Vu la procédure suivante :

Par une requête et des mémoires, enregistrés les 1er octobre 2022, 29 avril 2024 et 13 janvier 2025, l’association Eau & Rivières de Bretagne, représentée par M^e Samuel Delalande, demande au tribunal, dans le dernier état de ses écritures :

1°) à titre principal, de condamner le préfet de la région Bretagne, d’une part, à réparer par des mesures concrètes et précisément déterminées le préjudice écologique résultant de sa carence fautive quant à son obligation de lutte contre la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole et, d’autre part, à lui verser la somme de 3 225 000 euros en réparation du préjudice moral résultant de ces mêmes carences fautives ;

2°) à titre subsidiaire, d’enjoindre au préfet de la région Bretagne de prendre toute mesure utile permettant de réparer, prévenir et faire cesser ce préjudice écologique, notamment par les mesures qu’elle propose ;

3°) à titre infiniment subsidiaire, d’enjoindre au préfet de la région Bretagne de procéder à la réparation de ce préjudice écologique par le versement de dommages et intérêts affectés à la réparation de l’environnement ;

4°) d’assortir les sommes que l’Etat sera condamné à verser des intérêts légaux à compter du 3 juin 2022 ainsi que de la capitalisation des intérêts, à compter de cette même date ;

5°) de mettre à la charge de l’État la somme de 5 000 euros au titre des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- les actions engagées devant la Cour de justice de l’Union européenne comme devant les juridictions nationales ont mis en évidence les manquements et carences persistantes de l’Etat dans la lutte contre les nitrates d’origine agricole sur le territoire breton ;

- l’Etat ne dispose d’aucune marge de manœuvre pour reconquérir les qualités des masses d’eaux souterraines, superficielles et côtières d’ici l’année 2027, au regard de l’objectif fixé par l’article 4 de la directive n° 2000/60/CE du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau ;

- l’Etat s’est abstenu de mettre en œuvre les mesures nécessaires permettant d’atteindre les objectifs fixés par les directives 91/676/CEE et 2000/60/CE, en méconnaissance de la transposition qui en a été faite notamment aux articles R. 211-80 et R. 211-81 du code de l’environnement ;

- la faute de l’Etat réside dans l’absence de calibrage des objectifs qu’il se fixe, notamment dans le Schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) Loire Bretagne ;

- l’Etat entretient les conditions d’échec en matière de lutte contre la prolifération des algues vertes, notamment en fixant des objectifs inférieurs à l’ambition initiale, particulièrement dans quatre des huit baies connaissant des échouages de marées vertes ;

- la trajectoire adoptée par l’Etat ne permettra pas d’atteindre le bon état écologique des masses d’eaux côtières d’ici 2027 ;

- les plans, programmes et mesures mis en œuvre au niveau régional dans le cadre de la directive 91/676/CEE, dite directive Nitrates, sont insuffisants ;

- l’impossibilité d’atteindre l’objectif du retour au bon état écologique en 2027 est manifestement établie et a directement conduit les autorités compétences à classer la majorité des masses d’eaux côtières concernées en « Objectifs moins stricts » ;

- le classement en « Objectifs moins stricts » des masses d’eau côtières sujettes à prolifération d’algues vertes se fonde sur des dispositions du SDAGE Loire-Bretagne présentant un caractère inconventionnel au regard des conditions fixées par la directive cadre sur l’eau ;

- la Cour des comptes, dans un rapport rendu public en juillet 2021, a évalué avec sévérité la politique publique de lutte contre la prolifération des algues vertes, en pointant une absence de calibrage des objectifs, le non-respect de la trajectoire permettant d’atteindre le bon état écologique, des moyens de suivi et de contrôle insuffisants, des carences dans l’exercice des pouvoirs de police administrative des installations classées d’élevage ;

- la situation est particulièrement alarmante en matière d’exercice du pouvoir de police administrative, faute d’informations suffisantes pour l’instruction des demandes d’extension ou d’autorisation d’exploiter, de contrôles des pratiques d’épandage et d’outils permettant d’apprécier l’importance de la pression azotée exercée sur les installations agricoles installées dans les territoires les plus sensibles ;

