Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure :

I. La société Ragt Semences, société par actions simplifiée, a demandé au tribunal administratif de Toulouse la restitution, en sa qualité de société mère d’un groupe fiscalement intégré, d’un crédit d’impôt recherche à raison de dépenses exposées par sa filiale, la société Ragt 2N, au titre de l’année 2013.

Par un jugement n° 1800898 du 4 juillet 2019, le tribunal administratif de Toulouse a rejeté sa demande.

II. La société Ragt Semences a demandé au tribunal administratif de Toulouse la restitution, en sa qualité de société mère d’un groupe fiscalement intégré, d’un crédit d’impôt recherche à raison de dépenses exposées par sa filiale, la société Ragt 2N, au titre de l’année 2012.

Par un jugement n° 1704482 du 4 juillet 2019, le tribunal administratif de Toulouse a rejeté sa demande.

Procédure initiale devant la cour :

I. Par une requête, enregistrée le 11 septembre 2019, la société Ragt Semences, représentée par M^e Letranchant, demande à la cour :

1°) d’annuler le jugement n° 1800898 du tribunal administratif de Toulouse du 4 juillet 2019 ;

2°) de prononcer la restitution de la fraction d’un crédit d’impôt recherche d’un montant de 1 202 490 euros à raison de dépenses exposées par sa filiale la société Ragt 2N au titre de l’année 2013 ;

3°) de mettre à la charge de l’Etat les entiers dépens au titre de l’article R. 207-1 du livre des procédures fiscales et une somme de 10 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— la demande de remboursement de la créance de crédit d’impôt recherche ne constitue pas une réclamation contentieuse au sens de l’article L. 190 du livre des procédures fiscales ; dès lors, l’administration aurait dû respecter la procédure de rectification contradictoire prévue par les dispositions des articles L. 57 et L. 61 du livre des procédures fiscales pour contrôler et, le cas échéant, remettre en cause le montant du crédit d’impôt recherche ;

— la possibilité de remettre en cause le crédit d’impôt recherche sans respecter la procédure de rectification contradictoire entraîne une différence de traitement au détriment des entreprises qui ne peuvent imputer la totalité du crédit d’impôt recherche sur leur impôt sur les sociétés ;

— les dotations aux amortissements du A font partie des dépenses à comprendre dans les bases de calcul du crédit impôt recherche dès lors que ce patrimoine génétique acquis auprès de la société Serasem ne se confond pas avec l’objet même des opérations de recherche de la société Ragt 2N et doit être regardé comme ayant été acquis à l’état neuf, à l’instar des brevets et certificats d’obtention végétale mentionnés au f) du II de l’article 244 quater B du code général des impôts ; les dotations aux amortissements prises en compte dans les bases du crédit d’impôt par chacune de ces sociétés sont distinctes.

Par un mémoire en défense, enregistré le 2 avril 2020, le ministre de l’économie, des finances et de la relance conclut au rejet de la requête.

Il soutient que les moyens soulevés par la société requérante ne sont pas fondés.

Par un arrêt n° 19BX03562 du 9 novembre 2021, la cour administrative d’appel de Bordeaux a rejeté la requête de la société Ragt Semences.

II. Par une requête, enregistrée le 11 septembre 2019, la société Ragt Semences, représentée par M^e Letranchant, demande à la cour :

1°) d’annuler le jugement n° 1704482 du tribunal administratif de Toulouse du 4 juillet 2019 ;

2°) de prononcer la restitution de la fraction d’un crédit d’impôt recherche d’un montant de 1 204 146 euros à raison de dépenses exposées par sa filiale la société Ragt 2N au titre de l’année 2012 ;

3°) de mettre à la charge de l’Etat les entiers dépens au titre de l’article R. 207-1 du livre des procédures fiscales et une somme de 10 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— la demande de remboursement de la créance de crédit d’impôt recherche ne constitue pas une réclamation contentieuse au sens de l’article L. 190 du livre des procédures fiscales ; dès lors, en application de l’article L. 172 G du livre des procédures fiscales, le droit de reprise de l’administration avait expiré à compter du 1er janvier 2017 et la créance résultant du crédit d’impôt recherche déclarée en 2012 était intégralement remboursable ;

