TRIBUNAL ADMINISTRATIF

DE RENNES

N° 1806391 RÉPUBLIQUE FRANÇAISE ___________

EAU ET RIVIERES DE BRETAGNE

___________ AU NOM DU PEUPLE FRANÇAIS

M. Laurent X

Rapporteur

___________ Le tribunal administratif de Rennes

M. Dominique Rémy (3ème chambre) Rapporteur public

___________

Audience du 28 mai 2021 Décision du 4 juin 2021 ___________

44-05-02 C

Vu la procédure suivante :

Par une requête et des mémoires complémentaires, enregistrés le 28 décembre 2018, le 26 janvier 2019, le 1er août 2019, le 3 décembre 2019 et le 24 mai 2021, ce dernier mémoire n’ayant pas été communiqué, l’association Eau et Rivières de Bretagne demande au tribunal :

1°) d’annuler la décision du 29 octobre 2018 par laquelle le préfet de la région Bretagne a refusé de modifier l’arrêté du 2 août 2018 établissant le programme d’actions régional (PAR) en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole ;

2°) d’enjoindre au préfet de la région de modifier l’arrêté du 2 août 2018 ;

3°) de mettre à la charge de l’Etat le versement d’une somme de 1 500 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- sa requête est recevable ; en tant qu’association agréée pour la protection de l’environnement en application de l’article L. 142-1 du code de l’environnement, et au regard de son objet défini par l’article 2 de ses statuts, elle a intérêt pour agir ; elle a qualité pour agir, dès lors que le conseil d’administration réuni le 25 septembre 2018 a autorisé le chargé de mission juridique de l’association à engager le présent recours ;

- l’article 8-3 du sixième programme d’actions se borne à prévoir que des programmes d’actions volontaires sont développés ; en refusant d’assortir son arrêté de prescriptions relatives aux fuites d’azote sur l’ensemble des bassins « algues vertes », lesquels, visés par le schéma

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directeur d’aménagement de gestion des eaux (SDAGE) Loire-Bretagne, sont extrêmement vulnérables, le préfet de région a commis une erreur d’appréciation ;

- le plan de lutte contre les algues vertes (PLAV), sur lequel se repose l’article 8-3 de l’arrêté du 2 août 2018, s’est révélé insuffisant, notamment en l’absence de dispositions spécifiques et renforcées sur les bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages.

Par des mémoires en défense, enregistrés le 17 mai 2019, le 18 novembre 2019 et le 7 avril 2021, le préfet de la région Bretagne conclut au rejet de la requête, et, en cas d’annulation, à ce que les effets dans le temps de l’annulation de l’acte attaqué soient modulés avec un effet différé au 1er août 2022.

Il fait valoir que :

- le moyen de légalité interne de la requête n’est pas fondé ;

- en cas d’annulation, les effets dans le temps de celle-ci devraient être modulés avec effet différé au 1er août 2022, date prévue pour la signature du septième programme d’actions régional ;

- d’autres vecteurs réglementaires l’autorisent à renforcer les mesures dans les bassins versants concernés par les phénomènes de marées vertes et, en cas de mise en œuvre par le juge de ses pouvoirs d’injonction, il souhaite conserver le choix de la procédure et des moyens pour y répondre.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

- la directive n°91/676/CEE du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles ;

- la directive n°75/440/CEE du 16 juin 1975 concernant la qualité requise des eaux superficielles destinées à la production d’eau alimentaire ;

- le code de l’environnement ;

- le code rural et de la pêche maritime ;

- l’arrêté du 23 octobre 2013 relatif aux programmes d’actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole ;

- l’arrêté du 7 mai 2012 relatif aux actions renforcées à mettre en œuvre dans certaines zones ou parties de zones vulnérables en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole ;

- l’arrêté du 19 décembre 2011 relatif au programme d’actions national à mettre en œuvre dans les zones vulnérables afin de réduire la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole ;

- le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

- le rapport de M. X,

- les conclusions de M. Rémy, rapporteur public,

- et les observations de M. Le Roch, représentant l’association requérante, et M^me Ferry, représentant le préfet de la région Bretagne.

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Considérant ce qui suit :

1. Après une phase administrative de concertation et notamment une participation du public qui s’est déroulée du 18 juin au 18 juillet 2018, et par un arrêté du 2 août 2018, le préfet de la région Bretagne a édicté le 6ème programme d’actions régional, déclinaison du programme

d’actions national transposant la directive européenne n°91/676/CEE du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles. Ce 6ème programme d’actions régional est entré en vigueur le 1er septembre 2018. Par un courrier du 1er octobre 2018, l’association Eau et Rivières de Bretagne a demandé au préfet de région de compléter son arrêté du 2 août 2018, en particulier son article 8-3 relatif aux « dispositions particulières dans les bassins connaissant d’importantes marées vertes », par des mesures à caractère réglementaire permettant de réduire les fuites d’azote vers les eaux sur les bassins versants à problématiques « algues vertes », et de respecter les « attendus » de l’arrêt n°13NT01552 rendu par la cour administrative d’appel de Nantes le 29 décembre 2014. Par une décision du 29 octobre 2018, le préfet a refusé de faire droit à cette demande de modification. La présente requête tend à l’annulation de cette décision de refus de compléter l’arrêté du 2 août 2018 portant programme d’actions régional.

