Vu la procédure suivante :

Par un arrêt avant-dire droit n° 22LY02146 du 12 juin 2024, la cour, en application de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, a sursis à statuer sur les conclusions de l’association France Nature Environnement (FNE) Ain tendant à l’annulation de l’arrêté du préfet de l’Ain du 6 novembre 2019 autorisant la société Cemex Granulats Rhône Méditerranée à exploiter une carrière alluvionnaire sur le territoire de la commune de Jayat, pour permettre au préfet, avant l’expiration du délai imparti, de produire une autorisation modificative en vue de régulariser les vices tirés de l’incomplétude de l’étude d’impact s’agissant de l’analyse des incidences du projet sur les différentes fonctionnalités des zones humides et de l’insuffisance des mesures de compensation en découlant.

Par deux mémoires, enregistrés les 22 décembre 2025 et 6 février 2026, la société Cemex Granulats Rhône Méditerranée, représentée par la société d’avocats Gury et Maitre, a produit deux arrêtés modificatifs des 5 décembre 2025 et 26 janvier 2026 délivrés par la préfète de l’Ain et persiste dans ses conclusions à fin de rejet.

Elle soutient que :

 – l’arrêté du 5 décembre 2025 régularise les vices retenus par la cour ;

 – les moyens soulevés par la requérante postérieurement à l’arrêt avant-dire-droit ne sont pas fondés.

Par deux mémoires, enregistrés les 16 janvier et 2 mars 2026, l’association FNE Ain, représentée par M^e Dubreuil, persiste dans ses conclusions à fin d’annulation des arrêtés édictés les 6 novembre 2019, 5 décembre 2025 et 28 janvier 2026.

Elle soutient que :

 – l’arrêté du 5 décembre 2025 n’a pas régularisé les vices retenus par la cour ; les compléments de l’étude d’impact auraient dû être soumis à un nouvel avis de l’autorité environnementale dans le cadre de l’enquête publique réalisée du 19 mai au 6 juin 2025 ;

 – les garanties de mise en œuvre de mesures de compensation sont insuffisantes ;

 – le projet est incompatible avec le schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) Rhône-Méditerranée 2022-2027.

Par deux mémoires, enregistrés les 6 février et 17 mars 2026, ce dernier mémoire n’ayant pas été communiqué, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature persiste dans ses conclusions à fin de rejet.

Elle fait valoir que les vices retenus par la cour ont été régularisés et que les moyens soulevés par l’association FNE Ain ne sont pas fondés.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

 – le code de l’environnement ;

 – le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

 – le rapport de M^me Vanessa Rémy-Néris, première conseillère,

 – les conclusions de M^me Bénédicte Lordonné, rapporteure publique,

 – et les observations de M. A… pour l’association FNE Ain et de M^e Illescas pour la société Cemex Granulats Rhône Méditerranée.

Une note en délibéré enregistrée le 30 avril 2026 a été produite pour l’association FNE Ain.

Considérant ce qui suit :

1. Par un arrêt avant-dire droit du 12 juin 2024, la cour, en application de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, a sursis à statuer sur les conclusions présentées par l’association France Nature Environnement (FNE) Ain à l’encontre de l’arrêté du 6 novembre 2019 par lequel le préfet de l’Ain a délivré à la société Cemex Granulats Rhône Méditerranée une autorisation au titre des installations classées pour la protection de l’environnement en vue de l’exploitation d’une carrière alluvionnaire sur le territoire de la commune de Jayat, pour permettre à l’État, jusqu’à l’expiration du délai imparti, de produire un arrêté modificatif régularisant les vices tenant à l’incomplétude de l’étude d’impact s’agissant de l’analyse des incidences du projet sur les différentes fonctionnalités des zones humides et à l’insuffisance des mesures de compensation en découlant. La société pétitionnaire a transmis un arrêté modificatif de régularisation du 5 décembre 2025 ainsi qu’un nouvel arrêté modificatif du 28 janvier 2026 édictés par la préfète de l’Ain, après une procédure d’information et de participation du public organisée du 19 mai au 6 juin 2025 et le dépôt le 14 octobre 2025 par la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement, chargée de l’inspection des installations classées, de son rapport.

