Vu la procédure suivante :

Par une requête et un mémoire, enregistrés les 13 avril 2023, 22 août 2024 et 25 juin 2025, l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté demande au tribunal, dans le dernier état de ses écritures :

1°) d’annuler la décision du 8 février 2023 par laquelle le préfet du Jura a refusé de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, dans le cadre d’un projet d’implantation d’un parc photovoltaïque à Mantry (Jura) ;

2°) d’enjoindre au préfet du Jura de mettre en demeure, conformément à l’article L. 171-7 du code de l’environnement, Total Energies de déposer un dossier de dérogation au titre du régime des espèces protégées et des habitats d’espèces protégées, dans un délai d’un mois à compter de la notification du jugement et d’assortir cette injonction d’une astreinte de cent euros par jour de retard ;

3°) de mettre à la charge de l’Etat la somme de 2 350 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

— l’évaluation des enjeux écologiques résultant de l’étude d’impact réalisée dans le cadre de la procédure de permis de construire présente des lacunes ;

— le projet concerne cinquante espèces protégées d’oiseaux, dont quarante-cinq ont été observées en période de nidification et treize présentent un statut de conservation précaire, quinze espèces de chiroptères dont plusieurs à enjeu patrimonial, des amphibiens et des reptiles, il incombait par conséquent à la société TotalEnergies de déposer un dossier de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement ;

— les mesures de réduction et d’évitement proposées par TotalEnergies sont insuffisantes, le report des espèces sur d’autres milieux limitrophes n’étant en outre pas envisageable ;

— aucune mesure compensatoire n’est prévue, et les mesures d’accompagnement sont insuffisantes ;

— le refus du préfet méconnaît les articles L. 110-1 et L. 171-7 du code de l’environnement ;

— dans le cadre d’un projet similaire de parc solaire sur la commune de Mantry, l’exploitant s’est engagé à déposer un dossier de demande de dérogation au titre du régime des espèces protégées et des habitats d’espèces protégées.

Par des mémoires en défense enregistrés les 13 novembre 2023, 15 février et 31 octobre 2024, et un mémoire enregistré le 20 juin 2025 non communiqué, le préfet du Jura conclut au rejet de la requête.

Il fait valoir que :

— la requête est irrecevable en raison de sa tardiveté, dès lors que la décision attaquée est confirmative de l’arrêté de permis de construire du 1er août 2022 ;

— les moyens soulevés par l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté ne sont pas fondés.

Par des mémoires enregistrés les 5 février 2024 et 16 juin 2025, la société TotalEnergies Renouvelables France, représentée par M^e Gelas conclut :

— au rejet de la requête ;

— subsidiairement, à ce que le tribunal sursoit à statuer en application des dispositions de l’article L. 181-18 du code de l’environnement pendant le temps nécessaire à l’instruction d’une demande d’autorisation modificative ;

— à ce que la somme de 2 000 euros soit mise à la charge de l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté, sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle fait valoir que :

— la requête est irrecevable en raison de sa tardiveté et du défaut d’intérêt à agir de l’association requérante ;

— les moyens soulevés par l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté ne sont pas fondés.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

— le code de l’environnement ;

— l’arrêté du 19 février 2007 fixant les conditions de demande et d’instruction des dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement portant sur des espèces de faune et de flore sauvages protégées ;

— l’arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

— l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

— l’arrêté du 8 janvier 2021 fixant la liste des amphibiens et des reptiles représentés sur le territoire métropolitain protégés sur l’ensemble du territoire national et les modalités de leur protection ;

— le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

— le rapport de M^me Goyer-Tholon, conseillère ;

— les conclusions de M^me Guitard, rapporteure publique ;

— les observations de M. A, pour l’association commission protection des eaux de Franche-Comté et de M^e Boudrot substituant M^e Gelas, pour la société Total Energies Renouvelables.

Une note en délibérée, déposée par la société Total Energies Renouvelables, a été enregistrée le 9 juillet 2025.

Considérant ce qui suit :

1. Le 1er août 2022, le préfet du Jura a accordé un permis de construire pour l’implantation d’un parc photovoltaïque à Mantry (Jura) à la société TotalEnergies Renouvelables France. La demande concernait un délaissé autoroutier de l’autoroute A39, sur une surface de 5 hectares environ, pour un parc solaire composé de 7920 modules photovoltaïques. Ce projet a été soumis à étude d’impact et à enquête publique. La commission de protection des eaux de Franche-Comté (CPEPESC), par un courrier du 29 novembre 2022, a demandé au préfet du Jura de mettre en demeure la société Total Energies Renouvelables France de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de la destruction d’espèces protégées et de leurs habitats, dans les formes prévues à l’arrêté ministériel modifié du 19 février 2007 fixant les conditions de demande et d’instruction des dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. Par une décision du 8 février 2023, le préfet du Jura a expressément refusé cette demande. Par la présente requête, la CPEPESC demande l’annulation de cette décision.