Sur les conclusions à fin d’annulation de la décision par laquelle le préfet de la région de Bretagne a refusé de compléter son arrêté du 2 août 2018 :

2. Aux termes de l’article R. 211-80 du code de l’environnement, dans sa rédaction en vigueur à la date de la décision attaquée : « I.- L’utilisation des fertilisants organiques et minéraux, naturels et de synthèse contenant des composés azotés, ci-après dénommés fertilisants azotés, ainsi que les pratiques agricoles associées font l’objet de programmes d’actions dans les zones vulnérables délimitées conformément aux dispositions de l’article R. 211-77. / II.- Ces programmes comportent les mesures et actions nécessaires à une bonne maîtrise des fertilisants azotés et à une gestion adaptée des terres agricoles dans ces zones, en vue de limiter les fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux souterraines, des eaux douces superficielles et des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines. / III.- Ces programmes d’actions prennent en compte : / 1° Les situations locales et leur évolution, notamment la teneur en nitrates des eaux superficielles et souterraines, les systèmes de production et les pratiques agricoles, le degré de vulnérabilité du ou des aquifères concernés et la présence de nitrates de provenances autres qu’agricoles ; / 2° Les données scientifiques et techniques disponibles et les résultats connus des programmes d’actions précédents. / Lorsque le choix est possible entre plusieurs mesures ou actions permettant d’atteindre les objectifs définis au II, ce choix prend en compte l’efficacité et le coût de chacune des mesures ou actions envisageables. / IV.- Ces programmes d’actions comprennent : / 1° Un programme d’actions national constitué de mesures nationales communes à l’ensemble des zones vulnérables ; / 2° Des programmes d’actions régionaux constitués de mesures spécifiques à chaque zone ou partie de zone vulnérable. / V.- Ces programmes sont d’application obligatoire en zone vulnérable. ».

3. Aux termes de l’article R. 211-81 de ce code : « I.- Les mesures du programme

d’actions national comprennent : / 1° Les périodes minimales d’interdiction d’épandage des fertilisants azotés ; / 2° Les prescriptions relatives au stockage des effluents d’élevage afin de garantir, en toutes circonstances, le respect des objectifs définis au II de l’article R. 211-80 et les prescriptions relatives à l’épandage de ces effluents, compte tenu des possibilités de les traiter et de les éliminer ; / 3° Les modalités de limitation de l’épandage des fertilisants azotés fondée sur un équilibre, pour chaque parcelle, entre les besoins prévisibles en azote des cultures et les apports en azote de toute nature, y compris l’azote de l’eau d’irrigation ; / 4° Les prescriptions

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relatives à l’établissement de plans de fumure et à la tenue par chaque exploitant d’un ou plusieurs cahiers d’épandage des fertilisants azotés ; / 5° La limitation de la quantité maximale

d’azote contenu dans les effluents d’élevage pouvant être épandue annuellement par chaque exploitation, y compris les déjections des animaux eux-mêmes, ainsi que les modalités de calcul associées ; cette quantité ne peut être supérieure à 170 kg d’azote par hectare de surface agricole utile. (…) / 6° Les conditions particulières de l’épandage des fertilisants azotés, liées à la proximité des cours d’eau, à l’existence de fortes pentes, à des situations où les sols sont détrempés, inondés, gelés ou enneigés ; / 7° Les exigences relatives au maintien d’une quantité minimale de couverture végétale au cours des périodes pluvieuses destinée à absorber l’azote du sol et aux modalités de gestion des résidus de récolte ; / 8° Les exigences relatives à la mise en place et au maintien d’une couverture végétale permanente le long de certains cours d’eau, sections de cours d’eau et plans d’eau de plus de dix hectares. / II.- Le programme d’actions national définit les références techniques nécessaires à la mise en œuvre opérationnelle des mesures mentionnées au I et précise celles qui doivent être arrêtées par le préfet de région sur proposition du groupe régional d’expertise « nitrates » prévu à l’article R. 211-81-2. ».

4. Aux termes de l’article R. 211-81-1 de ce code, dans sa rédaction en vigueur à la date de la décision attaquée : « I. – En zone vulnérable, les mesures des programmes d’actions régionaux comprennent, sur tout ou partie de la zone, les mesures prévues aux 1°, 3°, 7° et 8° du

I de l’article R. 211-81, renforcées au regard des objectifs fixés au II de l’article R. 211-80, des caractéristiques et des enjeux propres à chaque zone vulnérable ou partie de zone vulnérable. / II. – Dans certaines parties de zone vulnérable atteintes par la pollution, les programmes

d’actions régionaux comprennent également une ou plusieurs mesures parmi les mesures suivantes : / 1° L’une ou plusieurs des mesures prévues au I, renforcées au regard de l’état

d’atteinte par la pollution des zones considérées ; / 2° Les exigences relatives à une gestion adaptée des terres, notamment les modalités de retournement des prairies ; / 3° La déclaration annuelle des quantités d’azote de toutes origines épandues ou cédées ainsi que celle de leurs lieux d’épandage ; / 4° La limitation du solde du bilan azoté calculé à l’échelle de l’exploitation agricole ; / 5° L’obligation de traiter ou d’exporter l’azote issu des animaux d’élevage au-delà

d’un seuil d’azote produit par les animaux d’élevage à l’échelle de l’exploitation agricole. / Ces parties de zones vulnérables, délimitées par le préfet de région, correspondent aux zones, mentionnées au 1° du I de l’article R. 212-4, de captage de l’eau destinée à la consommation humaine dont la teneur en nitrate est supérieure à 50 milligrammes par litre et aux bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages, mentionnés au 8° du II de l’article

L. 211-3, définis par les schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux, le cas échéant étendues afin d’assurer la cohérence territoriale du programme d’actions régional. / Dans ces parties de zone vulnérable, le préfet de région peut mettre en place un dispositif de surveillance annuelle de l’azote épandu issu des effluents d’élevage, des fertilisants azotés de synthèse et de toute autre nature. / III. – Les programmes d’actions régionaux comprennent également, outre les mesures prises en application des articles R. 211-82 et R. 211-83, toute autre mesure utile répondant aux objectifs mentionnés au II de l’article R. 211-80. / IV. – Un arrêté conjoint des ministres chargés de l’agriculture et de l’environnement précise les conditions de mise en œuvre du présent article, en particulier la méthodologie d’élaboration, les conditions du renforcement des mesures du programme d’actions national et le cadre technique des programmes d’actions régionaux. Il prévoit notamment la mise en place d’un groupe de concertation réunissant les acteurs concernés par le programme d’actions régional et participant à son élaboration et au suivi de sa mise en œuvre. ».

