1

Par sa requête, la Commission des Communautés européennes demande à la Cour de constater que, en ne prenant pas toutes les mesures législatives et réglementaires nécessaires pour transposer de manière correcte l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive 92/43/CEE du Conseil, du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages (JO L 206, p. 7, ci-après la «directive ‘habitats’»), la République française a manqué aux obligations qui lui incombent en vertu de cette directive.

2

L’article 2, paragraphe 3, de la directive «habitats» dispose que les mesures prises en vertu de celle-ci tiennent compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales et locales.

3

L’article 6, paragraphes 2 à 4, de la directive «habitats» dispose:

«2. Les États membres prennent les mesures appropriées pour éviter, dans les zones spéciales de conservation, la détérioration des habitats naturels et des habitats d’espèces ainsi que les perturbations touchant les espèces pour lesquelles les zones ont été désignées, pour autant que ces perturbations soient susceptibles d’avoir un effet significatif eu égard aux objectifs de la présente directive.

3. Tout plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site mais susceptible d’affecter ce site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets, fait l’objet d’une évaluation appropriée de ses incidences sur le site eu égard aux objectifs de conservation de ce site. Compte tenu des conclusions de l’évaluation des incidences sur le site et sous réserve des dispositions du paragraphe 4, les autorités nationales compétentes ne marquent leur accord sur ce plan ou projet qu’après s’être assurées qu’il ne portera pas atteinte à l’intégrité du site concerné et après avoir pris, le cas échéant, l’avis du public.

4. Si, en dépit de conclusions négatives de l’évaluation des incidences sur le site et en l’absence de solutions alternatives, un plan ou projet doit néanmoins être réalisé pour des raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, l’État membre prend toute mesure compensatoire nécessaire pour assurer que la cohérence globale de Natura 2000 est protégée. L’État membre informe la Commission des mesures compensatoires adoptées.

[…]»

4

L’article L. 414-1, paragraphe V, du code de l’environnement dispose:

«Les sites Natura 2000 font l’objet de mesures destinées à conserver ou à rétablir dans un état favorable à leur maintien à long terme les habitats naturels et les populations des espèces de faune et de flore sauvages qui ont justifié leur délimitation. Les sites Natura 2000 font également l’objet de mesures de prévention appropriées pour éviter la détérioration de ces mêmes habitats naturels et les perturbations de nature à affecter de façon significative ces mêmes espèces.

Ces mesures sont définies en concertation notamment avec les collectivités territoriales intéressées et leurs groupements concernés ainsi qu’avec des représentants de propriétaires, exploitants et utilisateurs des terrains et espaces inclus dans le site.

Elles tiennent compte des exigences économiques, sociales, culturelles et de défense, ainsi que des particularités régionales et locales. Elles sont adaptées aux menaces spécifiques qui pèsent sur ces habitats naturels et sur ces espèces. Elles ne conduisent pas à interdire les activités humaines dès lors qu’elles n’ont pas d’effets significatifs sur le maintien ou le rétablissement dans un état de conservation favorable de ces habitats naturels et de ces espèces. La pêche, les activités aquacoles, la chasse et les autres activités cynégétiques pratiquées dans les conditions et sur les territoires autorisés par les lois et règlements en vigueur, ne constituent pas des activités perturbantes ou ayant de tels effets.

Les mesures sont prises dans le cadre des contrats ou des chartes prévus à l’article L. 414-3 ou en application des dispositions législatives ou réglementaires, notamment de celles relatives aux parcs nationaux, aux parcs naturels marins, aux réserves naturelles, aux biotopes ou aux sites classés.»

5

L’article L. 414-2, paragraphe I, premier alinéa, du code de l’environnement prévoit que, pour chaque site Natura 2000, un document d’objectifs définit les orientations de gestion, les mesures prévues à l’article L. 414-1, les modalités de leur mise en œuvre et les dispositions financières d’accompagnement.

