Vu la procédure suivante :

Par une requête et un mémoire complémentaire enregistrés les 25 mars 2022 et 2 juillet 2025, M. B… A…, représenté par M^e Dubourg, demande au tribunal, dans le dernier état de ses écritures :

1°) d’annuler le courrier du 4 novembre 2021 du directeur de l’école doctorale refusant de proposer son inscription en deuxième année de doctorat ;

2°) d’annuler la décision du 20 janvier 2022 par laquelle la présidente de l’université de Nantes a refusé de l’inscrire en deuxième année de thèse de doctorat au titre de l’année universitaire 2021/2022 ;

3°) d’enjoindre au président de l’université de Nantes de procéder au réexamen de sa situation, notamment en procédant à sa réintégration contractuelle et en organisant un suivi de cursus par le comité de suivi individuel (CSI) en application de l’article 13 de l’arrêté du 25 mai 2016 ;

4°) de mettre à la charge de l’université de Nantes une somme de 2 000 euros qui devra lui être versée au titre des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Il soutient que :

- les décisions en litige sont entachées de vices de procédure dès lors que il n’a pas été convoqué devant le CSI, en méconnaissance des dispositions de l’article 9 du règlement intérieur de l’école doctorale Mathématiques et Sciences et Technologies de l’Information et de la Communication et le rapport du CSI ne lui a été transmis, en méconnaissance des dispositions de l’article 13 de l’arrêté du 25 mai 2016 ; il n’a pas été convoqué devant la commission de la recherche du conseil académique, qu’il avait saisie ; ces vices l’ont privé d’une garantie et méconnu le principe du contradictoire et les droits de la défense, n’ayant pu présenter d’observations sur l’état d’avancement de ses recherches entre 2017 et 2021 ;

- ni l’avis du directeur de thèse, ni aucun avis motivé, ne lui a été notifié, le courrier du 4 novembre 2021 ne pouvant en aucun cas valoir avis, et encore moins avis motivé, aucun élément de motivation n’y figurant en méconnaissance des dispositions de l’article 11 de l’arrêté du 25 mai 2016 ;

- la décision de refus d’inscription en thèse doit être motivée au sens des dispositions de l’article L. 121-1 du code des relations entre le public et l’administration ;

- les décisions contestées sont entachées d’une méconnaissance de l’autorité de la chose jugée, dès lors que l’exécution du jugement n°1811252 du tribunal administratif de Nantes du 9 juillet 2021 imposait qu’il puisse recommencer tout ou partie de sa première année afin que le suivi du CSI puisse être effectif et qu’il soit saisi au titre de l’article 13 de l’arrêté du 25 mai 2016 et non de l’article 11 du même arrêté ;

- elles sont entachées d’erreur manifeste d’appréciation : n’ayant pu être entendu par le CSI ou la commission de la recherche du conseil académique, les avis de ces instances ont été rendus sur le fondement de travaux datant de 2016/2017, qui ne pouvaient, en aucune manière, préjuger des « avancées de la recherche » ni permettre de formuler des recommandations au sens de l’article 13 de l’arrêté du 25 mai 2016 ;

- sa reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé en 2018 n’a pas été prise en compte.

Par un mémoire en défense, enregistré le 25 juin 2025, la présidente de l’université de Nantes conclut au rejet de la requête.

Elle fait valoir qu’aucun des moyens de la requête n’est fondé.

Les parties ont été informées par un courrier en date du 16 septembre 2025, en application des dispositions de l’article R. 611-7 du code de justice administrative, que la solution du litige était susceptible d’être fondée sur un moyen soulevé d’office tiré de l’irrecevabilité des conclusions dirigées contre le courrier du directeur de l’école doctorale, lequel ayant le caractère d’un avis préparatoire, n’est pas susceptible de recours.

Vu la décision attaquée.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

- le code de l’éducation ;

- l’arrêté du 25 mai 2016 fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du diplôme national de doctorat ;

- le code de justice administrative.

Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

- le rapport de M^me Mounic, rapporteure,

- les conclusions de M^me Chatal, rapporteure publique,

- et les observations de M. A….

