Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure

L’association France Nature Environnement Ain a demandé au tribunal administratif de Lyon d’annuler la décision implicite par laquelle la préfète de l’Ain a refusé de mettre en demeure la société IF Allondon de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction d’espèces protégées et d’habitats d’espèces protégées, d’enjoindre à cette même autorité de mettre en demeure cette société de déposer un dossier de demande de dérogation aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l’article L. 411-1 du code de l’environnement, de suspendre les travaux de construction du centre Open et de prendre toutes mesures conservatoires, applicables durant la phase d’instruction de la demande de dérogation, nécessitées par la prévention d’une atteinte aux espèces protégées du site, à titre accessoire, d’enjoindre à la préfète de l’Ain de produire les pièces fondant la décision en litige et de mettre à la charge de l’Etat une somme de 2 000 euros sur le fondement des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Par un jugement n° 2101203 du 2 novembre 2022, le tribunal administratif de Lyon a annulé le refus implicite opposé par la préfète de l’Ain à la demande de l’association France Nature Environnement Ain de mettre en demeure la société IF Allondon de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction d’espèces protégées et d’habitats d’espèces protégées, en vue de la réalisation d’un centre commercial autorisé par un permis de construire délivré le 22 décembre 2017, a enjoint à cette autorité de mettre en demeure la société IF Allondon, dans un délai d’un mois à compter de la notification du jugement, de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction d’espèces protégées et d’habitats d’espèces protégées et, dans l’attente, de suspendre les travaux de réalisation du centre commercial projeté jusqu’à l’obtention de la dérogation demandée, et a rejeté les conclusions des parties présentées au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Procédure devant la cour

Par une requête et des mémoires en réplique, enregistrés les 21 décembre 2022, 21 juillet 2023 et 5 février 2024, la société IF Allondon, représentée par M^e Renaux (SAS Wilhelm et associés), demande à la cour :

1°) d’annuler ce jugement du tribunal administratif de Lyon du 2 novembre 2022 ;

2°) de rejeter la demande présentée par l’association France Nature Environnement Ain devant ce tribunal ;

3°) d’enjoindre à la préfète de l’Ain de procéder au retrait de son arrêté du 1er décembre 2022 de mise en demeure à la société IF Allondon de déposer une demande de dérogation au titre de la destruction d’espèces protégées et d’habitats d’espèces protégées et de suspendre les travaux de construction du centre Open ;

4°) de mettre une somme de 8 000 euros à la charge de l’association France Nature Environnement Ain au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— la demande de l’association France Nature Environnement Ain était tardive : elle est titulaire d’un permis de construire définitif, délivré sur le fondement d’une étude d’impact soumise à l’examen préalable de l’autorité environnementale, qui a conduit à reconnaître définitivement qu’aucune dérogation « espèces protégées » n’était nécessaire ; ce permis de construire a créé des droits acquis ; le préfet ne peut pas être saisi tardivement d’une demande tendant à mettre en demeure la société pétitionnaire de déposer une demande de dérogation « espèces protégées » ; la préfète de l’Ain n’était d’ailleurs saisie d’aucun élément de fait nouveau ;

— le jugement est entaché d’irrégularité pour être insuffisamment motivé ;

— les premiers juges ont encore entaché leur jugement d’irrégularité faute d’avoir examiné un des moyens de défense qu’elle avait soulevés, tiré de l’inopérance et de la tardiveté des critiques formulées par l’association France Nature Environnement Ain sur le contenu de l’étude d’impact ; les juges de première instance n’ont pas répondu à ce moyen, lorsqu’ils ont examiné l’exception de non-lieu à statuer soulevée par la préfète de l’Ain ;

— le tribunal aurait dû rouvrir les débats et surseoir à statuer ; la demande d’avis transmise au Conseil d’Etat aurait dû être considérée comme une circonstance nouvelle, au sens de l’article L. 113-1 du code de justice administrative ; en estimant devoir se prononcer sans attendre cet avis, le tribunal administratif de Lyon a entaché son jugement d’une grave irrégularité ;

— le tribunal a commis une erreur de droit dans l’application des articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement en retenant que, par principe, les mesures prévues pour ramener l’impact résiduel du projet à un niveau faible ne devaient pas être prises en compte, sans même citer et examiner lesdites mesures ;

