Avis n°2025.0003/AC/SEAP du 16 janvier 2025 du collège de la Haute Autorité de santé relatif à l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, de l’acte d’amplification des acides nucléiques (TAAN) multiplex dans la prise en charge médicale des infections neuroméningées
Le Collège de la Haute Autorité de santé ayant valablement délibéré en sa séance du 16 janvier 2025,
Vu le code de la sécurité sociale, notamment son article L. 162-1-7 ;
Vu la liste des actes et prestations adoptée par la décision de l’Union nationale des caisses d’assurance maladie du 11 mars 2005, modifiée ;
Vu la liste des actes et prestations pour la partie relative aux actes de biologie médicale, telle qu’elle a été définie par la décision de l’Union nationale des caisses d’assurance maladie du 4 mai 2006, modifiée ;
Vu la saisine pluriannuelle de la Direction générale de l’offre de soins (DGOS) du 27 octobre 2021 ;
Vu le rapport d’évaluation technologique intitulé « Intérêt des techniques d’amplification des acides nucléiques (TAAN) multiplex dans la prise en charge médicale des infections neuroméningées » adopté par la décision n°2025.0000/DC/SEAP du 16 janvier 2025 du collège de la Haute Autorité de santé ;
ADOPTE L’AVIS SUIVANT :
Considérant l’ensemble des éléments recueillis et analysés dans le rapport d’évaluation technologique susvisé, à savoir :
− les conclusions de l’analyse critique de la littérature synthétique disponible (dans les méningites, encéphalites, abcès cérébraux et paralysies flasques aiguës) ;
− les points de vue des experts et des parties prenantes.
Considérant que ces éléments ont permis de montrer :
− pour les techniques d’amplification des acides nucléiques (TAAN) en simplex : la nécessité de réaliser ce test, qu’il s’agisse de la technique de diagnostic de référence ou d’une technique recommandée en complément des techniques conventionnellement requises pour le diagnostic des agents considérés ci-après ;
− pour les TAAN en multiplex :
− des performances diagnostiques équivalentes à la TAAN simplex pour la détection de certains des agents infectieux responsables ;
− les mêmes avantages que la TAAN simplex dans leur faculté de détecter un agent infectieux en faible quantité et non nécessairement vivant ;
− un impact organisationnel favorable eu égard : (i) au gain de temps du rendu des résultats apporté par certains kits par rapport à la TAAN simplex, permettant dans ce cas :
− une amélioration du parcours de soins des patients adultes en réduisant la durée d’hospitalisation ;
− une amélioration de la stratégie thérapeutique chez les patients pédiatriques en termes de réévaluation plus précoce de la prise en charge thérapeutique et en conséquence une réduction de la durée des traitements anti-infectieux ; (ii) à l’optimisation de l’utilisation du liquide cérébro-spinal (LCS) dû à la technique de multiplexage, notamment dans la population pédiatrique où la quantité disponible chez le nouveau-né et le jeune nourrisson est plus restreinte.
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Considérant également que la recherche d’agents pathogènes à identifier dans les infections neuroméningées repose :
− d’une part sur la recherche en simplex des agents infectieux (cf. infra) selon le contexte clinique et épidémiologique :
− et d’autre part, sur l’utilisation de quatre panels multiplex permettant d’ajuster les examens diagnostiques selon le contexte clinique et épidémiologique, et dont la composition pertinente en vue du remboursement est :
− pour le panel bactérien 1 : Streptococcus agalactiae ; Escherichia coli K1 et non K1 ;

− pour le panel bactérien 2 : Listeria monocytogenes ; Neisseria meningitidis ; Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae b et non b ;

− pour le panel viral 1 : entérovirus, parechovirus ;
− pour la panel viral 2 : virus Herpes simplex 1 ; virus Herpes simplex 2 ; virus de la varicelle et du zona.