— la possibilité de remettre en cause le crédit d’impôt recherche postérieurement à la période triennale prévue par l’article L. 172 G du livre des procédures fiscales entraîne une différence de traitement au détriment des entreprises qui ne peuvent imputer la totalité du crédit d’impôt recherche sur leur impôt sur les sociétés ; il en résulte une rupture d’égalité devant la loi et devant les charges publiques ;

— les dotations aux amortissements du A font partie des dépenses à comprendre dans les bases de calcul du crédit impôt recherche dès lors que ce patrimoine génétique acquis auprès de la société Serasem ne se confond pas avec l’objet même des opérations de recherche de la société Ragt 2N et doit être regardé comme ayant été acquis à l’état neuf, à l’instar des brevets et certificats d’obtention végétale mentionnés au f) du II de l’article 244 quater B du code général des impôts ; les dotations aux amortissements prises en compte dans les bases du crédit d’impôt par chacune de ces sociétés sont distinctes.

Par un mémoire en défense, enregistré le 2 avril 2020, le ministre de l’économie, des finances et de la relance conclut au rejet de la requête.

Il soutient que les moyens soulevés par la société requérante ne sont pas fondés.

Par un arrêt n° 19BX03561 du 9 novembre 2021, la cour administrative d’appel de Bordeaux a rejeté la requête de la société Ragt Semences.

Par une décision n° 460229, 460230 du 27 janvier 2023, le Conseil d’Etat, statuant au contentieux, saisi d’un pourvoi présenté par la société Ragt Semences, a annulé ces arrêts et renvoyé les affaires à la cour administrative d’appel de Bordeaux.

Procédure devant la cour après renvoi du Conseil d’Etat :

I. Par des mémoires enregistrés sous le n° 23BX00290 les 26 juin 2023 et 26 février 2024, la société Ragt Semences, représentée par M^e Letranchant, conclut, s’agissant de l’année 2013, aux mêmes fins que précédemment par les mêmes moyens.

Par des mémoires enregistrés les 10 août 2023 et 25 avril 2024, le ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique conclut au rejet de la requête.

Il fait valoir que :

— faute de réclamation préalable, la demande devant le tribunal administratif n’était pas recevable ;

— les moyens invoqués sont infondés.

Par une ordonnance du 27 février 2024, la clôture de l’instruction a été fixée au 30 avril 2024 à 12h00.

II. Par des mémoires enregistrés sous le n° 23BX00291 les 26 juin 2023 et 26 février 2024, la société Ragt Semences, représentée par M^e Letranchant, conclut, s’agissant de l’année 2012, aux mêmes fins que précédemment par les mêmes moyens.

Par des mémoires enregistrés les 10 août 2023 et 25 avril 2024, le ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique conclut au rejet de la requête.

Il fait valoir que les moyens invoqués sont infondés.

Par une ordonnance du 27 février 2024, la clôture de l’instruction a été fixée au 30 avril 2024 à 12h00.

Vu les autres pièces des dossiers.

Vu :

— le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;

— le code monétaire et financier ;

— le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

— le rapport de M^me Elisabeth Jayat,

— les conclusions de M. Sébastien Ellie, rapporteur public,

— et les observations de M^e Letranchant, représentant la société Ragt Semences.

