Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure :

L’association France Nature Environnement Pays-de-la-Loire, l’association Bretagne Vivante- SEPNB, l’association Ligue pour la protection des oiseaux-délégation Loire-Atlantique, l’association Eau et Rivières de Bretagne et l’association Le collectif sans pesticides ont demandé au tribunal administratif de Nantes d’annuler l’arrêté du 9 septembre 2019 par lequel le préfet de la Loire-Atlantique a délivré à la SCEA de Saint-Yves une autorisation d’exploiter une installation classée d’élevage de porcs d’une capacité de 6 811 animaux équivalents.

Par un jugement n° 2000281 du 14 février 2023, le tribunal administratif de Nantes a annulé l’arrêté du 9 septembre 2019 du préfet de la Loire-Atlantique, lui a enjoint de mettre en œuvre les pouvoirs qu’il tient de l’article L. 171-7 du code de l’environnement dans le délai d’un mois à compter de la notification du jugement et a mis à la charge de l’Etat le versement de la somme globale de 1 000 euros aux associations France Nature Environnement Pays-de-Loire, Bretagne Vivante-SEPNB, Ligue pour la protection des oiseaux-délégation Loire-Atlantique, Eau et Rivières de Bretagne et Le collectif sans pesticides, au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Procédure devant la cour :

Par une requête et un mémoire, enregistrés les 5 avril 2023 et 8 février 2024, la société de Saint-Yves, représentée par M^e Barbier, demande à la cour :

1°) d’annuler ce jugement du tribunal administratif de Nantes ;

2°) de rejeter la demande présentée par les associations France Nature Environnement Pays-de-la-Loire, Bretagne Vivante-SEPNB, Ligue pour la protection des oiseaux-délégation Loire-Atlantique, Eau et Rivières de Bretagne et Le collectif sans pesticides devant le tribunal administratif de Nantes ;

3°) de mettre à la charge solidairement, ou des unes à défaut des autres, des associations France Nature Environnement Pays-de-la-Loire, Bretagne Vivante-SEPNB, Ligue pour la protection des oiseaux-délégation Loire-Atlantique, Eau et Rivières de Bretagne et Le collectif sans pesticides la somme de 8 000 euros, au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- le jugement attaqué est insuffisamment motivé dans sa réponse au moyen d’annulation accueilli, tiré du caractère insuffisant de l’étude d’impact quant aux incidences du projet sur la qualité des eaux, en ce qu’il ne s’est fondé que sur l’argumentation des associations requérantes sans tenir compte des éléments dont elle a fait état ni présenter les raisons pour lesquelles ils n’étaient pas pertinents ;

- l’étude d’impact, qui est proportionnée à la sensibilité de la zone, n’est pas insuffisante dans l’analyse des incidences du projet sur la qualité de l’eau s’agissant du paramètre « nitrates » ;

- les associations ne peuvent critiquer l’absence d’analyse des incidences notables sur la qualité de l’eau des « pesticides » utilisés dans les cultures destinées à l’alimentation animale, dès lors qu’aucune disposition du droit national ou européen ne soumet les activités culturales pratiquées en vue de la fabrication d’aliments pour l’élevage à une évaluation environnementale ; les activités culturales destinées à l’alimentation animale, distinctes de l’activité d’élevage autorisée par la décision contestée, n’avaient pas à faire l’objet d’une évaluation environnementale ; en tout état de cause, l’extension de l’élevage n’entraînera pas la mise en culture de nouvelles parcelles ; elle s’est en outre engagée dans une démarche d’utilisation raisonnée des produits phytosanitaires ;

- l’étude d’impact a suffisamment présenté et estimé les émissions d’ammoniac de l’élevage avant la mise en œuvre du projet d’extension ainsi que les effets des émissions d’ammoniac après projet ;

- l’étude d’impact n’avait pas à analyser la compatibilité du projet autorisé avec les objectifs du SAGE Vilaine, dont ceux visant à la diminution des flux et de la concentration moyenne d’azote dans les eaux à l’échelle du bassin versant de la Vilaine, dès lors que la décision contestée ne constitue pas une décision prise dans le domaine de l’eau ; en tout état de cause, le projet ne contrarie pas, compte tenu des mesures prévues de réduction et de maîtrise des risques de surfertilisation des sols et de fuite d’azote vers les milieux aquatiques, les objectifs du SAGE ;

- l’étude d’impact, qui a conclu à l’absence d’incidences significatives de l’augmentation du trafic routier généré par le projet, ne présente aucune insuffisance quant aux incidences du projet en termes de transport routier ;

- l’absence de présentation, à l’enquête publique, du plan de circulation des camions assurant les transports des différents flux générés par le projet n’a pas vicié la procédure, dès lors que ce plan de circulation vise à répondre à des préoccupations exprimées lors de l’enquête publique ; en tout état de cause, si ce vice devait être retenu par la cour, il pourrait donner lieu à une régularisation sur le fondement de l’article L. 181-18 du code de l’environnement ;