6

L’article L. 414-3, paragraphe I, de ce code dispose:

«Pour l’application du document d’objectifs, les titulaires de droits réels et personnels portant sur les terrains inclus dans le site ainsi que les professionnels et utilisateurs des espaces marins situés dans le site peuvent conclure avec l’autorité administrative des contrats, dénommés ‘contrats Natura 2000’. […]

Le contrat Natura 2000 comporte un ensemble d’engagements conformes aux orientations et aux mesures définies par le document d’objectifs, portant sur la conservation et, le cas échéant, le rétablissement des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la création du site Natura 2000. […]

[…]»

7

Aux termes de l’article L. 414-4, paragraphe I, dudit code:

«Les programmes ou projets de travaux, d’ouvrage ou d’aménagement soumis à un régime d’autorisation ou d’approbation administrative, et dont la réalisation est de nature à affecter de façon notable un site Natura 2000, font l’objet d’une évaluation de leurs incidences au regard des objectifs de conservation du site. Pour ceux de ces programmes qui sont prévus par des dispositions législatives et réglementaires et qui ne sont pas soumis à étude d’impact, l’évaluation est conduite selon la procédure prévue aux articles L. 122-4 et suivants du présent code.

Les travaux, ouvrages et aménagements prévus par les contrats Natura 2000 sont dispensés de la procédure d’évaluation mentionnée à l’alinéa précédent.»

8

En vertu de l’article R. 414-21, paragraphe III, point 1, du code de l’environnement, le pétitionnaire doit indiquer les raisons pour lesquelles il n’existe pas d’autre solution satisfaisante pour la réalisation du plan ou du projet lorsque ce dernier peut avoir des effets notables dommageables sur l’état de conservation des habitats naturels et des espèces.

9

Le 18 octobre 2005, la Commission a adressé à la République française une lettre de mise en demeure dans laquelle elle lui a fait part de ses doutes quant à la conformité de la législation française à l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive «habitats».

10

La réponse des autorités françaises du 7 février 2006 n’ayant pas été jugée convaincante par la Commission, cette dernière a, le 15 décembre 2006, adressé à la République française un avis motivé, invitant cet État membre à prendre les mesures nécessaires pour s’y conformer dans un délai de deux mois à compter de sa réception. Les autorités françaises ont répondu audit avis motivé par une lettre du 28 février 2007.

11

Le 2 juin 2008, la Commission a introduit le présent recours.

12

Il convient de constater que, si la loi no 2006-1772, du 30 décembre 2006, sur l’eau et les milieux aquatiques (JORF du 31 décembre 2006, p. 20285), a modifié les dispositions nationales en cause, les modifications introduites, ainsi que le souligne la Commission, sans être contredite par la République française, ne changent pas substantiellement lesdites dispositions et n’ont pas d’incidence sur les griefs que la Commission a exposés dans la lettre de mise en demeure et dans l’avis motivé.

13

Il s’ensuit que les griefs tirés de la non-conformité de l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, troisième et quatrième phrases, du code de l’environnement sont recevables.

14

La Commission soutient que l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, troisième phrase, du code de l’environnement, en disposant que les activités humaines ne sont interdites dans les sites Natura 2000 que si elles ont des effets significatifs sur le maintien ou le rétablissement dans un état de conservation favorable des habitats naturels et des espèces, applique le critère tiré de l’«effet significatif» de manière non différenciée aussi bien à la détérioration des habitats qu’aux perturbations des espèces, et est, par conséquent, imprécis et moins strict que l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats». En effet, cette dernière disposition exigerait que les États membres prennent les mesures appropriées pour éviter, dans les zones spéciales de conservation, d’une part, la détérioration des habitats naturels et des habitats d’espèces et, d’autre part, les perturbations d’espèces pour autant qu’elles ont un effet significatif eu égard aux objectifs de cette directive. En d’autres termes, les perturbations d’espèces qui sont le plus souvent limitées dans le temps pourraient être tolérées jusqu’à un certain niveau, à la différence de la détérioration des habitats, qui peut être définie comme une dégradation physique touchant ces habitats et qui serait systématiquement interdite puisque la mise en danger d’un habitat serait plus grave que la perturbation d’une espèce.

