Le président du tribunal administratif ou le magistrat délégué par lui à cette fin fixe, par ordonnance, le montant de l'indemnité. Cette ordonnance est notifiée au commissaire enquêteur et à la personne responsable du projet, plan ou programme. Elle est exécutoire dès sa notification.

Sans préjudice de la faculté pour le commissaire enquêteur de saisir le juge des référés en application de l'article R. 541-1 du code de justice administrative, le commissaire enquêteur et la personne responsable du projet, plan ou programme peuvent contester cette ordonnance, dans un délai de quinze jours suivant sa notification, en formant un recours administratif auprès du président du tribunal administratif concerné. Ce recours administratif ne suspend pas le délai de paiement et constitue un préalable obligatoire à l'exercice d'un recours contentieux, à peine d'irrecevabilité de ce dernier. Le silence gardé sur ce recours administratif pendant plus de quinze jours vaut décision de rejet. La décision issue de ce recours administratif peut être contestée, dans un délai de quinze jours à compter de sa notification, devant la juridiction à laquelle appartient son auteur. La requête est transmise sans délai par le président de la juridiction à un tribunal administratif conformément à un tableau d'attribution arrêté par le président de la section du contentieux du Conseil d'Etat. Le président de la juridiction à laquelle appartient l'auteur de l'ordonnance est appelé à présenter des observations écrites sur les mérites du recours.