— une erreur de fait a été commise, le tribunal ayant fait état de mesures compensatoires, sans préciser la nature de celles-ci, alors même que l’étude d’impact ne prévoyait pas de telles mesures ; les mesures annoncées dans l’étude d’impact relevaient uniquement de mesures d’évitement et de réduction ;

— les impacts résiduels du projet sont tous négligeables ou faibles eu égard aux mesures d’évitement et de réduction mises en œuvre ;

— le tribunal ne pouvait, sur le fondement des articles L. 171-7 et L. 171-8 du code de l’environnement, enjoindre à la préfète de l’Ain de la mettre en demeure de déposer un dossier de dérogation « espèces protégées » ;

— l’injonction de suspendre les travaux de réalisation du centre commercial projeté jusqu’à l’obtention de la dérogation est irrégulière.

Par un mémoire en observations, enregistré le 20 janvier 2023, le ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires précise à la cour que la préfète de l’Ain s’est conformée au jugement du tribunal en mettant en demeure la société IF Allondon de suspendre les travaux de construction et de procéder à leur régularisation sur le fondement de l’article L. 411-2 4° du code de l’environnement.

Par des mémoires en défense, enregistrés les 21 avril 2023, 6 février 2024 et 2 mai 2024, ce dernier mémoire n’ayant pas été communiqué, l’association France Nature Environnement Ain, représentée par M^e Dubreuil, sollicite avant-dire droit la communication par l’administration des éléments d’instruction de la demande de mise en demeure, conclut au rejet de la requête et demande qu’une somme de 3 000 euros soit mise à la charge de la société IF Allondon en application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— la demande de première instance était recevable ;

— les moyens soulevés sont infondés.

Vu les autres pièces du dossier ;

Vu :

— le code de l’environnement ;

— le code de justice administrative ;

Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l’audience ;

Après avoir entendu au cours de l’audience publique :

— le rapport de M^me Bénédicte Lordonné, première conseillère ;

— les conclusions de M. Samuel Deliancourt, rapporteur public ;

— et les observations de M^e Renaux pour la société IF Allondon ainsi que celles de M^e Dubreuil pour l’association France Nature Environnement Ain.

Considérant ce qui suit :

1. Par un courrier du 17 octobre 2020, la présidente de l’association France Nature Environnement Ain a demandé à la préfète de l’Ain de mettre en demeure la société IF Allondon, titulaire d’un permis de construire valant autorisation d’exploitation commerciale d’un ensemble commercial d’une surface de plancher de 55 324 m² accordé par un arrêté du maire de la commune de Saint-Genis-Pouilly (Ain) du 22 décembre 2017, de déposer, en application de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées présentes sur le site et de leurs habitats. En l’absence de réponse à cette demande, l’association a demandé au tribunal administratif de Lyon d’annuler le refus implicitement opposé à celle-ci. La société IF Allondon relève appel du jugement du 2 novembre 2022 par lequel le tribunal administratif de Lyon a fait droit à la demande de l’association France Nature Environnement Ain et a enjoint à la préfète de la mettre en demeure, dans un délai d’un mois à compter de la notification du jugement, de déposer une telle demande et, dans l’attente, de suspendre les travaux de réalisation du centre commercial projeté jusqu’à l’obtention de la dérogation demandée.

Sur le bien-fondé du moyen d’annulation retenu par les premiers juges :

2. Aux termes de l’article L. 411-1 du code de l’environnement : " I. – Lorsqu’un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l’écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d’intérêt géologique, d’habitats naturels, d’espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits : / () / 3° La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces ; / () « . Aux termes de l’article L. 411-2 du même code : » I. – Un décret en Conseil d’État détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : / () / 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l’article L. 411-1 () ".

3. Le système de protection des espèces, qui concerne les espèces de mammifères terrestres et d’oiseaux figurant sur les listes fixées par les arrêtés du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection et du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection, impose d’examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l’applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l’état de conservation des espèces protégées présentes.