15

Même si la Commission reconnaît que l’article L. 414-1, paragraphe V, premier alinéa, du code de l’environnement établit, conformément à l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats», une distinction entre la nécessité d’éviter la détérioration des habitats et celle d’éviter les perturbations touchant les espèces, le critère tiré de l’«effet significatif» n’étant prévu que pour ces dernières, elle reproche toutefois à la législation française en cause de ne pas faire cette distinction lorsqu’elle régit de façon particulière, à l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, du code de l’environnement, les activités humaines, lesquelles ne peuvent être interdites par les autorités compétentes dès lors qu’elles n’ont pas d’effets significatifs.

16

La République française fait valoir que, en vertu de l’article L. 414-1, paragraphe V, premier alinéa, du code de l’environnement, il convient dans tous les cas d’éviter la détérioration des habitats, conformément aux exigences posées à l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats». Cependant, l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, de ce code permettrait de ne pas opposer une interdiction pure et simple à des activités humaines qui n’ont pas d’effets significatifs sur la conservation des habitats. De telles activités pourraient, en vertu de l’article L. 414-1, paragraphe V, premier alinéa, dudit code, faire l’objet de mesures propres à éviter la détérioration des habitats aussi bien que les perturbations touchant les espèces.

17

Selon la République française, en conciliant l’exigence de conservation des habitats et des espèces avec le maintien d’activités humaines qui respectent cette exigence, l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, du code de l’environnement serait conforme aux objectifs poursuivis par la directive «habitats» et à l’article 2, paragraphe 3, de cette dernière, qui dispose que les mesures prises tiennent compte des exigences économiques, sociales et culturelles ainsi que des particularités régionales et locales. La position de la Commission, en revanche, ne serait pas compatible avec les exigences de ladite directive.

18

L’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats» établit une obligation générale de prendre des mesures de protection appropriées, consistant à éviter que se produisent des détériorations d’habitats ainsi que des perturbations d’espèces susceptibles d’avoir des effets significatifs, eu égard aux objectifs de cette directive.

19

Il y a lieu de relever à cet égard que l’article L. 414-1, paragraphe V, premier alinéa, du code de l’environnement prévoit que les sites Natura 2000 font l’objet de mesures de prévention appropriées pour éviter la détérioration des habitats naturels et les perturbations de nature à affecter de façon significative les populations des espèces de faune et de flore sauvages ayant justifié la délimitation des sites.

20

S’agissant des activités humaines, l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, du code de l’environnement précise que de telles mesures ne conduisent pas à interdire les activités humaines dès lors qu’elles n’ont pas d’effets significatifs sur le maintien ou le rétablissement dans un état de conservation favorable des habitats naturels et des espèces.

21

À cet égard, il y a lieu de constater que le troisième alinéa du paragraphe V de l’article L. 414-1 du code de l’environnement doit être lu en combinaison avec le premier alinéa dudit paragraphe V et à la lumière de celui-ci.

22

Afin de pouvoir déterminer si le grief soulevé par la Commission est fondé, il importe de rappeler que, selon une jurisprudence constante, il incombe à la Commission d’établir l’existence du manquement allégué. C’est en effet cette dernière qui doit apporter à la Cour tous les éléments nécessaires à la vérification, par celle-ci, de l’existence du manquement sans pouvoir se fonder sur une présomption quelconque (voir, notamment, arrêt du 11 décembre 2008, Commission/Grèce, C-293/07, point 32 et jurisprudence citée).

23

Or, en l’espèce, la Commission s’est limitée, en substance, à alléguer que, pour assurer une transposition conforme de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats», l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, du code de l’environnement doit interdire toutes les détériorations, même si elles n’ont pas d’effets significatifs. En isolant de la sorte cette disposition et en ne tenant pas suffisamment compte du contexte normatif immédiat dans lequel celle-ci s’inscrit, la Commission a, notamment, omis de démontrer que les mesures appropriées adoptées au titre de l’article L. 414-1, paragraphe V, premier alinéa, dudit code ne permettent pas effectivement d’éviter la détérioration des habitats, au sens de l’article 6, paragraphe 2, de ladite directive.

