Avis n°2024.0067/AC/SEAP du 14 novembre 2024 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte d’amplification des acides nucléiques (TAAN) multiplex dans la prise en charge médicale des infections gastro-intestinales
Le collège de la Haute Autorité de santé ayant valablement délibéré en sa séance du 14 novembre 2024,
Vu le code de la sécurité sociale, notamment son article L. 162-1-7 ;
Vu la liste des actes et prestations adoptée par la décision de l’Union nationale des caisses d’assurance maladie du 11 mars 2005, modifiée ;
Vu la liste des actes et prestations pour la partie relative aux actes de biologie médicale, telle qu’elle a été définie par la décision de l’Union nationale des caisses d’assurance maladie du 4 mai 2006, modifiée ;
Vu la saisine pluriannuelle de la Direction générale de l’offre de soins (DGOS) du 27 octobre 2021 ;
Vu le rapport d’évaluation technologique intitulé « Intérêt des techniques d’amplifications des acides nucléiques (TAAN) multiplex dans la prise en charge médicale des infections gastro-intestinales » adopté par la décision n°2024.0310/DC/SEAP du 14 novembre 2024 du collège de la Haute Autorité de santé ;
ADOPTE L’AVIS SUIVANT :
Considérant l’ensemble des éléments recueillis et analysés dans le rapport d’évaluation technologique susvisé, à savoir :
‒ les conclusions de l’analyse critique de la littérature synthétique disponible ;
‒ les points de vue des experts, parties prenantes et institutions publiques sollicités ;
considérant que ces éléments ont permis de montrer pour les techniques d’amplifications des acides nucléiques (TAAN) multiplex :
‒ de meilleures performances diagnostiques pour la détection des agents infectieux comparativement aux méthodes traditionnelles ;
‒ un impact organisationnel favorable eu égard au gain de temps apporté par la technique ;
‒ une amélioration de la prise en charge et de la qualité de vie des patients ;
‒ une amélioration de la stratégie thérapeutique en termes de réduction de l’antibiothérapie et de diminution de la durée d’hospitalisation en comparaison des techniques conventionnelles de microbiologie ;
considérant que la recherche étiologique d’agents pathogènes à identifier dans les infections gastro-intestinales (IGI) par TAAN multiplex repose sur l’utilisation de trois panels (bactérien, parasitaire et viral) permettant d’ajuster les examens diagnostiques selon le contexte clinique et dont la composition pertinente en vue du remboursement est :
− pour le panel bactérien : Salmonella spp.,Shigella spp., Campylobacter spp., E. coli producteur de Shigatoxines (STEC), Yersinia enterocolitica, Vibrio spp., C. difficile ;

− pour le panel parasitaire de première intention : Cryptosporidium spp., Giardia duodenalis, Entamoeba histolytica,Taenia sp., Strongyloides stercoralis, Enterobius vermicularis ;
− pour le panel parasitaire de seconde intention : Microsporidie, Cyclospora cayetanensis, Sarcocystis sp., Cystoisospora belli, Schistosoma sp., Ascaris sp., Ancylostoma duodenale, Necator americanus, Dibothriocephalus sp., Hymenolepis sp., T. trichiura, F. hepatica, Opistorchis sp., Clonorchis sp., Diphyllobothrium sp., Hymenolepis sp. ;
− pour le panel viral : Rotavirus, Norovirus, Adénovirus 40/41, Sapovirus, Astrovirus ;
5 avenue du Stade de France – F 93218 Saint-Denis La Plaine CEDEX – Tél. : +33(0) 1 55 93 70 00 www.has-sante.fr - N° SIRET : 110 000 445 00020 – code APE : 8411 Z

