du Haut Conseil de la Santé Publique du 10 décembre 2021¹ relatif à la prévention de la transmission à l’Homme des virus influenza porcins et aviaires. La Haute Autorité de santé rappelle que les laboratoires doivent être prévenus de la présence de prélèvements provenant de cas possibles d’infection à virus influenza porcin ou aviaire et veiller à la stricte application des précautions d’hygiène.
Le présent avis sera publié au Bulletin officiel de la Haute Autorité de santé.
Fait le 6 juin 2024.
Pour le collège : Le président de la Haute Autorité de santé, P^R LIONEL COLLET
Signé
Avis n° 2024.0048/AC/SEAP du 6 juin 2024 Page 2 / 2

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1. DA COMPARE FOOTNOTE PAGES
¹ Haut conseil de la santé publique. Avis relatif à la prévention de la transmission à l’Homme des virus influenza porcins et aviaires ; 2021.