Après avis des conseils centraux, le conseil national vote le budget général de l'ordre destiné à couvrir les frais d'installation et de fonctionnement des différents conseils et délégations ordinaux, ainsi que leurs frais communs.

Le conseil national fixe le montant de la cotisation annuelle obligatoire demandée à chaque personne physique ou morale inscrite aux tableaux en fonction de sa catégorie. Il recouvre cette cotisation qui doit être acquittée dans les trente jours de son appel.

Aucune cotisation n'est due par les réservistes sanitaires, par les pharmaciens retraités engagés en qualité de sapeur-pompier volontaire, ou par les pharmaciens relevant des dispositions de l'article L. 4143-1 du code de la défense, dès lors qu'ils n'exercent la profession qu'à ce titre.

Le conseil national gère les biens de l'ordre, définit sa politique immobilière et contrôle sa mise en œuvre. Il peut créer ou subventionner des œuvres intéressant la profession pharmaceutique ainsi que les œuvres d'entraide.
Le conseil national contrôle la gestion des conseils centraux et régionaux de l'ordre des pharmaciens. Il peut demander tout document qui lui semble nécessaire à ce contrôle.
Ces modalités de contrôle sont fixées dans le règlement budgétaire et comptable de l'ordre édicté par le conseil national, après avis des conseils centraux, applicable à l'ensemble des instances ordinales.
Un commissaire aux comptes certifie annuellement les comptes de l'ordre des pharmaciens.
Le conseil national s'assure également de la mise en œuvre par les conseils centraux et régionaux de leurs missions légales et peut demander tout document qui lui semble nécessaire à ce contrôle. Les modalités de cette coordination et de ce contrôle sont fixées dans le règlement intérieur de l'ordre, édicté par le conseil national, après avis des conseils centraux, applicable à l'ensemble des instances ordinales.