Vu la procédure suivante :

Par une requête, enregistrée le 1er décembre 2025, l’exploitation à responsabilité limitée (EARL) B…, M. A… et M^me F… B…, la confédération paysanne et la coordination rurale, représentés par M^e Laborie, demandent au juge des référés :

1°) d’ordonner, sur le fondement des dispositions de l’article L. 521-2 du code de justice administrative, la suspension de l’exécution de l’arrêté du 28 novembre 2025 par lequel le préfet du Doubs a déclaré infectée de la dermatose nodulaire contagieuse bovine l’unité épidémiologique de 82 bovins située dans les bâtiments sis Chemin des Bormottes sur la commune de Pouilley-Français appartenant à l’EARL B…, dont l’abattage total desdits bovins ;

2°) de mettre à la charge de l’Etat une somme de 2 500 euros au titre de l’article L.761-1 du code de justice administrative.

Les requérants soutiennent que :

- ils ont intérêt à agir dès lors que le troupeau concerné par l’arrêté appartient à l’EARL B… dont M. et M^me B… sont membres et qu’en outre cet arrêté porte atteinte à l’intérêt collectif des agriculteurs que représentent les syndicats de la confédération paysanne et l’union de la confédération rurale ;

- il y a urgence à suspendre l’arrêté contesté dès lors qu’il prévoit un abattage du troupeau dès que possible et que la préfecture a programmé cet abattage le 2 décembre au matin ; en outre l’abattage va compromette la pérennité de l’exploitation et de la race concernée ;

- l’arrêté porte atteinte au droit de propriété de l’EARL ;

- l’atteinte est manifestement grave et illégale dès lors que :

- l’arrêté est insuffisamment motivé ;

- aucune procédure contradictoire n’a été respectée ;

- la mesure de police est disproportionnée en ce qu’elle prévoit l’abattage de tous les animaux même ceux qui ne sont pas contaminés alors qu’un seul bovin est malade et que tous ont été vaccinés, le délai d’incubation du virus d’une durée d’un mois arrivant à expiration ; l’article 11 de l’arrêté du 16 juillet 2025 fixant les mesures de surveillance, de prévention et de lutte relatives à la lutte contre la dermatose nodulaire contagieuse sur le territoire métropolitain, modifié fixe le rayon minimal de la zone de protection à 20 km autour de l’établissement reconnu infectés ; des mesures alternatives sont possibles et légalement admises, notamment par le règlement européen n° 2016/429 ; aucun risque réel n’existe à ce jour ni pour le troupeau ni pour les troupeaux alentours, l’ensemble des animaux étant d’ores et déjà vaccinés et confinés, et la première exploitation contaminée se trouve à plus de 30 km ; la période chaude et estivale, propice à la prolifération des vecteurs de contagion, est révolue ;

- le préfet du Doubs a fait preuve d’incompétence négative en se contentant de répercuter les termes de l’arrêté ministériel du 16 juillet 2025, sans examen des cas concrets.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

- le règlement (UE) 2016/249 du Parlement et du Conseil du 9 mars 2016 ;

- le règlement d’exécution (UE) 2018/1882 de la Commission du 3 décembre 2018 ;

- le règlement (UE) 2020/687 de la Commission du 17 décembre 2019 ;

- le code des relations entre le public et l’administration ;

- le code rural et de la pêche maritime ;

- l’arrêté du 16 juillet 2025 fixant les mesures de surveillance, de prévention et de lutte relatives à la lutte contre la dermatose nodulaire contagieuse sur le territoire métropolitain ;

- le code de justice administrative.

La présidente du tribunal administratif a désigné M. D… en application de l’article L. 511-2 du code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Au cours de l’audience publique qui s’est tenue le 2 décembre 2025 en présence de M^me Chiappinelli, greffière, M. D… a lu son rapport et entendu les observations de :

- M^e Bouchoudjian qui substitue M^e Laborie, représentant l’EARL B…, M. et M^me B…, la confédération paysanne et la coordination rurale,

- M. G…, pour la confédération paysanne,

- M^me E… et M. C…, représentant le préfet du Doubs.

La clôture de l’instruction a été prononcée à l’issue de l’audience.

Une note en délibéré, enregistrée le 2 décembre 2025 à 13h15, présentée par le préfet du Doubs n’a pas été communiquée.