5. Aux termes de l’article R. 211-81-3 de ce code, dans sa rédaction applicable : « (…) II. – Les programmes d’actions régionaux sont arrêtés par les préfets de région après avoir consulté le conseil régional, la chambre régionale d’agriculture et l’agence de l’eau, qui

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disposent chacun de deux mois pour faire connaître leur avis. A l’issue de ce délai, les consultations sont réputées effectives. / III. – Le programme d’actions national ainsi que les programmes d’actions régionaux font l’objet d’une procédure d’évaluation au titre de l’article

L. 122-4. ».

6. Aux termes de l’article R. 211-83 du code de l’environnement, dans sa rédaction en vigueur à la date d’édiction de l’arrêté du 2 août 2018 : « Dans les zones des bassins versants, déterminées par le préfet de département conformément au présent article dans sa rédaction résultant du décret n°2011-1257 du 10 octobre 2011, où s’appliquent à la date du

21 décembre 2011 des actions complémentaires, le préfet de région rend obligatoire : / – soit la mesure mentionnée au 3° du I de l’article R. 211-81, renforcée sous la forme d’une limitation des apports d’azote de toutes origines à l’échelle de l’exploitation agricole ; / – soit les mesures prévues au 3° et au 4° du II de l’article R. 211-81-1. ».

7. Il résulte des articles R. […]. 211-83 précités du code de l’environnement que, dans les zones vulnérables, l’utilisation des fertilisants organiques et minéraux, naturels et de synthèse contenant des composés azotés ainsi que les pratiques agricoles associées font l’objet d’un programme d’actions national comportant les mesures et actions nécessaires à une bonne maîtrise des fertilisants azotés, et de programmes d’actions régionaux qui sont arrêtés par le préfet de région.

8. Aux termes de l’article 3 de l’arrêté du 23 octobre 2013 relatif aux programmes d’actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole : « Les zones mentionnées au II de l’article R. 211-81-1, au I du R. 211-82 et au

R. 211-83 du code de l’environnement sont dénommées ci-après zones d’actions renforcées /

I. – Cas général des zones mentionnées au II de l’article R. 211-81-1. / Les zones d’actions renforcées sont constituées, d’une part, par les bassins d’alimentation des captages d’eau destinée à la consommation humaine listés dans le registre des zones protégées qui est joint au schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) et dont la teneur en nitrates est supérieure à 50 mg/l et, d’autre part, par les bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages listés dans le SDAGE. / Pour les bassins d’alimentation des captages d’eau destinée à la consommation humaine, la teneur en nitrates supérieure à 50 mg/l est déterminée sur la base du percentile 90 des deux dernières années au minimum. / L’identification et la localisation précises de ces zones, à partir d’une liste de communes dont certaines parties peuvent être exclues, sont annexées au programme d’actions régional. / En cas de zones

d’actions renforcées géographiquement proches l’une de l’autre, une extension des zones visant à assurer la cohérence territoriale du programme d’actions régional peut être réalisée. / Le programme d’actions régional précise la ou les mesures supplémentaires qui sont mises en œuvre sur chacune des zones d’actions renforcées de la région. Pour chaque zone, la ou les mesures adaptées aux objectifs de préservation et de restauration de la qualité de l’eau, aux caractéristiques pédo-climatiques et agricoles et aux enjeux propres à cette zone sont choisies parmi la liste figurant au II de l’article R. 211-81-1, en tenant compte des dispositifs réglementaires et volontaires qui existent par ailleurs sur cette zone. / Dans les zones où la déclaration annuelle des quantités d’azote de toutes origines épandues ou cédées ainsi que de leurs lieux d’épandage est rendue obligatoire, le dispositif de surveillance annuelle de l’azote épandu issu des effluents d’élevage, des fertilisants azotés de synthèse et de toute autre nature mentionné au II de l’article R. 211-81-1 peut également être mis en place dès lors que les enjeux propres à ces zones le justifient. / Le cas échéant, les mesures supplémentaires mentionnées aux

3°, 4° et 5° de l’article R. 211-81-1 du code de l’environnement et le dispositif de surveillance annuelle de l’azote épandu issu des effluents d’élevage, des fertilisants azotés de synthèse et de toute autre nature mentionnés au II de l’article R. 211-81-1 du même code, définis par l’arrêté

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du 7 mai 2012 susvisé, sont précisés dans le programme d’actions régional. / Lorsque, en application du 1° du II de l’article R. 211-81-1 du code de l’environnement, une des mesures supplémentaires consiste à renforcer une mesure mentionnée au 1°, 3°, 7° ou 8° du programme

d’actions national, les modalités de renforcement applicables sont celles de l’article 2 du présent arrêté. (…) ».

9. Aux termes de l’article L. 211-1 du code de l’environnement : « I.- Les dispositions des chapitres Ier à VII du présent titre ont pour objet une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau ; cette gestion prend en compte les adaptations nécessaires au changement climatique et vise à assurer : (…) / 2° La protection des eaux et la lutte contre toute pollution par déversements, écoulements, rejets, dépôts directs ou indirects de matières de toute nature et plus généralement par tout fait susceptible de provoquer ou d’accroître la dégradation des eaux en modifiant leurs caractéristiques physiques, chimiques, biologiques ou bactériologiques, qu’il s’agisse des eaux superficielles, souterraines ou des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales ; / 3° La restauration de la qualité de ces eaux et leur régénération ; (…) / II.- La gestion équilibrée doit permettre en priorité de satisfaire les exigences de la santé, de la salubrité publique, de la sécurité civile et de l’alimentation en eau potable de la population. (…) ». Aux termes de l’article L. 211-2 de ce code : « I. – Les règles générales de préservation de la qualité et de répartition des eaux superficielles, souterraines et des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales sont déterminées par décret en Conseil

d’Etat. / II. – Elles fixent : / 1° Les normes de qualité et les mesures nécessaires à la restauration et à la préservation de cette qualité, en fonction des différents usages de l’eau et de leur cumul ; /