Sur les fins de non-recevoir soulevées par le préfet du Jura et la société Total Energies Renouvelables :

2. En premier lieu, aux termes de l’article R. 421-1 du code de justice administrative : « La juridiction ne peut être saisie que par voie de recours formé contre une décision, et ce, dans les deux mois à partir de la notification ou de la publication de la décision attaquée () ».

3. D’une part, la décision attaquée, datée du 8 février 2023, a été adressée par lettre simple à l’association requérante qui affirme l’avoir reçue le 14 février 2023, soit moins de deux mois avant le dépôt de sa requête, déposée le 13 avril 2023. En l’absence de toute justification, par l’administration, de la date de réception effective dudit courrier par la CPEPESC, la requête ne saurait être regardée comme tardive. Par suite, la fin de non-recevoir tirée de la tardiveté de la requête doit être écartée.

4. D’autre part, le préfet du Jura se prévaut du caractère confirmatif de la décision du 8 février 2023, refusant de mettre en demeure la société Total Energies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés, au regard de l’arrêté du 1er août 2022, lequel porte permis de construire et mentionne l’absence de nécessité de dérogation au titre des espèces protégées. Toutefois, ces deux décisions ne répondant pas aux mêmes demandes et n’ayant pas le même objet, la première ne saurait être considérée comme confirmative de la seconde. Par suite, la fin de non-recevoir tirée de la tardiveté de la requête en raison du caractère confirmatif de la décision attaquée doit être écartée.

5. En second lieu, l’association CPEPESC est une association régionale dont le siège social est situé à Besançon, et qui a pour objet social, selon ses statuts, de « susciter et de développer l’étude et la protection de la nature, de l’environnement et du patrimoine ». Elle est déclarée en préfecture et a vu son agrément au titre de la protection de l’environnement renouvelé pour une durée de cinq ans par arrêté du préfet du Doubs n°25-2018-09-11-003 du 11 septembre 2018, régulièrement publié au recueil des actes administratifs. Elle avait donc, à la date du dépôt de sa requête le 13 avril 2023, intérêt lui donnant qualité pour agir à l’encontre de la décision du 8 février 2023 par laquelle le préfet du Jura a refusé de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. Par suite, la fin de non-recevoir opposée en défense par la société TotalEnergies Renouvelables France sur ce fondement doit être écartée.

Sur l’absence de demande de dérogation au titre du régime des espèces protégées :

Sans qu’il soit besoin de statuer sur les autres moyens de la requête :

6. Aux termes de l’article L. 411-1 du code de l’environnement : " I. – Lorsqu’un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l’écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d’intérêt géologique, d’habitats naturels, d’espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits: / 1° La destruction ou l’enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d’animaux de ces espèces ou, qu’ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ; () / 3° La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces () « . Aux termes de l’article L. 411-2 du même code : » I. – Un décret en Conseil d’Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : () / 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l’article L. 411-1, à condition qu’il n’existe pas d’autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l’autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : a) Dans l’intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels ; / b) Pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l’élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d’autres formes de propriété ; / c) Dans l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ; / d) A des fins de recherche et d’éducation, de repeuplement et de réintroduction de ces espèces et pour des opérations de reproduction nécessaires à ces fins, y compris la propagation artificielle des plantes ; / e) Pour permettre, dans des conditions strictement contrôlées, d’une manière sélective et dans une mesure limitée, la prise ou la détention d’un nombre limité et spécifié de certains spécimens () « . Aux termes de l’article R. 411-6 du même code : » Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 sont accordées par le préfet, sauf dans les cas prévus aux articles R. 411-7 et R. 411-8. / Le silence gardé pendant plus de quatre mois par l’autorité administrative sur une demande de dérogation vaut décision de rejet. / Toutefois, lorsque la dérogation est sollicitée pour un projet entrant dans le champ d’application de l’article L. 181-1, l’autorisation environnementale prévue par cet article tient lieu de la dérogation définie par le 4° de l’article L. 411-2. La demande est alors instruite et délivrée dans les conditions prévues par le chapitre unique du titre VIII du livre Ier pour l’autorisation environnementale et les dispositions de la présente sous-section ne sont pas applicables « . Aux termes de l’article R. 411-11 du même code : » Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 précisent les conditions d’exécution de l’opération concernée. Elles peuvent être subordonnées à la tenue d’un registre () « . Aux termes de l’article R. 411-12 du même code : » Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 peuvent être suspendues ou révoquées, le bénéficiaire entendu, si les conditions fixées ne sont pas respectées « . Aux termes de l’article 2 de l’arrêté du 19 février 2007 du ministre de l’agriculture et de la pêche et de la ministre de l’écologie et du développement durable fixant les conditions de demande et d’instruction des dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement portant sur des espèces de faune et de flore sauvages protégées : » La demande de dérogation () comprend : () La description, en fonction de la nature de l’opération projetée : () s’il y a lieu, des mesures d’atténuation ou de compensation mises en œuvre, ayant des conséquences bénéfiques pour les espèces concernées () « . Aux termes de l’article 4 de cet arrêté, la décision précise, en cas d’octroi d’une dérogation, » la motivation de celle-ci et, en tant que de besoin, en fonction de la nature de l’opération projetée, les conditions de celles-ci, notamment : () nombre et sexe des spécimens sur lesquels porte la dérogation « et » s’il y a lieu, mesures de réduction ou de compensation mises en œuvre, ayant des conséquences bénéfiques pour les espèces concernées ainsi qu’un délai pour la transmission à l’autorité décisionnaire du bilan de leur mise en œuvre ". Les arrêtés ministériels du 23 avril 2007, du 29 octobre 2009 et du 8 janvier 2021 fixent, respectivement, la liste des mammifères terrestres, des oiseaux et des amphibiens et reptiles protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection.

