Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure :

L’association commission de protection des eaux de Franche-Comté a demandé au tribunal administratif de Besançon d’annuler la décision du 8 février 2023 par laquelle le préfet du Jura a refusé de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, dans le cadre d’un projet d’implantation d’un parc photovoltaïque à Mantry.

Par un jugement n° 2300628 du 25 juillet 2025, le tribunal administratif de Besançon a annulé la décision du 8 février 2023 du préfet du Jura et lui a enjoint de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer dans un délai d’un mois une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

Procédure devant la cour :

I. Par une requête et un mémoire, enregistrés le 3 septembre 2025 et le 15 décembre 2025, sous le n° 25NC02280, la société TotalEnergies Renouvelables France, représentée par l’AARPI Jeantet, demande à la cour :

1°) d’annuler le jugement du tribunal administratif de Besançon du 25 juillet 2025 ;

2°) de rejeter la demande de l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté devant le tribunal ;

3°) de mettre à la charge de l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté le versement d’une somme de 2 000 euros sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- le jugement est insuffisamment motivé ;

- le jugement fait état d’espèces qui n’ont pas été toutes identifiées sur le site et est entaché d’une erreur d’appréciation ;

- le dépôt d’une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement n’est pas nécessaire dès lors que, eu égard aux caractéristiques du site d’implantation et des mesures prévues, le risque de destruction des espèces protégées et de leurs habitats n’est pas suffisamment caractérisé.

Par un mémoire en défense enregistré le 21 novembre 2025, l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté, représentée par la SELARL Julie Dufour, conclut au rejet de la requête et à ce que soit mis à la charge de la société TotalEnergies Renouvelables France le versement d’une somme de 2 500 euros sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que les moyens de la société requérante ne sont pas fondés.

La requête a été communiquée à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature qui n’a pas présenté de mémoire en défense.

Les parties ont été informées, en application des dispositions de l’article R. 611-7 du code de justice administrative, de ce que l’arrêt était susceptible d’être fondé sur un moyen relevé d’office, tiré de ce que le jugement du tribunal administratif de Besançon du 25 juillet 2025 est irrégulier en ce qu’il a été rendu après l’expiration du délai de dix mois qui était imparti à la juridiction pour se prononcer sur la requête n° 2300628 en vertu du III de l’article R. 311-6 du code de justice administrative.

Des observations, enregistrées les 30 mars 2026 et 31 mars 2026, en réponse au moyen d’ordre public, présentées par la société TotalEnergies Renouvelables France et l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté, ont été communiquées.

II. Par une requête et des mémoires enregistrés le 3 septembre 2025, le 14 octobre 2025 et le 6 novembre 2025, sous le n° 25NC02281, la société TotalEnergies Renouvelables France, représentée par l’AARPI Jeantet, demande à la cour, sur le fondement des articles R. 811-15 et R. 811-17 du code de justice administrative, de prononcer le sursis à exécution du jugement du tribunal administratif de Besançon du 25 juillet 2025 et de mettre à la charge de l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté le versement d’une somme de 2 000 euros sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- au titre des dispositions de l’article R. 811-15 du code de justice administrative, il existe des moyens sérieux de nature à justifier l’annulation du jugement et soulève les mêmes moyens que ceux invoqués dans sa requête n° 25NC02280 ;

- au titre des dispositions de l’article R. 811-17 du code de justice administrative, l’exécution du jugement engendre des conséquences difficilement réparables dès lors que la centrale a été mis en service en juillet 2025 et que, par ailleurs, ses moyens sont sérieux.

Par des mémoires en défense, enregistrés le 29 septembre 2025 et le 27 octobre 2025, l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté, représentée par la SELARL Julie Dufour, conclut au rejet de la requête et à ce que soit mis à la charge de la société TotalEnergies Renouvelables France le versement d’une somme de 2 500 euros sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- les moyens ne paraissent pas sérieux ;

- le jugement n’est pas irrégulier pour insuffisance de motivation.

La requête a été communiquée à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature qui n’a pas présenté de mémoire en défense.

Vu les autres pièces des dossiers.

Vu :

- le code de l’environnement ;

- l’arrêté du 19 février 2007 fixant les conditions de demande et d’instruction des dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement portant sur des espèces de faune et de flore sauvages protégées ;

- l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

- l’arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

- l’arrêté du 8 janvier 2021 fixant la liste des amphibiens et des reptiles représentés sur le territoire métropolitain protégés sur l’ensemble du territoire national et les modalités de leur protection ;

- le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

- le rapport de M. Michel,

- les conclusions de M. Denizot, rapporteur public,

- et les observations M^e Boudrot, avocate de la société TotalEnergies Renouvelables France.