Considérant ce qui suit :

1. Aux termes de l’article L. 521-2 du code de justice administrative : « Saisi d’une demande en ce sens justifiée par l’urgence, le juge des référés peut ordonner toutes mesures nécessaires à la sauvegarde d’une liberté fondamentale à laquelle une personne morale de droit public ou un organisme de droit privé chargé de la gestion d’un service public aurait porté, dans l’exercice d’un de ses pouvoirs, une atteinte grave et manifestement illégale. Le juge des référés se prononce dans un délai de quarante-huit heures ».

2. Il résulte de l’instruction que, le 28 novembre 2025, un rapport d’analyse a confirmé l’infection par la dermatose nodulaire contagieuse d’un bovin appartenant à l’EARL B…. Le même jour, le préfet du Doubs a pris un arrêté portant déclaration d’infection par cette maladie des 82 bovins situés dans les bâtiments sis Chemin des Bormottes sur la commune de Pouilley Français, dont l’article 2, 4°, a) prévoit que tous les bovins de cette unité épidémiologique doivent être mis à mort dès que possible. Il ressort des débats lors de l’audience publique que cette mise à mort concerne tous les animaux du cheptel de l’EARL. L’EARL B…, M. et M^me B…, la confédération paysanne et la coordination rurale-union nationale demandent la suspension de l’exécution de cette mesure.

Sur le cadre juridique applicable :

3. Si une mesure de police administrative doit en principe être nécessaire, adaptée et proportionnée, les mesures de police sanitaire que l’autorité préfectorale peut prendre en cas d’infection d’un animal par la dermatose nodulaire contagieuse s’inscrivent dans un cadre juridique spécifique.

4. Aux termes de l’article 5 du règlement (UE) 2016/249 du Parlement et du Conseil du 9 mars 2016 relatif aux maladies animales transmissibles et modifiant et abrogeant certains actes dans le domaine de la santé animale : « 1. Les dispositions particulières en matière de prévention et de lutte contre les maladies, prévues par le présent règlement, s’appliquent : / b) les maladies répertoriées figurant dans la liste de l’annexe II. ». L’annexe II à ce règlement, intitulée « liste des maladies », vise la dermatose nodulaire contagieuse.

5. L’article 1er du règlement d’exécution (UE) 2018/1882 de la Commission du 3 décembre 2018 sur l’application de certaines dispositions en matière de prévention et de lutte contre les maladies à des catégories de maladies répertoriées et établissant une liste des espèces et des groupes d’espèces qui présentent un risque considérable du point de vue de la propagation de ces maladies répertoriées, dispose que : « Aux fins du présent règlement, on entend par : / 1. « maladie de catégorie A » : une maladie répertoriée qui ne sont habituellement pas présentes dans l’Union et à l’égard desquelles des mesures d’éradication immédiates doivent être prises aussitôt qu’elles sont détectées, telle que visée à l’article 9, paragraphe 1, point a), du règlement (UE) 2016/429 (…) ». Il résulte de ces dispositions que la dermatose nodulaire contagieuse est classée comme « maladie de catégorie A ».

6. Par ailleurs, en vertu de l’article 9, paragraphe 1, du règlement (UE) 2016/249 du 9 mars 2016 : « 1. Les dispositions en matière de prévention et de lutte s’appliquent aux maladies répertoriées comme indiqué ci-après : / a) en ce qui concerne les maladies répertoriées qui ne sont habituellement pas présentes dans l’Union et à l’égard desquelles des mesures d’éradication immédiates doivent être prises aussitôt qu’elles sont détectées, les dispositions suivantes s’appliquent, le cas échéant : / (…) / ii) les mesures de lutte contre les maladies prévues dans la partie III, titre II, chapitre 1 (articles 53 à 71) (…) ». Selon l’article 61 de ce règlement : « 1. En cas de foyer d’une maladie répertoriée visée à l’article 9, paragraphe 1, point a), chez des animaux détenus dans un établissement, une entreprise du secteur alimentaire ou du secteur de l’alimentation animale, un établissement de sous-produits animaux ou tout autre site visé à l’article 60, point a), l’autorité compétente prend immédiatement une ou plusieurs des mesures de lutte suivantes, sous réserve des exigences nationales liées à l’accès aux résidences privées, afin d’empêcher la poursuite de la propagation de cette maladie répertoriée : / (…) / b) la mise à mort et l’élimination ou l’abattage des animaux susceptibles d’être contaminés ou de contribuer à la propagation de la maladie répertoriée (…) ».

