Vu la procédure suivante :

Par une requête et des mémoires enregistrés les 9 mai 2023 et 25 février 2025, ainsi que des mémoires enregistrés les 9 août 2024 et 28 juin 2025 non communiqués, l’association commission de protection des eaux, du patrimoine, de l’environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté (CPEPESC) demande au tribunal, dans le dernier état de ses écritures :

1°) d’annuler la décision implicite par laquelle le préfet de la Haute-Saône a refusé d’ordonner au GAEC des Prottes la remise en état des parcelles cadastrées ZA 14-15 et ZD 29, ZD 27 et 31, situées sur les communes de Malvilliers et de Lavigney, ayant fait l’objet en 2017 de travaux de retournement de prairies préjudiciables à la survie du cuivré des marais, sur le fondement de l’article L. 171-7 II du code de l’environnement ;

2°) à titre principal, de prescrire d’office en application du second alinéa de l’article L. 911-2 du code de justice administrative et des pouvoirs donnés au juge du plein contentieux, au GAEC des Prottes et sous 2 mois, la remise des lieux dans un état ne portant pas préjudice aux intérêts protégés au Titre 1er du Livre IV du code de l’environnement, telle que normalement attendue conformément aux dispositions de l’article L. 171-7-II du code de l’environnement, par le retour des parcelles cultivées en nature de prairie permanente (habitat d’espèce protégée détruit par les travaux litigieux)

3°) à titre subsidiaire, d’enjoindre au préfet de la Haute-Saône d’ordonner la remise en état des lieux par le retour des parcelles cultivées en nature de prairie permanente dans un délai n’excédant pas un mois à compter de la notification du jugement et d’assortir cette injonction d’une astreinte de 150 euros par jour de retard ;

4°) de mettre à la charge de l’Etat la somme de 845 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— le préfet était tenu de mettre en œuvre les dispositions de l’article L. 171-7 II du code de l’environnement dès lors que le GAEC des Prottes n’a pas déposé de demande de dérogation en application de la mise en demeure résultant de l’arrêté du 29 octobre 2020 portant mise en demeure ;

— en s’abstenant d’ordonner la remise en état des lieux, alors qu’elle était en situation de compétence liée, le préfet de la Haute-Saône a commis une erreur de droit ;

— le préfet ne pouvait aller à l’encontre du jugement du tribunal administratif du 6 août 2020 en considérant qu’il n’était désormais plus nécessaire de déposer une demande de dérogation au régime de protection des espèces protégées, ce qui doit être qualifié de détournement de pouvoir.

Par un mémoire en défense enregistré le 25 septembre 2024, le préfet de la Haute-Saône conclut au rejet de la requête.

Il fait valoir que les moyens soulevés par la CPEPESC ne sont pas fondés.

Par un courrier du 16 mai 2025, les parties ont été informées, en application de l’article L. 611-7 du code de justice administrative, que le jugement était susceptible d’être fondé sur un moyen relevé d’office tiré de l’irrecevabilité des conclusions tendant à ce qu’il soit enjoint au GAEC des Prottes de remettre les lieux en état, dès lors qu’il n’entre pas dans l’office du juge administratif d’adresser des injonctions aux personnes privées.

Des observations en réponse, présentées pour la CPEPESC, ont été enregistrées le 30 mai 2025.

Par un mémoire enregistré le 26 juin 2025, l’EARL des Prottes, venant aux droits du GAEC des Prottes, représentée par M^e Suissa, conclut au rejet de la requête et, en outre, à ce que la somme de 1 300 euros soit mise à la charge de la CPEPESC sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle fait valoir que :

— la requête est irrecevable, dès lors qu’elle ne comprend aucun moyen dirigé contre la décision du préfet de la Haute-Saône en date du 9 mai 2023 et aucun moyen d’illégalité ;

— il n’y a plus lieu de statuer sur la requête, dès lors qu’il a remis les parcelles en état ;

— les moyens soulevés par la CPEPESC ne sont pas fondés.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

— le code de l’environnement ;

— le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

— le rapport de M^me Goyer-Tholon, conseillère ;

— les conclusions de M^me Guitard, rapporteure publique ;

— les observations de M. A, pour la CPEPESC et de M^e Bouchoudjian, substituant M^e Suissa, pour l’EARL des Prottes.

Considérant ce qui suit :

