Vu la procédure suivante :

Par une requête et un mémoire complémentaire, enregistrés les 28 février et 3 mars 2025 au secrétariat du contentieux du Conseil d’Etat, l’association d’étude et de protection des poissons dans les départements des Bouches-du-Rhône et du Gard demande au Conseil d’Etat d’annuler pour excès de pouvoir l’arrêté de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et de la ministre de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire du 24 février 2025 fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de perturbation intentionnelle et de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans.

Vu les autres pièces du dossier ;

Vu :

- la directive n° 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 ;

- le code de l’environnement ;

- la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 ;

- l’arrêté du ministre de l’agriculture et de la forêt, du ministre délégué auprès du ministre des transports et de la mer, chargé de la mer, et du secrétaire d’Etat auprès du Premier ministre, chargé de l’environnement, du 8 décembre 1988 fixant la liste des espèces de poissons protégées sur l’ensemble du territoire national ;

- l’arrêté du ministre de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer, en charge des technologies vertes et des négociations sur le climat, et du ministre de l’alimentation, de l’agriculture et de la pêche du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

- le code de justice administrative ;

Après avoir entendu en séance publique :

- le rapport de M. Jean-Baptiste Butlen, maître des requêtes en service extraordinaire,

- les conclusions de M^me Maïlys Lange, rapporteure publique ;

La parole ayant été donnée, après les conclusions, à la SAS Hannotin Avocats, avocat de la fédération nationale des pêcheurs en France et de la protection des milieux aquatiques ;

Considérant ce qui suit :

1. L’association d’étude et de protection des poissons dans les départements des Bouches-du-Rhône et du Gard demande l’annulation pour excès de pouvoir de l’arrêté du 24 février 2025 par lequel la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et la ministre de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire ont fixé les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de perturbation intentionnelle et de destruction des grands cormorans (Phalocrocorax carbo sinensis) peuvent être accordées par les préfets.

Sur l’intervention :

2. Eu égard à son objet statutaire, la fédération nationale de la pêche en France et de la protection des milieux aquatiques a intérêt au maintien de l’arrêté attaqué. Dès lors, son intervention est recevable.

Sur le cadre juridique :

3. Aux termes du I de l’article L. 411-1 du code de l’environnement, pris pour la transposition de l’article 12 de la directive 92/43/CEE du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, dite directive « habitats » : « Lorsqu’un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l’écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation (…) d’espèces animales non domestiques (…) et de leurs habitats, sont interdits : / 1° (…) la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle (…) d’animaux de ces espèces ; / (…) 3° La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces (…) ». Aux termes du I de l’article L. 411-2 du même code, pris pour la transposition de l’article 16 de la même directive : « Un décret en Conseil d’Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : / (…) 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1° (…) et 3° de l’article L. 411-1, à condition qu’il n’existe pas d’autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l’autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : / a) Dans l’intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels ; / b) Pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l’élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d’autres formes de propriété (…) ». Aux termes de l’article R. 411-6 du même code : « Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 sont accordées par le préfet (…) ». Aux termes de l’article R. 411-13 du même code : « Les ministres chargés de la protection de la nature, de l’agriculture (…) fixent par arrêté conjoint pris après avis du Conseil national de la protection de la nature : / (…) 2° Si nécessaire, pour certaines espèces dont l’aire de répartition excède le territoire d’un département, les conditions et limites dans lesquelles les dérogations sont accordées afin de garantir le respect des dispositions du 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement ».

4. Aux termes de l’article L. 414-4 du code de l’environnement, qui transpose les objectifs de l’article 6-3 de la directive « habitats » : « I. – Lorsqu’ils sont susceptibles d’affecter de manière significative un site Natura 2000, individuellement ou en raison de leurs effets cumulés, doivent faire l’objet d’une évaluation de leurs incidences au regard des objectifs de conservation du site, dénommée ci-après ‘Evaluation des incidences Natura 2000’ : / 1° Les documents de planification qui, sans autoriser par eux-mêmes la réalisation d’activités, de travaux, d’aménagements, d’ouvrages ou d’installations, sont applicables à leur réalisation ; / 2° Les programmes ou projets d’activités, de travaux, d’aménagements, d’ouvrages ou d’installations ; / 3° Les manifestations et interventions dans le milieu naturel ou le paysage (…) / IV bis. – Tout document de planification, programme ou projet ainsi que manifestation ou intervention susceptible d’affecter de manière significative un site Natura 2000 et qui ne figure pas sur les listes mentionnées aux III et IV fait l’objet d’une évaluation des incidences Natura 2000 sur décision motivée de l’autorité administrative. »

Sur les moyens de la requête :

5. En premier lieu, aux termes de l’article L. 421-1 A du code de l’environnement, issu de l’article 13 de la loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages : « Le Conseil national de la chasse et de la faune sauvage exerce une fonction consultative auprès des ministres chargés respectivement de la chasse et de l’agriculture. Il se prononce sur l’ensemble des textes relatifs à l’exercice de la chasse et la gestion de la faune sauvage, et à la protection de la nature lorsqu’ils ont une incidence directe ou indirecte sur l’exercice de la chasse ». Il résulte de ces dispositions que le Conseil national de la chasse et de la faune sauvage ne doit être consulté sur les projets de textes relatifs à des espèces non chassables, mais appartenant à la faune sauvage, que pour autant que ces textes se rapportent à la gestion durable du patrimoine faunique et à la préservation de l’équilibre agro-sylvo-cynégétique. Or l’arrêté attaqué se rapporte, non à la gestion durable du grand cormoran, mais aux atteintes qu’il porte aux piscicultures en étang et à des espèces de poissons protégées. Par suite, le moyen tiré de ce que l’arrêté attaqué aurait été pris au terme d’une procédure irrégulière faute d’avoir donné lieu à consultation préalable de ce conseil doit être écarté.