Considérant ce qui suit :

M. B… A… a obtenu un master 2 Informatique mention « Architecture logicielles, niveau 2 » à l’université de Nantes à l’issue de l’année 2015/2016. Il s’est inscrit en première thèse de doctorat au cours de l’année 2016/2017 afin de préparer une thèse sur le thème « SDN et NFV dans les réseaux LTE : Etude et mise en œuvre » et a conclu le 1er octobre 2016 un contrat en qualité de doctorant contractuel avec l’université de Nantes. A l’issue de sa première année de thèse, le comité de suivi de thèse (CST) prévu par le règlement de l’école doctorale a émis, le 22 mai 2017, un avis défavorable à la poursuite de sa thèse. M. A… s’est trouvé privé d’inscription à l’université au titre de l’année 2017/2018 et son contrat de doctorant contractuel a été de fait suspendu sans qu’aucune décision de refus d’inscription en deuxième année de thèse n’ait toutefois été prise de manière formelle à son encontre par l’université après l’avis du CST. L’intéressé ayant formé le 15 novembre 2017 un recours pour contester la rupture illicite de son contrat, le président de l’université de Nantes a, par une décision du 8 janvier 2018, réintégré rétroactivement M. A… et l’a rétabli dans ses droits de doctorant contractuel à compter du 1er octobre 2017, tout en l’informant toutefois que l’université poursuivait la procédure de sa non-réinscription en deuxième année de thèse. A la suite des avis défavorables du directeur de l’école doctorale Mathématiques et sciences et technologies de l’information et de la communication (MathSTIC) Bretagne Loire, dont dépendait M. A… et la commission de la recherche du conseil académique de l’université de Nantes, devant laquelle M. A… avait contesté l’avis du directeur de l’école doctorale, le président de l’université de Nantes a décidé, par une lettre du 22 mars 2018, de ne pas renouveler l’inscription en thèse en M. A… pour une deuxième année. Par un jugement n°1811252 du 9 juillet 2021, le tribunal administratif de Nantes a annulé cette décision pour vice de procédure et a enjoint au président de l’Université de Nantes de procéder dans un délai de deux mois au réexamen de sa situation. En exécution de ce jugement, l’université de Nantes a repris la procédure de non inscription en deuxième année de thèse et le 26 octobre 2021, le comité de suivi individuel a émis un avis défavorable à la réinscription de M. A… en deuxième année de même que le directeur de l’Ecole doctorale MathSTIC le 4 novembre 2021. La commission de la recherche du conseil académique de l’université de Nantes, saisie à la demande de M. A…, a confirmé le 29 novembre 2021 l’avis défavorable à son inscription en deuxième année de thèse. Par une décision du 20 janvier 2022, la présidente de l’université de Nantes a refusé de renouveler son inscription en deuxième année de thèse. Par la présente requête, M. A… demande l’annulation des décisions du directeur de l’école doctorale du 4 novembre 2021 et de la présidente de l’université du 20 janvier 2022.

Sur l’étendue du litige :

M. A… demande l’annulation du courrier du 4 novembre 2021 du directeur de l’école doctorale refusant de proposer son inscription en deuxième année. Or cet avis simple, prévu par l’article 11 de l’arrêté du 25 mai 2016 fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du diplôme national de doctorat, dans le cadre d’un non-renouvellement d’une inscription en doctorat, ne constitue toutefois qu’un acte préparatoire, qui ne fait pas grief, et ne constitue pas en lui-même une décision de refus de réinscription en doctorat qui peut, seule, être contestée par la voie du recours pour excès de pouvoir. Par suite, les conclusions tendant à l’annulation de cet avis doivent être rejetées comme irrecevables.

Sur les conclusions à fin d’annulation :

Aux termes de l’article L. 612-7 du code de l’éducation : « Le troisième cycle est une formation à la recherche et par la recherche qui comporte, dans le cadre de formations doctorales, la réalisation individuelle ou collective de travaux scientifiques originaux. Ces formations doctorales (…) constituent une expérience professionnelle de recherche, sanctionnée, après soutenance de thèse, par la collation du grade de docteur. / Les formations doctorales sont organisées dans le cadre d’écoles doctorales dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de l’enseignement supérieur. Elles comprennent un encadrement scientifique personnalisé de la meilleure qualité ainsi qu’une formation collective comportant des enseignements, séminaires ou stages destinés à conforter la culture scientifique des doctorants, à préparer leur insertion professionnelle ou leur poursuite de carrière dans le secteur public comme dans le secteur privé et à favoriser leur ouverture internationale (…) ».