7. En outre, le règlement (UE) 2020/687 de la Commission du 17 décembre 2019 complétant le règlement (UE) 2016/429 du Parlement européen et du Conseil en ce qui concerne les règles relatives à la prévention de certaines maladies répertoriées et à la lutte contre celles-ci, prévoit dans son article 12, paragraphe 1, que : « À la suite de la confirmation officielle de l’apparition d’un foyer d’une maladie de catégorie A dans un établissement conformément à l’article 11, l’autorité compétente ordonne, en plus des mesures prévues à l’article 7, l’application immédiate des mesures de lutte contre la maladie suivantes sous la supervision de vétérinaires officiels : / a) tous les animaux des espèces répertoriées détenus dans l’établissement touché sont mis à mort dès que possible sur place, dans l’établissement, d’une manière qui permette d’empêcher tout risque de propagation de l’agent pathogène de la maladie de catégorie A concernée pendant et après la mise à mort (…) ». Le paragraphe 4 du même article dispose que : « Par dérogation au paragraphe 1, point a), l’autorité compétente peut, après réalisation d’une évaluation des risques et compte tenu de la possibilité d’appliquer d’autres mesures d’atténuation des risques, décider : / (…) / b) de reporter la mise à mort d’animaux détenus des espèces répertoriées, à la condition que ces animaux soient soumis à une vaccination d’urgence telle que prévue à l’article 69 du règlement (UE) 2016/429 ».

8. Enfin, aux termes de l’article L. 221-1 du code rural et de la pêche maritime : « Pour l’application des dispositions du présent titre, les maladies animales réglementées comprennent : / 1° Les maladies répertoriées mentionnées au paragraphe 1 de l’article 5 du règlement (UE) 2016/429 du 9 mars 2016 relatif aux maladies animales transmissibles et modifiant et abrogeant certains actes dans le domaine de la santé animale (…) ». Aux termes de l’article L. 223-8 du même code : « Après la constatation d’une maladie mentionnée à l’article L. 221-1, le préfet statue sur les mesures à mettre en exécution dans le cas particulier. / Il prend, s’il est nécessaire, un arrêté portant déclaration d’infection remplaçant éventuellement un arrêté de mise sous surveillance. / Cette déclaration peut entraîner, dans le périmètre qu’elle détermine, sans préjudice des mesures que requiert l’application du règlement (UE) 2016/429 du Parlement européen et du Conseil du 9 mars 2016 relatif aux maladies animales transmissibles et des actes délégués et d’exécution qu’il prévoit, l’application des mesures suivantes : / (…) / 8° L’abattage des animaux malades ou contaminés ou des animaux ayant été exposés à la contagion, ainsi que des animaux suspects d’être infectés ou en lien avec des animaux infectés dans les conditions prévues par l’article L. 223-6 ; / (…) / Le ministre chargé de l’agriculture détermine par arrêté celles de ces mesures qui sont applicables aux maladies mentionnées à l’article L. 221-1 ». L’arrêté de la ministre de l’agriculture du 16 juillet 2025 fixant les mesures de surveillance, de prévention et de lutte relatives à la lutte contre la dermatose nodulaire contagieuse sur le territoire métropolitain prescrit, dans son article 8, que : « Lorsqu’un établissement est reconnu infecté par la DNC, le préfet prend immédiatement un arrêté portant déclaration d’infection (APDI). L’APDI comporte les mesures prescrites par l’article 12 du règlement (UE) 2020/687 susvisé ; / 3° L’APDI peut être levé au plus tôt 28 jours après l’abattage des animaux et la fin des opérations préliminaires de nettoyage et désinfection ».

9. Il résulte des dispositions précitées de l’article L. 223-8 du code rural et de la pêche maritime que si, dans le cas où un animal est reconnu infecté par une des maladies visées à l’article L. 222-1 du même code, lequel renvoie à l’article 5, paragraphe 1 du règlement (UE) 2016/429 du 9 mars 2016, il appartient en principe au préfet de prendre les mesures adaptées au cas particulier, l’article 8 de l’arrêté de la ministre de l’agriculture du 16 juillet 2025 concernant la lutte contre la dermatose nodulaire contagieuse, lui fait obligation d’ordonner les mesures prescrites par l’article 12 du règlement (UE) 2020/687 du 17 décembre 2019, lequel du reste est d’application directe dans l’ordonnancement juridique interne. Les dispositions du paragraphe 1 de cet article 12 prévoient la mise à mort, dès que possible et sur place, de tous les animaux détenus dans l’établissement touché, autrement dit non seulement des animaux infectés mais aussi des animaux exposés.