6. En deuxième lieu, l’arrêté litigieux fixe les conditions et limites des dérogations à l’interdiction des opérations de perturbation intentionnelle ou de destruction des grands cormorans qui peuvent, sur le fondement des articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement, transposant l’article 16 de la directive « habitats », être accordées pour prévenir des dommages importants aux piscicultures en étang et à certaines espèces piscicoles. Il fixe notamment les périodes pendant lesquelles ces opérations d’effarouchement et de destruction peuvent être autorisées, les limites des plafonds départementaux de destruction ainsi que les modalités d’exécution de ces opérations. En revanche, il ne constitue pas un plan ou projet au sens de l’article L. 414-4 du code de l’environnement, transposant l’article 6, paragraphe 3, de la directive du 21 mai 1992. Par suite, le moyen tiré de ce que l’arrêté litigieux méconnaîtrait les dispositions citées au point 4, faute d’avoir été soumis à évaluation de ses incidences Natura 2000, doit être écarté.

7. En troisième lieu, en édictant des limites à la proportion de grands cormorans qui peuvent être détruits dans chaque département, fixées à 20 % de la population hivernante ou, en l’absence de plafond départemental fixé par arrêté ministériel pour la protection des piscicultures, à 30 %, ainsi que l’y autorise le 2° de l’article R. 411-13 du code de l’environnement, tout en renvoyant aux préfets le soin de fixer le plafond précis de grands cormorans pouvant être effectivement détruits dans leur département, l’article 4 de l’arrêté litigieux n’a pas illégalement subdélégué aux préfets l’exercice d’une compétence appartenant aux ministres chargés de la protection de la nature et de l’agriculture.

8. En quatrième lieu, le 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, par dérogation à l’interdiction figurant à l’article L. 411-1 du même code, autorise, sous certaines conditions et limites, aux fins notamment de protéger les espèces piscicoles ou de prévenir des dommages importants aux piscicultures en étang, les opérations d’effarouchement, voire de destruction, d’espèces animales non domestiques lorsqu’il n’existe pas d’autre solution satisfaisante et pourvu que ces opérations ne nuisent pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle. En vertu de l’article R. 411-6 du code de l’environnement, l’autorisation de procéder à de telles opérations est accordée par le préfet au vu des circonstances locales. D’une part, il ressort des pièces du dossier que la pression de prédation exercée par les grands cormorans peut, dans certains contextes particuliers, occasionner des dommages importants pour les piscicultures et contribuer à la dégradation de l’état de conservation de certaines espèces piscicoles. D’autre part, l’arrêté attaqué, ainsi qu’il a été exposé au point 7, ne fait que fixer les conditions et limites dans lesquelles les préfets peuvent autoriser de telles opérations d’effarouchement ou de destruction pour ce qui concerne les grands cormorans. Par suite, le moyen tiré de ce que l’arrêté litigieux aurait été pris en méconnaissance du 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement doit être écarté.

9. Il résulte de tout ce qui précède, sans qu’il soit besoin de se prononcer sur la fin de non-recevoir opposée par la fédération nationale de la pêche en France et de la protection des milieux aquatiques, que l’association d’étude et de protection des poissons dans les départements des Bouches-du-Rhône et du Gard n’est pas fondée à demander l’annulation pour excès de pouvoir de l’arrêté qu’elle attaque.

D E C I D E :

--------------

Article 1er : L’intervention de la fédération nationale de la pêche en France et de la protection des milieux aquatiques est admise.

Article 2 : La requête de l’association d’étude et de protection des poissons dans les départements des Bouches-du-Rhône et du Gard est rejetée.

Article 3 : La présente décision sera notifiée à l’association d’étude et de protection des poissons dans les départements des Bouches-du-Rhône et du Gard, à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, et des négociations internationales sur le climat et la nature, à la ministre de l’agriculture, de l’agro-alimentaire et de la souveraineté alimentaire et à la fédération nationale de la pêche en France et de la protection des milieux aquatiques.

Délibéré à l’issue de la séance du 22 octobre 2025 où siégeaient : M. Jacques-Henri Stahl, président adjoint de la section du contentieux, présidant ; M^me Isabelle de Silva, M. Jean-Philippe Mochon, présidents de chambre ; M. Alain Seban, M^me Laurence Helmlinger, M. Stéphane Hoynck, M. Christophe Pourreau, M^me Cécile Isidoro, conseillers d’Etat et M. Jean-Baptiste Butlen, maître des requêtes en service extraordinaire-rapporteur.

Rendu le 21 novembre 2025.

Le président :

Signé : M. Jacques-Henri Stahl

Le rapporteur :

Signé : M. Jean-Baptiste Butlen

La secrétaire :

Signé : M^me Marie-Adeline Allain