L'autorité chargée de la direction de l'établissement public recrute le doctorant contractuel par contrat d'une durée de trois ans, sur proposition du directeur de l'école doctorale, après avis du directeur de thèse et du directeur de l'unité ou de l'équipe de recherche concernée.
Le contrat doctoral de droit public est écrit. Il précise sa date d'effet, son échéance et les activités confiées à l'intéressé parmi celles prévues à l'article D. 412-3. La nature et la durée de ces activités peuvent être modifiées chaque année par avenant, après avis du directeur de l'école doctorale et du directeur de thèse.
Le contrat doctoral prend effet dans l'année qui suit la première inscription en doctorat, sauf dérogation accordée par le conseil académique ou, dans les établissements non dotés d'un conseil académique, par le conseil scientifique de l'établissement employeur ou par l'organe en tenant lieu, siégeant en formation restreinte aux enseignants-chercheurs et personnels assimilés.
Le contrat doctoral de droit public peut comporter une période d'essai d'une durée de deux mois. Durant cette période, le contrat peut être rompu par l'une ou l'autre des parties, sans indemnité ni préavis, par lettre recommandée avec accusé de réception.
Si l'inscription en doctorat n'est pas renouvelée, il est mis fin de plein droit au contrat doctoral. Lorsque l'établissement refuse de renouveler le contrat, la rupture contractuelle s'effectue dans les conditions fixées par le chapitre II du titre XI et par le titre XII du décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l'Etat.