24

Dans ces conditions, il n’a pas été établi que l’article L. 414-1, paragraphe V, du code de l’environnement, envisagé dans son ensemble, ne constitue pas une transposition conforme de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats», sous l’angle visé par le premier grief.

25

Par conséquent, ce premier grief doit être rejeté.

26

La Commission soutient que l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, quatrième phrase, du code de l’environnement, qui prévoit que la pêche, les activités aquacoles, la chasse et les autres activités cynégétiques pratiquées dans les conditions et sur les territoires autorisés par les lois et règlements en vigueur ne constituent pas des activités perturbantes ou ayant de tels effets, n’assure pas une transposition claire, précise et complète de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats». En effet, la conformité à une réglementation, sans que soit donnée l’assurance que celle-ci tient compte des exigences propres à un site particulier, ne pourrait a priori conduire à l’affirmation générale que ces activités n’ont pas d’effet perturbant.

27

La Commission considère, en particulier, que le document d’objectifs, auquel le pouvoir réglementaire s’en remet, n’est pas de nature à prendre en compte les exigences propres à un site donné, dans la mesure où ledit document, établi sur une base contractuelle, n’a pas pour vocation de réglementer des activités telles que la chasse ou la pêche et n’a aucun caractère contraignant, puisqu’il n’est assorti d’aucune sanction.

28

La République française soutient qu’elle a correctement transposé l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats» en posant comme principe que, dans la mesure où des activités aquacoles et cynégétiques sont pratiquées conformément aux lois et règlements en vigueur, elles ne sont pas perturbantes, et que, par conséquent, elles sont présumées compatibles avec les objectifs de conservation poursuivis dans le cadre du réseau écologique européen Natura 2000.

29

Tout en reconnaissant que le document d’objectifs ne comporte pas de mesures réglementaires directement applicables, la République française souligne que les mesures réglementaires nécessaires, propres au site concerné, sont approuvées ultérieurement par décision des autorités compétentes, en complément de la réglementation générale existante. Elle indique, en outre, que la réglementation générale des activités piscicoles et cynégétiques peut porter sur des territoires circonscrits et délimités selon des critères écologiques et donner lieu à la fixation de quotas de prélèvement.

30

Il y a lieu de rappeler, en premier lieu, que, selon la jurisprudence de la Cour, le paragraphe 2 de l’article 6 de la directive «habitats» et le paragraphe 3 de cet article visent à assurer le même niveau de protection (voir, en ce sens, arrêts du 7 septembre 2004, Waddenvereniging et Vogelbeschermingsvereniging, C-127/02, Rec. p. I-7405, point 36, ainsi que du 13 décembre 2007, Commission/Irlande, C-418/04, Rec. p. I-10947, point 263).

31

Il convient, en second lieu, de relever que, s’agissant de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats», la Cour a déjà jugé que la possibilité de dispenser de façon générale certaines activités, conformément à la réglementation en vigueur, de la nécessité d’une évaluation des incidences sur le site concerné n’est pas conforme à cette disposition. En effet, une telle dispense n’est pas de nature à garantir que ces activités ne portent pas atteinte à l’intégrité du site protégé (voir, en ce sens, arrêt du 10 janvier 2006, Commission/Allemagne, C-98/03, Rec. p. I-53, points 43 et 44).

32

Par conséquent, compte tenu du niveau de protection similaire visé par le paragraphe 2 de l’article 6 de la directive «habitats» et par le paragraphe 3 de cet article, l’article L. 414-1, paragraphe V, troisième alinéa, quatrième phrase, du code de l’environnement, en déclarant de façon générale que certaines activités, telles que la chasse ou la pêche, ne sont pas perturbantes, ne saurait être considéré comme conforme à l’article 6, paragraphe 2, de cette directive que s’il est garanti que lesdites activités n’engendrent aucune perturbation susceptible d’affecter de manière significative les objectifs de ladite directive.