- l’absence d’avis rendu par l’autorité environnementale ne rend pas la consultation irrégulière, dès lors qu’elle a été saisie du projet contesté, que l’article R. 122-7 du code de l’environnement prévoit qu’elle est réputée ne pas avoir d’observation à émettre en cas de silence gardé par cette autorité à l’issue du délai qui lui est imparti pour se prononcer, et que l’instruction de la demande a été faite par des agents placés sous l’autorité fonctionnelle du président de la mission régionale de l’autorité environnementale ;

- le projet autorisé ne porte pas atteinte à la qualité de l’eau sur le paramètre « nitrates » ; les analyses d’eau effectuées dans l’emprise du site ou à proximité révèlent des concentrations en nitrates modérées, voire faibles ; ses pratiques, tant sur le site d’élevage que dans les zones d’épandage, préviennent le risque de contamination des eaux par les nitrates ; elle ne peut se voir imputer la situation dégradée observée sur ce paramètre à l’échelle du bassin versant ; le plan d’épandage prévu est conforme aux prescriptions de l’arrêté ministériel du 27 décembre 2013 sur la prévention des risques de pollution des eaux par les nitrates et permet de prévenir les risques de surfertilisation des sols et de fuite d’azote vers les milieux aquatiques ;

- le projet n’est pas de nature contrarier les objectifs du SDAGE Loire Bretagne ni du SAGE Vilaine relatifs à la diminution des flux et de la concentration moyenne d’azote dans les eaux ; en tout état de cause, l’article R. 212-6 du code de l’environnement n’est pas applicable au projet qui relève de la seule police des installations classées pour la protection de l’environnement ;

- le projet ne portera pas atteinte à la qualité des eaux du fait des traitements phytopharmaceutiques pratiqués dans les surfaces cultivées destinées à l’alimentation animale ; le projet n’entraînera pas la mise en culture de nouvelles surfaces en vue de l’alimentation animale ; en tout état de cause, la décision contestée n’a pas pour objet ni pour effet d’autoriser la mise en culture de nouvelles surfaces faisant l’objet de ces traitements ; l’usage de ces traitements est réglementé par les articles L. 253-1 et suivants du code rural et de la pêche ;

- le moyen tiré de ce que le projet nécessite l’octroi d’une dérogation sur le fondement des articles L. 212-1 et R. 212-16 du code de l’environnement est inopérant en ce qu’il se rapporte à une législation distincte de celle applicable au projet ; en tout état de cause, le projet, qui n’impactera qu’une faible partie du périmètre du SDAGE Loire Bretagne, de celui du SAGE de la Vilaine et du bassin versant du Don, n’est pas de nature à empêcher la réalisation des objectifs de qualité et de quantité des eaux fixés par ces documents.

Par des mémoires en défense, enregistrés les 23 juin 2023 et 5 mars 2024, les associations France Nature Environnement Pays-de-Loire, Bretagne Vivante-SEPNB, Ligue pour la protection des oiseaux- délégation Loire-Atlantique, Eau et Rivières de Bretagne et Le collectif sans pesticides, représentées par M^e Dubreuil, concluent au rejet de la requête et à ce que la somme globale de 3 000 euros soit mise à la charge de la société requérante au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elles soutiennent que les moyens soulevés par la société de Saint-Yves ne sont pas fondés.

Le ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires a présenté des observations, enregistrées le 12 avril 2024, au soutien de la requête de la société de Saint-Yves.

Par une lettre du 13 juin 2023, la cour a demandé, sur le fondement de l’article R. 751-3 du code de justice administrative, que soit désigné un mandataire unique aux défendeurs, par l’intermédiaire de leur conseil, M^e Dubreuil. En l’absence de désignation d’un tel mandataire, la notification sera faite au premier dénommé, conformément aux dispositions de cet article.

Par courrier du 22 octobre 2025, les parties ont été informées de ce que la cour était susceptible, en application de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, de surseoir à statuer pour permettre la régularisation du vice tenant au caractère insuffisant de l’étude d’impact dans ses volets relatifs à l’analyse des incidences du projet sur la qualité des eaux du bassin versant du Don, à la compatibilité du projet avec le SAGE Vilaine et aux transports induits par le projet.

Par une lettre, enregistrée le 23 octobre 2025, la société de Saint-Yves a présenté des observations en réponse au courrier de la cour.

Par une lettre, enregistrée le 24 octobre 2025, les associations France Nature Environnement Pays-de-Loire, Bretagne Vivante-SEPNB, Ligue pour la protection des oiseaux-délégation Loire-Atlantique, Eau et Rivières de Bretagne et Le collectif sans pesticides ont présenté des observations en réponse au courrier de la cour, par lesquelles elles indiquent que, par un arrêté du 20 mai 2025, le préfet de la Loire-Atlantique a délivré à la société de Saint-Yves une nouvelle autorisation d’exploiter de sorte que le litige se trouve désormais privé d’objet.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

- le code de l’environnement ;

- le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

- le rapport de M^me Montes-Derouet,

- les conclusions de M. Le Brun, rapporteur public,

- et les observations de M^e Boisset, substituant M^e Barbier pour la SCEA de Saint-Yves, et de M^e Dubreuil, pour les associations France Nature Environnement Pays-de-Loire, Bretagne Vivante-SEPNB, Ligue pour la protection des oiseaux-délégation Loire-Atlantique, Eau et Rivières de Bretagne et Le collectif sans pesticides.