Considérant ce qui suit :

1. La société Ragt Semences, société mère d’un groupe fiscalement intégré auquel appartient la société Ragt 2N, qui exerce une activité de recherche en vue de la création de nouvelles variétés des principales espèces de semences de grande culture, a déclaré au titre des années 2012 et 2013 des dépenses de recherche donnant lieu au bénéfice du crédit d’impôt prévu par l’article 244 quater B du code général des impôts. L’administration fiscale a fait droit aux demandes de remboursement de la créance fiscale correspondant au reliquat de ce crédit d’impôt après imputation sur l’impôt sur les sociétés des trois dernières années, à l’exclusion notamment des dotations aux amortissements liées à la valeur d’un élément d’actif désigné sous le nom de A. La société Ragt Semences fait appel des deux jugements n° 1800898 et n° 1704482 du 4 juillet 2019, par lesquels le tribunal administratif de Toulouse a rejeté ses demandes tendant à la restitution de la quote-part de crédit d’impôt dont le remboursement a été refusé par l’administration, à hauteur de 1 204 146 euros au titre de l’année 2012 et de 1 202 490 euros au titre de l’année 2013.

2. Les deux requêtes d’appel de la société Ragt Semences présentent à juger des questions communes. Il y a lieu de les joindre pour statuer par un seul arrêt.

Sur la recevabilité de la demande de première instance s’agissant de la créance de crédit d’impôt au titre de l’année 2013 :

3. D’une part, aux termes de l’article 244 quater B du code général des impôts : « I. – Les entreprises industrielles et commerciales ou agricoles imposées d’après leur bénéfice réel () peuvent bénéficier d’un crédit d’impôt () ». Aux termes de l’article 199 ter B de ce code dans sa version alors en vigueur : « I. ' Le crédit d’impôt pour dépenses de recherche défini à l’article 244 quater B est imputé sur l’impôt sur le revenu dû par le contribuable au titre de l’année au cours de laquelle les dépenses de recherche prises en compte pour le calcul du crédit d’impôt ont été exposées. L’excédent de crédit d’impôt constitue au profit de l’entreprise une créance sur l’Etat d’égal montant. Cette créance est utilisée pour le paiement de l’impôt sur le revenu dû au titre des trois années suivant celle au titre de laquelle elle est constatée puis, s’il y a lieu, la fraction non utilisée est remboursée à l’expiration de cette période () ». L’article 199 ter B du même code dispose que : « I. – Le crédit d’impôt pour dépenses de recherche défini à l’article 244 quater B est imputé sur l’impôt sur le revenu dû par le contribuable au titre de l’année au cours de laquelle les dépenses de recherche prises en compte pour le calcul du crédit d’impôt ont été exposées. L’excédent de crédit d’impôt constitue au profit de l’entreprise une créance sur l’Etat d’égal montant. Cette créance est utilisée pour le paiement de l’impôt sur le revenu dû au titre des trois années suivant celle au titre de laquelle elle est constatée puis, s’il y a lieu, la fraction non utilisée est remboursée à l’expiration de cette période () ».

4. Aux termes de l’article L. 190 du livre des procédures fiscales : « Les réclamations relatives aux impôts, contributions, droits, taxes, redevances, soultes et pénalités de toute nature, établis ou recouvrés par les agents de l’administration, relèvent de la juridiction contentieuse lorsqu’elles tendent à obtenir soit la réparation d’erreurs commises dans l’assiette ou le calcul des impositions, soit le bénéfice d’un droit résultant d’une disposition législative ou réglementaire () ».

5. Pour l’application de ces dispositions combinées, la demande de remboursement du solde d’un crédit d’impôt recherche, présentée sur le fondement des dispositions précitées de l’article 199 ter B du code général des impôts, constitue une réclamation, au sens de l’article L. 190 du livre des procédures fiscales.

6. D’autre part, aux termes de l’article R. 421-5 du code de justice administrative : « Les délais de recours contre une décision administrative ne sont opposables qu’à la condition d’avoir été mentionnés, ainsi que les voies de recours, dans la notification de la décision ». L’article R. 190-1 du livre des procédures fiscales dispose que : « Le contribuable qui désire contester tout ou partie d’un impôt qui le concerne doit d’abord adresser une réclamation au service territorial, selon le cas, de la direction générale des finances publiques ou de la direction générale des douanes et droits indirects dont dépend le lieu de l’imposition ». Par ailleurs, il résulte des dispositions des articles R 197-3, R 197-4 et R 200-2 du livre des procédures fiscales que si une réclamation présentée par une personne, qui n’a ni qualité ni mandat pour le faire est irrecevable, ce vice de forme peut, en l’absence de demande de régularisation adressée par l’administration dans les conditions prévues à l’article R 197-3, c, être régularisé par le contribuable dans sa demande devant le tribunal administratif jusqu’à l’expiration du délai imparti au contribuable pour présenter cette demande.