2° Les règles de répartition des eaux, de manière à concilier les intérêts des diverses catégories

d’utilisateurs ; / 3° Les conditions dans lesquelles peuvent être : / a) Interdits ou réglementés les déversements, écoulements, jets, dépôts directs ou indirects d’eau ou de matière et plus généralement tout fait susceptible d’altérer la qualité des eaux et du milieu aquatique ; / b) Prescrites les mesures nécessaires pour préserver cette qualité et assurer la surveillance des puits et forages en exploitation ou désaffectés ; / 4° Les conditions dans lesquelles peuvent être interdites ou réglementées la mise en vente et la diffusion de produits ou de dispositifs qui, dans des conditions d’utilisation normalement prévisibles, sont susceptibles de nuire à la qualité du milieu aquatique ; / 5° Les conditions dans lesquelles sont effectués, par le service chargé de la police des eaux ou des rejets ou de l’activité concernée, des contrôles techniques des installations, travaux ou opérations et les conditions dans lesquelles le coût de ces contrôles peut être mis à la charge de l’exploitant, du propriétaire ou du responsable de la conduite des opérations en cas d’inobservation de la réglementation. Si les contrôles des rejets de substances de toute nature, y compris radioactives, ne sont pas effectués par des laboratoires publics, ils ne peuvent l’être que par des laboratoires agréés. ».

10. Aux termes de l’article L. 211-3 de ce code : « I. – En complément des règles générales mentionnées à l’article L. 211-2, des prescriptions nationales ou particulières à certaines parties du territoire sont fixées par décret en Conseil d’Etat afin d’assurer la protection des principes mentionnés à l’article L. 211-1. / II. – Ces décrets déterminent en particulier les conditions dans lesquelles l’autorité administrative peut : (…) / 5° Délimiter, afin d’y établir un programme d’actions dans les conditions prévues au 4° du présent article : /

a) Des zones où il est nécessaire d’assurer la protection quantitative et qualitative des aires

d’alimentation des captages d’eau potable d’une importance particulière pour l’approvisionnement actuel ou futur, le cas échéant après qu’elles ont été identifiées dans le plan

d’aménagement et de gestion durable de la ressource en eau et des milieux aquatiques prévu au I de l’article L. 212-5-1. Le programme d’actions peut prévoir l’interdiction de l’usage de substances dangereuses pour la santé ou l’environnement sur ces zones ; / b) Les bassins versants identifiés par le schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux comme

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connaissant, sur les plages, d’importantes marées vertes de nature à compromettre la réalisation des objectifs de bon état prévus à l’article L. 212-1 en ce qui concerne les eaux côtières et de transition qu’ils alimentent, telles que définies par la directive 2000/60/ CE du Parlement européen et du Conseil, du 23 octobre 2000, établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau ; / c) Des zones dans lesquelles l’érosion diffuse des sols agricoles est de nature à compromettre la réalisation des objectifs de bon état ou, le cas échéant, de bon potentiel prévus par l’article L. 212-1 ; (…) / 8° Délimiter des bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages, tels que définis par le schéma directeur

d’aménagement et de gestion des eaux et qui sont dès lors de nature à compromettre la réalisation des objectifs de bon état des masses d’eau, et y rendre obligatoire une déclaration annuelle des quantités d’azote de toutes origines épandues ou cédées ainsi que des lieux d’épandage. Cette obligation vise tout utilisateur ou producteur d’azote, d’origine organique ou minérale, et notamment les exploitants agricoles exerçant les activités mentionnées à l’article

L. 311-1 du code rural et de la pêche maritime, les gestionnaires publics et privés d’équipements de traitement d’effluents et de déchets, les utilisateurs d’engrais ou d’amendements azotés dans le cadre de services publics gérés dans les conditions prévues aux articles L. 1411-1 et suivants, L. 1412-1 et suivants et L. 1415-1 et suivants du code général des collectivités territoriales ; (…). ».

11. Aux termes de l’article R. 114-1 du code rural et de la pêche maritime, qui a trait au programme d’actions concernant l’agriculture dans certaines zones soumises à des contraintes environnementales (ZSCE) : « Les dispositions de la présente section sont applicables : / 1° Aux zones d’érosion mentionnées à l’article L. 114-1 du présent code et au 5° du II de l’article

L. 211-3 du code de l’environnement ; / 2° Aux zones humides d’intérêt environnemental particulier définies par le a du 4° du II de l’article L. 211-3 du code de l’environnement ; / 3°

Aux zones de protection des aires d’alimentation des captages définies par le 5° du II du même article ; / 4° Aux bassins connaissant d’importantes marées vertes mentionnés au 8° du II du même article. ». Aux termes de l’article R. 114-6 de ce code : « Pour chaque zone délimitée ou envisagée, le préfet établit un programme d’action (…) / Ce programme définit les mesures à promouvoir par les propriétaires et les exploitants, parmi les actions suivantes : / 1° Couverture végétale du sol, permanente ou temporaire ; / 2° Travail du sol, gestion des résidus de culture, apports de matière organique favorisant l’infiltration de l’eau et limitant le ruissellement ; /

3° Gestion des intrants, notamment des fertilisants, des produits phytosanitaires et de l’eau

d’irrigation ; / 4° Diversification des cultures par assolement et rotations culturales ; /

5° Maintien ou création de haies, talus, murets, fossés d’infiltration et aménagements ralentissant ou déviant l’écoulement des eaux ; / 6° Restauration ou entretien d’un couvert végétal spécifique ; / 7° Restauration ou entretien de mares, plans d’eau ou zones humides. / Le programme d’action détermine les objectifs à atteindre selon le type d’action pour chacune des parties de la zone concernées, en les quantifiant dans toute la mesure du possible, et les délais correspondants. (…) ». L’article R. 114-8 du code de l’environnement prévoit : « Le préfet peut,

à l’expiration d’un délai de trois ans suivant la publication du programme d’action, compte tenu des résultats de la mise en œuvre de ce programme au regard des objectifs fixés, décider de rendre obligatoires, dans les délais et les conditions qu’il fixe, certaines des mesures préconisées par le programme. / Toutefois : (…) / 2° Dans les bassins connaissant d’importantes marées vertes délimités en application du 8° du II de l’article L. 211-3 du code de l’environnement, le préfet peut, à l’expiration d’un délai d’un an suivant la publication du programme d’action et compte tenu de la mise en œuvre de ce programme en regard des objectifs fixés, décider de rendre obligatoires, dans les délais et les conditions qu’il fixe, certaines des mesures préconisées par le programme. (…) / Ces mesures s’appliquent sans préjudice des dispositions à caractère obligatoire prises au titre d’autres législations ou réglementations. ».