- les conséquences environnementales d’une augmentation des flux d’azote constituent une difficulté majeure, sans que les préfets des départements bretons n’usent pourtant des dispositions de l’article L. 512-7-2 du code de l’environnement ;

- l’Etat a abandonné sa mission de contrôle des installations classées pour la protection de l’environnement dans les zones sensibles, malgré une détérioration continue de l’environnement ;

- la faute de l’Etat est caractérisée au regard de ses manquements aux objectifs fixés par les directives 91/676/CEE et 2000/60/CE et de sa carence dans la mise en œuvre de ses pouvoirs de police administrative à l’égard des installations classées pour la protection de l’environnement (A…) agricoles ;

- la carence de l’Etat dans la mise en œuvre des mesures propres à respecter les objectifs qu’il s’est lui-même assigné est à l’origine directe d’un dommage environnemental, le lien entre prolifération des algues et apports d’azote d’origine agricole étant certain ;

- le phénomène d’eutrophisation des eaux, duquel découle les marées vertes, constitue une détérioration directe, indirecte, mesurable, de l’environnement, qui crée un risque d’atteinte grave à la santé humaine du fait de la contamination des sols, qui affecte l’état écologique des eaux, qui affecte par endroits le maintien ou le rétablissement dans un état de conservation favorable des habitats visés aux annexes I et II de la directive 92/43/CEE et qui affecte les services écologiques au bénéfice d’une ressource naturelle ou au bénéfice du public ;

- l’étendue des dommages environnementaux découlant du surplus de nitrates constitue un préjudice écologique à l’égard des éléments et des fonctions des écosystèmes mais également à l’égard des bénéfices collectifs tirés par l’homme de l’environnement ;

- le phénomène de dépôt d’ulves sur les vasières et marais salés des estuaires, sur les plages, sur les parties rocheuses ou encore dans la partie immergée des baies engendre une perte de richesse des écosystèmes touchés, certains espaces étant rendus invivables et se matérialisant par des interdictions d’accès ;

- les usagers, notamment des zones côtières, sont nécessairement lésés par la présence d’ulves en forte quantité, devenant, le cas échéant, toxique ;

- la jurisprudence administrative admet que la responsabilité de l’Etat soit engagée, ainsi que le prévoient les articles 1249 et 1252 du code civil, aux fins de réparation du préjudice écologique qu’il a causé ;

- la réparation du préjudice écologique constaté suppose d’enjoindre à l’Etat d’adopter des mesures de réparation, de prévention et cessation du dommage concrètes et précisément déterminées ;

- seules des mesures permettant de faire cesser le flux excessif de nitrates seront de nature à permettre la régénération naturelle du milieu impacté, ce qui constitue un objectif prioritaire ;

- la réparation du préjudice écologique causé aux bénéfices tirés par l’homme de l’environnement est difficilement envisageable en nature mais peut l’être par le versement de dommages et intérêts affectés à la réparation de l’environnement ;

- son préjudice moral doit être évalué à hauteur de l’ensemble des actions qu’elle mène depuis 53 ans en faveur de la lutte contre la pollution de l’eau par les nitrates, ce qui représente la somme de 2 250 000 euros pour son préjudice propre et la somme de 1 000 000 euros pour celui des consommateurs qu’elle représente.

Par des mémoires en défense, enregistrés le 25 avril 2023, le 28 novembre 2024 et le 24 janvier 2025, le préfet de la région Bretagne conclut, à titre principal, au rejet de la requête et à titre subsidiaire, à ce que le montant de la condamnation prononcée à son encontre au titre du préjudice moral invoqué soit ramené à de plus justes proportions et à ce que les mesures concrètes proposées par l’association requérante en vue de prévenir ou faire cesser le préjudice écologique ne soient pas retenues, faute de démontrer qu’elles seraient raisonnables et pertinentes.