7. De troisième part, lorsqu’une cession de créance portant sur un crédit d’impôt intervient avant l’introduction d’une demande tendant au remboursement de cette créance devant un tribunal, l’établissement de crédit cessionnaire, comme le cédant, a qualité pour agir devant le juge de l’impôt afin d’obtenir le paiement de cette créance, indépendamment des procédures de notification de la cession de créance ou d’acceptation de cette cession par le débiteur.

8. Le 23 juin 2015, la société Ragt Semences a cédé à la société Natixis la créance de crédit d’impôt recherche qu’elle estimait détenir sur l’Etat au titre de l’année 2013 sous le régime prévu à l’article L. 313-23 du code monétaire et financier. L’administration fiscale a, le même jour, accusé réception de la notification de cette cession de créance. Le 3 juillet 2017, la société Natixis a formé une réclamation préalable tendant au remboursement de cette créance par l’Etat pour un montant de 8 581 452 euros. Le 26 décembre 2017, l’administration fiscale a rendu une décision sur cette réclamation, admettant le remboursement d’un crédit d’impôt recherche à hauteur de 7 378 962 euros et portant rejet de la réclamation pour le surplus, soit 1 202 490 euros. Il résulte de l’instruction que la décision de l’administration du 26 décembre 2017 rejetant partiellement la réclamation de la société Natixis est adressée à la seule société Ragt Semences et que le courrier de notification de cette décision lui indique qu’elle a deux mois pour saisir la juridiction compétente d’un recours contentieux et ne lui demande aucune régularisation de la réclamation préalable rejetée, émanant de la société Natixis. Dans ces circonstances particulières, la société Ragt Semences doit être regardée comme ayant pu valablement présenter en son nom une demande devant le tribunal administratif alors même que la réclamation préalable émanait de la société Natixis. Ainsi, la fin de non-recevoir tirée de l’absence de réclamation préalable invoquée par l’administration en défense doit être écartée.

Sur le droit au remboursement des crédits d’impôt en litige :

9. Aux termes de l’article 244 quater B du code général des impôts : " I. Les entreprises industrielles et commerciales ou agricoles () peuvent bénéficier d’un crédit d’impôt au titre des dépenses de recherche qu’elles exposent au cours de l’année. () II. Les dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d’impôt sont : / a) Les dotations aux amortissements des immobilisations, créées ou acquises à l’état neuf et affectées directement à la réalisation d’opérations de recherche scientifique et technique, y compris la réalisation de prototypes ou d’installations pilotes. () / f) Les dotations aux amortissements des brevets et des certificats d’obtention végétale acquis en vue de réaliser des opérations de recherche et de développement expérimental ; / () ".

10. Il résulte de l’instruction que par convention du 30 juin 2011, la société Serasem a cédé à la société Ragt 2N, pour 17 650 568 euros, du matériel végétal génétique dénommé A, constitué notamment de graines, plants, plantes, cellules germinales et études sur ce matériel. L’administration a refusé de prendre en compte, pour déterminer le crédit d’impôt recherche remboursable au titre des recherches réalisées par la société Ragt 2N, la dotation aux amortissements pratiquée par le groupe sur ces éléments d’actif – A Serasem Céréales, A Serasem Colza et A Protéagineux – en estimant que ce matériel génétique constituait non un bien amortissable affecté aux opérations de recherche de la société Ragt 2N mais l’objet même des travaux de recherche de cette société et, à supposer qu’il s’agisse d’un élément d’actif amortissable, qu’il ne s’agissait pas d’une immobilisation créée ou acquise à l’état neuf comme l’exigent les dispositions précitées.