33

La République française affirme à cet égard qu’un document d’objectifs est élaboré pour chaque site et qu’il sert de fondement à l’adoption de mesures ciblées visant à tenir compte des exigences écologiques propres au site concerné. Elle ajoute que l’exercice des activités en cause conformément à la réglementation générale applicable à ces dernières permettrait de tenir compte des territoires circonscrits et délimités selon des critères écologiques ou de fixer des quotas de prélèvement.

34

Il convient, par conséquent, d’examiner si de telles mesures ou règles permettent effectivement de garantir que les activités concernées n’engendrent aucune perturbation susceptible d’avoir des effets significatifs.

35

S’agissant du document d’objectifs, la République française indique que celui-ci ne comporte pas de mesures réglementaires directement applicables et qu’il s’agit d’un outil de diagnostic qui permet, sur la base des connaissances scientifiques disponibles, de proposer aux autorités compétentes les mesures qui permettent d’atteindre les objectifs de conservation visés par la directive «habitats». Elle ajoute que, actuellement, seule la moitié des sites concernés est dotée de ce document d’objectifs.

36

Il s’ensuit que le document d’objectifs ne saurait garantir systématiquement et en tout état de cause que les activités concernées ne créent pas de perturbations susceptibles d’affecter de manière significative lesdits objectifs de conservation.

37

Une telle conclusion s’impose a fortiori s’agissant des mesures ciblées visant à tenir compte des exigences écologiques propres à un site donné, dès lors que l’adoption de celles-ci est fondée sur le document d’objectifs.

38

En ce qui concerne les règles générales applicables aux activités concernées, il convient de constater que, si de telles règles peuvent certes diminuer le risque de perturbations significatives, elles ne peuvent toutefois exclure totalement ce risque que si elles prévoient impérativement le respect de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats». Or, la République française ne prétend pas que tel serait le cas en l’espèce.

39

Il résulte de ce qui précède que, en prévoyant de manière générale que la pêche, les activités aquacoles, la chasse et les autres activités cynégétiques pratiquées dans les conditions et sur les territoires autorisés par les lois et règlements en vigueur ne constituent pas des activités perturbantes ou ayant de tels effets, la République française a manqué aux obligations qui lui incombent en vertu de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats».

40

La Commission reproche à l’article L. 414-4, paragraphe 1, deuxième alinéa, du code de l’environnement de ne pas constituer une transposition correcte de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats» en ce qu’il dispenserait systématiquement les travaux, ouvrages ou aménagements prévus par les contrats Natura 2000 de la procédure d’évaluation des incidences sur le site visée audit article 6, paragraphe 3.

41

Selon le droit français, les contrats Natura 2000 seraient conclus «pour l’application du document d’objectifs», lequel contiendrait notamment un ou plusieurs cahiers des charges types applicables aux contrats Natura 2000, précisant les bonnes pratiques à respecter dans la réalisation des mesures contractuelles, l’objectif poursuivi et les espèces et habitats intéressés. Si ces contrats doivent être conformes au document d’objectifs, rien n’indique, selon la Commission, que ceux-ci comportent exclusivement des mesures directement liées ou nécessaires à la gestion du site.

42

La République française admet que les travaux, ouvrages et aménagements prévus par les contrats Natura 2000 sont dispensés de la procédure d’évaluation des incidences et elle considère que l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats» n’impose pas de soumettre lesdits travaux, ouvrages ou aménagements à cette procédure d’évaluation puisqu’ils ne portent pas, selon elle, atteinte de manière significative au site.

43

En effet, les contrats Natura 2000 seraient conclus, conformément à l’article L. 414-3 du code de l’environnement, pour l’application de documents d’objectifs et il serait exclu qu’ils puissent contrevenir aux objectifs de conservation des habitats et des espèces ou contenir des actions qui ne seraient pas nécessaires au bon état de conservation du site.

44

Il y a lieu de rappeler que, selon l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats», tout plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site mais susceptible d’affecter ce site de manière significative doit faire l’objet d’une évaluation appropriée de ses incidences sur le site eu égard aux objectifs de conservation de ce site.