Il fait valoir que :

- les pollutions diffuses des eaux bretonnes par les nitrates et les phosphates ont débuté dans les années 1960, avec l’intensification des productions animales et végétales mais la consommation d’engrais est revenue à des niveaux beaucoup plus raisonnables au milieu des années 1990 ;

- la prolifération des algues vertes en Bretagne, favorisée par les caractéristiques du littoral et de certaines baies, particulièrement sensibles, résulte principalement des excès de nitrate et de phosphore dans les eaux bretonnes, liées aux épandages d’effluents d’élevage et d’un usage massif d’intrants, en apportant aux cultures des doses excédant leurs besoins, en fertilisant les sols à des périodes propices au lessivage ou en négligeant de tenir compte de la fragilité particulière du milieu ;

- l’enjeu du plan de lutte contre les algues vertes, dont il assure la coordination, est de mettre en œuvre une gestion des effluents limitant les fuites de nitrates, ce qui suppose une évolution des pratiques agricoles, tout en intégrant les enjeux socio-économiques du territoire breton et l’objectif d’autosuffisance alimentaire poursuivi par la France ;

- les condamnations évoquées par l’association requérante sont anciennes, dès lors que la France a depuis remédié aux insuffisances constatées, notamment en identifiant précisément les zones vulnérables et en renforçant ses plans d’actions ;

- le recours de l’association Eau & Rivières de Bretagne est dénué d’intérêt puisque l’Etat a d’ores et déjà répondu aux injonctions résultant des jugements du 4 juin 2021 et du 18 juillet 2023 du tribunal administratif de Rennes en intégrant les mesures demandées dans le 7e programme d’actions régional ;

- l’Etat a agi conformément à ses obligations de lutte contre la pollution des eaux par les nitrates, telles qu’imposées par la directive Nitrates en adoptant un programme d’actions national (PAN) dont la dernière version prévoit notamment l’obligation de déployer en zone d’actions renforcées (ZAR) au moins trois mesures adaptées aux caractéristiques des territoires et choisies parmi une boîte à outils nationale de neuf mesures, l’encadrement plus strict des règles de fertilisation des couverts végétaux en interculture, l’encadrement plus strict des possibilités d’exemption de la mise en place d’un couvert végétal d’interculture et l’exigence de renseigner de nouvelles informations dans le cahier d’enregistrement des pratiques de fertilisation ;

- le PAN a été complété et renforcé au niveau régional par un programme d’actions régional (PAR), lequel classe la région Bretagne en totalité en zone vulnérable quant au paramètre nitrate depuis 1994 ;

- le 6e programme d’actions régional a été modifié à deux reprises notamment pour entériner le dispositif de surveillance de l’azote, détaillant les mesures individuelles s’appliquant en cas d’augmentation de la moyenne départementale définie en 2014, exprimée en kg d’azote épandu par hectare et pour répondre aux injonctions du jugement du tribunal administratif de Rennes du 4 juin 2021 concernant les bassins connaissant d’importantes marées vertes ;

- le rapport relatif à la mise en œuvre de la directive Nitrates en France pour la période 2016-2019 fait apparaître que l’ouest du territoire est en voie d’amélioration ;

- il est prématuré de reprocher le non-respect de l’objectif de bon état écologique des eaux, au regard des obligations résultant de la directive cadre sur l’eau (DCE), dont l’échéance est fixée à 2027 ;

- le SDAGE Loire-Bretagne pour la période 2022-2027 prévoit que 39 % des masses d’eau sont proposées avec des objectifs environnementaux moins stricts (OMS), en raison de l’absence de mesures techniquement faisables ou de leur coût disproportionné, ce que l’article 4.5 d) de la DCE permet ;

- l’ambition de bon état écologique à l’échéance 2027 demeure pour 61 % des masses d’eau en Bretagne ;

- les dispositions 10A-1 et 10A-2 du SDAGE fixent sans ambiguïté possible des objectifs de réduction des flux d’azote de 30 % minimum, voire 60 %, par rapport à la période de référence 2010-2012 ;

- la directive Nitrates et la directive cadre sur l’eau n’imposent aucun objectif seuil, ni aucune obligation de moyens permettant d’atteindre l’objectif final de bon état écologique des eaux, lequel constitue une obligation de résultat dont le respect ne pourra être contrôlé qu’en 2027