La Haute Autorité de santé est favorable à l’inscription (service attendu (SA) suffisant) ou au maintien (service rendu (SR) suffisant) sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, des actes d’amplification des acides nucléiques (TAAN) réalisés chez des patients présentant des infections neuroméningées dans les situations cliniques suivantes :
Pour les TAAN simplex :
− méningite à LCS trouble, en milieu hospitalier : Sont à rechercher en première intention dans le LCS, si l’examen direct du LCS est négatif mais qu’il y a une forte suspicion d’atteinte bactérienne (sans attendre le résultat de la culture) ou en 2ème intention dans le LCS en cas de culture du LCS négative à 24h alors que l’examen direct était positif, hospitalisés ou admis aux urgences¹ ;
− N.meningitidis et de S.pneumoniae chez tout patient (SA suffisant et Amélioration de Service Attendu (ASA) de niveau II) ;
− et Listeria monocytogenes chez les patients à risque de listériose (femmes enceintes, personnes immunodéprimées notamment) (SA suffisant et ASA de niveau II).
− méningite ou méningo-encéphalite à LCS clair, en milieu hospitalier :
− les recherches du parechovirus (SA suffisant et ASA de niveau II) et d’entérovirus (SR suffisant) et des entérovirus (SR suffisant) dans le LCS est recommandée en première intention chez le nouveau-né et le jeune nourrisson hospitalisé ou admis aux urgences1 en cas de méningite avec faible suspicion d’étiologie bactérienne;
− les recherches de HSV-1, HSV-2, VZV et entérovirus (SR suffisant) chez l’adulte hospitalisé ou admis aux urgences¹.
− La recherche de M.tuberculosis (SR suffisant) dans le LCS chez les patients à risque, est recommandée en 2 ème intention, sauf si très forte suspicion clinique ou épidémiologique.

− paralysies flasques aiguës, en milieu hospitalier :
− la recherche des entérovirus en particulier des virus EV-D68 et EV-A71 dans le LCS, le sang, la zone pharyngée et dans les selles avec des performances diagnostiques garantissant cette recherche spécifique est recommandée pour les patients pédiatriques hospitalisés ou admis aux urgences1 (SA suffisant et ASA de niveau II) ;
− abcès cérébraux, en milieu hospitalier :
− la recherche sur le pus d’abcès de Mycobacterium tuberculosis est recommandée chez les patients à risque hospitalisés ou admis aux urgences¹ (SA suffisant et ASA de niveau II)
− la recherche de Toxoplasma gondii dans le LCS (SR suffisant) est recommandée chez les patients immunodéprimés hospitalisés ou admis aux urgences¹.
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Pour les TAAN multiplex :
− méningite à LCS trouble, en milieu hospitalier :
− le recours au panel bactérien 1 ou au panel bactérien 2 est recommandé chez le nouveau-né et le jeune nourrisson uniquement lorsque l’antibiothérapie a dû être administrée sans attendre la réalisation de la ponction lombaire, en raison du risque de négativation des cultures du LCS et compte tenu de la quantité de LCS prélevable plus limitée dans cette population, pour une recherche des agents pathogènes chez les patients hospitalisés ou admis aux urgences¹ (SA suffisant et ASA de niveau II) ;
− le recours à l’un, à l’autre ou à l’association des deux panels peut être déterminé par le clinicien, en fonction des contextes clinique et épidémiologique ;
− méningite ou méningo-encéphalite à LCS clair, en milieu hospitalier :
− le recours au panel viral 1 ou au panel viral 2 est recommandé en première intention chez tout patient hospitalisé ou admis aux urgences², en alternative aux TAAN simplex utilisées pour la détection de ces virus (SA suffisant et ASA de niveau II) ;
− le recours à l’un, à l’autre ou à l’association des deux panels peut être déterminé par le clinicien, en fonction des contextes clinique et épidémiologique.
