Vu la procédure suivante :

Par une requête et des mémoires, enregistrés respectivement les 25 juillet, 29 août, 8, 16 et 21 septembre 2025, l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées, représentée par M^e Barrère, demande au juge des référés :

1°) avant dire droit, d’enjoindre à l’Etat et à la société SNCF Réseau de produire les pièces suivantes :

— les études préliminaires et capacitaires qui démontrent pour les aménagements ferroviaires du nord de Toulouse la nécessité d’une plateforme à quatre voies sur tout le linéaire et de créer pour cela des voies nouvelles entre Saint-Jory et Toulouse Lalande ;

— les études qui ont conduit à utiliser les emprises du triage de Saint-Jory et à écarter l’utilisation de sa partie nord ;

— les graphiques d’occupations des voies – GOV dynamiques du nœud de Toulouse Matabiau comprenant les voies à quais mais aussi l’ensemble du complexe de Maintenance et Remisage (Raynal, Terre-Cabade, Acacias) ;

— une cartographie détaillée de la surface de 0,42 hectare à défricher, objet de l’arrêté préfectoral modificatif du 3 avril 2025 ;

— les rapports de suivi environnemental relatifs au respect des prescriptions de l’arrêté du 9 février 2024 ou tous autres documents relatifs au suivi environnemental et au management environnemental du chantier garantissant l’application et la mise en œuvre de l’ensemble des mesures destinées à « éviter, réduire, compenser » ;

2°) de suspendre, sur le fondement de l’article L. 521-1 du code de justice administrative, l’exécution de l’arrêté du préfet de la Haute-Garonne du 9 février 2024 portant autorisation environnementale au titre des articles L. 181-1 et suivants du code de l’environnement, en vue de la réalisation de l’opération d’aménagement ferroviaire au nord de Toulouse, dite « AFNT », ensemble la décision implicite née du silence gardé par l’administration sur son recours gracieux formé le 9 avril 2024 ;

3°) de mettre à la charge de l’Etat et de la société SNCF Réseau la somme de 5 000 euros en application des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— sa requête est recevable ; son désistement d’office de sa requête n° 2404548 ne saurait en effet emporter désistement d’office de sa requête n° 2403460 en l’absence d’identité d’objet et de parties entre ces deux requêtes ; elle a un intérêt lui donnant qualité pour agir compte tenu de son objet statutaire et dès lors qu’elle dispose par ailleurs d’un agrément au titre de l’article L. 141-1 du code de l’environnement ; enfin, sa requête a été formée dans le délai de recours prévu à l’article R. 181-50 de ce code.

En ce qui concerne l’urgence au sens de l’article L. 521-1 du code de justice administrative :

— elle est caractérisée car les travaux de libération des emprises des milieux semi-naturels ne peuvent avoir lieu qu’entre le 1er septembre et mi-novembre, les opérations de défrichement étant prévues chaque année entre le 1er septembre et le 1er décembre ; des travaux présentant un fort enjeu écologique sont notamment prévus à Saint-Jory, sur trois sites distincts, à compter du 1er septembre 2025 qui se traduiront par des atteintes irréversibles sur un grand nombre d’espèces protégées et leurs habitats, ainsi que sur la ressource en eau et les milieux aquatiques et humides ; l’autorisation de défrichement modifiée délivrée le 9 février 2024 permet le défrichement de 0,42 ha de parcelles boisées sur le triangle boisé de Saint-Jory, lequel est également affecté par la libération des emprises dont le calendrier figure au sein de la MR 01 de l’arrêté contesté, au titre des milieux semi-naturels ; les travaux en litige vont conduire de manière imminente à la destruction et la perturbation irréversible de plus de neuf espèces protégées ainsi qu’à la destruction et la dégradation de leurs habitats ; au niveau de la halte ferroviaire de Saint-Jory, est présent un spécimen de vieux chêne, présentant un intérêt important pour les chiroptères et d’autres espèces dans cette zone du centre-ville dont l’abattage a été envisagé pour y installer des murs acoustiques sur un linéaire de 2,5 km ; la végétation de berge située à proximité immédiate du chêne abrite d’autres espèces présentant un intérêt écologique fort et bénéficiant d’une protection particulière ; les travaux d’abattage du vieux chêne, ainsi que de la végétation immédiatement avoisinante, terrestre et de bord de berge, qui ont pour partie au moins déjà été exécutés, s’agissant notamment du chêne, vont avoir pour effet d’impacter des espèces protégées et menacées et leurs habitats sans mesures de réduction des effets associés ; les autres travaux prévus sur ce site auront, dans les prochaines semaines, un impact irréversible sur un grand nombre d’espèces protégées, en détruisant des spécimens ou leurs habitats ; au niveau de la gare de triage de Fenouillet, les travaux de renforcement des berges impliquent des travaux de libération des emprises sur les parcelles voisines, et donc la destruction de roselières qui abritent des espèces protégées rares et menacées ainsi que d’un ancien bassin de rétention qui accueille un écosystème diversifié à protéger ; aucun intérêt général ne s’attache à ce que la décision contestée soit exécutée et aucun manque de diligence ne saurait lui être reproché ;