7. Il résulte de ces dispositions que la destruction ou la perturbation des espèces animales auxquelles elles renvoient, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites. Toutefois, l’autorité administrative peut déroger à ces interdictions dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives tenant d’une part, à l’absence de solution alternative satisfaisante, d’autre part, à la condition de ne pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et, enfin, à la justification de la dérogation par l’un des cinq motifs limitativement énumérés et parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d’intérêt public majeur.

8. Le système de protection des espèces résultant des dispositions citées au point 6, qui concerne les espèces de mammifères terrestres, d’oiseaux, d’amphibiens et de reptiles figurant sur les listes fixées par les arrêtés du 23 avril 2007, du 29 octobre 2009 et du 8 janvier 2021, impose d’examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l’applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l’état de conservation des espèces protégées présentes.

9. Le pétitionnaire doit obtenir une dérogation « espèces protégées » si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. A ce titre, les mesures d’évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire doivent être prises en compte. Dans l’hypothèse où les mesures d’évitement et de réduction proposées présentent, sous le contrôle de l’administration, des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé, il n’est pas nécessaire de solliciter une dérogation « espèces protégées ».

10. En l’espèce, il résulte de l’instruction, et notamment de l’évaluation environnementale du 8 juin 2021, réalisée par le bureau d’études Siteleco, que de nombreuses espèces d’oiseaux, de mammifères terrestres, d’amphibiens et de reptiles figurant sur les listes des espèces protégées fixée par les arrêtés du 23 avril 2007, du 29 octobre 2009 et du 8 janvier 2021 ont pu être identifiées sur le site du projet. Ainsi, s’agissant des oiseaux, cinquante espèces protégées ont été identifiées, à savoir le milan royal, l’alouette lulu, le bruant jaune, le chardonneret élégant, l’hirondelle de fenêtre, l’hirondelle rustique, la linotte mélodieuse, le loriot d’Europe, le martin pêcheur d’Europe, le milan noir, le pic épeichette, le pic noir, la pie-grièche écorcheur, le pipit des arbres, le roitelet huppé, le serin cini, le torcol fourmilier, le verdier d’Europe, le bruant des roseaux, le guêpier d’Europe, le martinet noir, le tarier pâtre, le tarin des aulnes, l’accenteur mouchet, la bergeronnette des ruisseaux, la bergeronnette grise, la buse variable, le chevalier culblanc, le coucou gris, l’épervier d’Europe, la fauvette à tête noire, la fauvette grisette, le grand cormoran, le grimpereau des jardins, le grosbec casse-noyaux, le héron cendré, le hypolaïs polyglotte, la mésange à longue queue, la mésange bleue, la mésange charbonnière, la mésange nonette, le moineau domestique, le pic épeiche, le pic vert, le pinson des arbres, le pouillot véloce, le rossignol philomèle, le rouge-gorge familier, le rougequeue noir et le troglodyte mignon. S’agissant des mammifères terrestres, neuf espèces protégées de chiroptères ont été identifiées, à savoir le minioptère de schreibers, le rhinolophe euryale, le grand rhinolophe, le grand murin, le petit rhinolophe, le molosse de cestoni, la noctule commune, la pipistrelle commune et la sérotine commune. S’agissant des amphibiens et reptiles, vingt espèces protégées ont été identifiées, à savoir le sonneur à ventre jaune, le triton crêté, la rainette arboricole, la grenouille de lessona, l’alyte accoucheur, le crapaud calamite, la grenouille agile, la grenouille rieuse, le triton ponctué, le grenouille verte, le triton alpestre, le triton palmé, le pélodyte ponctué, le crapaud commun, la couleuvre verte et jaune, le lézard vert occidental, le lézard des murailles, la vipère péliade, le lézard vivipare et la couleuvre à collier.

