Vu la procédure suivante :

Par une requête enregistrée le 13 septembre 2022 et un mémoire enregistré le 16 février 2024, l’association nationale pour la protection des Eaux et Rivières (TOS) demande au tribunal :

1°) d’annuler l’arrêté du 21 mars 2022 par lequel le préfet de la région Auvergne-Rhône Alpes, coordonnateur de bassin Rhône-Méditerranée, a adopté le schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux du bassin Rhône-Méditerranée 2022-2027 et la décision du 13 juillet 2022 par laquelle son recours gracieux a été rejeté ;

2°) d’enjoindre au préfet de la région Auvergne-Rhône-Alpes d’adopter un nouvel arrêté d’approbation d’un schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux prenant en compte l’état des lieux réel des milieux karstiques et prévoyant un programme de mesures adapté ;

3°) de mettre à la charge de l’Etat la somme de 5 000 euros par application des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— la procédure de consultation du public prévue à l’article L. 212-2 du code de l’environnement est entachée de plusieurs irrégularités :

* la publicité faite autour de la consultation du public était insuffisante, ainsi qu’en témoigne le faible nombre d’observations ;

* la synthèse provisoire des questions importantes qui se posent dans le bassin, prévue à l’article L. 212-2 du code de l’environnement, n’a pas été établie ;

* parmi ces questions importantes qui se posent dans le bassin, n’a pas été posée celle de l’eutrophisation de certains milieux ;

* il n’est pas établi que le projet de SDAGE a été mis à disposition au moins un an avant la date prévue de son entrée en vigueur, en violation des dispositions de l’article L. 212-1 du code de l’environnement ;

— il n’est pas justifié que l’ensemble des partenaires visés à l’article R. 211-77 du code de l’environnement ont été régulièrement consultés ;

— l’état des lieux réalisé par application de l’article R. 212-3 du code de l’environnement n’a pas suffisamment identifié les masses d’eau risquant, par l’effet de l’activité humaine, de ne pas satisfaire aux objectifs de qualité environnementale ;

— l’arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d’évaluation de l’état écologique, de l’état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface a été méconnu ;

— le comité de bassin n’a pas identifié les zones vulnérables visées par les dispositions des articles R. 211-77 et R. 211-94 du code de l’environnement, en violation des dispositions de l’article R. 212-4 de ce code ;

— c’est au prix d’une erreur manifeste d’appréciation que l’état écologique du Doubs, de la Loue, du Cusancin et du Dessoubre a été qualifié de bon ;

— le programme de mesures arrêté par le SDAGE est insuffisant, dès lors qu’il a été établi sur la base d’un état des lieux erroné :

* en excluant par la mention du bon état écologique les cours d’eau du massif karstique du programme de surveillance des masses d’eau risquant de ne pas atteindre les objectifs de bon état écologique, le programme de mesures du SDAGE méconnaît les dispositions de l’article R. 212-22 du code de l’environnement ;

* les valeurs guides recommandées dans l’orientation fondamentale n°5B ne sont pas adaptées d’une part en ce qu’elles concernent le phosphate et d’autre part en tant qu’elles écartent des phénomènes d’eutrophisation d’autres polluants tels que les produits azotés comportant des nitrates ;

— alors que l’article L. 212-1 du code de l’environnement impose de fixer un objectif de qualité pour les eaux de surface, le SDAGE s’est contenté de recommander un tel objectif.

Par un mémoire en défense enregistré le 19 décembre 2023, la préfète coordonnatrice du bassin Rhône-Méditerranée conclut au rejet de la requête.

Elle soutient que :

— à titre principal, la requête n’est pas recevable ;

* l’association requérante, qui n’est pas agréée en vertu de l’article L. 141-1 du code de l’environnement, n’a pas intérêt pour agir du fait de son ressort national ;

* « il apparaît étonnant » que la requête soit présentée au nom d’une association dont l’adresse est située 6 place de la mairie à Saint-Suzanne-sur-Vire (Manche), alors que selon ses statuts, son siège est situé à Dijon, dans le département de la Côte d’Or, ou en tout autre lieu de ce département ;

* l’association requérante ne justifie pas de la qualité pour agir de la personne la représentant ;

— à titre subsidiaire, les moyens soulevés ne sont pas susceptibles de prospérer.