1. Le 2 octobre 2017, après avoir constaté que des travaux de retournement de prairie avaient été réalisés sur le territoire des communes de Malvillers et de Lavigney et qu’une déclaration de travaux avait été déposée en octobre 2016 en vue de la réalisation d’un drainage sur certaines parcelles de ces communes, la CPEPESC a adressé au préfet de la Haute-Saône une demande tendant à ce qu’il mette en demeure la personne responsable de ces travaux de déposer un dossier comportant une étude d’impact et présentant les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité. Le 7 février 2018, la CPEPESC a adressé une nouvelle demande au préfet de la Haute-Saône tendant à ce qu’il mette en demeure le GAEC des Prottes de remettre les lieux en état, à défaut de déposer un dossier comportant une étude d’impact et présentant les mesures de compensation, pour ce qui concerne lesdits travaux de retournement de prairie, ainsi que le girobroyage de 200 mètres linéaires de la ripisylve du ruisseau de la Sorlière. Le préfet a implicitement rejeté la demande du 7 février 2018. Par un jugement du 6 août 2020, le tribunal administratif de Besançon a annulé la décision par laquelle le préfet de la Haute-Saône a implicitement rejeté la demande présentée par la CPEPESC le 7 février 2018 en tant qu’elle refuse de mettre en demeure les responsables des travaux de retournement de prairie litigieux de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction de l’habitat de l’espèce protégée du cuivré des marais et lui a enjoint de mettre en demeure, dans un délai d’un mois à compter de la notification du jugement, les responsables des travaux de retournement de prairie litigieux de déposer un dossier de demande de dérogation à la destruction d’habitats de l’espèce protégée du cuivré des marais.

2. Par un arrêté du 29 octobre 2020, le préfet de la Haute-Saône a mis en demeure le GAEC des Prottes de déposer une demande de dérogation au titre de l’interdiction de détruire, altérer ou dégrader des sites de reproduction ou des aires de repos du cuivré des marais au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement dans un délai de trois mois à compter de la notification de l’arrêté. Par un courrier du 29 décembre 2022, le préfet de la Haute-Saône a indiqué au GAEC qu’à la suite de la communication d’un rapport intitulé « caractérisation des prairies, analyse des impacts de leur retournement et propositions de mesures compensatoires » de mai 2022 réalisé par le bureau d’études EMC environnement, « concluant à des impacts faibles voire nuls », il n’était finalement pas nécessaire de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la réglementation des espèces protégées. Par un recours gracieux du 21 février 2023, la CPE a demandé au préfet de la Haute-Saône de faire application de ses pouvoirs de police en matière d’installations classées pour la protection de l’environnement en ordonnant la remise en état des lieux, sur le fondement de l’article L. 171-7 II du code de l’environnement. Le préfet de la Haute-Saône a implicitement refusé cette demande. Par sa requête, la CPEPESC doit être regardée comme contestant ce refus implicite et demande à ce qu’il soit enjoint au préfet de la Haute-Saône d’ordonner une remise en état des lieux.

Sur les fins de non-recevoir soulevées par l’EARL des Prottes :

3. En premier lieu, la requête comprend l’énoncé de plusieurs moyens de légalité dirigés à l’encontre de la décision implicite par laquelle le préfet de la Haute-Saône a refusé d’ordonner au GAEC des Prottes la remise en état des parcelles litigieuses. Par suite, la fin de non-recevoir tirée de l’absence de moyens de légalité et de l’absence de moyens dirigés à l’encontre d’une décision du 9 mai 2023 doit être écartée.

4. En second lieu, l’EARL des Prottes ne justifie par aucune pièce versée au dossier de la remise en état effective du site litigieux. Par suite, l’exception de non-lieu à statuer doit être écartée.

Sur les conclusions en annulation :

5. Aux termes de l’article L. 171-7 du code de l’environnement : «  I () II.-S’il n’a pas été déféré à la mise en demeure à l’expiration du délai imparti, ou si la demande d’autorisation, d’enregistrement, d’agrément, d’homologation ou de certification est rejetée, ou s’il est fait opposition à la déclaration, l’autorité administrative ordonne la fermeture ou la suppression des installations ou ouvrages, la cessation de l’utilisation ou la destruction des objets ou dispositifs, la cessation définitive des travaux, opérations, activités ou aménagements et la remise des lieux dans un état ne portant pas préjudice aux intérêts protégés par le présent code. ». Il résulte de ces dispositions que l’autorité administrative doit ordonner la cessation définitive des travaux, opérations, activités ou aménagements réalisés irrégulièrement et la remise en état des lieux après avoir constaté que l’intéressé n’a pas déféré, dans le délai qui lui était imparti, à la mise en demeure de régulariser sa situation par le dépôt, selon les cas, d’une demande d’autorisation, d’enregistrement, d’agrément, d’homologation ou de certification, nonobstant sa faculté d’ordonner dès le prononcé de cette mise en demeure toute mesure conservatoire utile, notamment aux fins de protéger l’intérêt écologique du site. Il résulte également des dispositions de l’article L. 171-11 du code de l’environnement que les décisions prises en application des articles L. 171-7, L. 171-8 et L. 171-10 de ce code, au titre des contrôles administratifs et mesures de police administrative en matière environnementale, sont soumises à un contentieux de pleine juridiction. Il appartient au juge de ce contentieux de pleine juridiction de se prononcer sur l’étendue des obligations mises à la charge des exploitants par l’autorité compétente au regard des circonstances de fait et de droit existant à la date à laquelle il statue.