Par un arrêté du 25 mai 2016 fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du diplôme national de doctorat, entré en vigueur le 1er septembre 2016 en vertu de son article 29, le ministre de l’éducation nationale, de l’enseignement supérieur et de la recherche a fixé les modalités d’application de l’article L. 612-7 du code de l’éducation. Aux termes de l’article 3 de cet arrêté du 25 mai 2016, dans sa version en vigueur : « Les écoles doctorales : (…) 4° Assurent une démarche qualité de la formation en mettant notamment en place des comités de suivi individuel du doctorant (…) ». Selon le quatrième alinéa de l’article 11 de cet arrêté, concernant le renouvellement de l’inscription en doctorat : « L’inscription est renouvelée au début de chaque année universitaire par le chef d’établissement, sur proposition du directeur de l’école doctorale, après avis du directeur de thèse et, à partir de la troisième inscription, du comité de suivi individuel du doctorant. En cas de non-renouvellement envisagé, après avis du directeur de thèse, l’avis motivé est notifié au doctorant par le directeur de l’école doctorale. Un deuxième avis peut être demandé par le doctorant auprès de la commission recherche du conseil académique ou de l’instance qui en tient lieu, dans l’établissement concerné. La décision de non-renouvellement est prise par le chef d’établissement, qui notifie celle-ci au doctorant. ». L’article 13 du même arrêté, dans sa version applicable au litige, dispose que : « Un comité de suivi individuel du doctorant veille au bon déroulement du cursus en s’appuyant sur la charte du doctorat et la convention de formation. Il évalue, dans un entretien avec le doctorant, les conditions de sa formation et les avancées de sa recherche. Il formule des recommandations et transmet un rapport de l’entretien au directeur de l’école doctorale, au doctorant et au directeur de thèse. / Il veille notamment à prévenir toute forme de conflit, de discrimination ou de harcèlement. / Les modalités de composition, d’organisation et de fonctionnement de ce comité sont fixées par le conseil de l’école doctorale. Les membres de ce comité ne participent pas à la direction du travail du doctorant ».

Si les actes administratifs doivent être pris selon les formes et conformément aux procédures prévues par les lois et règlements, un vice affectant le déroulement d’une procédure administrative préalable n’est de nature à entacher d’illégalité la décision prise que s’il ressort des pièces du dossier qu’il a été susceptible d’exercer, en l’espèce, une influence sur le sens de la décision prise ou qu’il a privé les intéressés d’une garantie.

En l’espèce, par le jugement n°1811252 du 9 juillet 2021 le présent tribunal a annulé la procédure de non-réinscription en deuxième année de thèse ayant débuté fin mai 2017 jusqu’à la décision du 22 mars 2018, en l’absence de mise en place, pour l’année universitaire 2016-2017, du comité de suivi individuel prévu par l’arrêté du 25 mai 2016.

En exécution de ce jugement, aux fins de corriger l’absence de toute réunion du comité de suivi individuel en fin d’année universitaire 2016-2017, l’université de Nantes a organisé une réunion de ce comité lequel, en vertu dispositions de l’article 13 de l’arrêté précité, alors seul applicable lors de cette procédure, n’était pas tenu d’émettre un avis sur l’inscription de M. A… en deuxième année de doctorat, mais était toutefois chargé en deuxième année de thèse, de notamment « d’évalue[r] dans un entretien avec le doctorant, les conditions de sa formation et les avancées de sa recherche », de « formuler des recommandations », de « transmettre un rapport de l’entretien au directeur de l’école doctorale, au doctorant et au directeur de thèse » et de « prévenir toute forme de conflit ».

Il ressort des pièces du dossier que le 8 octobre 2021 l’Université de Nantes a informé M. A… de sa volonté de réunir le comité de suivi individuel afin de se prononcer sur les conditions du déroulement de sa thèse et son inscription en deuxième année et lui a proposé deux créneaux par visioconférence les 15 et 18 octobre. Toutefois, si M. A… a indiqué par mail le 14 octobre 2021 ne pas être disponible à ces dates, la circonstance qu’il ait contesté dans ce même courriel que l’ordre du jour du comité porte également sur sa réinscription en deuxième année pour laquelle l’avis de ce comité n’était pas requis, ne saurait être interprétée comme un refus de participer à cette réunion. Or, il est constant que l’Université n’a pas proposé d’autre date à M. A… et que le comité de suivi individuel s’est réuni à une autre date que celles qui avaient été proposées, en l’occurrence le 26 octobre 2021, sans que l’intéressé en soit averti. Ainsi, en ayant privé M. A… de la possibilité de s’exprimer devant le comité de suivi individuel sur les conditions de déroulement de sa thèse, alors que cette réunion avait pour but de régulariser l’absence de tout suivi de la part de ce comité en 2016 et 2017 et alors que le comité ne s’est fondé que sur des éléments transmis en 2017 non actualisés, l’université de Nantes a entaché sa décision d’un vice de procédure. Alors qu’il ressort la décision en litige que l’avis défavorable du comité de suivi individuel a été pris en compte pour refuser l’inscription en deuxième année de doctorat, l’impossibilité pour le requérant de présenter sa situation devant ce comité doit être regardée comme ayant été susceptible d’exercer une influence sur le sens de la décision de refus de réinscription en thèse et comme ayant privé l’intéressé d’une garantie.