La clôture de l’instruction a été fixée en dernier lieu au 6 mars 2024, par une ordonnance en date du 21 février 2024.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

— le code de l’environnement ;

— l’arrêté du 25 janvier 2010 modifié relatif aux méthodes et critères d’évaluation de l’état écologique, de l’état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface

— le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

— le rapport de M^me Allais,

— les conclusions de M^me A,

— et les observations de M^e Landbeck, avocat de l’association nationale pour la protection des eaux et rivières.

Considérant ce qui suit :

1. L’association nationale pour la protection des eaux et rivières a saisi le tribunal d’une requête par laquelle elle demande l’annulation de l’arrêté du 21 mars 2022 du préfet du Rhône approuvant le SDAGE Rhône-Méditerranée 2022-2027 et arrêtant le programme de mesures afférentes, et la décision du 13 juillet 2022 par laquelle son recours gracieux a été rejeté.

Sur les conclusions à fin d’annulation :

En ce qui concerne la participation du public à l’élaboration du SDAGE :

2. Selon le II de l’article L. 212-2 du code de l’environnement : " Le comité de bassin organise la participation du public à l’élaboration du schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux. Il élabore et met à la disposition du public, pendant une durée minimale de six mois par voie électronique afin de recueillir ses observations : – le calendrier et le programme de travail indiquant les modalités d’élaboration ou de mise à jour du schéma directeur, trois ans au moins avant la date prévue d’entrée en vigueur du schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux ; – une synthèse provisoire des questions importantes qui se posent dans le bassin ou groupement de bassins en matière de gestion de l’eau, deux ans au moins avant la date prévue d’entrée en vigueur du schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux ; – le projet de schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux ainsi que l’évaluation environnementale requise en application de l’article L. 122-4 du présent code, un an au moins avant la date prévue de son entrée en vigueur. / Cette mise à disposition est effectuée par voie électronique. Un poste informatique est gratuitement mis à disposition du public en un lieu déterminé afin d’y consulter une version électronique du dossier. / Un exemplaire du dossier est consultable sur support papier en un lieu déterminé à compter de l’ouverture de la mise à disposition. / Les modalités de ces consultations sont portées à la connaissance du public quinze jours au moins avant le début de la mise à disposition de ces documents par voie dématérialisée et par voie de publication locale. / Le comité de bassin peut modifier le projet de schéma pour tenir compte des avis et observations formulés. / Le comité de bassin publie à l’issue de chaque phase de participation du public et au plus tard à la date d’adoption du schéma directeur, une synthèse des avis et observations recueillies et la manière dont il en a tenu compte ".

3. Il ressort des pièces du dossier, tout d’abord, que 1431 questionnaires, dont 843 complets, ont été recueillis dans le cadre de la participation du public organisée par le comité de bassin sur le projet de SDAGE. L’association requérante, qui se borne à soutenir que le nombre d’observations recueillies est faible, ne démontre pas, par cette seule affirmation, au demeurant inexacte compte tenu du nombre de questionnaires recueillis, que la procédure de concertation aurait été insuffisante, sans indiquer au demeurant pour quel motif précisément.

4. Ensuite, parmi les documents soumis à concertation, figurait, contrairement à ce que soutient l’association requérante, une synthèse des questions importantes qui se posent dans le bassin. Il ressort de cette synthèse que le thème de l’eutrophisation des milieux aquatiques y est abordé, au titre des effets du changement climatique sur la ressource et les milieux aquatiques.

5. Enfin, le projet de SDAGE Rhône-Méditerranée a été adopté par le comité de bassin le 25 septembre 2020 et a été mis à la disposition du public à partir du 1er mars 2021, soit plus d’un an avant son entrée en vigueur, laquelle est intervenue le lendemain de sa publication au journal officiel, soit le 22 mars 2022.

En ce qui concerne les avis devant être préalablement recueillis :

6. Aux termes de l’article R. 212-6 du code de l’environnement : «  Le comité de bassin soumet les documents mentionnés au II de l’article L. 212-2 à l’avis du Comité national de l’eau, des conseils régionaux, des conseils départementaux, des établissements publics territoriaux de bassin, des établissements publics d’aménagement et de gestion de l’eau, des commissions locales de l’eau, des conseils maritimes de façade, des organismes de gestion des parcs naturels régionaux, des établissements publics des parcs nationaux, des chambres consulaires et des conseils économiques, sociaux et environnementaux régionaux concernés. / Ces avis sont réputés favorables s’ils ne sont pas rendus dans un délai de quatre mois suivant la mise à disposition de ces documents. () ».