6. Par son jugement du 6 août 2020, le tribunal administratif de Besançon a annulé la décision par laquelle le préfet de la Haute-Saône a implicitement rejeté la demande présentée par la CPEPESC le 7 février 2018 en tant qu’elle refuse de mettre en demeure les responsables des travaux de retournement de prairie litigieux de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction de l’habitat de l’espèce protégée du cuivré des marais et lui a enjoint de mettre en demeure les responsables des travaux de retournement de prairie litigieux de déposer un dossier de demande de dérogation à la destruction d’habitats de l’espèce protégée du cuivré des marais, en considérant que l’habitat de cette espèce, au sens de l’article L. 411-1 du code de l’environnement, a été détruit par les travaux de retournement de la parcelle et qu’une demande de dérogation devait, dans ces conditions, être préalablement présentée en application du quatrième alinéa de l’article L. 411-2 de ce code. En application de ce jugement, le préfet de la Haute-Saône a adressé la mise en demeure en question au GAEC des Prottes par un arrêté du 29 octobre 2020. Il est constant que le GAEC n’a pas déféré à cette mise en demeure. Le préfet de la Haute-Saône a finalement considéré que cette dérogation n’était plus nécessaire, se fondant sur une étude intitulée « caractérisation des prairies, analyse des impacts de leur retournement et propositions de mesures compensatoires » de mai 2022 réalisée par le bureau d’études EMC environnement, tel que cela résulte d’un courrier du 29 décembre 2022 qu’il a adressé au GAEC. Toutefois, l’étude sur laquelle le préfet s’est fondé, réalisée plus de cinq ans après le retournement de prairies litigieux, se borne à faire état de questionnements, mettant en doute la présence, avant le retournement de prairie, des papillons, de prairies humides et d’espèces végétales fleuries abondantes, de manière laconique et non étayée d’éléments concrets, pour en conclure de manière non circonstanciée que les incidences du retournement des prairies sont « faibles, voire nulles sur le cuivré des marais ». Dès lors, en l’état de l’instruction, cette étude ni aucun autre élément versé au dossier n’est de nature à remettre en question la circonstance que l’habitat du cuivré des marais a été détruit par le retournement de prairies réalisé par le GAEC des Prottes.

7. Il résulte de ce qui précède que le préfet de la Haute-Saône a commis une erreur de droit en considérant sur le fondement de l’étude citée au point précédent que le retournement de prairie litigieux ne relevait plus d’une dérogation à la destruction d’habitats de l’espèce protégée, après avoir mis en demeure le GAEC des Prottes de déposer une demande en ce sens, et en s’abstenant par conséquent d’ordonner la remise en état des lieux en application des dispositions du II de l’article L. 171-7 du code de l’environnement, alors qu’il y était tenu. Par suite, la décision implicite par laquelle le préfet de la Haute-Saône a refusé d’ordonner au GAEC des Prottes la remise en état des parcelles cadastrées ZA 14-15 et ZD 29, ZD 27 et 31, situées sur les communes de Malvilliers et de Lavigney, doit être annulée.

Sur les conclusions à fin d’injonction :

8. Il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce et eu égard au motif d’annulation retenu, d’enjoindre au préfet de la Haute-Saône d’ordonner, dans un délai de deux mois à compter de la notification du présent jugement, sous astreinte de cinquante euros par jour de retard, la remise en état des parcelles cadastrées ZA 14-15 et ZD 29, ZD 27 et 31, situées sur les communes de Malvilliers et de Lavigney, par leur retour en nature de prairie permanente, dans un délai de trois mois.

Sur les frais liés au litige :

9. Il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce, de mettre à la charge de l’Etat le versement à la CPEPESC d’une somme de 845 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. La CPEPESC n’étant pas la partie perdante, il y a lieu de rejeter les conclusions présentées par l’EARL des Prottes sur le même fondement.

D E C I D E :

Article 1 : La décision implicite par laquelle le préfet de la Haute-Saône a refusé d’ordonner au GAEC des Prottes la remise en état des parcelles cadastrées ZA 14-15 et ZD 29, ZD 27 et 31, situées sur les communes de Malvilliers et de Lavigney, est annulée.

Article 2 : Il est enjoint au préfet de la Haute-Saône d’ordonner, dans un délai de deux mois à compter de la notification du présent jugement, sous astreinte de cinquante euros par jour de retard, la remise en état des parcelles cadastrées ZA 14-15 et ZD 29, ZD 27 et 31, situées sur les communes de Malvilliers et de Lavigney, par leur retour en nature de prairie permanente, dans un délai de trois mois.

Article 3 : L’Etat versera à la CPEPESC la somme de 845 euros sur le fondement des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 4 : Les conclusions présentées par l’EARL des Prottes sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées.

Article 5 : Le présent jugement sera notifié à l’association commission de protection des eaux, du patrimoine, de l’environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté, à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et à l’EARL des Prottes.

Copie en sera transmise, pour information, au préfet de la Haute-Saône.

Délibéré après l’audience du 2 juillet 2025, à laquelle siégeaient :

— M^me Michel, présidente ;

— M. Debat, premier conseiller ;

— M^me Goyer-Tholon, conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 25 Juillet 2025.

La rapporteure,

C. Goyer-Tholon

La présidente,

F. MichelLa greffière,

E. Cartier

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche, en ce qui la concerne, ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition conforme,

La greffière