4. Le pétitionnaire doit obtenir une dérogation « espèces protégées » si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. Les mesures d’évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire doivent être prises en compte, et non les mesures de compensation. Dans l’hypothèse où les mesures d’évitement et de réduction proposées présentent, sous le contrôle de l’administration, des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé, il n’est pas nécessaire de solliciter une dérogation « espèces protégées ».

5. Il résulte de l’instruction que le site du projet se trouve au lieu-dit « Le Marais », dans le prolongement de la zone d’activités de l’Allondon, regroupant des activités commerciales, artisanales et de service. Le terrain d’assiette du projet en cause est constitué essentiellement de prairies (8,7 ha) et de terres mises en culture (3,5 ha). L’étude d’impact produite par la société IF Allondon à l’appui de sa demande de permis de construire a notamment révélé l’existence d’oiseaux patrimoniaux et de chiroptères sur le site. Concernant l’avifaune, ce site constitue une aire de repos pour les espèces migratrices et un territoire de chasse pour d’autres espèces d’oiseaux patrimoniaux nichant à proximité, notamment en période de reproduction. Concernant les chiroptères, il constitue également, en particulier à la lisière avec le secteur boisé, pour partie une zone de chasse. L’étude d’impact qualifie de « moyen » l’impact « brut » du projet, tant sur le groupe d’espèces constitué du « cortège des oiseaux de milieux ouverts », que sur les chiroptères, résultant de la suppression de milieux agricoles, de risques de collision, de dérangement par les activités humaines et par la pollution lumineuse. Cette même étude qualifie de « faible » le niveau d’impact « résiduel », après prise en compte des mesures d’évitement et de réduction.

6. Le périmètre du projet est défini en-dehors du boisement humide, ce qui constitue la principale mesure d’évitement. Une mesure temporelle en phase travaux est également prévue pour éviter de troubler la période de reproduction des oiseaux au printemps et à l’été. L’étude d’impact indique que « les possibilités de report des espèces de milieux ouverts vers les zones agricoles attenantes au projet et non perturbées sont favorables. Les espèces ubiquistes pourront recoloniser le site rapidement après la phase de travaux ». En phase d’exploitation, le projet prévoit la création d’une trame verte et bleue se traduisant dans le projet par « trois grands secteurs ». En premier lieu, un espace tampon est laissé entre le bâti et le boisement, pour éviter le recul du front boisé avec le temps et anticiper les éventuelles chutes d’arbres. En deuxième lieu, les aménagements paysagers consistent, outre la végétalisation de 35 600 m² de toitures, en une trame herbacée, arbustive et arborée. Des merlons sont traités de façon paysagère sur les pourtours des bâtiments, avec création de haies végétales composées de végétaux donnant des fruits sauvages, favorables pour de nombreuses espèces dont les oiseaux. Ils sont complétés, au nord du projet, par une prairie fleurie et des bosquets d’arbres de grandes dimensions, avec la plantation d’une collection de conifères au cœur du projet. Enfin, les façades exposées au sud-est sont dédiées à des murs vivants, abritant nichoirs et gîtes à chauve-souris. Le projet prévoit également de limiter la pollution lumineuse et le risque de collision au niveau des bâtiments, à travers le choix des matériaux et de l’enveloppe, et la conception d’un plan lumière.

7. L’association France Nature Environnement Ain soutient que ces mesures, qualifiées à tort, selon elle, d’évitement et de réduction par l’étude d’impact, constitueraient des mesures compensatoires qui ne peuvent être prises en compte pour apprécier si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. Toutefois, la trame verte et bleue, dont l’étude d’impact indique qu’elle « vise à définir un parti favorable à la biodiversité () en complément de l’évitement de la zone à enjeu constitué par le boisement humide » ne se limite pas à la végétalisation de toitures offrant un milieu de substitution, mais vise à réduire l’incidence du projet sur un milieu naturel existant par l’aménagement paysager qu’il prévoit. L’installation d’abris ou de gîtes artificiels pour la faune au droit du projet est répertoriée comme une mesure de réduction par le « guide d’aide à la définition des mesures ERC pour l’évaluation environnementale » dont se prévaut l’association France Nature Environnement Ain, qui ne démontre pas que les mesures d’évitement ou de réduction consacrées au sein de l’étude d’impact serait trop partielles ou présenteraient des garanties insuffisantes.

