Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure :

Le centre hospitalier universitaire de Lille a demandé au tribunal administratif de Lille de prononcer le remboursement d’un crédit de taxe sur la valeur ajoutée au titre de la période du 1er janvier au 31 décembre 2017 pour un montant de 2 014 138 euros.

Par un jugement n° 1905356 du 11 mars 2022, le tribunal administratif de Lille a rejeté cette demande.

Procédure devant la Cour :

Par un arrêt n° 22DA01007 du 28 mars 2024, la cour administrative d’appel de Douai a ordonné, avant de statuer sur les conclusions de la requête du centre hospitalier universitaire de Lille, une expertise.

Par une ordonnance du 9 avril 2024, la présidente de la cour a désigné M. C… A… pour procéder à cette expertise.

Le rapport de l’expert a été enregistré le 11 novembre 2025.

Par une lettre du 18 novembre 2025, les parties ont été informées de la possibilité qui leur était offerte de produire, dans le délai d’un mois, des observations.

Par un mémoire enregistré le 10 décembre 2025, et par un mémoire, non communiqué, enregistré le 13 janvier 2026, le ministre de l’action et des comptes publics soutient que :

- l’expert n’a pas été en mesure de vérifier que les achats ont été réellement utilisés par la/les unité(s) fonctionnelle(s) à laquelle (auxquelles) ils ont été comptablement affectés ;

- s’agissant du groupe homogène de dépenses afférentes à l’activité libérale, un coefficient de déduction déterminé à partir des recettes et non du nombre d’actes serait plus pertinent ;

- le coefficient d’assujettissement unique proposé à titre subsidiaire par le centre hospitalier universitaire de Lille en application du 1° du 1 du V de l’article 206 de l’annexe II au code général des impôts, calculé à partir des achats, ne peut être retenu en l’état dès lors que la méthode utilisée ne prend pas en compte l’intégralité des dépenses engagées par le centre hospitalier.

Par un mémoire enregistré le 2 janvier 2026, le centre hospitalier universitaire de Lille, représenté par M^e Bensimon, demande à la cour :

1°) d’annuler le jugement visé ci-dessus ;

2°) de prononcer le remboursement du crédit de taxe sur la valeur ajoutée pour un montant, à titre principal, de 2 014 138 euros, assorti d’intérêts moratoires.

Il soutient que :

- la critique de l’administration sur les remarques liminaires de l’expert n’est pas fondée ; au contraire l’expert valide la possibilité d’utiliser la comptabilité analytique ; en outre, en exigeant de vérifier facture par facture l’affectation des dépenses, le service nie la possibilité de calculer le coefficient d’assujettissement à partir de groupes homogènes de dépenses ;

- le critère des actes est pertinent pour l’activité libérale ;

- le coefficient d’assujettissement unique est validé par l’expert, et l’objection de l’administration sur les salaires est inopérant.

Par une ordonnance du 8 janvier 2026, la présidente de la cour a taxé et liquidé les frais et honoraires de l’expertise à la somme de 24 246, 48 euros TTC.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

- le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;

- le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

- le rapport de M^me Corinne Baes-Honoré, présidente-assesseure,

- les conclusions de M. Jean-Philippe Arruebo-Mannier, rapporteur public,

- et les observations de M^e Bensimon, représentant le centre hospitalier universitaire de Lille.

Considérant ce qui suit :

Le centre hospitalier universitaire (CHU) de Lille est un établissement public de santé qui exerce, pour l’essentiel, des activités de soins et d’hospitalisation se situant hors du champ d’application de la taxe sur la valeur ajoutée et, pour partie, des activités, notamment de médecine libérale, de pharmacie, de restauration et de recherche, qui sont imposables à cette taxe, au sein desquelles figurent des opérations taxables et des opérations exonérées.

En sa qualité d’assujetti à la taxe sur la valeur ajoutée, le CHU de Lille bénéficie du droit de déduire la taxe qui lui est facturée pour les opérations imposables. Jusqu’en 2016, l’administration a autorisé l’établissement de santé, sur sa demande, à déterminer son droit à déduction pour l’ensemble de ses dépenses en appliquant une clé de répartition unique, calculée en fonction de la quote-part des recettes taxables par rapport aux recettes totales.

