Avis n°2021.0012/AC/SEAP du 11 mars 2021 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique isotherme d’amplification médiée par la transcription (TMA) sur prélèvement salivaire
Le collège de la Haute Autorité de santé ayant valablement délibéré en sa séance du 11 mars 2021,
Vu le code de la sécurité sociale, et notamment son article L. 162-1-7 ;
Vu la liste des actes et prestations pour la partie relative aux actes de biologie médicale, telle qu’elle a été définie par la décision de l’Union nationale des caisses d’assurance maladie du 4 mai 2006, modifiée ;
Vu l’avis n°2020.0020/AC/SEAP du 6 mars 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection du génome du coronavirus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification ;
Vu l’avis n° 2020.0047/AC/SEAP du 18 septembre 2020 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire ;
Vu l’avis n°2021.0005/AC/SEAP du 22 janvier 2021 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire ;
Vu l’avis n° 2021.0007/AC/SEAP du 10 février 2021 du collège de la Haute Autorité de santé relatif aux modifications des conditions d’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du CSS, de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire
Vu la saisine du Ministre des solidarités et de la santé en date de 22 septembre 2020.
ADOPTE L’AVIS SUIVANT :
La Haute Autorité de santé a rendu un avis favorable le 10 février 2021 au remboursement de la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire dans les indications suivantes :
− chez les patients symptomatiques, le test RT-PCR sur prélèvement salivaire est indiqué en seconde intention lorsque le prélèvement nasopharyngé est difficile ou impossible ;
− chez les personnes-contacts, le prélèvement salivaire est indiqué en seconde intention lors du contact tracing lorsque le prélèvement nasopharyngé est difficile ou impossible ;
− chez les personnes asymptomatiques, le prélèvement salivaire étant mieux accepté que celui qui consiste à introduire un écouvillon au fond du nez, il est indiqué en première intention dans le cadre d’un dépistage itératif ciblé à large échelle sur population fermée (écoles, collèges, lycées, universités ou personnels d’établissement de santé ou d’EHPAD, etc.).
La détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique isotherme d’amplification médiée par la transcription (TMA) sur prélèvement salivaire est une alternative à la technique RT-PCR sur le même type de prélèvement. Afin d’évaluer ses performances diagnostiques, un état de lieux de la littérature scientifique publiée sur les tests TMA sur prélèvement salivaire a été réalisé en février 2021.
5 avenue du Stade de France – F 93218 Saint-Denis La Plaine CEDEX – Tél. : +33(0) 1 55 93 70 00 – Fax : +33(0) 1 55 93 74 00 www.has-sante.fr - N° SIRET : 110 000 445 00020 – code APE : 8411 Z

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La recherche bibliographique a identifié deux études portant sur l’évaluation de la technique TMA sur prélèvement salivaire :
− la première, publiée en août 2020 par Hanson KE et al., a rapporté les résultats de 368 tests TMA réalisés pour des patients symptomatiques ;
− la seconde a été transmise par ses auteurs (Migueres et al.) à la HAS sous la forme d’un manuscrit non encore publié. Cette étude a été réalisée chez 160 patients symptomatiques et 143 sujets asymptomatiques.
Il ressort de ces deux études que : La concordance positive entre les tests TMA sur prélèvement salivaire et sur prélèvement nasopharyngé était de 93,8 % [86,0-97,9] selon Hanson et al. et de 87 % IC95 % [75,1 %-94,6 %] selon Migueres et al. La concordance négative était de 97,8 % IC95 % [95,3 %-99,2 %] selon Hanson et al. et de 99,2 % IC95 % [97,1 %- 99,9 %] selon Migueres et al. Migueres et al. retrouvaient une concordance positive plus importante chez les patients symptomatiques que chez les sujets asymptomatiques, respectivement 93,3 % IC95 % [81,7 %-98,6 %] et 55,6 % IC95 % [21,2 %-86,3 %].
Les résultats correspondant aux tests TMA de l’étude française SAMILCOV (Service de santé des armées) ont également été communiqués à la HAS et l’investigateur principal a été auditionné pour clarifier les modalités de prétraitement conçues et validées par son équipe de recherche lors des deux phases de l’étude.
In fine, les chercheurs de l’étude SAMILCOV ont comparé les performances des tests TMA sur prélèvement salivaire à ceux réalisés avec prélèvements nasopharyngés. Au total, 867 tests TMA avec prélèvement salivaire ont été réalisés sur deux sites. Le premier site a étudié 379 échantillons salivaires, la technique TMA a montré une sensibilité de 92,2 % IC95 % [85,6 %-98,8 %], une spécificité de 97,7 % IC95 % [96,1 %-99,4 %] et un coefficient Kappa égal à 0,89 IC95 % [0,83-0,95] de corrélation entre les résultats de TMA sur prélèvement salivaire et ceux réalisés sur prélèvement nasopharyngé. Le deuxième site a réalisé 488 échantillons, la technique TMA a montré une sensibilité de 91,5 % IC95 % [85,1 %-98 %], une spécificité de 97,3 % IC95 % [95,8 %-98,9 %] et un coefficient Kappa égal à 0,86 IC95 % [0,80-0,93].
Conditions de validation des tests TMA pour la détection du SARS-CoV-2 sur prélèvement salivaire. La HAS considère que le test TMA sur prélèvement salivaire est considéré comme valide si :
− il comporte au moins deux cibles ;
− par comparaison à un test TMA sur prélèvement nasopharyngé concomitant, la sensibilité clinique minimale du test TMA salivaire est d’au moins 80 % (jugement émis en considérant la borne inférieure d’intervalle de confiance à 95 % de la sensibilité ainsi estimée).