En ce qui concerne l’existence d’un moyen propre à créer un doute sérieux sur la légalité de l’autorisation contestée :

— l’autorisation attaquée est insuffisamment motivée quant à l’absence de solution alternative à la mise à quatre voies des aménagements ferroviaires, le préfet indiquant simplement qu’au vu des études capacitaires réalisées, il est nécessaire de réaliser des aménagements sur la ligne au nord de Toulouse dont les caractéristiques ne permettent pas d’absorber l’augmentation du trafic, alors que le préfet n’a en réalité jamais disposé de ces études capacitaires et qu’il n’a donc pas vérifié l’impérieuse nécessité des aménagements autorisés ;

— elle est entachée d’un vice de procédure au regard des exigences posées par l’article D. 181-17-1 du code de l’environnement et de l’arrêté du préfet de la Haute-Garonne du 30 décembre 2015 dès lors que l’agence régionale de santé n’a pas été consultée sur le fait que le projet litigieux surplombe la prise d’eau potable principale de Saint-Caprais à Saint-Jory et que les travaux de défrichement et de débroussaillage vont avoir lieu dans le périmètre rapproché de cette prise d’eau.

S’agissant de l’autorisation contestée en tant qu’elle tient lieu de dérogation dite « espèces protégées » :

— elle méconnaît le 4° du I de l’article L. 411-2 du code de l’environnement car aucune solution alternative satisfaisante n’a été recherchée s’agissant, d’une part, du choix de la zone de raccordement des AFNT avec les voies nouvelles au niveau du triangle boisé situé à Saint-Jory et, d’autre part, du tracé du projet ;

— concernant le raccordement des voies, il existait au moins une solution alternative consistant à modifier le rayon de courbure des voies pour éviter le triangle boisé et positionner la zone de raccordement au niveau du chemin de la Gravette à Castelnau d’Estretefonds ; en outre, il n’existait aucune nécessité de réaliser dès à présent les fondations et les piédroits du saut de mouton prolongeant le viaduc permettant de raccorder les voies nouvelles LGV aux voies des AFNT ; ce saut de mouton, nécessaire à la future ligne à grande vitesse dont la réalisation est, à ce jour hypothétique, aurait dû être financé dans le cadre du GPSO et devait, conformément à l’article 1.3 de l’annexe 3 du décret n° 2016-738 du 2 juin 2016, donner lieu à la création d’un comité de suivi environnemental et d’un observatoire socio-économique et environnemental ;

— concernant le tracé du projet, une solution alternative consistant à utiliser les voies existantes, notamment par une meilleure mobilisation des voies de fret et de service, était techniquement possible ainsi que le démontre le graphique horaire qu’elle a elle-même réalisé ; à tout le moins, une solution alternative consistant à ne créer qu’une voie nouvelle au lieu de deux ou, à défaut, à changer la distribution des quatre voies, était envisageable ; cela permettrait, d’une part d’éviter la création d’une voie de liaison et le cisaillement au niveau de la zone d’insertion des voies existantes vers les voies nouvelles et, d’autre part, de réduire les emprises pour l’implantation des quais ;