Après avoir décidé de ne plus avoir recours à cette clé de répartition et de déduire la taxe sur la valeur ajoutée selon le principe, de droit commun, de l’affectation des dépenses, en vertu de l’article 271 du code général des impôts et de l’article 206 de l’annexe II à ce code, le CHU de Lille a présenté, le 14 juin 2018, une demande de restitution d’un crédit de taxe sur la valeur ajoutée d’un montant de 2 014 138 euros au titre de l’année 2017. Cette demande préalable ayant été rejetée le 29 avril 2019, le CHU de Lille a saisi le tribunal administratif de Lille de conclusions tendant aux mêmes fins, que ce tribunal a rejetées par un jugement du 11 mars 2022 dont le centre hospitalier universitaire a relevé appel.

Par un arrêt avant dire droit du 28 mars 2024, la cour administrative d’appel de Douai a, avant de statuer sur les conclusions de la requête du centre hospitalier, ordonné une expertise, afin de déterminer, premièrement, si la classification retenue à titre principal par le CHU de Lille en « groupes homogènes de dépenses », permet, au vu de sa comptabilité analytique, d’isoler l’ensemble des dépenses mixtes, deuxièmement, d’évaluer, au vu de la comptabilité analytique du CHU de Lille ou d’un échantillon représentatif de factures, la pertinence des critères retenus par cet établissement pour déterminer, d’une part, le coefficient d’assujettissement prévu au II de l’article 206 de l’annexe II au code général des impôts applicable aux dépenses en lien avec l’activité libérale, la pharmacie et la restauration et, d’autre part, le coefficient d’assujettissement unique prévu au V de ce même article s’agissant des frais généraux de l’établissement, troisièmement, de déterminer si les coefficients ainsi retenus traduisent correctement l’affectation de chacune de ces dépenses mixtes, quatrièmement, d’évaluer au vu de cette comptabilité analytique ou d’un échantillon représentatif de factures, la pertinence de la méthode mise en œuvre à titre subsidiaire par l’établissement et aboutissant à l’établissement d’un coefficient d’assujettissement unique de 0,14.

Sur le crédit de taxe sur la valeur ajoutée déductible :

Aux termes du 1 du I de l’article 271 du code général des impôts : « La taxe sur la valeur ajoutée qui a grevé les éléments du prix d’une opération imposable est déductible de la taxe sur la valeur ajoutée applicable à cette opération ». Aux termes du 1 de l’article 273 du même code : « 1. Des décrets en Conseil d’Etat déterminent les conditions d’application de l’article 271. Ils fixent notamment : (…) les modalités suivant lesquelles la déduction de la taxe ayant grevé les biens ou services qui ne sont pas utilisés exclusivement pour la réalisation d’opérations imposables doit être limitée ou réduite ».

Aux termes de l’article 205 de l’annexe II au code général des impôts : « La taxe sur la valeur ajoutée grevant un bien ou un service qu’un assujetti à cette taxe acquiert, importe ou se livre à lui-même est déductible à proportion de son coefficient de déduction ». Aux termes de l’article 206 de la même annexe : « I. – Le coefficient de déduction mentionné à l’article 205 est égal au produit des coefficients d’assujettissement, de taxation et d’admission. II. – Le coefficient d’assujettissement d’un bien ou d’un service est égal à sa proportion d’utilisation pour la réalisation d’opérations imposables. Les opérations imposables s’entendent des opérations situées dans le champ d’application de la taxe sur la valeur ajoutée en vertu des articles 256 et suivants du code général des impôts, qu’elles soient imposées ou légalement exonérées. III. – 1. Le coefficient de taxation d’un bien ou d’un service est égal à l’unité lorsque les opérations imposables auxquelles il est utilisé ouvrent droit à déduction. 2. Le coefficient de taxation d’un bien ou d’un service est nul lorsque les opérations auxquelles il est utilisé n’ouvrent pas droit à déduction. 3. Lorsque le bien ou le service est utilisé concurremment pour la réalisation d’opérations imposables ouvrant droit à déduction et d’opérations imposables n’ouvrant pas droit à déduction, le coefficient de taxation est calculé selon les modalités suivantes : 1° Ce coefficient est égal au rapport entre : a. Au numérateur, le montant total annuel du chiffre d’affaires afférent aux opérations ouvrant droit à déduction, y compris les subventions directement liées au prix de ces opérations ; b. Et, au dénominateur, le montant total annuel du chiffre d’affaires afférent aux opérations imposables, y compris les subventions directement liées au prix de ces opérations. Les sommes mentionnées aux deux termes de ce rapport s’entendent tous frais et taxes compris, à l’exclusion de la taxe sur la valeur ajoutée ; (…) IV. – 1. Le coefficient d’admission d’un bien ou d’un service est égal à l’unité, sauf dans les cas décrits aux 2 à 4. (…) V. – 1. L’assujetti peut, par année civile, retenir : 1° Pour l’ensemble de ses biens et services utilisés concurremment à des opérations imposables et à des opérations non imposables, un coefficient d’assujettissement unique, sous réserve d’en justifier ; 2° Pour l’ensemble de ses biens et services, un coefficient de taxation unique calculé dans les conditions du 3 du III. (…) ».