45

À cet égard, il n’est pas contesté que les travaux, ouvrages ou aménagements prévus par les contrats Natura 2000 peuvent être qualifiés de plans ou projets, au sens dudit article 6, paragraphe 3.

46

Il convient donc d’examiner si les travaux, ouvrages ou aménagements prévus par les contrats Natura 2000 sont directement liés ou nécessaires à la gestion du site de sorte que leur autorisation n’est pas soumise à l’obligation d’effectuer l’évaluation des incidences visée à l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats».

47

Il ressort de l’article L. 414-3, paragraphe I, du code de l’environnement que le contrat Natura 2000 est conclu «pour l’application du document d’objectifs» et qu’il comporte «un ensemble d’engagements conformes aux orientations et aux mesures définies par le document d’objectifs, portant sur la conservation et, le cas échéant, le rétablissement des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la création du site Natura 2000».

48

En vertu de l’article L. 414-2, paragraphe I, premier alinéa, dudit code, le document d’objectifs définit notamment les orientations de gestion ainsi que les mesures de conservation ou de rétablissement.

49

Selon la République française, l’exemption systématique des travaux, ouvrages ou aménagements prévus par les contrats Natura 2000 de l’obligation de procéder à l’évaluation des incidences sur le site, prévue à l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats», est justifiée par l’idée selon laquelle, dans la mesure où ces contrats ont pour objet la réalisation des objectifs de maintien et de rétablissement fixés pour le site, ceux-ci sont directement liés ou nécessaires à la gestion dudit site.

50

Une telle approche supposerait donc que les mesures prévues par les contrats Natura 2000, qui visent à réaliser les objectifs de conservation et de rétablissement, soient aussi, en toutes circonstances, des mesures directement liées ou nécessaires à la gestion du site.

51

Toutefois, il ne saurait être exclu que des travaux, ouvrages ou aménagements, prévus par ces contrats, tout en ayant pour objectif la conservation ou le rétablissement d’un site, ne soient pas pour autant directement liés ou nécessaires à la gestion de celui-ci.

52

À cet égard, la République française reconnaît d’ailleurs, dans le cadre du grief tiré de l’application non différenciée du critère tiré de l’«effet significatif», que des mesures de conservation d’habitats peuvent s’avérer favorables à certains habitats concernés mais entraîner une détérioration d’autres types d’habitats. Elle cite, à titre d’exemple, la saliculture, pour les besoins de laquelle la création de bassins appelés «œillets», aux fins d’une activité industrielle de production de sel, entraîne la détérioration de l’habitat que constituent les lagunes, même si, par ailleurs, cette activité peut avoir des effets bénéfiques pour régénérer le milieu, grâce au maintien de certains types de marais.

53

Il s’ensuit que la détermination des objectifs de conservation et de rétablissement dans le cadre de Natura 2000 peut exiger, ainsi que l’a relevé à juste titre Mme l’avocat général au point 71 de ses conclusions, la résolution de conflits entre divers objectifs.

54

Afin que la réalisation des objectifs de conservation visés par la directive «habitats» soit pleinement assurée, il est donc nécessaire que, conformément à l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats», chaque plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site susceptible d’affecter celui-ci de manière significative fasse l’objet d’une évaluation individuelle de ses incidences sur le site concerné eu égard aux objectifs de conservation de celui-ci.

55

Il s’ensuit que la seule conformité des contrats Natura 2000 aux objectifs de conservation du site ne saurait être considérée comme suffisante, au regard de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats», pour que les travaux, ouvrages et aménagements prévus par lesdits contrats soient systématiquement dispensés de l’évaluation des incidences sur le site.

56

Par conséquent, en exemptant systématiquement de la procédure d’évaluation des incidences sur le site les travaux, ouvrages et aménagements prévus par les contrats Natura 2000, la République française a manqué aux obligations qui lui incombent en vertu de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats».