- le constat de quelques dépassements isolés ne saurait remettre en cause l’ensemble de la trajectoire, qui laisse apparaître une amélioration constante dans le respect des seuils fixés par la réglementation en matière de nitrates ;

- le percentile 90 était de 32 milligrammes par litre en 2020 et de 29 milligrammes par litre en 2021, se rapprochant de la valeur de 25 milligrammes fixée par l’article 6 de la directive Nitrates, permettant d’envisager un allègement du suivi de la qualité de l’eau ;

- la disposition 10A-5 du SDAGE Loire Bretagne 2022-2027, inclus dans le titre « Réduire significativement l’eutrophisation des eaux côtières et de transition », prévoit expressément que la valeur guide de 18 milligrammes par litre de concentration en nitrates sera atteinte après plusieurs cycles de SDAGE, soit après l’échéance fixée à 2027 ;

- le plan de lutte contre la prolifération des algues vertes (PLAV) mis en œuvre pour la période 2022-2027 fixe de nouvelles ambitions renforcées de bascule massive de la production agricole vers l’agroécologie, dans toutes les exploitations, en faveur de la préservation de l’eau, et prévoit l’utilisation de nouveaux dispositifs contractuels et réglementaires ;

- l’Etat met en place toutes les mesures réalistes et utiles pour lutter contre les algues vertes et développe de nouveaux outils pour maintenir une bonne trajectoire vers l’objectif fixé en 2027 ;

- l’insuffisance alléguée des contrôles des installations classées d’élevage est dénuée de fondement, au regard du nombre de contrôles diligentés par les services de l’Etat dans les exploitations agricoles du territoire breton, dans un contexte régulièrement tourmenté et conjoncturellement sous tension ;

- les programmes d’actions volontaires, dits zones soumises à contraintes environnementales (ZSCE), qui prévoient la mise en œuvre de mesures contraignantes en cas d’échec des mesures volontaires, doivent permettre de réduire efficacement les fuites d’azote ;

- les dispositions des articles 1246 et suivants du code civil ne sauraient être utilement invoquées à l’encontre de l’Etat dans une instance devant le juge administratif ;

- l’éventuelle carence de l’Etat dans l’exercice de ses missions ne peut suffire à établir un lien de causalité avec les dommages allégués et, par conséquent, à engager sa responsabilité ;

- l’association Eau & Rivières de Bretagne exagère les atteintes qui seraient portées à la biodiversité du fait de la présence d’ulves, ainsi que les dommages causés aux bénéfices collectifs tirés par l’être humain de l’environnement ;

- les mesures de nature à permettre la réparation du préjudice écologique peuvent revêtir différentes formes et relèvent de la libre appréciation de l’Etat ;

- l’association requérante ne saurait obtenir une indemnisation, au titre de son préjudice moral, des dépenses ou activités inhérentes à son fonctionnement ou encore des seules atteintes à l’environnement ;

- la demande de versement d’une somme de 1 000 000 euros au titre du préjudice moral subi, visant à la valorisation du bénévolat associatif, est dépourvue de fondement ;

- la demande de versement d’une somme de 1 250 000 euros, au titre du préjudice moral subi, fondée sur l’évaluation du dommage environnemental causé aux surfaces de plages sur lesquelles les échouages d’algues sont constatés, ne présente pas de caractère personnel et ne résulte pas, dans la totalité, des carences fautives de l’Etat.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

- la Constitution, notamment la Charte de l’environnement à laquelle renvoie son Préambule ;

- la directive 91/676/CEE du Conseil, du 12 décembre 1991, concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles ;

- la directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau ;

- le code civil ;

- le code de l’environnement ;

- l’arrêté ministériel du 5 mars 2015 précisant les critères et méthodes d’évaluation de la teneur en nitrates des eaux et de caractérisation de l’enrichissement de l’eau en composés azotés susceptibles de provoquer une eutrophisation et les modalités de désignation et de délimitation des zones vulnérables définies aux articles R. 211-75, R. 211-76 et R. 211-77 du code de l’environnement ;

- l’arrêté ministériel du 30 janvier 2023 relatif aux programmes d’actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole ;

- le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

- le rapport de M^me Thalabard,

- les conclusions de M. Martin, rapporteur public,

- et les observations de M^e Delalande, représentant l’association Eau & Rivières de Bretagne et M^mes B….. et Le Guern, représentant le préfet de la région Bretagne.