11. En premier lieu, la société requérante expose que le A constitue le matériel génétique utilisé par la société Ragt 2N pour réaliser ses recherches et en particulier les croisements et analyses des caractéristiques génétiques des plantes récoltées en vue de développer de nouvelles variétés de végétaux susceptibles d’être commercialisées et qu’il est nécessaire à l’enrichissement du matériel génétique à sa disposition, permettant d’augmenter les chances de succès de créer de nouvelles variétés commercialisables. Si l’administration fiscale soutient que le A ne serait pas un produit achevé et constituerait l’objet même des recherches de la société Ragt 2N, aucun élément de l’instruction ne permet de considérer que tel serait le cas dès lors que la société Ragt 2N crée, à partir du matériel génétique acquis, de nouvelles variétés de semences distinctes de celles acquises initialement. Ainsi, le A doit être regardé comme un élément d’actif amortissable, affecté aux travaux de recherche de la société Ragt 2N, et ce sans qu’il en puisse en résulter une double prise en compte des dotations aux amortissements, d’une part, de la société Serasem au titre du crédit d’impôt recherche dont elle a précédemment bénéficié à raison de ses propres recherches et, d’autre part, de la société Ragt 2N au titre du crédit d’impôt sollicité à raison des recherches menées à partir du matériel génétique acquis par elle.

12. En second lieu, la circonstance invoquée par l’administration que les travaux menés par la société Ragt 2N sur le A se situeraient dans la continuité méthodologique et scientifique de ceux déjà engagés par la société Serasem ne fait pas obstacle à ce que cet élément d’actif immobilisé soit regardé comme acquis à l’état neuf pour l’application du a du II de l’article 244 quater B du code général des impôts.

13. Il résulte de ce qui précède que les dotations aux amortissements pratiquées par la société et que l’administration fiscale a refusé de prendre en compte en l’espèce portent sur une immobilisation acquise à l’état neuf et affectée directement à la réalisation d’opérations de recherche scientifique et technique. Ainsi, sans qu’il soit besoin de se prononcer sur les autres moyens soulevés par la société Ragt Semences, cette société est fondée à soutenir que c’est à tort que, par les jugements attaqués, le tribunal administratif a refusé de faire droit à sa demande tendant à la restitution de la quote-part de crédit d’impôt dont le remboursement a été refusé par l’administration, à hauteur de 1 204 146 euros au titre de l’année 2012 et de 1 202 490 euros au titre de l’année 2013.

Sur les frais liés au litige :

14. Il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce, de mettre à la charge de l’Etat le versement des sommes de 1 500 euros à la société Ragt Semences dans chacune des deux instances.

DECIDE :

Article 1er : Les jugements n° 1800898 et n° 1704482 du 4 juillet 2019 du tribunal administratif de Toulouse sont annulés.

Article 2 : Il est ordonné le remboursement de crédits d’impôt recherche à raison des dépenses de recherche exposées par la société Ragt 2N, à hauteur de 1 204 146 euros au titre de l’année 2012 et de 1 202 490 euros au titre de l’année 2013.

Article 3 : L’Etat versera à la société Ragt Semences la somme de 3 000 euros en application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 4 : Le présent arrêt sera notifié au ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique et à la société Ragt Semences.

Une copie en sera adressée à la direction spécialisée de contrôle fiscal sud-ouest.

Délibéré après l’audience du 18 juin 2024 à laquelle siégeaient :

M^me Elisabeth Jayat, présidente,

M^me Karine Butéri, présidente assesseure,

M^me Héloïse Pruche-Maurin, première conseillère,

Rendu public par mise à disposition au greffe le 9 juillet 2024.

La présidente assesseure,

Karine ButériLa présidente-rapporteure

Elisabeth Jayat

La greffière,

Virginie Santana

La République mande et ordonne au ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique, en ce qui le concerne, et à tous commissaires de justice à ce requis, en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution du présent arrêt.

2, 23BX00291