57

La Commission soutient que l’article L. 414-4, paragraphe I, premier alinéa, du code de l’environnement n’est pas conforme à l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats» en ce qu’il soumet à la procédure d’évaluation des incidences sur le site, prévue par cette dernière disposition, les seules opérations faisant l’objet d’une autorisation ou d’une approbation administrative. Les programmes ou projets soumis à un régime déclaratif en seraient exclus. Or, ces derniers auraient des effets significatifs sur le site eu égard aux objectifs de conservation, critère déterminant pour l’application de l’article 6, paragraphe 3, de ladite directive.

58

La République française ne conteste pas le bien-fondé de ce grief et se limite à invoquer les modifications législatives qu’elle a entreprises afin de se conformer à la réglementation communautaire, lesquelles ont été introduites par la loi no 2008-757, du 1er août 2008, relative à la responsabilité environnementale et à diverses dispositions d’adaptation au droit communautaire dans le domaine de l’environnement (JORF du 2 août 2008, p. 12361).

59

Il convient de rappeler que, selon une jurisprudence constante, l’existence du manquement doit être appréciée en fonction de la situation de l’État membre telle qu’elle se présentait au terme du délai fixé dans l’avis motivé et que les changements intervenus par la suite ne sauraient être pris en compte par la Cour (voir arrêt du 25 juillet 2008, Commission/Italie, C-504/06, point 24 et jurisprudence citée).

60

En l’espèce, la République française ne conteste pas que la disposition nationale en cause ne constituait pas une transposition correcte de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats» à l’expiration, le 15 février 2007, du délai imparti dans l’avis motivé, soit antérieurement à l’adoption de la loi no 2008-757.

61

Dans ces conditions, sans qu’il soit besoin d’examiner la conformité de la loi no 2008-757 à la directive «habitats», il suffit de constater que cette loi a été adoptée après l’expiration du délai imparti dans l’avis motivé.

62

Par conséquent, en exemptant systématiquement de la procédure d’évaluation des incidences sur le site les programmes et projets de travaux, d’ouvrage ou d’aménagement soumis à un régime déclaratif, la République française a manqué aux obligations qui lui incombent en vertu de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats».

63

La Commission reproche à l’article R. 414-21, paragraphe III, point 1, du code de l’environnement de ne pas imposer au pétitionnaire, dans le cadre de l’évaluation appropriée des incidences sur le site prévue à l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats», une description des différentes solutions alternatives qui peuvent être envisagées pour la réalisation du plan ou du projet. En effet, cette évaluation imposerait, d’une part, qu’il soit procédé à une description des diverses solutions alternatives examinées et à l’analyse de leur impact sur le site et, d’autre part, que les autorités publiques étudient celles-ci, et ce même en l’absence d’atteinte à l’intégrité du site, avant de pouvoir se prononcer sur le fondement dudit article 6, paragraphe 3.

64

La Commission considère que la seule obligation imposée au pétitionnaire d’indiquer les raisons pour lesquelles il n’existe pas d’autre solution satisfaisante ne suffit pas à garantir l’examen de solutions alternatives dans le cadre de l’évaluation des incidences sur le site. La réglementation française ne serait, dès lors, pas conforme à l’obligation de vérifier l’absence de solutions alternatives, résultant de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats».

65

La République française fait valoir que la disposition contestée constitue une transposition correcte de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats». En outre, la réglementation française conduirait en réalité les pétitionnaires à étudier, décrire et cartographier les solutions alternatives et à expliquer les avantages et les inconvénients de chaque solution, eu égard aux objectifs de conservation du site.

66

La République française précise que, en tout état de cause, en vue de lever toute ambiguïté à cet égard, les décrets d’application de la loi no 2008-757 prévoient expressément l’obligation pour le pétitionnaire de décrire les solutions alternatives.

67

Par le présent grief, la Commission soutient que l’évaluation appropriée, qui doit être effectuée au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats», doit également comporter un examen des solutions alternatives.

68

Il convient de constater, à cet égard, que ce grief procède d’une lecture erronée de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats» tant en ce qui concerne la notion d’évaluation appropriée que de l’étape procédurale dans le cadre de laquelle l’examen des solutions alternatives doit être effectué.