— aucune raison impérative d’intérêt public majeur ne justifie le projet, celui-ci générant une péjoration des mobilités du quotidien en raison de la dégradation de la capacité des voies situées au nord de Toulouse (création d’un cisaillement au point de raccordement de Saint-Jory et d’un goulet d’étranglement en entrée de la gare Toulouse-Matabiau), de la dégradation de la capacité de la gare de Toulouse-Matabiau (suppression de la voie et du quai supplémentaires envisagés ainsi que du centre de maintenance qui devait être créé sur le site de Périole) et de la création d’un terminus partiel route de Launaguet, aménagement qui aurait dû être intégré au sein de l’étude d’impact relative aux AFNT et qui créera une rupture de charge ainsi que des effets collatéraux sur le report modal et les émissions de gaz à effet de serre ;

— il existe un doute sérieux sur la légalité de l’arrêté contesté compte tenu de l’absence de mise en œuvre de la séquence dite « éviter, réduire, compenser » (ERC) ; alors que les travaux sur le canal latéral de Garonne auront, en raison de la destruction de la ripisylve et de la végétation rivulaire, ainsi que de la mise en place de palplanches, des impacts sur l’Anguille d’Europe, dont la présence constitue un enjeu majeur, aucune mesure spécifique à cette espèce n’a été envisagée au titre de cette séquence ; par ailleurs, les travaux litigieux vont entraîner la destruction des roselières, lesquelles constituent l’habitat de la Rousserolle turdoïde, qui est, au sein de l’espace correspondant à l’ancienne région Midi-Pyrénées, en danger critique de disparition ; la séquence ERC n’a pas été correctement mise en œuvre s’agissant de cette espèce, une mesure d’évitement consistant à utiliser les voies de fret existantes, à hauteur des entrepôts de la société Arterris, pouvant être explorée et les mesures de réduction et de compensation projetées étant sans lien avec cette espèce ; les travaux auront également un impact important sur la végétation linéaire arbustive et donc sur les chauves-souris, notamment la Barbastelle d’Europe espèce protégée et classée comme vulnérable sur la liste rouge de l’UICN ; en outre, alors que les travaux impacteront la végétation basse de bord d’eau et les touradons de laîches, qui abritent le Gomphe de Graslin, espèce protégée pour laquelle les enjeux ont été minorés par la société pétitionnaire, et le Campagnol amphibie, les mesures de réduction et de compensation envisagées, notamment les mesures MR 09 et 12, sont insuffisantes ; les travaux auront également un impact sur l’ancien bassin de rétention devenu une mare ce qui engendrera des conséquences pour les amphibiens, lesquelles auraient pu être évitées si une des solutions alternatives exposées précédemment avait été retenue.

S’agissant de l’autorisation environnementale en tant qu’elle vaut autorisation dite « IOTA » :

— les travaux autorisés vont entraîner la destruction de zones humides, sur un linéaire d’environ 4,7 km, pour lesquelles seules des mesures de compensation ont été prévues, sans recherche préalable de mesures d’évitement ou de réduction, en méconnaissance du I de l’article L. 163-1 du code de l’environnement et de l’article L. 211-1 du même code ; en outre, les mesures de compensation prévues, qui se bornent à prendre considération des préconisations du SDAGE Adour-Garonne, lesquelles ne sauraient se substituer au principe d’équivalence écologique posé par l’article L. 163-1 du code de l’environnement, n’ont pas pris en compte les fonctions écologiques de ces zones et ne permettent pas de s’assurer de l’équivalence entre les zones détruites et celles gagnées ;

— alors que le viaduc de raccordement de la LGV aux voies existantes passera à l’aplomb de la prise d’eau potable dite « Capy », laquelle présente une importance cruciale pour la population locale, les risques de pollution engendrés par le projet, en phase travaux, n’ont pas été envisagés, en méconnaissance des articles L. 214-1 et suivants du code de l’environnement.