7. Il ressort des pièces du dossier que l’ensemble des établissements publics et personnes publiques visés par les dispositions précitées ont été consultés. L’association requérante, qui invoque à tort dans ses écritures la violation des dispositions de l’article R. 211-77 du code de l’environnement applicables à la procédure de délimitation des zones vulnérables aux pollutions par les nitrates, n’est donc pas fondée à soutenir que la procédure à l’issue de laquelle l’arrêté attaqué a été pris est entachée d’irrégularité, au motif que les consultations requises n’auraient pas été réalisées.

En ce qui concerne la désignation des zones vulnérables :

8. Selon l’article R. 212-4 du code de l’environnement : " I.- Le comité de bassin élabore et met à jour le registre des zones protégées qui indique : () 4° Les zones vulnérables désignées en application de l’article R. 211-77 ; 5° Les zones sensibles aux pollutions désignées en application de l’article R. 211-94 ; () / II.- Une version abrégée du registre, composée de documents cartographiques et de la liste des textes de référence pour chaque catégorie de zones protégées, est jointe au dossier du schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux ".

9. Contrairement à ce que soutient l’association requérante, figure dans les documents d’accompagnement du SDAGE en litige la version abrégée du registre des zones protégées visées par les dispositions précitées, au sein duquel sont désignées les zones vulnérables aux pollutions par les nitrates et celles soumises à des contraintes environnementales.

En ce qui concerne les moyens contestant l’état des lieux :

10. En premier lieu, aux termes du 1° du II de l’article L. 212-1 du code de l’environnement : " II. Le comité de bassin compétent procède dans chaque bassin ou groupement de bassins : 1° A l’analyse de ses caractéristiques et des incidences des activités sur l’état des eaux ainsi qu’à une analyse économique des utilisations de l’eau ; ces analyses sont réexaminées périodiquement « . Et selon le 2° du I de l’article R. 212-3 du même code : » II. Le comité de bassin compétent procède dans chaque bassin ou groupement de bassins : 1° A l’analyse de ses caractéristiques et des incidences des activités sur l’état des eaux ainsi qu’à une analyse économique des utilisations de l’eau ; ces analyses sont réexaminées périodiquement ".

11. Il ressort de l’état des lieux approuvé par arrêté du préfet du Rhône le 20 décembre 2019 que le risque de non atteinte de l’objectif de bon état des masses d’eau y est longuement développé. Les cours d’eau concernés sont identifiés dans cet état des lieux par des documents cartographiques illustrant les différentes pressions à l’origine de ce risque et l’annexe à cet état des lieux dresse la liste précise des masses d’eau concernées. Il s’ensuit que contrairement à ce que soutient l’association requérante, l’état des lieux n’est pas entaché d’insuffisances du fait de l’absence d’identification des masses d’eau risquant, par l’effet de l’activité humaine, de ne pas satisfaire aux objectifs de qualité environnementale.

12. En deuxième lieu, aux termes du 1° du IV de l’article L. 212-1 du code de l’environnement : « IV. – Les objectifs de qualité et de quantité des eaux que fixent les schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux correspondent : 1° Pour les eaux de surface, à l’exception des masses d’eau artificielles ou fortement modifiées par les activités humaines, à un bon état écologique et chimique ». Et aux termes de l’article R. 212-10 de ce code : « Pour l’application du 1° du IV de l’article L. 212-1, l’état d’une eau de surface est défini par la moins bonne des appréciations portées respectivement sur son état écologique et sur son état chimique. () / L’état écologique, apprécié pour chaque catégorie de masses d’eau de surface, comprend cinq classes : très bon, bon, moyen, médiocre et mauvais, définies par rapport à une situation exempte d’altérations dues à l’activité humaine. Il est évalué à partir d’éléments de qualité appréciés en fonction des mêmes classes. / L’état chimique des eaux de surface est considéré comme bon lorsque les concentrations en polluants ne dépassent pas les normes de qualité environnementale ». L’arrêté du 27 juillet 2018 modifiant l’arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d’évaluation de l’état écologique, de l’état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface donne les critères de définition des différents états écologiques.