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12. La partie II de l’arrêté du 2 août 2018, relative aux « Mesures s’appliquant en zones d’actions renforcées », comporte un article 8, relatif aux « Actions renforcées », qui comporte lui-même un article 8.3, relatif aux « dispositions particulières dans les bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages », lequel prévoit que « Sur les bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages, mentionnés au 8° du II de l’article

L. 211-3 et définis par le SDAGE, des programmes contractuels volontaires sont actuellement développés. / Chaque bassin dispose de son projet de territoire comportant un programme

d’actions et un calendrier de mise en œuvre ; les bassins algues vertes feront l’objet d’un examen spécifique à l’échéance des différentes phases définies dans le document-cadre

« Plan de lutte contre les Algues Vertes 2 », validé par le ministère de l’écologie et le ministère de l’agriculture le 31 octobre 2017. / En cas d’échec d’un projet de territoire, des dispositions réglementaires particulières seront prises, sur les bassins concernés. / Par ailleurs, les services de l’État mettent en œuvre chaque année les contrôles ciblés prévus par le point 2.2 du document-cadre évoqué ci-dessus, et restituent les résultats de ces actions de contrôle devant le comité régional de concertation Directive Nitrates. ».

13. L’association requérante soutient que l’arrêté du 2 août 2018 portant sixième programme d’actions régional en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole ne comporte aucune mesure spécifique relative à la lutte contre les algues vertes. Elle estime en particulier que l’article 8-3 du programme d’actions se borne à faire référence à la deuxième version du plan de lutte contre les algues vertes (PLAV 2) et se limite donc à la mise en œuvre de programmes d’actions volontaires, lesquels ne permettent pas de lutter suffisamment contre les fuites d’azote sur l’ensemble des bassins versants « algues vertes », alors, en particulier, que l’agence de l’eau Loire-Bretagne, dans son avis du 27 avril

2018, a estimé que la définition de mesures réglementaires ambitieuses était indispensable pour obtenir une amélioration rapide de la qualité de l’eau. Elle en déduit que le préfet de la région Bretagne, en refusant de modifier l’arrêté du 2 août 2018 en l’assortissant de prescriptions contraignantes supplémentaires en ce qui concerne les zones particulièrement concernées par le phénomène des marées vertes, a commis une erreur d’appréciation.

14. Il ressort des pièces du dossier que l’arrêté du 2 août 2018 prévoit plusieurs mesures applicables sur l’ensemble du territoire de la région Bretagne, entièrement située en zone vulnérable en vertu des arrêts préfectoraux n^os 17.[…].018 du

2 février 2017. Ainsi, l’arrêté prévoit notamment le renforcement des périodes d’interdiction d’épandage des fertilisants azotés, le maintien d’une quantité minimale de couverture végétale au cours des périodes pluvieuses, un renforcement des exigences relatives à la mise en place et au maintien d’une couverture végétale le long de certains cours d’eau sur une largeur minimale de

5 mètres. Il comporte aussi des prescriptions relatives à la gestion adaptée des terres, consistant en des restrictions aux possibilités de travaux sur les zones humides et de retournement des prairies de plus de trois ans, en une obligation de déclaration annuelle des quantités d’azote épandues ou cédées, ainsi qu’en des mesures jugées utiles supplémentaires, tendant au respect des distances d’épandage des fertilisants azotés organiques et minéraux dans les zones à risques et au renforcement de la protection des berges des cours d’eau. Par ailleurs, le programme d’actions régional met également en œuvre, pour les zones d’actions renforcées prévues au II de l’article R. 211-81-1 du code de l’environnement précité, lesquelles sont constituées notamment, en vertu de l’article 3 de l’arrêté du 23 octobre 2013 également précité, « par les bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages listés dans le SDAGE », englobant donc en totalité les huit baies principalement concernées par le phénomène des marées vertes délimitées par le SDAGE Loire-Bretagne et faisant par ailleurs l’objet du plan de lutte contre les algues vertes (PLAV), ainsi que le confirme d’ailleurs une carte de superposition des zones d’actions renforcées avec ces baies fournie en défense, diverses mesures supplémentaires,

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comprenant le maintien d’une couverture végétale le long de certains cours d’eau sur une bande de 10 mètres contre 5 mètres sur le reste du territoire, la limitation du solde du bilan azoté pour les exploitations de plus de trois hectares, solde calculé à l’échelle de l’exploitation et limité à

50 kilogrammes de nitrates par hectares de surface agricole utile, la moyenne des soldes calculés pour les trois dernières campagnes culturales devant à défaut être inférieure ou égale à ce seuil par hectare, et, enfin, l’obligation de traiter ou d’exporter l’azote issu des animaux d’élevage élevés dans les communes antérieurement en zone en excédent structurel (ZES). Il ressort ainsi du contenu même du sixième programme d’actions régional en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole que celui-ci a soit renforcé, sur tout ou partie du territoire breton, certaines mesures prévues par le programme d’actions national édicté par un arrêté du 19 décembre 2011 modifié, soit édicté certaines des mesures supplémentaires prévues par les dispositions pertinentes du code de l’environnement ou jugées utiles à la limitation des fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux. Dans ces conditions, l’association requérante, qui ne conteste pas précisément dans ses écritures la pertinence et l’efficacité des mesures ainsi édictées, et qui ne peut se borner à se prévaloir, sans plus de précision, de l’arrêt n^os 13NT01552, 13NT01556,

13NT01557 rendu par la cour administrative d’appel de Nantes le 29 décembre 2014 et concernant le quatrième programme d’actions départemental des Côtes-d’Armor, au contenu sensiblement différent du programme d’actions régional dont elle a, au cas particulier, demandé la modification, n’est pas fondée à soutenir que le sixième programme d’actions régional ne contiendrait aucune mesure réglementairement contraignante susceptible de s’appliquer au cas des bassins versants particulièrement touchés par le phénomène des marées vertes, alors même que cette application ne leur serait pas spécifique et que l’efficacité de ces mesures est très fortement tributaire de la qualité et de l’intensité du suivi et des contrôles mis en œuvre par les services de l’Etat, en particulier par les inspecteurs des installations classées pour la protection de l’environnement, ces deux points étant au demeurant traités par l’arrêté du 2 août 2018 dans ses parties III et IV.