Considérant ce qui suit :

1. La société civile d’exploitation agricole (SCEA) de Saint-Yves exploite à Guémené-Penfao un élevage porcin de 4 486 animaux-équivalents. Elle a déposé, le 21 décembre 2017, un dossier de demande d’autorisation de porter la capacité de cette exploitation à 6 811 animaux-équivalents et à 4 902 le nombre d’emplacements de porcs de production. Par un arrêté du 9 septembre 2019, le préfet de la Loire-Atlantique a, au titre des polices spéciales des installations classées pour la protection de l’environnement ainsi que de l’eau et des milieux aquatiques, délivré l’autorisation sollicitée. Par un jugement du 14 février 2023, le tribunal administratif de Nantes a annulé, à la demande de l’association France Nature Environnement Pays-de-la-Loire et autres, l’arrêté du 9 septembre 2019 du préfet de la Loire-Atlantique, a enjoint à ce dernier de mettre en œuvre les pouvoirs qu’il tient de l’article L. 171-7 du code de l’environnement dans le délai d’un mois à compter de la notification du jugement et a mis à la charge de l’Etat la somme globale de 1 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. La société de Saint-Yves relève appel de ce jugement.

2. Il appartient au juge de plein contentieux des installations classées pour la protection de l’environnement de se prononcer sur l’étendue des droits et obligations accordés aux exploitants ou mis à leur charge par l’autorité compétente au regard des circonstances de fait et de droit existant à la date à laquelle il statue. Si, lorsque l’autorité administrative prend, pour l’exécution d’une décision juridictionnelle d’annulation, une nouvelle décision d’autorisation d’exploiter ayant un caractère provisoire, le recours dirigé contre cette décision juridictionnelle conserve son objet, il en va autrement en cas d’intervention d’une nouvelle autorisation définissant entièrement les conditions d’exploitation de l’installation et dépourvue de caractère provisoire, se substituant à l’autorisation initialement contestée. L’intervention de cette nouvelle autorisation, qu’elle ait ou non acquis un caractère définitif, prive d’objet la contestation de la première autorisation, sur laquelle il n’y a, dès lors, plus lieu de statuer.

3. Il résulte de l’instruction que, postérieurement au jugement du 14 février 2023 par lequel le tribunal administratif de Nantes a annulé l’arrêté du 9 septembre 2019, le préfet de la Loire-Atlantique a, par un arrêté du 20 mai 2025, délivré à la société de Saint-Yves une nouvelle autorisation d’exploitation d’un élevage de porcs. Cette nouvelle autorisation, dépourvue de caractère provisoire, fait suite à une nouvelle demande présentée par la société de Saint-Yves, le 1er mars 2024, complétée le 6 septembre 2024, pour un nouveau projet d’exploitation sur le même site. Cet arrêté, qui définit entièrement de nouvelles conditions d’exploitation de l’élevage de la société de Saint-Yves se substitue à l’autorisation initialement contestée. L’intervention de cette nouvelle autorisation, alors même qu’elle n’aurait pas acquis un caractère définitif, prive ainsi d’objet le litige relatif à la contestation de l’autorisation délivrée par l’arrêté du 9 septembre 2019 du préfet de la Loire-Atlantique. Il n’y a, par suite, plus lieu pour la cour de statuer sur l’appel formé par la société de Saint-Yves.

Sur les frais liés au litige :

4. Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mise à la charge de l’association France Nature Environnement Pays-de-la-Loire et autres, qui ne sont pas la partie perdante dans la présente instance, la somme que la société de Saint-Yves demande au titre des frais exposés et non compris dans les dépens. Il y a lieu, en revanche, de faire application de ces dispositions et de mettre à la charge de la société de Saint-Yves une somme globale de 1 500 euros au titre des frais exposés par l’association France Nature Environnement Pays-de-la-Loire et autres et non compris dans les dépens.

DÉCIDE :

Article 1er : Il n’y a plus lieu de statuer sur les conclusions de la requête de la société de Saint-Yves dirigées contre le jugement du 14 février 2023 par lequel le tribunal administratif de Nantes a annulé l’arrêté du 9 septembre 2019 du préfet de la Loire-Atlantique.

Article 2 : Les conclusions présentées par la société de Saint-Yves au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées.

Article 3 : La société de Saint-Yves versera à l’association France Nature Environnement Pays-de-la-Loire et autres une somme globale de 1 500 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 4 : Le présent arrêt sera notifié à la SCEA de Saint-Yves, à l’association France Nature Environnement Pays de la Loire, premier défendeur dénommé et au ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature.

Délibéré après l’audience du 4 novembre 2025, à laquelle siégeaient :

- M^me Buffet, présidente de chambre,

- M^me Montes-Derouet, présidente-assesseure,

- M^me Rosemberg, première conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 21 novembre 2025.

La rapporteure,

MONTES-DEROUET

La présidente,

C. BUFFET

La greffière,

M. A…

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature en ce qui la concerne, et à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.