Sur la régularisation des vices relevés par l’arrêt avant dire droit :

2. Aux termes de l’article L. 181-18 du code de l’environnement : « I. – Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre une autorisation environnementale, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés :(…) / 2° Qu’un vice entraînant l’illégalité de cet acte est susceptible d’être régularisé par une autorisation modificative peut, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, surseoir à statuer jusqu’à l’expiration du délai qu’il fixe pour cette régularisation. Si une telle autorisation modificative est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations ».

3. Il appartient au juge du plein contentieux des installations classées pour la protection de l’environnement d’apprécier le respect des règles relatives à la forme et la procédure régissant la demande d’autorisation au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date de délivrance de l’autorisation et celui des règles de fond régissant le projet en cause au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date à laquelle il se prononce, sous réserve du respect des règles d’urbanisme qui s’apprécie au regard des circonstances de fait et de droit applicables à la date de l’autorisation.

En ce qui concerne l’insuffisance de l’étude d’impact quant aux fonctionnalités des zones humides :

4. Aux termes de l’article L. 163-1 du code de l’environnement : « I. – Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité sont les mesures prévues au 2° du II de l’article L. 110-1 et rendues obligatoires par un texte législatif ou réglementaire pour compenser, dans le respect de leur équivalence écologique, les atteintes prévues ou prévisibles à la biodiversité occasionnées par la réalisation d’un projet de travaux ou d’ouvrage ou par la réalisation d’activités ou l’exécution d’un plan, d’un schéma, d’un programme ou d’un autre document de planification. Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité visent un objectif d’absence de perte nette, voire de gain de biodiversité. Elles doivent se traduire par une obligation de résultats et être effectives pendant toute la durée des atteintes. Elles ne peuvent pas se substituer aux mesures d’évitement et de réduction. Si les atteintes liées au projet ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, celui-ci n’est pas autorisé en l’état. / II. – Toute personne soumise à une obligation de mettre en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité y satisfait soit directement, soit en confiant, par contrat, la réalisation de ces mesures à un opérateur de compensation défini au III du présent article, soit en acquérant des unités de compensation, de restauration ou de renaturation dans le cadre d’un site naturel de compensation, de restauration et de renaturation défini à l’article L. 163-1 A. Lorsque la compensation porte sur un projet, un plan ou un programme soumis à évaluation environnementale, la nature des compensations proposées par le maître d’ouvrage est précisée dans l’étude d’impact présentée par le pétitionnaire avec sa demande d’autorisation. (…) ».

5. Il résulte de l’arrêt rendu le 12 juin 2024 que la cour a retenu le vice tiré de l’insuffisance de l’étude d’impact produite par la société pétitionnaire qui s’est bornée à circonscrire l’état initial des zones humides affectées par le projet à leur fonctionnalité dans le cadre de l’accomplissement du cycle biologique sans prendre en compte les fonctionnalités hydrauliques et biogéochimiques de ces zones humides et ainsi identifier et qualifier les fonctions perdues des zones humides détruites conformément à la méthode nationale d’évaluation des fonctions des zones humides (MNEFZH) développée par l’Office national de l’eau et des milieux aquatiques (ONEMA). Il résulte de l’instruction que, dans le cadre de l’étude d’impact actualisée, la société Cemex Granulats Rhône Méditerranée produit un complément intitulé « 2.7 Impacts et mesures sur les zones humides » figurant en page 271 et suivantes rappelant qu’une surface de 40,35 ha de zones humides est impactée par le projet, qu’une surface de 12,93 ha est évitée soit une surface restante de 24,75 ha (avec valeur retenue de 25,05 ha) ce qui induit une surface à compenser selon les préconisations du SDAGE de 200 % soit 50,1 ha. Ce volet actualisé de l’étude d’impact précise les fonctionnalités des zones humides impactées par le projet et énumère celles qui seront partiellement ou totalement dégradées. L’étude identifie trois secteurs sur la commune de Jayat éligibles à la compensation et indique les mesures de compensation pressenties sur ceux-ci. Elle identifie également une seconde enveloppe de 388,40 ha de parcelles éligibles aux alentours du projet. Le tableau 51 fait état de ce que les mesures de compensation envisagées tiennent compte de l’ensemble des fonctionnalités perdues.