Une note en délibéré, présentée par le préfet de la région Bretagne, a été enregistrée le 18 février 2025.

Une note en délibéré, présentée par l’association Eau & Rivières de Bretagne, a été enregistrée le 19 février 2025.

Considérant ce qui suit :

1. Par courrier du 2 juin 2022, l’association Eau & Rivières de Bretagne, agréée au titre de la protection de l’environnement sur le territoire régional de la Bretagne, en vertu des dispositions de l’article L. 141-1 du code de l’environnement, a demandé au préfet de la région Bretagne la réparation du préjudice écologique et du préjudice moral causés par les fautes et insuffisances de l’Etat dans la mise en œuvre des réglementations européennes destinées à lutter contre les nitrates d’origine agricole sur le territoire breton. Le préfet de la région Bretagne n’a pas apporté de réponse à cette demande préalable. Par la présente requête, l’association demande de condamner l’Etat à réparer d’une part, par des mesures concrètes et précisément déterminées, le préjudice écologique résultant de sa carence fautive quant à son obligation de lutte contre la pollution des eaux par les nitrates et, d’autre part, par le versement de la somme de 3 225 000 euros, son préjudice moral.

Sur la responsabilité de l’Etat :

2. D’une part, aux termes de l’article 1er de la Charte de l’environnement : « Chacun a le droit de vivre dans un environnement équilibré et respectueux de la santé. ». Aux termes de l’article 3 de cette Charte : « Toute personne doit, dans les conditions définies par la loi, prévenir les atteintes qu’elle est susceptible de porter à l’environnement ou, à défaut, en limiter les conséquences. ».

3. L’article L. 110-1 du code de l’environnement prévoit que : « I. – Les espaces, ressources et milieux naturels terrestres et marins, les sons et odeurs qui les caractérisent, les sites, les paysages diurnes et nocturnes, la qualité de l’air, la qualité de l’eau, les êtres vivants et la biodiversité font partie du patrimoine commun de la nation. Ce patrimoine génère des services écosystémiques et des valeurs d’usage. / Les processus biologiques, les sols et la géodiversité concourent à la constitution de ce patrimoine. (…) / II. – Leur connaissance, leur protection, leur mise en valeur, leur restauration, leur remise en état, leur gestion, la préservation de leur capacité à évoluer et la sauvegarde des services qu’ils fournissent sont d’intérêt général et concourent à l’objectif de développement durable qui vise à satisfaire les besoins de développement et la santé des générations présentes sans compromettre la capacité des générations futures à répondre aux leurs. Elles s’inspirent, dans le cadre des lois qui en définissent la portée, des principes suivants : / (…) 2° Le principe d’action préventive et de correction, par priorité à la source, des atteintes à l’environnement, en utilisant les meilleures techniques disponibles à un coût économiquement acceptable. Ce principe implique d’éviter les atteintes à la biodiversité et aux services qu’elle fournit ; à défaut, d’en réduire la portée ; enfin, en dernier lieu, de compenser les atteintes qui n’ont pu être évitées ni réduites, en tenant compte des espèces, des habitats naturels et des fonctions écologiques affectées ; / Ce principe doit viser un objectif d’absence de perte nette de biodiversité, voire tendre vers un gain de biodiversité ; (…). ».

4. D’autre part, aux termes de l’article R. 211-75 du code de l’environnement, la pollution par les nitrates s’entend comme le « rejet de composés azotés de sources agricoles dans le milieu aquatique, directement ou indirectement, ayant des conséquences de nature à mettre en danger la santé humaine, à nuire aux ressources vivantes et au système écologique aquatique, à porter atteinte aux agréments ou à gêner d’autres utilisations légalement exercées des eaux » et l’eutrophisation comme « l’enrichissement de l’eau en composés azotés, provoquant un développement accéléré des algues et des végétaux d’espèces supérieures qui perturbe l’équilibre des organismes présents dans l’eau et entraîne une dégradation de la qualité de celle-ci. ».