11. Cette même étude conclut que l’impact brut du projet sur les espèces concernées est « nul » à « fort » pour certaines d’entre elles, qu’après la mise en place de certaines mesures d’évitement et de réduction, les impacts résiduels du projet sont évalués de « positif » à « faible », et en conclut à l’absence d’impact résiduel significatif.

12. Cependant, la CPEPESC soutient que ces mesures ne sont pas suffisantes pour préserver l’habitat des espèces d’oiseaux concernées et que le report des espèces sur d’autres milieux limitrophes n’est pas envisageable. Le préfet du Jura ne conteste pas, ainsi qu’il ressort par ailleurs clairement de l’étude précitée, que les habitats de nombreuses espèces protégées seront détruits par le projet, en raison notamment du défrichement et du débroussaillage de la parcelle dans sa quasi-totalité, et que les espèces concernées devront trouver refuge dans les lisières adjacentes au site. Il résulte également de cette étude que les mesures proposées pour éviter et réduire les impacts liés à la destruction de ces habitats consistent dans la mise en place d’un calendrier d’entretien spécifique de la centrale photovoltaïque et la mise en défens de la ripisylve du ruisseau du Prélot, ainsi que cela est exprimé dans le tableau d’évaluation général des impacts bruts résiduels. Toutefois, ces mesures, qui se limitent d’une part à l’entretien du site, lequel intervient après la destruction des habitats, et d’autre part au constat d’un report possible des espèces concernées dans des lieux adjacents, sont manifestement insuffisantes et inadaptées pour réduire ou éviter les inconvénients résultant de la destruction des habitats en cause, lesquels couvrent une partie significative de la zone à défricher eu égard aux documents photographiques, notamment aériens, produits au dossier. Dès lors, il apparaît que les risques que comporte le projet pour une partie importante des espèces listées au point 10, sont suffisamment caractérisés, au sens des dispositions précitées et que les mesures d’évitement et de réduction qui procèdent des propositions de l’étude environnementale évoquée au point précédent ne présentent pas des garanties d’effectivité telles qu’elles permettraient de les diminuer. Dès lors, le dépôt d’une demande de dérogation « espèces protégées » était nécessaire et le moyen tiré de l’absence de cette dérogation doit être retenu.

13. Il résulte de ce qui précède que la décision du 8 février 2023 par laquelle le préfet du Jura a refusé de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement doit être annulée.

Sur les conclusions à fin d’injonction :

14. Il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce et eu égard au motif d’annulation retenu, d’enjoindre au préfet du Jura de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, dans le cadre d’un projet d’implantation d’un parc photovoltaïque à Mantry (Jura), dans un délai d’un mois.

Sur les frais liés au litige :

15. Il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce, de mettre à la charge de l’Etat le versement à la CPEPESC d’une somme de 1 400 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. La CPEPESC n’étant pas la partie perdante, il y a lieu de rejeter les conclusions présentées par la société Total Energies Renouvelables France sur le même fondement.

D E C I D E :

Article 1 : La décision du 8 février 2023 par laquelle le préfet du Jura a refusé de mettre en demeure la société Total Energies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, dans le cadre d’un projet d’implantation d’un parc photovoltaïque à Mantry (Jura), est annulée.

Article 2 : Il est enjoint au préfet du Jura de mettre en demeure la société TotalEnergies Renouvelables France de déposer une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, dans le cadre d’un projet d’implantation d’un parc photovoltaïque à Mantry (Jura), dans un délai d’un mois.

Article 3 : L’Etat versera à la CPEPESC la somme de 1 400 euros sur le fondement des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 4 : Les conclusions présentées par la société TotalEnergies Renouvelables France sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées.

Article 5 : Le présent jugement sera notifié à l’association commission de protection des eaux de Franche-Comté, à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche et à la société TotalEnergies Renouvelables France.

Copie en sera transmise, pour information, au préfet du Jura.

Délibéré après l’audience du 2 juillet 2025, à laquelle siégeaient :

— M^me Michel, présidente ;

— M. Debat, premier conseiller ;

— M^me Goyer-Tholon, conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 25 juillet 2025.

La rapporteure,

C. Goyer-Tholon

La présidente,

F. MichelLa greffière,

E. Cartier

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche, en ce qui la concerne, ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition conforme,

La greffière