15. Toutefois, il ressort aussi des pièces du dossier que, si la qualité des eaux superficielles a connu, jusqu’en 2014, une amélioration en Bretagne, au moins pour le paramètre azote, et cela depuis le début des années 2000, les valeurs observées demeuraient encore, en 2014, au-dessus du seuil de 50 mg/L de nitrates ou proches de cette valeur. Il ressort également des pièces du dossier que la concentration en nitrates dans les cours d’eau bretons a augmenté en

2017 et 2018, ce qui est admis par le préfet de région lui-même dans ses écritures, alors même que cette hausse serait disparate et non-homogène sur l’ensemble de la Bretagne. Par ailleurs, dans son avis du 27 avril 2018, l’agence de l’eau Loire-Bretagne, si elle a estimé de manière générale que « l’amélioration de la qualité de l’eau en Bretagne sur le paramètre nitrates n’est pas contestable » et que l’amélioration de la qualité de l’eau témoigne de « l’efficacité des actions réglementaires et contractuelles », a en revanche considéré que des « mesures réglementaires ambitieuses sont nécessaires pour obtenir une amélioration rapide de la qualité de l’eau » dans les zones d’actions renforcées, et surtout les bassins versants « algues vertes ». Le Conseil général de l’environnement et du développement durable (CGEDD), dans sa formation d’Autorité environnementale (AE) et dans son avis du 30 mai 2018, a également relevé que « depuis le bilan établi (…) sur l’évaluation du PLAV1 et la mise en place du PLAV2, les éléments ne présentent pas de redressement significatif du phénomène de marées vertes », précisant que « les objectifs de bon état des baies » ont été « atteints par seulement 55 % des bassins versants ». L’Autorité environnementale relève également des « manifestations importantes de marées vertes en 2017 ». Il ressort en effet des pièces du dossier que, si la concentration en nitrates a diminué dans les cours d’eau des huit baies principalement touchées par le phénomène des marées vertes, et ce entre 2006-2008 et 2014-2015, les objectifs de baisse visés pour 2015 n’ont été atteints que par un peu plus de la moitié des baies, et la concentration

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en nitrates y est encore élevée. Le préfet de la région Bretagne admet lui-même, en défense, que malgré des résultats positifs en termes de qualité de l’eau, celle-ci reste dégradée dans certains territoires. Il résulte de l’ensemble de ces éléments que si des mesures contraignantes ont effectivement été mises en œuvre dans le sixième programme d’actions, lequel reconduit, pour l’essentiel, les prescriptions déjà contenues dans le cinquième programme d’actions régional adopté par arrêté préfectoral du 14 mars 2014 et annulé partiellement par un jugement n°1403951 du 26 janvier 2018, au seul motif qu’il avait été pris en application des dispositions elles-mêmes illégales de l’article R. 122-17 alors applicable du code de l’environnement, un renforcement des actions mises en œuvre demeure nécessaire afin de restaurer durablement la qualité de l’eau en Bretagne, de limiter les fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux et, ainsi que le soutient l’association requérante, de prévenir au maximum le phénomène des marées vertes.

16. Or, d’une part, l’association requérante, si elle ne critique pas utilement les autres mesures réglementaires contraignantes édictées par l’arrêté du 2 août 2018 et analysées au point 14, fait néanmoins valoir de manière pertinente que le sixième programme d’actions régional n’impose aucune mesure nouvelle suffisante de limitation des apports azotés sur les bassins versants concernés par les algues vertes, mesure qui n’est prévue, dans le cadre du dispositif légal et réglementaire applicable à la date d’édiction du sixième programme d’actions régional, que par l’article R. 211-83 du code de l’environnement précité, et qui n’a pas été mobilisée spécifiquement par l’autorité administrative sur ce fondement. Sur ce point, l’arrêté du 2 août 2018 prévoit, il est vrai, la limitation du solde du bilan azoté à l’échelle de l’exploitation à

50 kilogrammes par hectares de surface agricole utile, ce solde correspondant à la différence entre les apports et les sorties d’azote sur les sols agricoles. Toutefois, l’agence de l’eau

Loire-Bretagne, dans son avis du 27 avril 2018, considère que « le niveau maximal admissible pour cette dernière mesure n’apparaît pas suffisamment ambitieux dans les zones à très fort enjeu nitrates comme les bassins algues vertes ». Si les services de la préfecture ont indiqué que ce seuil était fixé par l’arrêté du 7 mai 2012 susvisé, qui définit les mesures supplémentaires pouvant être mises en place, et que l’article R. 211-81-1 du code de l’environnement ne prévoyait pas expressément la possibilité de renforcer ce seuil, le préfet de la région Bretagne avait en tout état de cause la faculté d’incorporer au programme d’actions régional « toute autre mesure utile », ainsi que le prévoit le III de l’article R. 211-81-1 du code, ce qui lui permettait de renforcer ce seuil sans méconnaître le cadre légal et réglementaire en vigueur. Par ailleurs, l’existence, invoquée par le préfet en défense, d’une « doctrine régionale », appliquée par les services de l’État dans le cadre de l’instruction des dossiers déposés par les éleveurs au titre de la réglementation sur les installations classées pour la protection de l’environnement, réduisant ce solde à 25 kilogrammes par hectare pour les installations soumises à enregistrement et autorisation, ne saurait pallier l’absence, dans l’arrêté du 2 août 2018 lui-même, de mécanismes contraignants de réduction des apports azotés, au moins dans les zones d’actions renforcées.