6. Il ressort de ce qui a été énoncé que l’étude d’impact actualisée fait état des fonctionnalités perdues des zones humides impactées par le projet et présente les mesures de compensation envisagées. Il ressort également de l’annexe 4 à cette étude que la société pétitionnaire a mis en œuvre la méthode nationale d’évaluation des fonctions des zones humides figurant dans un guide publié par l’ONEMA en 2016 sur le site impacté et présenté l’analyse des fonctionnalités du site et une évaluation de la vraisemblance d’équivalence fonctionnelle au regard des fonctionnalités perdues avant et après projet sur le site impacté. Si l’association requérante reproche à la société pétitionnaire de ne pas présenter cette analyse sur les sites de compensation situés en dehors du site impacté en se prévalant des préconisations de la méthode nationale, l’étude d’impact précise que les « mesures de compensation doivent encore être définies plus précisément d’un point de vue technique et surfacique en vue de trouver leur forme définitive » et le planning prévisionnel précise qu’en mai 2025, il a été procédé à la validation de l’équivalence fonctionnelle et surfacique entre la zone impactée et les sites de compensation. Dans ces conditions, la requérante n’est pas fondée à soutenir que le vice retenu par la cour tiré de ce que l’étude d’impact n’a pas identifié et qualifié les fonctions perdues des zones humides détruites par le projet ne serait pas régularisé.

En ce qui concerne l’insuffisance des mesures de compensation envisagées :

7. Il résulte en outre de l’arrêt rendu le 12 juin 2024 que la cour a également retenu le vice tiré de l’insuffisance des mesures de compensation envisagées lesquelles ne permettent pas d’atteindre un objectif d’absence de perte nette de biodiversité permettant la préservation et la gestion durable des zones humides définies à l’article L. 211-1 du code de l’environnement. L’association requérante n’apporte aucun élément de nature à contredire les résultats de l’étude d’impact actualisée s’agissant des fonctionnalités perdues des zones humides impactées par le projet et des mesures de compensation envisagées. Aucun élément ne démontre que celles-ci seraient insuffisantes pour atteindre un objectif d’absence de perte nette de biodiversité permettant la préservation et la gestion durable des zones humides. A ce titre, tant le commissaire-enquêteur, dans son avis du 20 juin 2025, que l’inspecteur des installations classées, dans son rapport du 14 octobre 2025, ont estimé que les mesures de compensation envisagées consistant en des opérations de recréation de bras-morts, de reprofilage des berges, de plantation de forêts riveraines et de haies et de pose de clôtures « sont de nature à permettre une reconstitution intégrale des fonctionnalités altérées par le projet » et qu’une étude attentive du dossier actualisé " permet de relever une stricte observation des prescriptions formulées par la [mission régionale d’autorité environnementale] « . En outre, l’article 8.3.3. de l’arrêté initial, modifié par l’arrêté du 28 janvier 2026, prescrit qu’un suivi des mesures compensatoires » sera mis en place afin de vérifier leur mise en place effective, estimer leur efficacité au regard de l’évaluation de l’équivalence fonctionnelle entre les impacts et les compensations réalisées et proposer des actions d’entretien voire des actions correctives si l’efficacité d’une mesure compensatoire est compromise. ". Enfin, l’article 8.3.1 de cet arrêté prévoit que la totalité des conventions à conclure avec les propriétaires de parcelles éligibles aux mesures de compensation doit être signée avant le 1er mai 2026. L’arrêté en litige doit ainsi être regardé comme imposant à la société pétitionnaire une obligation de résultat quant à l’effectivité des mesures compensatoires envisagées. Dans ces conditions, la requérante n’est pas fondée à soutenir que les mesures compensatoires ne seraient ni identifiées de manière précise ni évaluées dans leur gain fonctionnel et que leur réalisation ne serait pas garantie. Il y a lieu, dès lors, de considérer que le second vice retenu par la cour a été également régularisé.