En conséquence, la Haute Autorité de santé est favorable à l’inscription de la détection du génome du virus SARS- CoV-2 par technique isotherme d’amplification médiée par la transcription (TMA) sur prélèvement salivaire sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale (service attendu suffisant et amélioration du service attendu de niveau V) dans les mêmes indications de dépistage ou de détection que la technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire.
Conditions de réalisation
Prélèvement Les modalités de prélèvement restent les mêmes que pour le recueil salivaire pour un test RT-PCR. À savoir :
− le prélèvement salivaire peut être réalisé de manière assistée ou en auto-prélèvement. Le recueil par auto- prélèvement de salive est possible sous réserve que le patient reçoive au préalable une information détaillée et le matériel adapté ;
− concernant l’auto-prélèvement, les patients/personnes doivent préalablement récupérer l’ensemble du matériel d’auto-prélèvement (dont flacon large, sec et stérile, décontaminant virucide, et matériel de transport (double emballage avec papier absorbant et sachet)) au laboratoire de biologie médicale ;
− concernant les contenants de recueil à utiliser : privilégier des tubes à ouverture large pour permettre de recueillir le liquide salivaire facilement et correctement ;
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− le prélèvement salivaire doit être réalisé plus de 30 minutes après la dernière prise de boisson, d’aliment, de cigarette/e-cigarette, d’un brossage des dents ou d’un rinçage bucco-dentaire. Le crachat salivaire dans un flacon sec et stérile est privilégié ; à défaut, la salive est récupérée sous la langue à l’aide d’une « Pastette » ou d’un système dédié en se conformant aux modalités prévues par le fabricant ;
− le volume minimal nécessaire de salive doit être précisé par le laboratoire de biologie médicale effectuant la détection du SARS-CoV-2 par TMA. Ce volume minimal doit être vérifié par la personne enregistrant ou réceptionnant le prélèvement. Le contenant de prélèvement doit être fermé hermétiquement, décontaminé avec un traitement désinfectant usuel virucide et identifié (nom, prénom, date de naissance, date de prélèvement) ;
− l’information détaillée comprend notamment les précautions, les modalités et volume minimum de recueil, les modalités de fermeture-décontamination-identification-emballage du contenant de prélèvement et modalités de conservation ;
− en cas d’opération de dépistage ciblée à large échelle, le contenant peut être fourni à la personne dépistée directement sur le site du dépistage, tandis que la décontamination du prélèvement peut être assuré par l’organisateur du dépistage, toujours dans le respect des conditions décrites dans le présent avis ;
− si cet auto-prélèvement s’effectue sans supervision, le compte-rendu d’analyse devra préciser que l’identité du patient ne peut pas être certifiée.
Acheminement au laboratoire de biologie médicale Une fois l’auto-prélèvement effectué en respectant les modalités précédemment décrites, il est apporté au laboratoire de biologie médicale le jour même en utilisant le matériel de transport précédemment fourni (double emballage avec papier absorbant et sachet). Le prélèvement avant dépôt au laboratoire doit être conservé à température ambiante. Le délai d’acheminement à température ambiante de l’auto-prélèvement au laboratoire doit être le plus court possible et ne pas excéder 5 heures. En cas d’opération de dépistage ciblé à large échelle, le transport du prélèvement au laboratoire de biologie médicale devra être toujours assuré dans le respect des conditions décrites dans le présent avis.
Traitement au laboratoire de biologie médicale L’analyse de salive fraîche sera effectuée idéalement sous 24h par le laboratoire qui pourra conserver l’échantillon reçu à +4°C. Le prélèvement salivaire suspect de SARS-CoV-2 sera traité dans un laboratoire de sécurité biologique de niveau 2 conformément aux règles de biosécurité recommandées par la Société Française de Microbiologie. Tout flacon de salive déversé dans son sachet ne sera notamment pas traité par le laboratoire, afin de limiter le risque de contamination accidentelle du personnel technique. Sur l’avis du CNR des virus à transmission respiratoire (dont la grippe) et de l’investigateur principal de l’étude SAMILCOV, la HAS précise que la TMA requiert un prétraitement de la salive. Ce prétraitement peut être effectué soit par addition de protéinase K puis chauffage (10 minutes à 56 degrés), soit par dilution. Dans ce deuxième cas, il faut récupérer 500µL de salive et ajouter 3mL de milieu de transport ou PBS puis procéder à une homogénéisation du mélange manuellement (agitation douce sans vortex). Enfin, 500 µL de ce mélange homogène seront mis dans le tube de lyse de l’appareil pour réalisation du test proprement dit. Cette dilution permet de tamponner le prélèvement sans avoir un impact sur la performance analytique de détection de la cible, permettant ainsi :
− d’améliorer les processus d’extraction dans certains automates qui utilisent des liquides d’extraction ayant un pH basique ;
− d’avoir un effet de fluidification de la salive, entraînant une meilleure capacité de pipetage par les automates (faible taux d’invalides). La TMA sur prélèvement salivaire est réalisée au sein du laboratoire de biologie médicale en utilisant un test validé pour l’utilisation sur prélèvement salivaire (cf. conditions ci-dessus).
Le présent avis sera publié au Bulletin officiel de la Haute Autorité de santé.
Fait le 11 mars 2021. Pour le collège : La présidente, P^r Dominique LE GULUDEC Signé
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