Le CHU de Lille soutient avoir rectifié les modalités de calcul de son droit à déduction de TVA afin de distinguer les activités de service public de soins médicaux et d’hospitalisation, qu’il exerce à titre principal, dont il est constant qu’elles se situent hors du champ d’application de la TVA, les activités de recherche, qui entrent dans le champ d’application de la TVA, et les activités de pharmacie, de restauration et de médecine libérale, ainsi que les frais généraux, qui au regard de cette taxe sont de type mixte.

Il appartient ainsi au CHU de Lille, qui se prévaut, à titre principal, de l’application des dispositions du II du même article 206, de calculer le coefficient d’assujettissement de chaque bien et service, en fonction de sa proportion d’utilisation pour des opérations imposables.

En premier lieu, il résulte de l’instruction que pour exercer la mission qui lui a été confiée par la cour et dont l’étendue a été rappelée au point 4, l’expert, qui a disposé de la liste des affectations analytiques de l’ensemble des factures, a relevé que la comptabilité analytique pouvait être utilisée dans le cadre de son expertise dès lors qu’elle reprend de manière exhaustive les charges de la comptabilité générale, elles-mêmes considérées comme fiables par le commissaire aux comptes.

Si l’expert a reconnu qu’il lui était impossible de vérifier si les achats avaient été effectivement utilisés par l’unité fonctionnelle à laquelle ils avaient été analytiquement affectés, cette limite de l’expertise n’est pas de nature, compte tenu des précisions fournies par la réponse du CHU de Lille au pré-rapport, à remettre en cause la méthode suivie par l’expert pour analyser la classification retenue par le CHU, la pertinence des critères choisis pour le calcul du droit à déduction de la TVA et les coefficients retenus.

En deuxième lieu, il résulte de l’instruction que le CHU de Lille a retenu, pour chaque groupe de dépenses « mixtes », rappelées au point 7, un critère lui permettant de déterminer la proportion de l’utilisation des biens à des opérations imposables. L’expert, après avoir relevé que chaque groupe de dépenses ainsi constitué était pertinent et permettait d’isoler l’ensemble des dépenses mixtes au regard de la TVA, s’est attaché à vérifier si chaque critère retenu par le CHU permettait de rendre compte de la proportion de l’utilisation des biens à des opérations imposables.

Pour l’activité libérale de soins, la pharmacie et la restauration, le CHU a respectivement retenu le critère du nombre d’actes, celui de la valeur des médicaments cédés par rapport à la valeur de l’ensemble des médicaments consommés, et celui du nombre de repas servis au personnel par rapport au nombre total de repas servis. Les critères ainsi retenus ont été qualifiés par l’expert de pertinents.

Pour les frais généraux, l’expert a regardé le critère du chiffre d’affaires comme pertinent dès lors qu’un critère basé sur les seuls soins ne représente pas la diversité des activités taxables concernées par les soins généraux.

Pour l’activité libérale, le ministre fait valoir que le critère des recettes serait plus pertinent que celui du nombre d’actes, dans la mesure où les actes réalisés dans le cadre du service public hospitalier ne sont pas tous facturables, à la différence de ceux effectués par les médecins de l’hôpital à titre libéral.

Toutefois, l’expert a estimé que l’un comme l’autre de ces critères étaient pertinents, il a relevé que le critère du nombre d’actes retenu par le CHU, qui est d’ailleurs utilisé par la commission d’activité libérale prévue à l’article L. 6154-5 du code de la santé publique pour assurer le suivi de cette activité, permettait d’obtenir un ratio du nombre d’actes libéraux sur le nombre d’actes total à la fois stable dans la durée et « à un niveau très faible », et il ne résulte pas de l’instruction que le recours au critère alternatif du chiffre d’affaires, qui introduit un biais lié à la tarification des actes, aurait pour effet de réduire le droit à déduction du CHU.