8. Au vu des circonstances exposées aux points 5 à 7, compte tenu des mesures d’évitement et réduction proposées, le projet ne comporte pas de risque suffisamment caractérisé pour les espèces protégées ou leurs habitats. Par suite, et sans qu’il soit utile d’ordonner avant-dire-droit la communication par l’administration des éléments d’instruction de la demande de mise en demeure, la société IF Allondon est fondée à soutenir que les premiers juges ont à tort considéré qu’elle devait, pour la réalisation de son projet de centre commercial, présenter un dossier de demande de dérogation aux interdictions de destruction d’espèces protégées et de leurs habitats prévue à l’article L. 411-1 du code de l’environnement.

9. Il résulte de ce qui précède, sans qu’il soit besoin de statuer sur la régularité du jugement attaqué ni d’examiner la fin de non-recevoir opposée par la société IF Allondon à la demande de première instance, que cette dernière est fondée à soutenir que c’est à tort que, par ce jugement, le tribunal administratif de Lyon a annulé le refus implicite opposé par la préfète de l’Ain à la demande de l’association France Nature Environnement Ain de la mettre en demeure de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction d’espèces protégées et d’habitats d’espèces protégées, en vue de la réalisation du centre commercial autorisé par le permis de construire délivré le 22 décembre 2017, a enjoint à cette autorité de la mettre en demeure dans un délai d’un mois à compter de la notification du jugement, de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction d’espèces protégées et d’habitats d’espèces protégées et, dans l’attente, de suspendre les travaux de réalisation du centre commercial projeté jusqu’à l’obtention de la dérogation demandée.

Sur les conclusions à fin d’injonction :

10. Lorsque l’autorité administrative, en exécution d’un jugement d’annulation, prend une nouvelle décision qui n’est motivée que par le souci de se conformer à ce jugement d’annulation, la décision du juge d’appel statuant au fond a pour effet, si elle annule le jugement d’annulation, de rétablir la décision initiale dans l’ordonnancement juridique et entraîne, ce faisant, la sortie de vigueur de la décision qui n’avait été prise que pour l’exécution du jugement annulé.

11. Pour assurer l’exécution du jugement du tribunal administratif de Lyon du 2 novembre 2022, la préfète de l’Ain a mis en demeure la société IF Allondon de déposer, dans un délai de huit mois, une demande de dérogation aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l’article L. 411-1 du code de l’environnement, en application de l’article L. 411-2 du même code, et a suspendu la réalisation des travaux d’aménagement du centre commercial en projet jusqu’à l’obtention de cette dérogation. L’annulation de ce jugement par le présent arrêt implique nécessairement la sortie de vigueur de cet arrêté. Ainsi, il n’y a pas lieu de faire droit aux conclusions à fin d’injonction de la société IF Allondon.

Sur les frais liés au litige :

12. Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mis à la charge de la société IF Allondon qui n’est pas, dans la présente affaire, la partie perdante, le versement de la somme que demande l’association France Nature Environnement Ain au titre des frais exposés par elle et non compris dans les dépens. Dans les circonstances de l’espèce, il n’y a pas lieu de faire droit aux conclusions de la société IF Allondon présentées sur ce même fondement.

D E C I D E :

Article 1er : Le jugement du tribunal administratif de Lyon du 2 novembre 2022 est annulé.

Article 2 : La demande de première instance et les conclusions d’appel de l’association France Nature Environnement Ain, ainsi que le surplus des conclusions de la requête de la société IF Allondon sont rejetés.

Article 3 : Le présent arrêt sera notifié à la société IF Allondon, à l’association France Nature Environnement Ain et au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires.

Copie en sera adressée à la préfète de l’Ain.

Délibéré après l’audience du 25 juin 2024 à laquelle siégeaient :

M^me Emilie Felmy, présidente-assesseure, assurant la présidence de la formation de jugement en application de l’article R. 222-26 du code de justice administrative,

M. Joël Arnould, premier conseiller,

M^me Bénédicte Lordonné, première conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 10 juillet 2024.

La rapporteure,

Bénédicte LordonnéLa présidente,

Emilie Felmy

La greffière,

Sandra Bertrand

La République mande et ordonne au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires en ce qui le concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition,

La greffière,