5. Selon l’article R. 211-76 du code de l’environnement : « I. – Sont considérées comme atteintes par la pollution par les nitrates : / 1° Les eaux souterraines et les eaux douces superficielles, notamment celles servant ou destinées aux captages d’eau pour la consommation humaine, dont la teneur en nitrate est supérieure à 50 milligrammes par litre ; / 2° Les eaux des estuaires, les eaux côtières et marines et les eaux douces superficielles qui subissent une eutrophisation à laquelle l’enrichissement de l’eau en composés azotés provenant de sources agricoles contribue. / II. – Sont considérées comme susceptibles d’être polluées par les nitrates : / 1° Les eaux souterraines et les eaux douces superficielles, notamment celles servant ou destinées aux captages d’eau pour la consommation humaine, dont la teneur en nitrate est comprise entre 40 et 50 milligrammes par litre et ne montre pas de tendance à la baisse ; / 2° Les eaux des estuaires, les eaux côtières et marines et les eaux douces superficielles susceptibles de subir, si les mesures prévues aux articles R. 211-80 à R. 211-84 ne sont pas prises, une eutrophisation à laquelle l’enrichissement de l’eau en composés azotés provenant de sources agricoles contribue. / III. – L’identification des eaux définies aux I et II est fondée sur un programme de surveillance mis en œuvre sur l’ensemble du territoire et renouvelé tous les quatre ans au moins. (…) ».

6. Les critères et méthodes d’évaluation de la teneur en nitrates des eaux et la caractérisation de l’enrichissement de l’eau en composés azotés susceptibles de provoquer une eutrophisation ont été précisés par un arrêté ministériel du 5 mars 2015, dont l’article 3 prévoit que : « Les masses d’eau superficielles dont la teneur en nitrates dépasse 18 mg/l en percentile 90 sont considérées comme subissant ou susceptibles de subir une eutrophisation des eaux douces superficielles ; elles contribuent aussi à l’eutrophisation ou à la menace d’eutrophisation des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines. Les communes en intersection avec les bassins versants qui alimentent ces masses d’eaux sont désignées en tant que zone vulnérable. ».

7. Il est constant que le phénomène d’eutrophisation des eaux marines, à l’origine de la prolifération des ulves sur le littoral breton, a pour origine les apports excessifs d’azote d’origine agricole. Il résulte de l’instruction, et particulièrement de la note intitulée « Les nitrates, l’agriculture et l’eau en Bretagne », rédigée en octobre 2021 par M. C….. de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) de Rennes, en collaboration avec le Centre de ressources et d’expertise scientifique sur l’eau en Bretagne (Creseb), que : « contrairement aux pesticides, aux métaux lourds ou à d’autres composés organiques, l’ion nitrate n’est pas toxique jusqu’à des concentrations élevées, où il devient potentiellement cancérigène ou à l’origine de composés dérivés toxiques. Pourtant, la pollution azotée est considérée comme l’un des plus graves problèmes environnementaux de la planète. ».

8. En Bretagne, première région agricole de France, la situation fortement excédentaire en azote qui s’est installée à partir de la fin des années 1960 a eu pour effet de constituer des stocks d’azote importants et facilement entrainables par les pluies vers les rivières et les eaux souterraines. En migrant vers les masses d’eaux douces et maritimes, l’azote provoque, compte tenu des caractéristiques du littoral et de certaines baies, le développement excessif d’algues vertes, dont les effets sur les écosystèmes, la santé humaine et l’activité des territoires peuvent être délétères. Dans son rapport de juillet 2021 d’évaluation de la politique publique de lutte contre la prolifération des algues vertes en Bretagne, la Cour des comptes confirme que : « la réduction significative de la charge en nitrates dans les cours d’eau est donc l’action la plus réaliste et efficace pour parvenir à limiter les marées vertes. ».