En revanche, la Haute Autorité de santé est défavorable à l’inscription sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale des actes de TAAN dans les situations suivantes :
Pour les TAAN simplex :
− méningite à LCS trouble : chez tout patient dans le cadre d’une prise en charge en ambulatoire (SA insuffisant) ;
− méningite ou méningo-encéphalite à LCS clair : chez tout patient dans le cadre d’une prise en charge en ambulatoire (SA insuffisant) ;
− paralysies flasques aiguës : chez tout patient dans le cadre d’une prise en charge en ambulatoire (SA insuffisant) ;
− abcès cérébraux : chez tout patient dans le cadre d’une prise en charge en ambulatoire (SA insuffisant).
Pour les TAAN multiplex dans le LCS :
− méningite à LCS trouble en dehors du nouveau-né et du jeune nourrisson dans le cadre d’une prise en charge hospitalière (SA insuffisant) ;
− méningite à LCS trouble : chez tout patient dans le cadre d’une prise en charge en ambulatoire (SA insuffisant) ;
− méningite ou méningo-encéphalite à LCS clair : chez tout patient dans le cadre de leur prise en charge en ambulatoire (SA insuffisant) ;
− paralysies flasques aiguës : dans le cadre de la prise en charge standard (SA insuffisant) ;
− abcès cérébraux : dans le cadre de la prise en charge standard (SA insuffisant).
Exigences de performances diagnostiques
Les performances de la détection de chaque agent des panels cités devront tendre vers une sensibilité minimale de 90 % et une spécificité minimale de 95 %.
Si pour des raisons techniques, les performances diagnostiques requises ne sont pas atteignables pour un agent, celles-ci devront au moins être égales à celles de la TAAN simplex correspondante, dans la mesure où celles-ci sont cliniquement satisfaisantes. Dans ce cas de figure, il appartient au biologiste de reconfirmer si besoin le résultat par le test conventionnellement utilisé.
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Conditions de réalisation
La Haute Autorité de santé rappelle que :
− les TAAN multiplex doivent être effectuées comme tout test diagnostique après examen clinique du patient ;
− les TAAN multiplex ont des performances diagnostiques intrinsèquement liées à la qualité du prélèvement et en fonction de la fenêtre de détection des acides nucléiques spécifique des agents concernés. Un prélèvement réalisé en dehors des conditions optimales peut altérer la sensibilité analytique, augmentant ainsi le risque de faux-négatifs et compromettant l’interprétation clinique des résultats ;
− leurs résultats doivent être rendus dans un délai compatible avec la prise en charge médicale optimale du patient.
La Haute Autorité de santé rappelle l’importance de bien connaître les limites des TAAN multiplex afin d’utiliser ces dernières de manière optimale :
‒ les TAAN multiplex ne peuvent détecter d’autres agents que ceux inclus dans chaque panel ;
‒ les TAAN multiplex détectent avec une forte sensibilité les acides nucléiques cibles (ADN ou ARN) et ne permettent donc pas d’évaluer la viabilité ou l’infectiosité du pathogène détecté. En conséquence, elles ne permettent pas de distinguer une infection d’un simple portage ;
‒ toutes les TAAN multiplex n’offrent pas de documenter les valeurs de Ct ; aussi, dans la grande majorité des cas, le résultat est uniquement qualitatif ;
‒ la détection de multiples pathogènes est en mesure de compliquer le diagnostic et l’interprétation des résultats obtenus peut s’avérer délicate (co-infections, portage asymptomatique), d’où la nécessité d’un dialogue clinicien-biologiste adapté pour l’interprétation des résultats.
Le présent avis sera publié au Bulletin officiel de la Haute Autorité de santé.
Fait le 16 janvier 2025.
Pour le collège : Le président de la Haute Autorité de santé, P^R LIONEL COLLET Signé
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1. DA COMPARE FOOTNOTE PAGES
¹ Dans le contexte des services d’urgence, le test est strictement réservé aux patients symptomatiques présentant des signes cl iniques évocateurs d’infection neuroméningée pour laquelle une hospitalisation est envisagée.
² Dans le contexte des services d’urgence, le test est strictement réservé aux patients symptomatiques présentant des signes cl iniques évocateurs d’infection neuroméningée pour laquelle une hospitalisation est envisagée.