Sur les autres moyens soulevés :

8. En premier lieu, aux termes de l’article R. 181-19 du code de l’environnement : « (…) Lorsque la demande d’autorisation environnementale se rapporte à un projet ayant fait l’objet d’une étude d’impact préalablement au dépôt d’une demande d’autorisation environnementale et que cette étude d’impact est actualisée dans les conditions prévues au III de l’article L. 122-1-1, l’autorité environnementale est consultée sur l’étude d’impact actualisée. ». Aux termes du III de l’article L. 122-1-1 du même code : « III.-Les incidences sur l’environnement d’un projet dont la réalisation est subordonnée à la délivrance de plusieurs autorisations sont appréciées lors de la délivrance de la première autorisation. / Lorsque les incidences du projet sur l’environnement n’ont pu être complètement identifiées ni appréciées avant l’octroi de cette autorisation, le maître d’ouvrage actualise l’étude d’impact en procédant à une évaluation de ces incidences, dans le périmètre de l’opération pour laquelle l’autorisation a été sollicitée et en appréciant leurs conséquences à l’échelle globale du projet. En cas de doute quant à l’appréciation du caractère notable de celles-ci et à la nécessité d’actualiser l’étude d’impact, il peut consulter pour avis l’autorité environnementale. Sans préjudice des autres procédures applicables, les autorités mentionnées au V de l’article L. 122-1 donnent un nouvel avis sur l’étude d’impact ainsi actualisée, dans le cadre de l’autorisation sollicitée. (…) ».

9. L’association requérante soutient, dès lors notamment que la cour avait remis en cause l’efficacité des mesures de compensation prévues initialement pour les zones humides impactées par le projet au regard des interrogations de la mission régionale de l’autorité environnementale (MRAE) sur la nature même des mesures de compensation prévues par la société pétitionnaire, que les compléments de l’étude d’impact auraient dû à nouveau être soumis à l’autorité environnementale dans le cadre de l’enquête publique réalisée du 19 mai au 6 juin 2025. Toutefois, si elle se prévaut au soutien de son moyen des dispositions de l’article R. 181-19 du code de l’environnement renvoyant au III de l’article L. 122-1-1 du même code, elle ne conteste pas le fait que ces dispositions ne sont pas applicables en l’espèce, la réalisation du projet en cause n’étant pas subordonnée à la délivrance de plusieurs autorisations. En outre, il ressort des pièces du dossier que les insuffisances relevées par la MRAE sur la nature même des mesures de compensation prévues par la société pétitionnaire n’ont pas fait obstacle à ce que cette autorité s’estime suffisamment éclairée pour délivrer son avis sur le projet considéré. Les modifications apportées dans le cadre de l’étude d’impact actualisée ne sauraient être ainsi regardées, et en tout état de cause, comme notables. Dans ces conditions, la société pétitionnaire n’était pas tenue de soumettre l’étude d’impact actualisée à une nouvelle saisine de la MRAE. Par suite, et sans qu’il soit utile pour la cour de mettre dans la cause la MRAE en vertu des dispositions de l’article R. 625-3 du code de justice administrative, le moyen soulevé doit être écarté.

10. En second lieu, si la requérante se prévaut à nouveau de l’incompatibilité de l’autorisation délivrée avec les préconisations du SDAGE Rhône-Méditerranée 2022-2027, la cour a déjà écarté ce moyen dans son arrêt avant-dire-droit du 12 juin 2024. Un tel moyen ne peut, dans la présente instance, qu’être écarté.

11. Par suite, les conclusions à fin d’annulation présentées par l’association FNE Ain de l’arrêté du 6 novembre 2019, tel que modifié par les arrêtés des 5 décembre 2025 et 28 janvier 2026, doivent être rejetées.

Sur les frais liés au litige :

12. Il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce, de laisser à la charge de chaque partie ses frais d’instance.

DÉCIDE :

Article 1er : La requête présentée par l’association FNE Ain est rejetée.

Article 2 : Le surplus des conclusions présentées par la société Cemex Granulats Rhône Méditerranée est rejeté.

Article 3 : Le présent arrêt sera notifié à l’association France Nature Environnement Ain, à la société Cemex Granulats Rhône Méditerranée et à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature.

Copie en sera adressée à la préfète de l’Ain.

Délibéré après l’audience du 28 avril 2026 à laquelle siégeaient :
M^me Aline Evrard, présidente de la formation de jugement en application de l’article R. 222-26 du code de justice administrative,
M. Joël Arnould, premier conseiller,
M^me Vanessa Rémy-Néris, première conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe, le 19 mai 2026.

La rapporteure,

Vanessa Rémy-NérisLa présidente,

Aline Evrard

La greffière,

Péroline Lanoy

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition conforme,

La greffière

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N° 22LY02146