69

En effet, d’une part, selon une jurisprudence constante, l’évaluation appropriée des incidences sur le site devant être effectuée en vertu dudit article 6, paragraphe 3, implique que doivent être identifiés, compte tenu des meilleures connaissances scientifiques en la matière, tous les aspects du plan ou du projet pouvant, par eux-mêmes ou en combinaison avec d’autres plans ou projets, affecter les objectifs de conservation du site concerné (arrêts Waddenvereniging et Vogelbeschermingsvereniging, précité, point 54, ainsi que Commission/Irlande, précité, point 243). Une telle évaluation ne comporte donc pas d’examen des alternatives à un plan ou un projet.

70

D’autre part, il y a lieu de relever que l’obligation d’examiner les solutions alternatives à un plan ou un projet relève non pas de l’application du paragraphe 3 de l’article 6 de la directive «habitats», mais du paragraphe 4 de cet article (voir, en ce sens, arrêt du 14 avril 2005, Commission/Pays-Bas, C-441/03, Rec. p. I-3043, points 27 et suivants).

71

En effet, conformément à l’article 6, paragraphe 4, de la directive «habitats», l’examen visé à cet article 6, paragraphe 4, qui porte, notamment, sur l’absence de solutions alternatives, ne peut être effectué que si les conclusions résultant de l’évaluation des incidences effectuée en vertu de l’article 6, paragraphe 3, de cette directive sont négatives et dans l’hypothèse où le plan ou le projet doit néanmoins être réalisé pour des raisons impératives d’intérêt public majeur (voir, en ce sens, arrêt Commission/Pays-Bas, précité, points 26 et 27).

72

Ainsi, au terme de l’évaluation des incidences effectuée au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats» et en cas de résultat négatif de cette évaluation, les autorités compétentes ont le choix soit de refuser l’autorisation pour la réalisation du plan ou projet concerné, soit d’accorder celle-ci au titre de l’article 6, paragraphe 4, de cette directive, pour autant que sont remplies les conditions prévues à cette disposition (voir arrêt du 26 octobre 2006, Commission/Portugal, C-239/04, Rec. p. I-10183, point 25, ainsi que, en ce sens, arrêt Waddenvereniging et Vogelbeschermingsvereniging, précité, points 57 et 60).

73

Dans ces conditions, l’examen des solutions alternatives, exigence énoncée à l’article 6, paragraphe 4, de la directive «habitats», ne saurait constituer un élément que les autorités nationales compétentes sont tenues de prendre en compte lorsqu’elles effectuent l’évaluation appropriée prévue à l’article 6, paragraphe 3, de cette directive (voir, en ce sens, arrêt Commission/Pays-Bas, précité, point 28).

74

Il s’ensuit que la Commission n’est pas fondée à invoquer la non-conformité de l’article R. 414-21, paragraphe III, point 1, du code de l’environnement à l’article 6, paragraphe 3, de la directive «habitats» à cet égard.

75

Par conséquent, le présent grief ne saurait être retenu.

76

Eu égard à l’ensemble des considérations qui précèdent, il y a lieu de constater que:

la République française a manqué aux obligations qui lui incombent en vertu, respectivement, de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «habitats» et de l’article 6, paragraphe 3, de cette directive.

77

Aux termes de l’article 69, paragraphe 2, du règlement de procédure, toute partie qui succombe est condamnée aux dépens, s’il est conclu en ce sens. En vertu de l’article 69, paragraphe 3, du même règlement, la Cour peut répartir les dépens ou décider que chaque partie supporte ses propres dépens, notamment si les parties succombent respectivement sur un ou plusieurs chefs.

78

En l’espèce, il convient de tenir compte du fait que certains griefs de la Commission n’ont pas été accueillis.

79

Il y a lieu, par conséquent, de condamner la République française à supporter les deux tiers des dépens et la Commission à supporter le tiers de ceux-ci.

Par ces motifs, la Cour (deuxième chambre) déclare et arrête:

Signatures