9. L’association Eau & Rivières de Bretagne reproche au préfet de la région Bretagne une carence fautive compte tenu de l’insuffisance de la politique publique mise en œuvre pour lutter contre la pollution par les nitrates d’origine agricole des milieux aquatiques du territoire breton.

En ce qui concerne la méconnaissance par le préfet de la région Bretagne de ses obligations résultant de la directive Nitrates :

10. La directive 91/676/CEE du 12 décembre 1991 vise à réduire la pollution des eaux provoquée ou induite par les nitrates à partir de sources agricoles et à prévenir toute nouvelle pollution de ce type. Elle prévoit, pour les besoins des objectifs ainsi fixés, que les Etats membres établissent des programmes d’action portant sur les zones vulnérables désignées. Le point 2 de l’article 5 de la directive précise que « Un programme d’action peut porter sur toutes les zones vulnérables situées sur le territoire d’un Etat membre ou, si cet Etat l’estime approprié, des programmes différents peuvent être établis pour diverses zones ou parties de zones vulnérables ». Il est ajouté que « Les programmes d’action tiennent compte : a) des données scientifiques et techniques disponibles concernant essentiellement les quantités respectives d’azote d’origine agricole ou provenant d’autres sources ; / b) des conditions de l’environnement dans les régions concernées de l’Etat membre en question. ». Enfin, le point 5 de ce même article 5 expose que : « En outre, les Etats membres prennent, dans le cadre des programmes d’action, toutes les mesures supplémentaires ou actions renforcées qu’ils estiment nécessaires, s’il s’avère, dès le début ou à la lumière de l’expérience acquise lors de la mise en œuvre des programmes d’action, que les mesures visées au paragraphe 4 ne suffiront pas pour atteindre les objectifs définis à l’article 1er. Dans le choix de ces mesures ou actions, les Etats membres tiennent compte de leur efficacité et de leur coût par rapport à d’autres mesures préventives envisageables. ».

11. Aux termes de l’article R. 211-80 du code de l’environnement : « I.- L’utilisation des fertilisants organiques et minéraux, naturels et de synthèse contenant des composés azotés, ci-après dénommés fertilisants azotés, ainsi que les pratiques agricoles associées font l’objet de programmes d’actions dans les zones vulnérables désignées conformément aux dispositions de l’article R. 211-77. / II.- Ces programmes comportent les mesures et actions nécessaires à une bonne maîtrise des fertilisants azotés et à une gestion adaptée des terres agricoles dans ces zones, en vue de limiter les fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux souterraines, des eaux douces superficielles et des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines. / III.- Ces programmes d’actions prennent en compte : / 1° Les situations locales et leur évolution, notamment la teneur en nitrates des eaux superficielles et souterraines, les systèmes de production et les pratiques agricoles, le degré de vulnérabilité du ou des aquifères concernés et la présence de nitrates de provenances autres qu’agricoles ; / 2° Les données scientifiques et techniques disponibles et les résultats connus des programmes d’actions précédents. / Lorsque le choix est possible entre plusieurs mesures ou actions permettant d’atteindre les objectifs définis au II, ce choix prend en compte l’efficacité et le coût de chacune des mesures ou actions envisageables. / IV.- Ces programmes d’actions comprennent : / 1° Un programme d’actions national constitué de mesures nationales communes à l’ensemble des zones vulnérables ; /2° Des programmes d’actions régionaux constitués de mesures renforcées par rapport à celles du programme d’actions national sur tout ou partie des zones vulnérables et de mesures spécifiques à chaque zone ou partie de zone vulnérable. (…) ».