En troisième lieu, l’expert a relevé que les coefficients de 3 %, 19 % et 22 % qui avaient été respectivement retenus, en application des critères précédents, pour l’activité libérale de soins, la pharmacie et la restauration, étaient pertinents.

S’agissant des frais généraux, l’expert a retenu un coefficient d’assujettissement de 0,83 % arrondi à 0,1 et a relevé que si le degré de certitude est moins élevé au sujet du coefficient de taxation, le coefficient de déduction retenu de 0,06 était très proche de la réalité.

Il résulte de ce qui précède, sans qu’il soit besoin de se prononcer sur le coefficient d’assujettissement unique proposé à titre subsidiaire par le CHU sur le fondement du 1° du 1 du V de l’article 206 de l’annexe II au code général des impôts, que les coefficients respectivement appliqués par le CHU pour chaque groupe de dépenses sont conformes à l’utilisation réelle des dépenses.

Ainsi, les activités de pharmacie, de restauration et de médecine libérale, ainsi que les frais généraux communs, ouvrent droit à déduction, en application du II de l’article 206 de l’annexe II au code général des impôts, à concurrence du coefficient d’assujettissement des biens et services correspondants, qui est égal à la proportion de leur utilisation pour la réalisation d’opérations imposables. Il y a lieu, par suite, d’accorder au centre hospitalier universitaire de Lille le remboursement d’un crédit de taxe sur la valeur ajoutée, au titre de la période du 1er janvier au 31 décembre 2017, calculé selon les modalités précisées aux points 16 et 17 pour les quatre groupes de dépenses.

Il résulte de tout ce qui précède que le centre hospitalier universitaire de Lille est fondé à soutenir que c’est à tort que le tribunal administratif de Lille a rejeté ses conclusions tendant au remboursement d’un crédit de TVA au titre de la période du 1er janvier au 31 décembre 2017.

Sur les conclusions tendant au versement par l’État d’intérêts moratoires :

Il n’existe aucun litige né et actuel entre le comptable et le requérant concernant les intérêts mentionnés à l’article L. 208 du livre des procédures fiscales. Dès lors, ces conclusions ne sont pas recevables.

Sur les frais liés au litige :

D’une part, aux termes de l’article R. 207-1 du livre des procédures fiscales : « (…) Les frais d’expertise sont supportés par la partie qui n’obtient pas satisfaction. Le contribuable qui obtient partiellement gain de cause participe aux frais en proportion de la part de sa demande qui a été rejetée et compte tenu de l’état du litige au début de l’expertise ».

En application de ces dispositions, il y a lieu de mettre à la charge de l’Etat la totalité des frais d’expertise liquidés et taxés à la somme de 24 246, 48 euros.

D’autre part, il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce, de mettre à la charge de l’Etat la somme de 2 000 euros au titre des frais exposés par le centre hospitalier universitaire de Lille et non compris dans les dépens.

DÉCIDE :

Article 1er : Le jugement du tribunal administratif de Lille n° 1905356 du 11 mars 2022 est annulé.

Article 2 : Il est accordé au centre hospitalier universitaire de Lille le remboursement d’un crédit de taxe sur la valeur ajoutée, au titre de la période du 1er janvier au 31 décembre 2017, calculé selon les modalités précisées aux points 16 et 17.

Article 3 : Les frais d’expertise de M. A…, liquidés et taxés à la somme de 24 246,48 euros, sont mis à la charge de l’Etat.

Article 4 : L’Etat versera au centre hospitalier universitaire de Lille la somme de 2 000 euros en application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 5 : Le présent arrêt sera notifié au centre hospitalier universitaire de Lille et au ministre de l’action et des comptes publics.

Copie en sera adressée à l’administratrice de l’Etat chargée de la direction spécialisée de contrôle fiscal Nord et à M. A…, expert.

Délibéré après l’audience publique du 19 mars 2026 à laquelle siégeaient :

- M. Marc Heinis, président de chambre,

- M^me Corinne Baes-Honoré, présidente-assesseure,

- M. Jean-François Papin, premier conseiller.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 23 avril 2026.

La présidente-rapporteure,

Signé : C. Baes-HonoréLe président de chambre,

Signé : M. B…

La greffière,

Signé : E. Héléniak

La République mande et ordonne au ministre chargé des comptes publics, en ce qui le concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution du présent arrêt.

Pour expédition conforme,

Pour la greffière en chef,

par délégation,

La greffière

Elisabeth HELENIAK