Par un mémoire en défense, enregistré le 19 septembre 2025, la société SNCF Réseau conclut au rejet de la requête, à titre principal, pour irrecevabilité et, à titre subsidiaire, au fond, et à ce que, en toute hypothèse, une somme de 6 000 euros soit mise à la charge de l’association requérante en application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle fait valoir que :

— la requête est irrecevable faute pour la requérante d’avoir maintenu sa requête au fond enregistrée le 9 juin 2024, qui était strictement identique à celle qu’elle avait formée le 26 juillet 2024 et dans le cadre de laquelle elle a, en application de l’article R. 612-5-1 du code de justice administrative, été regardée comme s’étant désistée d’office après le rejet de sa première requête en référé par une ordonnance n° 2404527 du 18 septembre 2024 ;

— la condition d’urgence n’est pas remplie ;

— les moyens soulevés par la requérante sont infondés.

Par un mémoire en défense, enregistré le 19 septembre 2025, le préfet de la Haute-Garonne conclut à titre principal au rejet de la requête pour irrecevabilité ou, à défaut, au fond, et, à titre subsidiaire, dans le cas où les conditions de la suspension seraient remplies, à ce qu’il soit fait application des dispositions de l’article L. 181-18 du code de l’environnement.

Il soutient que :

— la condition d’urgence n’est pas remplie ;

— les moyens soulevés par la requérante sont infondés.

Par un mémoire en intervention, enregistré le 19 septembre 2025, la société Grand projet sud-ouest (GPSO) conclut au rejet de la requête et ce qu’une somme symbolique de 1 euro soit mise à la charge de l’association requérante au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— compte tenu de la mission qui lui a été confiée de contribuer au financement de l’infrastructure ferroviaire dénommée GPSO, son intervention est recevable ;

— la requête est irrecevable pour les motifs exposés par le préfet de la Haute-Garonne et la société SNCF Réseau ;

— les moyens soulevés par la requérante sont infondés.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

— la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages ;

— l’ordonnance n° 2017-80 du 26 janvier 2017 relative à l’autorisation environnementale ;

— l’ordonnance n° 2016-1058 du 3 août 2016 relative à la modification des règles applicables à l’évaluation environnementale des projets, plans et programmes ;

— le décret n° 2016-738 du 2 juin 2016 ;

— l’arrêté du préfet de la Haute-Garonne du 4 janvier 2016 portant déclaration d’utilité publique, au profit de SNCF Réseau, des travaux nécessaires à la réalisation des aménagements ferroviaires au nord de Toulouse dans les communes de Toulouse, Fenouillet, Lespinasse, Saint-Jory et Castelnau-d’Estrétefonds ;

— le code de l’environnement ;

— le code rural et de la pêche maritime ;

— le code de justice administrative.

Par une décision du 5 septembre 2025, la présidente du tribunal a décidé que l’affaire introduite sous le n° 2505407 sera jugée, en application du troisième alinéa de l’article L. 511-2 du code de justice administrative, par une formation de jugement composée de M^me Cherrier, vice-présidente, rapporteure, juge des référés, de M^me Meunier-Garner, vice-présidente, juge des référés, et de M. Le Fiblec, premier conseiller, juge des référés.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique du 22 septembre 2025, en présence de M^me Tur, greffière d’audience :

— le rapport de M^me Cherrier, juge des référés,

— les observations de M^e Barrère et de M^e Facelina, représentant l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées, qui maintiennent les conclusions et développent les arguments présentés dans les écritures produites en demande ;

— les observations de M^e Garancher et de M^e Pessoa, représentant la société SNCF Réseau, qui reprennent, en les précisant, les écritures en défense et font valoir par ailleurs qu’aucun des arguments et moyens développés dans le dernier mémoire de la requérante n’est de nature à établir l’urgence ou à créer un doute sérieux sur la légalité de l’arrêté en litige ;

— et les observations de M. A…, représentant le préfet de la Haute-Garonne qui reprend, en les précisant, ses écritures.

La clôture de l’instruction a été prononcée à l’issue de l’audience.

Une note en délibéré, présentée par M^e Barrère pour l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées, a été enregistrée le 23 septembre 2025 et non communiquée.