Considérant ce qui suit :

1. Il résulte de l’instruction que la société TotalEnergies Renouvelables France a sollicité la délivrance d’un permis de construire pour la réalisation sur un délaissé de l’autoroute A39 d’un parc solaire composé de 7920 modules photovoltaïques d’une puissance de 4,934 MW, situé sur le territoire de la commune de Mantry. Après l’octroi du permis de construire par arrêté du 1er août 2022, non contesté, la commission de protection des eaux de Franche-Comté, par courrier du 29 novembre 2022, a demandé au préfet du Jura de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction d’espèces protégées et de leurs habitats au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. Par une décision du 8 février 2023, le préfet du Jura a expressément refusé cette demande. Par un jugement du 25 juillet 2025, le tribunal administratif de Besançon a annulé cette décision du 8 février 2023 et a enjoint au préfet du Jura de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés dans un délai d’un mois. Par deux requêtes qu’il y a lieu de joindre, la société TotalEnergies Renouvelables France relève appel de ce jugement et en demande le sursis à exécution.

Sur la régularité du jugement attaqué :

2. En premier lieu, contrairement à ce que soutient la société TotalEnergies Renouvelables France, le tribunal administratif de Besançon a suffisamment motivé son jugement pour retenir le moyen tiré de la nécessité de déposer une demande de dérogation espèces protégées soulevé par l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté.

3. En second lieu, les erreurs de fait et d’appréciation invoquées par la société requérante ne relèvent pas la régularité du jugement mais de son bien-fondé.

Sur le moyen d’annulation retenu par le tribunal :

4. Le I de l’article L. 411-1 du code de l’environnement comporte un ensemble d’interdictions visant à assurer la conservation d’espèces animales ou végétales protégées et de leurs habitats. Sont ainsi interdits en vertu du 1° du I de cet article : « La destruction ou l’enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d’animaux de ces espèces ou, qu’ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ». Sont interdits en vertu du 3° du I du même article : « La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces ». Toutefois, les dispositions du 4° du l’article L. 411-2 du même code permettent de déroger à ces interdictions dans les strictes conditions qu’elles précisent, parmi lesquelles figure dans tous les cas celle que « la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle ».

5. Il résulte de ces dispositions que la destruction ou la perturbation des espèces animales auxquelles elles renvoient, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites. Toutefois, l’autorité administrative peut déroger à ces interdictions dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives tenant d’une part, à l’absence de solution alternative satisfaisante, d’autre part, à la condition de ne pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et, enfin, à la justification de la dérogation par l’un des cinq motifs limitativement énumérés et parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d’intérêt public majeur.

6. Le système de protection des espèces résultant des dispositions précitées qui concerne les espèces de mammifères terrestres, d’oiseaux, d’amphibiens et de reptiles figurant sur les listes fixées par les arrêtés du 23 avril 2007, du 29 octobre 2009 et du 8 janvier 2021, impose d’examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l’applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l’état de conservation des espèces protégées présentes.

7. Le pétitionnaire doit obtenir une dérogation « espèces protégées » si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. A ce titre, les mesures d’évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire doivent être prises en compte. Dans l’hypothèse où les mesures d’évitement et de réduction proposées présentent, sous le contrôle de l’administration, des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé, il n’est pas nécessaire de solliciter une dérogation « espèces protégées ».

8. Il résulte de l’évaluation environnementale du 8 juin 2021, réalisée par le bureau d’études Siteleco, que soixante-et-une espèces d’oiseaux ont été recensées sur le site d’implantation du projet dont dix-huit présentant selon cette étude un intérêt patrimonial modéré, notamment l’alouette lulu, le pipit des arbres, la pie-grièche écorcheur, le serin cini, la pic épeichette et le pic noir, et un d’intérêt patrimonial fort, le milan royal. S’agissant des chiroptères, cette étude a recensé quinze espèces sur le site dont huit présentant un intérêt patrimonial très fort à modéré : le minioptère de Schreibers, le grand murin, le murin à oreilles échancrées, le grand rhinolophe, la barbastelle d’Europe, le molosse de Cestoni, la noctule commune et la pipistrelle de Nathusius. S’agissant des amphibiens et des reptiles, l’étude a notamment identifié sur le site la grenouille de Lessona et le lézard des murailles présentant un intérêt patrimonial modéré.

9. Selon l’étude d’impact, après la mise en place de certaines mesures d’évitement et de réduction, les impacts résiduels du projet sont évalués de « positif » à « faible » et en conclut à l’absence d’impact résiduel significatif.