17. D’autre part, l’association requérante soutient aussi avec pertinence que l’article 8-3 de l’arrêté du 2 août 2018 renvoie pour l’essentiel au « plan de lutte contre les algues vertes », dans sa deuxième version (PLAV 2), dispositif volontaire et contractuel bénéficiant d’aides publiques et destiné à s’appliquer entre 2017 et 2021, ayant pour objet d’encourager la mise en œuvre de mesures non-contraignantes par le biais de « projets de territoire » menés dans les huit baies de Bretagne particulièrement touchées par le phénomène des algues vertes, alors qu’a été constaté l’échec de la mise en œuvre de tels moyens dans le cadre de la première version de ce plan (PLAV 1), qui s’est appliquée entre 2010 et 2015, notamment en raison de l’insuffisance de déploiement et de mobilisation des aides destinées à inciter les exploitants agricoles à mettre en œuvre les mesures souhaitées. Elle estime, d’une part, que l’échec de ce PLAV aurait dû conduire à l’édiction de mesures réglementaires supplémentaires contraignantes

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et non seulement incitatives et contractuelles, et, d’autre part, que le sixième programme d’actions régional ne comporte aucune méthodologie ni procédure normée et précise, prévoyant réglementairement, à partir d’une évaluation des effets des projets de territoires et en cas d’échec ou d’insuffisances de ceux-ci, le passage à des mesures plus contraignantes. Il ressort des pièces du dossier que les mesures encouragées par des mesures de financement dans le cadre du PLAV, telles que le financement de chantiers collectifs pour développer des couverts végétaux, l’appui aux conseils individuels aux agriculteurs et l’aide à la décision dans la gestion de l’azote, le financement d’investissements structurants ou d’achat de matériels et l’encouragement du recours à des effluents organiques au lieu d’engrais chimiques, ne constituent pas, de par leur nature même, des mesures qui pourraient être rendues contraignantes et être imposées aux agriculteurs. En revanche, si, comme le prévoit l’article 3 de l’arrêté du 23 octobre 2013, il doit être tenu compte, pour arrêter les mesures du programme d’actions régional en zones d’actions renforcées, des dispositifs « réglementaires » mais aussi « volontaires », « qui existent par ailleurs sur cette zone », ces mesures non contraignantes et incitatives existantes, lorsqu’elles ne sont pas suffisantes eu égard aux résultats qu’elles ont permis d’obtenir, doivent être complétées dans le programme d’actions régional par des mesures adaptées contraignantes. Or, l’Autorité environnementale, dans son avis du 30 mai 2018, a particulièrement souligné que « l’absence de mesures renforcées sur les bassins les plus affectés par le phénomène des marées vertes n’est – implicitement – justifiée que dans le projet d’arrêté du 6ème PAR, qui renvoie aux programmes contractuels du PLAV », et qu’il « n’est pas précisé selon quel[le]s modalités il sera considéré l’échec ou non d’un projet de territoire ». Sur ce point, le document fixant le cadre général du plan de lutte contre la prolifération des algues vertes (PLAV) indique, dans sa partie IV, relative aux modalités d’évaluation et de suivi du plan, que des mesures réglementaires contraignantes, consistant en la mise en œuvre de « zones soumises à contrainte environnementale » (ZSCE) pourront être mises en œuvre au lancement des projets de territoire si aucun programme d’actions n’est mis en place au niveau de chaque baie, puis, à l’issue de l’évaluation à mi-parcours en 2019, en cas d’absence d’atteinte des objectifs de moyens, à savoir la mise en œuvre de plans d’actions, ainsi qu’un constat d’échec à l’issue de l’analyse des indicateurs et de la dynamique territoriale par le comité de pilotage (COPIL) du PLAV, co-présidé par le préfet de la région Bretagne et le président du conseil régional, et enfin, à l’issue du PLAV, en cas d’absence d’atteinte des objectifs de qualité de l’eau mais également d’atteinte des objectifs de moyens, c’est-à-dire des actions mises en œuvre, l’absence d’atteinte des objectifs de qualité de l’eau seule ne conduisant qu’au renouvellement des plans d’actions et non à la mise en œuvre d’un volet réglementaire. Le mécanisme ainsi prévu de basculement, en cas d’échec des mesures du PLAV, vers des mesures obligatoires et contraignantes, auquel l’article 8-3 de l’arrêté du 2 août 2018 renvoie nécessairement en se bornant à indiquer qu'« en cas d’échec d’un projet de territoire, des dispositions réglementaires particulières seront prises, sur les bassins concernés », est insuffisamment précisé et ne conduit pas de manière suffisamment certaine à la mise en œuvre effective de mesures réglementaires complémentaires en cas de constat de situations dégradées. L’autorité environnementale a également relevé que « le choix de s’en remettre uniquement aux actions contractuelles du PLAV pour l’instauration de dispositions spécifiques constitue une option stratégique qui n’est ni présentée ni évaluée, et la nécessité de mettre en place des mesures réglementaires ainsi que le prévoit le 6ème PAR en cas d’échec pourrait

s’imposer si de nouvelles synergies ne sont pas créées, au moins pour certains bassins versants », et que l'« absence totale d’analyse, par l’évaluation environnementale, de l’articulation entre les deux modes d’action est particulièrement inappropriée dans cette perspective, comme l’est, de manière générale, la dissociation des différents modes d’action visant à limiter les apports d’azote et à diminuer les fuites vers les milieux », précisant qu’il « convient de rapidement mettre en place les conditions d’une évaluation globale de l’ensemble des modes d’action, de nature à permettre d’objectiver le lien entre ces actions, l’évolution des pratiques culturales, et l’évolution de la qualité de tous les milieux concernés ». Il ressort de ces éléments que les

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conditions dans lesquelles des mesures supplémentaires doivent être édictées, en cas de constat de situations dégradées, dans les bassins particulièrement sujets au phénomène des marées vertes, mais aussi en cas d’échec des mesures incitatives contenues dans le PLAV 2 et d’insuccès dans la réalisation des objectifs fixés par ce document, telles qu’elles sont décrites par l’article 8- 3 de l’arrêté du 2 août 2018, sont insuffisamment précises et, en ce qui concerne celles décrites par le PLAV 2 lui-même, auquel l’article 8-3 renvoie, sont définies de manière excessivement restrictive.