Au surplus, M. A… soutient que la décision de non-inscription en deuxième année de doctorat est entachée d’un vice de procédure dès lors qu’elle est fondée sur un avis non motivé du 4 novembre 2021du directeur de l’école doctorale MathsTic. Il est constant que ce dernier a uniquement motivé son avis défavorable en faisant référence aux « deux avis à la fin de la première année (…) par [le] comité de suivi individuel » et à l’avis du directeur de thèse, ces trois avis étant défavorables, sans en rappeler les termes dans son propre avis. Or, il n’est pas contesté que les avis du directeur de thèse ainsi que le rapport du comité de suivi individuel du 26 octobre 2021, lequel doit être notifié au doctorant en application de l’article 13 de l’arrêté du 25 mai 2016 n’ont pas été transmis à M. A… avec le courrier du 4 novembre 2021, mais ultérieurement, avec la décision en litige, soit le 20 janvier 2022. Par conséquent, M. A… est fondé à soutenir que l’avis du directeur de l’école doctorale n’était pas motivé, en méconnaissance des dispositions de l’article 11 du même arrêté et que ce vice de procédure l’a privé d’une garantie en l’empêchant de faire valoir des observations adaptées lors de son recours auprès de la commission de la recherche du conseil académique de l’Université.

10.

Par suite, et sans qu’il soit besoin de se prononcer sur les autres moyens de la requête, l’intéressé est fondé à demander l’annulation de la décision du 20 janvier 2022 par laquelle la présidente de l’université de Nantes a refusé de l’inscrire en deuxième année de doctorat.

Sur les conclusions à fin d’injonction :

11.

Le présent jugement, au regard du motif d’annulation retenu, implique seulement qu’il soit enjoint à la présidente de l’université de Nantes, dans un délai de trois mois à compter de sa notification, de procéder au réexamen de la situation de M. A…, et, à cette fin, en application des dispositions de l’article 13 de l’arrêté du 25 mai 2016, qu’elle réunisse le comité de suivi individuel et invite le requérant à s’exprimer devant ce comité sur les conditions de déroulement de sa thèse.

Sur les frais liés au litige :

12.

Il y a lieu dans les circonstances de l’espèce, de mettre à la charge de l’Université de Nantes le versement à M. A… de la somme de 1 500 euros sur le fondement des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

D E C I D E :

Article 1er : La décision du 20 janvier 2022 de la présidente de l’Université de Nantes est annulée.

Article 2 : Il est enjoint à la présidente de l’Université de Nantes de procéder, dans un délai de trois mois à compter de la notification du présent jugement, au réexamen de la situation de M. A….

Article 3 : L’Université de Nantes versera à M. A… la somme de 1 500 euros en application des dispositions de l’article L. 761-1du code de justice administrative.

Article 4 : Le présent jugement sera notifié à M. B… A…, à la ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation et à la présidente de l’université de Nantes.

Copie en sera adressée pour information à la rectrice de la région académique des Pays-de-la-Loire, chancelière des universités.

Délibéré après l’audience du 18 septembre 2025, à laquelle siégeaient :

M^me Specht-Chazottes, présidente,

M^me Mounic, première conseillère,

M. Huet, conseiller.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 9 octobre 2025.

La rapporteure,

S. MOUNIC

La présidente,

F. SPECHT-CHAZOTTES

Le greffier,

G. VIEL

La République mande et ordonne à la ministre d’Etat, ministre de l’éducation nationale, de l’enseignement supérieur et de la recherche, en ce qui la concerne ou à tous huissiers de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition conforme,

Le greffier,