10. Il résulte de l’instruction que le projet évite la zone à enjeu fort correspondant à un corridor fonctionnel pour les chiroptères et la biodiversité, prévoit le maintien d’un effet lisière ainsi que la mise en défens de la ripisylve du ruisseau du Prélot. Toutefois, s’agissant en particulier de l’avifaune, il résulte de l’étude environnementale que les habitats d’espèces protégées ainsi que des individus de ces espèces présentant un intérêt patrimonial, notamment l’alouette lulu, du bruant jaune et la pie-grièche écorcheur, seront détruits en phase chantier par les travaux de défrichement et de débroussaillage de la parcelle d’une surface de 4,58 hectares comprenant des zones identifiées à enjeu modéré. Par ailleurs, les autres mesures proposées par le projet pour éviter et réduire les impacts liés à la destruction de ces habitats et des individus correspondant à la période d’exécution des travaux, à l’effarouchement en période de nidification ou de mise à bas, au suivi écologique du chantier et d’un report possible sur d’autres zones, insuffisamment étayées par les pièces versées à l’instance, n’apparaissent pas, en particulier, de nature à éviter entièrement le risque de destruction des habitats des espèces d’oiseaux protégées. Ainsi, les mesures d’évitement et de réduction du projet de la société pétitionnaire ne présentent pas des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque pour les espèces protégées au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé. Dans ces conditions, la société TotalEnergies Renouvelables France n’est pas fondée à soutenir que c’est à tort que les premiers juges ont accueilli le moyen tiré de l’absence de dérogation prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement pour prononcer l’annulation de la décision du 8 février 2023 par laquelle le préfet du Jura a refusé de mettre en demeure la société pétitionnaire de déposer une demande de dérogation.

Sur la demande de sursis à exécution :

11. Le présent arrêt statue sur les conclusions tendant à l’annulation du jugement n° 2300628 du tribunal administratif de Besançon du 25 juillet 2025. Il n’y a, par suite, plus lieu de statuer sur les conclusions de la société TotalEnergies Renouvelables France tendant à ce qu’il soit sursis à l’exécution de ce jugement.

Sur l’injonction :

12. Par l’article 2 de son jugement du 25 juillet 2025, le tribunal administratif de Besançon a enjoint au préfet du Jura de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer dans un délai d’un mois une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. Il résulte toutefois de l’instruction qu’à la date du présent arrêt, les travaux de construction du parc photovoltaïque pour lequel la société TotalEnergies Renouvelables France est bénéficiaire d’un permis de construire ont été réalisés. Par suite, il y a lieu seulement d’enjoindre au préfet du Jura de procéder au réexamen de la situation de la société TotalEnergies Renouvelables France au regard des atteintes portées à la conservation des espèces et habitats protégés et de prescrire, le cas échéant, les mesures qui seraient nécessaires à la conservation des espèces et de leurs habitats et de réformer en ce sens l’article 2 du jugement du 25 juillet 2025 du tribunal administratif de Besançon.

Sur les frais liés à l’instance :

13. Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mis à la charge de l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté, qui n’est pas, dans la présente instance, la partie perdante, le versement de la somme que la société TotalEnergies Renouvelables France demande au titre des frais exposés et non compris dans les dépens. Il y a lieu en revanche de mettre à la charge de la société TotalEnergies Renouvelables France le versement à l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté d’une somme de 2 000 euros sur le fondement des mêmes dispositions.

D E C I D E :

Article 1er : La requête n° 25NC02280 de la société TotalEnergies Renouvelables France est rejetée.

Article 2 : Il n’y a plus lieu de statuer sur les conclusions de la requête n° 25NC02281 de la société TotalEnergies Renouvelables France tendant au sursis à exécution du jugement du 25 juillet 2025.

Article 3 : Il est enjoint au préfet du Jura de procéder au réexamen de la situation de la société TotalEnergies Renouvelables France et de prescrire, le cas échéant, les mesures qui seraient nécessaires à la conservation des espèces et de leurs habitats.

Article 4 : L’article 2 du jugement n° 2300628 du 25 juillet 2025 du tribunal administratif de Besançon est réformé en ce qu’il a de contraire au présent arrêt.

Article 5 : La société TotalEnergies Renouvelables France versera à l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté une somme de 2 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 6 : Le présent arrêt sera notifié à la société TotalEnergies Renouvelables France, à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature et à l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté.

Copie en sera adressée au préfet du Jura.

Délibéré après l’audience du 2 avril 2026, à laquelle siégeaient :

M. Wallerich, président,

M^me Guidi, présidente-assesseure,

M. Michel, premier conseiller.

Rendu public par mise à disposition au greffe, le 7 mai 2026.

Le rapporteur,

Signé : A. Michel

Le président,

Signé : M. Wallerich

La greffière,

Signé : I. Legrand

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition conforme,

La greffière,

I. Legrand