Considérant ce qui suit :

1. La première phase du Grand projet ferroviaire du Sud-Ouest (GPSO) se compose de trois séries de travaux : la création de deux lignes à grande vitesse (LGV) entre Bordeaux et Toulouse et entre Bordeaux et Dax, l’aménagement du réseau ferroviaire existant au sud de Bordeaux et l’aménagement du réseau existant au nord de Toulouse. Ces opérations ont fait l’objet de trois enquêtes publiques concomitantes et ont été déclarées d’utilité publique par un décret n° 2016-738 du 2 juin 2016 s’agissant de la création des LGV Bordeaux-Toulouse et Bordeaux Dax, un arrêté du préfet de la Gironde du 25 novembre 2015 pour les aménagements ferroviaires au sud de Bordeaux (AFSB) et un arrêté du préfet de la Haute-Garonne du 4 janvier 2016 pour les aménagements ferroviaires au nord de Toulouse (AFNT). Par un arrêté du 9 février 2024, le préfet de la Haute-Garonne a accordé à la société SNCF Réseau l’autorisation environnementale au titre des articles L. 181-1 et suivants du code de l’environnement, en vue de la réalisation de l’opération « AFNT ». L’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées demande au juge des référés de suspendre l’exécution de cet arrêté.

Sur l’intervention de la société GPSO :

2. La société GPSO est un établissement public local créé par l’ordonnance n° 2022-307 du 2 mars 2022. Elle a pour mission de contribuer au financement du Grand projet ferroviaire du Sud-Ouest tant en ce qui concerne la création des deux lignes à grande vitesse qu’en ce qui concerne les opérations AFNT et AFSB. Par suite, et dès lors qu’elle justifie d’un intérêt suffisant à la poursuite des travaux objets de l’autorisation dont la suspension est demandée, son intervention doit être admise.

Sur les conclusions à fin de suspension :

3. Aux termes de l’article L. 521-1 du code de justice administrative : « Quand une décision administrative, même de rejet, fait l’objet d’une requête en annulation ou en réformation, le juge des référés, saisi d’une demande en ce sens, peut ordonner la suspension de l’exécution de cette décision, ou de certains de ses effets, lorsque l’urgence le justifie et qu’il est fait état d’un moyen propre à créer, en l’état de l’instruction, un doute sérieux quant à la légalité de la décision. (…) ».

4. Aucun des moyens invoqués par l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées tels qu’ils ont été visés ci-dessus et analysés, n’est de nature, en l’état de l’instruction, à créer un doute sérieux sur la légalité de l’arrêté du préfet de la Haute-Garonne du 9 février 2024 portant autorisation environnementale en vue de la réalisation de l’opération dite « AFNT ». Il y a dès lors lieu, sans qu’il soit besoin d’ordonner les mesures d’instruction sollicitées ni d’examiner les fins de non-recevoir soulevées en défense ni de se prononcer sur la condition relative à l’urgence, de rejeter les conclusions de l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées tendant à la suspension de l’exécution de cet arrêté, ensemble la décision implicite née du silence gardé par l’administration sur son recours gracieux formé le 9 avril 2024.

Sur les conclusions tendant à l’application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative :

5. Ces dispositions font obstacle à ce qu’une somme soit mise à ce titre à la charge de l’État ou de la société SNCF Réseau, qui ne sont pas, dans la présente instance, la partie perdante. Il n’y a, par ailleurs, pas lieu, dans les circonstances de l’espèce, de faire droit aux conclusions présentées par la société SNCF Réseau sur le fondement de ces dispositions. Enfin, la demande présentée sur ce même fondement par la société GPSO ne peut qu’être rejetée dès lors qu’elle n’a pas la qualité de partie à l’instance.

O R D O N N E :

Article 1er : L’intervention de la société GPSO est admise.

Article 2 : La requête présentée par l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées est rejetée.

Article 3 : Les conclusions de la société SNCF Réseau et de la société GPSO tendant à l’application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées.

Article 4 : La présente ordonnance sera notifiée à l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées, à la société SNCF Réseau, à la société GPSO et au préfet de la Haute-Garonne.

Fait à Toulouse, le 30 septembre 2025.

La vice-présidente, juge des référés,

B… R

La vice-présidente, juge des référés,

M. MEUNIER-GARNER

Le juge des référés,

C… C

La greffière,

P. TUR

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche, en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente ordonnance.

Pour expédition conforme,

la greffière en chef,

ou par délégation, la greffière,