13. L’association requérante invoque une méconnaissance de l’arrêté précité du 25 janvier 2010 qui affecterait la régularité de l’état des lieux. Elle conteste également les diagnostics de bon état écologique du Doubs, de la Loue, du Cusancin et du Dessoubre auxquels a procédé l’état des lieux, en faisant valoir que si la stricte application des critères d’évaluation de l’état écologique conduit à le qualifier de bon, ces cours d’eau sont confrontés à un phénomène d’eutrophisation important conduisant, notamment, à une baisse sensible de la population piscicole. Toutefois, elle ne produit pas d’éléments suffisamment étayés permettant de contester, sur la base d’une analyse de l’évolution sur une période significative de l’ichtyofaune et de ses causes, l’appréciation qui a été portée sur la qualité des eaux écologiques des eaux de surface de ces rivières, alors qu’il ressort en outre de l’arrêté précité du 25 janvier 2010 que l’ichtyofaune n’est qu’un des cinq éléments de qualité biologique des cours d’eau pris en compte pour cette appréciation, au même titre que le phytoplancton, les macrophytes, le phytobenthos et la faune benthique. Il ressort en outre des pièces du dossier du SDAGE Rhône-Méditerranée contesté que la carte 5BA fait état des rivières identifiées comme fragiles vis-à-vis du phénomène d’eutrophisation, parmi lesquelles figurent les rivières karstiques que sont le Doubs, la Loue, le Cusancin et le Dessoubre. Dans ces conditions, le moyen tiré de ce que l’état des lieux serait erroné en ce qu’il a qualifié de bon l’état écologique du Doubs, de la Loue, du Cusancin et du Dessouvre ne peut qu’être écarté.

En ce qui concerne les insuffisances alléguées du programme de mesures et du programme de surveillance :

14. Selon l’article L. 212-2-1 du code de l’environnement : « L’autorité administrative établit et met à jour périodiquement pour chaque bassin ou groupement de bassins un programme pluriannuel de mesures contribuant à la réalisation des objectifs et des dispositions du schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux. () ». Et aux termes de l’article L. 212-2-2 de ce code : « L’autorité administrative établit et met à jour pour chaque bassin ou groupement de bassins, après avis du comité de bassin, un programme de surveillance de l’état des eaux () ». Enfin, selon l’article R. 212-22 du même code : « Le préfet coordonnateur de bassin établit, après avis du comité de bassin recueilli dans les conditions fixées au premier alinéa de l’article R. 212-19, un programme de surveillance de l’état des eaux qui définit l’objet et les types des contrôles, leur localisation et leur fréquence ainsi que les moyens à mettre en œuvre à cet effet. Le programme de surveillance comprend des contrôles particuliers sur les masses d’eau risquant de ne pas atteindre les objectifs mentionnés au IV de l’article L. 212-1. / Le programme de surveillance est régulièrement mis à jour après consultation du comité de bassin ».

15. Tout d’abord, si l’association requérante invoque, à de multiples reprises dans ses écritures la violation par les SDAGE contesté de la directive cadre sur l’eau du 23 octobre 2000, un tel moyen est insusceptible de prospérer dès lors que ce texte a été transposé en droit français par la loi n°2004-338 du 21 avril 2004.

16. Ensuite, contrairement à ce que soutient l’association requérante, le diagnostic de bon état écologique des rivières karstiques ne les exclut nullement du programme de surveillance des masses d’eau risquant de ne pas atteindre les objectifs de bon état écologique. Il ressort en effet de l’annexe 4 de l’état des lieux, que les cours d’eau du Cusancin, du Dessoubre, du Doubs franco-suisse, du Doubs médian, du Doubs moyen et de la Loue, bien que diagnostiqués en bon état écologique, sont classés, pour leur quasi-totalité, comme risquant de ne pas atteindre l’objectif de bon état écologique à l’horizon 2027.

17. Enfin, si l’association requérante fait valoir que les mesures comprises dans le programme sont mécaniquement insuffisantes dès lors que les cours d’eau des rivières karstiques ont, à tort, été diagnostiqués en bon état écologique, elle n’apporte, à l’appui de son moyen, aucun élément pertinent contestant la suffisance ou la pertinence desdites mesures. Il ressort pourtant du programme de mesures applicable à la basse vallée du Doubs, au Cusancin, au Dessoubre, au Doubs franco-suisse, au Doubs médian, au Doubs moyen et à la Loue que diverses mesures destinées à agir sur les pressions dont l’impact est à réduire significativement y figurent. Parmi ces pressions figure les pollutions par les nutriments agricoles, la mesure associée étant, notamment pour la Loue, le Doubs médian, la Doubs franco-suisse et le Cusancin la réduction de la pression phosphorée et azotée liée aux élevages au-delà de la « directive nitrate ». L’association requérante n’est, par suite, pas fondée à contester le caractère insuffisant du programme de mesures.

