Dans les entreprises qui, pour le troisième exercice consécutif, emploient au moins mille salariés, lorsque l'entreprise ne se conforme pas à l'obligation prévue au dernier alinéa de l'article L. 1142-11, elle dispose d'un délai de deux ans pour se mettre en conformité. L'entreprise doit, au bout d'un an, publier des objectifs de progression et les mesures de correction retenues, selon des modalités définies par décret. A l'expiration de ce délai, si les résultats obtenus sont toujours en deçà du taux fixé, l'employeur peut se voir appliquer une pénalité financière.
Le montant de la pénalité prévue au premier alinéa du présent article est fixé au maximum à 1 % des rémunérations et gains, au sens du I de l'article L. 242-1 du code de la sécurité sociale et du premier alinéa de l'article L. 741-10 du code rural et de la pêche maritime, versés aux travailleurs salariés ou assimilés au cours de l'année civile précédant l'expiration du délai mentionné au premier alinéa du présent article. Le montant est fixé par l'autorité administrative, dans des conditions prévues par décret en Conseil d'Etat, en fonction de la situation initiale de l'entreprise, des efforts constatés dans l'entreprise en matière de représentation des femmes et des hommes ainsi que des motifs de sa défaillance.
Le produit de cette pénalité est versé au budget général de l'Etat.