18. Dans ces conditions, en refusant de compléter le programme d’actions régional, en particulier son article 8-3 pour remédier aux insuffisances analysées ci-dessus, le préfet de la région Bretagne, a commis une erreur d’appréciation. Il suit de là que, dans cette mesure, l’association requérante est fondée à demander l’annulation du refus de modifier l’arrêté du 2 août 2018 portant sixième programme d’actions régional en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole.

Sur la modulation :

19. L’annulation d’un acte administratif implique en principe que cet acte est réputé n’être jamais intervenu. Toutefois, s’il apparaît que cet effet rétroactif de l’annulation est de nature à emporter des conséquences manifestement excessives en raison tant des effets que cet acte a produit et des situations qui ont pu se constituer lorsqu’il était en vigueur que de l’intérêt général pouvant s’attacher à un maintien temporaire de ses effets, il appartient au juge administratif après avoir recueilli sur ce point les observations des parties et examiné l’ensemble des moyens, d’ordre public ou invoqués devant lui, pouvant affecter la légalité de l’acte en cause, de prendre en considération, d’une part, les conséquences de la rétroactivité de l’annulation pour les divers intérêts publics ou privés en présence et, d’autre part, les inconvénients que présenterait, au regard du principe de légalité et du droit des justiciables à un recours effectif, une limitation dans le temps des effets de l’annulation. Il lui revient d’apprécier, en rapprochant ces éléments, s’ils peuvent justifier qu’il soit dérogé à titre exceptionnel au principe de l’effet rétroactif des annulations contentieuses et, dans l’affirmative, de prévoir dans sa décision d’annulation ou, lorsqu’il a décidé de surseoir à statuer sur cette question, dans sa décision relative aux effets de cette annulation, que, sous réserve des actions contentieuses engagées à la date de sa décision prononçant l’annulation contre les actes pris sur le fondement de l’acte en cause, tout ou partie des effets de cet acte antérieur à son annulation devront être regardés comme définitifs ou même, le cas échéant, que l’annulation ne prendra effet qu’à une date ultérieure qu’il détermine.

20. Au cas particulier, il ne résulte pas de l’instruction que l’effet immédiat de l’annulation de la décision attaquée, à savoir le refus de compléter le sixième programme d’actions régional, produirait des effets manifestement excessifs, en particulier en matière de risques liés à la pollution des eaux par les nitrates, dès lors que le sixième programme d’actions régional lui-même, dont aucune des dispositions n’est annulée, demeure en vigueur, et que l’annulation prononcée par le présent jugement n’entraîne aucune discontinuité dans l’application des différents programmes d’actions. Par ailleurs, rien ne fait obstacle à ce que le préfet de région puisse modifier le sixième programme d’actions régional avant la finalisation du prochain programme d’actions, qui devra être signé au plus tard en septembre 2022. Dès lors, il n’y a pas lieu, dans les circonstances de l’espèce, de déroger à titre exceptionnel au principe de l’effet rétroactif des annulations contentieuses, ni de différer les effets de cette annulation.

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Sur les conclusions à fin d’injonction :

21. Le présent jugement, qui annule la décision du 29 octobre 2018 par laquelle le préfet de la région Bretagne a refusé de modifier l’arrêté du 2 août 2018 établissant le programme d’actions régional en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole, implique nécessairement non pas l’engagement d’un processus de modification générale de ce sixième programme d’actions, mais de le modifier et de le compléter, pour sa durée restant à courir, en prévoyant, d’une part, toute mesure supplémentaire utile de maîtrise de la fertilisation azotée et de gestion adaptée des terres agricoles dans les bassins versants situés en amont des sites littoraux concernés par les problématiques d’algues vertes, et, d’autre part, la définition précise d’un mécanisme de mise en œuvre de mesures réglementaires contraignantes supplémentaires en cas de constat d’échec des mesures encouragées par le plan de lutte contre les algues vertes (PLAV). Ces mesures complémentaires devront intervenir dans le délai de quatre mois à compter de la notification du présent jugement, sans préjudice, par ailleurs, de leur intégration adéquate dans les travaux et réflexions en cours pour la préparation du prochain programme d’actions régional, lequel aura également vocation, le cas échéant, et en fonction de l’état de la qualité des eaux en Bretagne au moment de son édiction au regard du risque de pollution par les nitrates, à intégrer également les compléments apportés.

Sur les frais de l’instance :

22. Il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce, de mettre à la charge de l’Etat la somme de 1 500 euros au titre des frais exposés par l’association requérante et non compris dans les dépens.

D E C I D E :

Article 1er : La décision du 29 octobre 2018 par laquelle le préfet de la région Bretagne a refusé de modifier l’arrêté du 2 août 2018 établissant le programme d’actions régional en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole, est annulée.

Article 2 : Il est enjoint au préfet de la région Bretagne de compléter le 6ème programme d’actions régional, d’une part, par toute mesure de maîtrise de la fertilisation azotée et de gestion adaptée des terres agricoles dans les bassins versants situés en amont des sites littoraux concernés par les échouages d’algues vertes qui sera jugée suffisamment efficace pour pallier l’insuffisance constatée du programme sur ce point, et, d’autre part, par la définition précise d’un mécanisme de mise en œuvre de mesures réglementaires contraignantes supplémentaires en cas de constat d’échec des mesures encouragées par le plan de lutte contre les algues vertes (PLAV), et ce dans le délai de quatre mois à compter de la notification du présent jugement.

Article 3 : L’Etat versera à l’association Eau et Rivières de Bretagne la somme de 1 500 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

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Article 4 : Le présent jugement sera notifié à l’association Eau et Rivières de Bretagne et à la ministre de la transition écologique.

Copie en sera adressée au préfet de la région Bretagne.

Délibéré après l’audience du 28 mai 2021, à laquelle siégeaient :

M. Vergne, président, M^me Thalabard, première conseillère, M. X, conseiller.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 4 juin 2021.

Le rapporteur,

Le président,

Signé Signé

L. X G.-V. Vergne

La greffière,

Signé

I. Le Vaillant

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique en ce qui la concerne et à tous huissiers de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun, contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.