En ce qui concerne les valeurs guides recommandées dans l’orientation fondamentale 5B :

18. Le SDAGE Rhône-Méditerranée en litige contient une orientation fondamentale n°5 intitulée « Lutter contre les pollutions, en mettant la priorité sur les pollutions par les substances dangereuses et la protection de la santé ». Cette orientation comprend elle-même un point 5-B, consacré à la lutte contre l’eutrophisation des milieux aquatiques, duquel quatre dispositions sont extraites : « anticiper pour assurer la non dégradation des milieux aquatiques fragiles vis-à-vis des phénomènes d’eutrophisation » (5B-01), « restaurer les milieux dégradés en agissant de façon coordonnée à l’échelle du bassin versant » (5B-02), « réduire les apports en phosphore et en azote dans les milieux aquatiques fragiles vis-à-vis des phénomènes d’eutrophisation (5B-03) et » engager des actions de restauration physique des milieux et d’amélioration de l’hydrologie " (5B-04).

19. Tout d’abord, la disposition 5B-03 recommande, à titre de valeur guide, que dans les milieux aquatiques fragiles vis-à-vis des phénomènes d’eutrophisation, la concentration en phosphate ne dépasse pas 0,1 mg/l pour les cours d’eau affluents des plans d’eau ou des lagunes, et 0,2 mg/l pour les autres cours d’eau, soit des seuils plus exigeants que ceux résultant de la réglementation, lesquels prévoient une concentration dans le milieu comprise entre 0,1 et 0,5 mg/l. L’association requérante, qui se borne à soutenir que ces valeurs guides sont insuffisantes, ne démontre pas qu’en les retenant, une erreur manifeste d’appréciation aurait été commise.

20. Ensuite, si l’association requérante reproche à la disposition précitée 5B-03 de prévoir dans son intitulé une réduction des apports en azote sans toutefois recommander, à l’instar des concentrations en phosphore, des valeurs guides à ne pas dépasser, il ressort toutefois des pièces du dossier du SDAGE en litige que la réduction des apports azotés dans le domaine agricole selon des exigences plus sévères que celles résultant de la seule application de la « directive nitrate » est prévue dans d’autres mesures du programme. Ainsi, et alors que la requérante ne conteste pas la pertinence de ces autres mesures, la disposition 5B-03 ne peut, au seul motif qu’elle ne comprendrait pas de valeur guide propre aux apports azotés, être regardée comme entachée d’erreur manifeste d’appréciation.

21. En dernier lieu, contrairement à ce que soutient l’association requérante, le SDAGE Rhône-Méditerranée ne s’est pas borné à recommander des objectifs de qualité des eaux de surface, mais a bien fixé, comme l’imposent les dispositions de l’article L. 212-1 du code de l’environnement, un tel objectif.

22. Il résulte de l’ensemble de ce qui précède, et sans qu’il soit besoin de statuer sur la fin de non-recevoir opposée en défense, que l’association nationale pour la protection des eaux et rivières n’est pas fondée à demander l’annulation de l’arrêté du 21 mars 2022 par lequel le préfet du Rhône a approuvé SDAGE Rhône-Méditerranée 2022-2027. Elle n’est, en conséquence, pas non plus fondée à demander l’annulation du rejet de son recours gracieux.

Sur les conclusions à fin d’injonction :

23. Le présent jugement, qui rejette les conclusions à fin d’annulation, n’implique aucune mesure d’exécution. Les conclusions de la requête à fin d’injonction ne peuvent, par suite, qu’être rejetées.

Sur les frais liés au litige :

24. Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mise à la charge de l’Etat, qui n’est pas partie perdante, la somme réclamée sur leur fondement par l’association requérante.

D E C I D E :

Article 1er : La requête de l’association nationale pour la protection des eaux et rivières est rejetée.

Article 2 : Le présent jugement sera notifié à l’association nationale pour la protection des eaux et rivières et à la préfète du Rhône.

Délibéré après l’audience du 28 juin 2024, à laquelle siégeaient :

M. Besse, président,

M^me Allais, première conseillère,

Mme de Lacoste Lareymondie, première conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 12 juillet 2024.

La rapporteure,

A. Allais

Le président,

T. Besse

La greffière,

C. Réveillé

La République mande et ordonne au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires en ce qui le concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition,

Un greffier,