Sur les conclusions aux fins de suspension et d’injonction :

10. Les requérants font valoir que l’abattage systématique de l’ensemble de l’unité épidémiologique constituerait une mesure disproportionnée dès lors qu’il n’y a qu’un seul animal qui ait été déclaré malade, que tous les autres ont été vaccinés, que le délai d’incubation du virus d’une durée d’un mois arrive à expiration que les 82 animaux sont confinés, que la première exploitation contaminée se trouve à plus de 30 km et que la période chaude et estivale, propice à la prolifération des vecteurs de contagion, est révolue.

11. Comme il a été dit, le cadre juridique en vigueur prévoit en principe la mise à mort de l’ensemble des animaux infectés et de ceux ayant été exposés. Les requérants se prévalent du paragraphe 4 de l’article 12 du règlement (UE) 2020/687 et soutiennent que des mesures alternatives moins radicales pouvaient être mise en œuvre. Cependant, à supposer que les termes de l’arrêté ministériel du 16 juillet 2025 autorisent l’autorité préfectorale à faire application de ces dispositions dérogatoires, celles-ci ne permettent de reporter la mise à mort immédiate que s’il est possible de prendre d’autres mesures permettant de garantir l’absence de risque de propagation de la maladie.

12. A l’audience, les représentants du préfet ont expliqué que le virus est propagé par des mouches qui après avoir piqué un animal malade viennent piquer dans les vingt-quatre heures un autre animal ou par le contact de plaie à plaie entre animaux. Ils ont également précisé que si les 82 animaux ont été vaccinés le 22 octobre 2025, le délai d’efficacité du vaccin contre la maladie est de 21 à 28 jours de sorte que l’animal contaminé a nécessairement été piqué soit avant la vaccination soit avant que le vaccin ne soit pleinement efficace. De ce fait, les 82 bêtes étant confinées toutes ensemble dans le même hangar depuis le 22 octobre, il est plus que probable que plusieurs d’entre elles soient aussi contaminées étant entendu que certains animaux peuvent être infectés sans développer de symptômes, tout en restant eux-mêmes contaminants. Aucune donnée scientifique n’est versée à l’instance permettant d’écarter ces explications. Enfin, il a été confirmé à l’audience que d’autres exploitations bovines sont situées à proximité de l’EARL B… les exposant ainsi à un risque de contamination quand bien même les températures sont désormais peu élevées. Compte tenu de ces éléments et de ce que la présence d’une bête contaminée démontre que la vaccination de l’ensemble du cheptel a été réalisée trop tardivement pour le prémunir de la dermatose nodulaire, la possibilité d’appliquer d’autres mesures d’atténuation des risques au sens du paragraphe 4 de l’article 12 du règlement (UE) 2020/687 ne pouvait être sérieusement envisagée. Dans ces circonstances, il ne résulte pas de l’instruction que, compte tenu des risques ainsi décrits, dont l’existence n’a pas été sérieusement mise en doute par les requérants, le préfet du Doubs ait pris une décision manifestement illégale en s’abstenant, après avoir procédé à une évaluation circonstanciée, d’édicter des mesures dérogatoires à la règle imposant l’abattage de l’ensemble de l’unité épidémiologique.

13. Les circonstances que l’arrêté attaqué ne serait pas motivé, qu’il aurait été pris par une autorité incompétente et qu’il serait intervenu en méconnaissance du principe du contradictoire, ne sont pas en tout état de cause de nature à porter une atteinte grave et manifestement illégale à une liberté fondamentale.

14. Il suit de là que les requérants ne sont pas fondés à soutenir que l’arrêté contesté a porté une atteinte grave et manifestement illégale au droit de propriété de l’EARL B…. Leur requête ne peut, dans ces conditions, qu’être rejetée en toutes ses conclusions.

O R D O N N E

Article 1er : La requête présentée par l’EARL B…, M. et M^me B…, la confédération paysanne et la coordination rurale est rejetée.

Article 2 : La présente ordonnance sera notifiée à l’exploitation à responsabilité limitée (EARL) B…, M. A… et M^me F… B…, la confédération paysanne, la coordination rurale, et à la ministre de l’agriculture, de l’agro-alimentaire et de la souveraineté alimentaire.

Copie en sera délivrée au préfet du Doubs.

Fait à Besançon, le 2 décembre 2025.

Le juge des référés,

A. D…

La République mande et ordonne à la ministre de l’agriculture, de l’agro-alimentaire et de la souveraineté alimentaire, en ce qui le concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun, contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition conforme,

La greffière