Le conseil d'administration de l'agence comprend, outre son président :

1° Neuf membres représentant l'Etat :
a) Trois représentants des ministres chargés de la santé et de l'action sociale ;
b) Un représentant du ministre chargé de la sécurité sociale ;
c) Un représentant du ministre chargé du budget ;
d) Un représentant du ministre chargé de la recherche ;
e) Deux représentants du ministre chargé de l'économie et des finances ;
f) Un représentant du ministre chargé des affaires étrangères ;

2° Trois députés et trois sénateurs, désignés par le président de leur assemblée respective ;

3° Deux représentants des régimes obligatoires de base d'assurance maladie, désignés sur proposition de l'Union nationale des caisses d'assurance maladie ;

4° Un représentant de l'Ordre national des médecins, un représentant de l'Ordre national des pharmaciens, désignés chacun sur proposition de leur ordre ;

5° Deux représentants des associations d'usagers du système de santé, agréées au niveau national conformément aux dispositions de l'article L. 1114-1 ;

6° Deux personnalités qualifiées dans les domaines de compétence de l'agence ;

7° Trois représentants du personnel de l'agence élus par ce personnel selon les modalités définies par le règlement intérieur de l'agence.

En cas d'empêchement, chaque membre du conseil d'administration, à l'exception de ceux mentionnés aux 1°, 3°, 4° et 5°, peut donner mandat à un autre membre pour le représenter. Nul ne peut être porteur de plus de deux mandats par séance.