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la Haute Autorité de santé est favorable à l’inscription sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte d’amplification des acides nucléiques (TAAN) multiplex réalisé chez des patients présentant une infection gastro-intestinale dans les situations cliniques suivantes :
‒ chez une personne immunocompétente et sans voyage en zone endémique :
− suspicion de diarrhée infectieuse en absence de sang et en absence de syndrome dysentérique et en cas de diarrhée sans signes de gravité depuis 4 à 7 jours (recours TAAN multiplex panels bactérien et parasitaire) (Service Attendu (SA) suffisant et Amélioration du Service Attendu (ASA) de niveau III),
− suspicion de diarrhée infectieuse en absence de sang et en absence de syndrome dysentérique en cas de diarrhée avec signes de gravité chez l’adulte (recours TAAN multiplex panels bactérien et parasitaire) (SA suffisant et ASA de niveau III),
− suspicion de diarrhée infectieuse en absence de sang et en absence de syndrome dysentérique, en cas de diarrhée avec signes de gravité chez les populations vulnérables (recours TAAN multiplex panels bactérien et parasitaire et panel viral) (SA suffisant et ASA de niveau III),
− suspicion de diarrhée infectieuse en présence de sang ou en présence de syndrome dysentérique (recours TAAN multiplex panels bactérien et parasitaire) (SA suffisant et ASA de niveau III) ;
‒ dans les cas particuliers suivants :
− suspicion de diarrhée infectieuse de retour de voyage en zone endémique (recours TAAN multiplex panels bactérien et parasitaire) (SA suffisant et ASA de niveau III),
− suspicion de diarrhée infectieuse chez le patient immunodéprimé (recours TAAN multiplex panels bactérien et parasitaire et viral) (SA suffisant et ASA de niveau III),
− suspicion de diarrhée infectieuse dans un contexte de début d’épidémie (recours TAAN multiplex panel viral envisageable) (SA suffisant et ASA de niveau III).
En revanche, la HAS est défavorable à l’inscription sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte d’amplification des acides nucléiques (TAAN) multiplex réalisé chez des patients immunocompétents et sans voyage en zone endémique et présentant une suspicion de diarrhée infectieuse en absence de sang et en absence de syndrome dysentérique et en cas de diarrhée sans signes de gravité depuis moins de 4 à 7 jours (SA insuffisant).
Les indications et les types de panels à utiliser sont détaillés dans le rapport et en annexe du présent avis.
Exigences de performances diagnostiques
Les performances de la détection de chaque agent du panel, devront tendre vers une sensibilité minimale de 90 % et une spécificité minimale de 95 %.
Si pour des raisons techniques les performances diagnostiques requises ne sont pas atteignables pour un agent, celles-ci devront au moins être égales à celles de la TAAN simplex correspondante, dans la mesure où celles-ci sont cliniquement satisfaisantes. Dans ce cas de figure, il appartient au biologiste de reconfirmer le résultat par le test conventionnellement utilisé.
Conditions de réalisation
La HAS rappelle que :
‒ les TAAN multiplex doivent être effectuées après examen clinique systématique du patient, comme tout test diagnostic paraclinique ;
‒ les TAAN multiplex ont des performances diagnostiques intrinsèquement liées à la qualité du prélèvement et en fonction de la fenêtre de détection des acides nucléiques spécifique des agents concernés. Un prélèvement réalisé en dehors des conditions optimales peut altérer la sensibilité analytique, augmentant ainsi le risque de faux-négatifs et compromettant l’interprétation clinique des résultats ;
‒ leurs résultats doivent être rendus dans un délai compatible avec la prise en charge médicale optimale du patient.
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La HAS rappelle également l’importance de bien connaître les limites des TAAN multiplex afin d’utiliser ces dernières de manière optimale :
‒ les TAAN multiplex ne peuvent détecter d’autres agents que ceux inclus dans chaque panel ;
‒ les TAAN multiplex détectent avec une forte sensibilité les acides nucléiques cibles (ADN ou ARN) et ne permettent donc pas d’évaluer la viabilité ou l’infectiosité du pathogène détecté. En conséquence, elles ne permettent pas de distinguer une infection d’un simple portage ;
‒ toutes les TAAN multiplex n’offrent pas de documenter les valeurs de Ct ; aussi, dans la grande majorité des cas, le résultat est uniquement qualitatif ;
‒ la détection de multiples pathogènes est en mesure de compliquer le diagnostic et l’interprétation des résultats obtenus peut s’avérer délicate (coinfections, portage asymptomatique), d’où la nécessité d’un dialogue clinicien-biologiste adapté pour l’interprétation des résultats.
Le présent avis sera publié au Bulletin officiel de la Haute Autorité de santé.
Fait le 14 novembre 2024.
Pour le collège : La présidente de séance P^r Anne-Claude CREMIEUX Signé



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Annexe. Algorithme décisionnel de prise en charge par TAAN multiplex en cas de suspicion de diarrhée infectieuse


(1) Signes de gravité : (i) Nb de selles > 6/j. (ii) Signes de choc hypovolémique (tachycardie et polypnée, teint pâle, gris ou cyanosé, marbrures et allongement du temps de recoloration cutané, extrémités froides, et troubles de conscience qui peuvent débuter par un état d’agitation). (iii) Signes de déshydratation reposant sur l’association de plusieurs signes cliniques. (iv) fièvre importante, état général altéré, voire signes neurologiques au premier plan. (v) Sepsis / choc septique. (2) Immunodépression : cause infectieuse (une infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), cause non infectieuse (toxicité du traitement immunosuppresseur ou réaction du greffon contre l’hôte par exemple), maladies auto-immunes, patients ayant subi une allogreffe de cellules souches hématopoïétiques. La composition du panel d’agents infectieux pour la recherche à minima des étiologies parasitaires chez le patient immunodéprimé est la suivante : Cryptosporidium spp., microsporidies, Giardia duodenalis, Entamoeba histolytica, Cyclospora cayetanensis, Cystoisospora belli, Sarcocystis sp., Taenia sp., Enterobius vermicularis et Strongyloides stercoralis. (3) Syndrome dysentérique : le syndrome dysentérique est caractérisé par : des selles nombreuses, afécales, glaireuses, mucopurulentes, parfois sanglantes, des douleurs abdominales diffuses ou en cadre (coliques), des épreintes, un ténesme anal avec faux besoins, de la fièvre si origine bactérienne. (4) Populations vulnérables : nouveau-né, nourrisson, enfant, personne âgée. (5) Contexte de début d’épidémie : pour la prise en charge des personnes âgées pensionnaires des EHPAD.
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