12. S’agissant du programme d’actions national, l’article R. 211-81 du code de l’environnement détaille, en son I, les mesures à prévoir : « 1° Les périodes minimales d’interdiction d’épandage des fertilisants azotés ; / 2° Les prescriptions relatives au stockage des effluents d’élevage afin de garantir, en toutes circonstances, le respect des objectifs définis au II de l’article R. 211-80 et les prescriptions relatives à l’épandage de ces effluents, compte tenu des possibilités de les traiter et de les éliminer ; / 3° Les modalités de limitation de l’épandage des fertilisants azotés fondée sur un équilibre, pour chaque parcelle, entre les besoins prévisibles en azote des cultures et les apports en azote de toute nature, y compris l’azote de l’eau d’irrigation ; / 4° Les prescriptions relatives à l’établissement de plans de fumure et à la tenue par chaque exploitant d’un ou plusieurs cahiers d’épandage des fertilisants azotés ; / 5° La limitation de la quantité maximale d’azote contenu dans les effluents d’élevage pouvant être épandue annuellement par chaque exploitation, y compris les déjections des animaux eux-mêmes, ainsi que les modalités de calcul associées ; cette quantité ne peut être supérieure à 170 kg d’azote par hectare de surface agricole utile. (…) / 6° Les conditions particulières de l’épandage des fertilisants azotés, liées à la proximité des cours d’eau, à l’existence de fortes pentes, à des situations où les sols sont détrempés, inondés, gelés ou enneigés ; / 7° Les exigences relatives au maintien d’une quantité minimale de couverture végétale au cours des périodes pluvieuses destinée à absorber l’azote du sol et aux modalités de gestion des résidus de récolte ; / 8° Les exigences relatives à la mise en place et au maintien d’une couverture végétale permanente le long de certains cours d’eau, sections de cours d’eau et plans d’eau de plus de dix hectares. ». Il précise en son II que : «  Le programme d’actions national définit les références techniques nécessaires à la mise en œuvre opérationnelle des mesures mentionnées au I et précise celles qui doivent être arrêtées par le préfet de région sur proposition du groupe régional d’expertise « nitrates » prévu à l’article R. 211-81-2. ».

13. S’agissant des programmes d’actions régionaux, l’article R. 211-81-1 du même code, dans sa version désormais en vigueur, apporte les précisions suivantes : « I. – Les programmes d’actions régionaux comprennent, sur tout ou partie des zones vulnérables, les mesures prévues aux 1°, 3°, 7° et 8° du I de l’article R. 211-81, renforcées au regard des objectifs fixés au II de l’article R. 211-80, des caractéristiques et des enjeux propres à chaque zone vulnérable ou partie de zone vulnérable. / II. – Les programmes d’actions régionaux délimitent les zones correspondant aux zones de captage de l’eau destinée à la consommation humaine mentionnées au 1° du I de l’article R. 212-4 dont la teneur en nitrate est supérieure à 50 milligrammes par litre et aux bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages, mentionnés au 8° du II de l’article L. 211-3, définis par les schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux. / Ils peuvent également délimiter les zones correspondant aux zones de captage de l’eau destinée à la consommation humaine mentionnées au 1° du I de l’article R. 212-4 dont la teneur en nitrate est comprise entre 40 et 50 milligrammes par litre, en tenant notamment compte de l’évolution de cette teneur au cours des dernières années. / Les zones mentionnées aux deux précédents alinéas sont identifiées conformément à l’article R. 211-81-1-1 et peuvent être étendues afin d’assurer la cohérence territoriale des mesures. / Dans ces zones, les programmes d’actions régionaux comprennent : / -soit l’obligation d’une couverture végétale des sols entre une culture principale récoltée en été ou en automne et une culture semée à l’été ou à l’automne et, au minimum, une autre mesure de renforcement ; / -soit, au minimum, trois autres mesures de renforcement. / Les mesures de renforcement susceptibles d’être mises en œuvre dans ces zones sont les suivantes : / 1° L’une ou plusieurs des mesures prévues au I, renforcées au regard de l’état d’atteinte par la pollution des zones considérées ; / 2° Les exigences relatives à une gestion adaptée des terres, notamment les modalités de retournement des prairies ; / 3° Le dispositif de surveillance annuelle de l’azote qui comporte : / a) La déclaration annuelle des quantités d’azote de toutes origines produites, traitées, épandues, stockées ou cédées ainsi que celle de leurs lieux d’épandage, par les personnes physiques et morales épandant des fertilisants sur des terres agricoles ou dont l’activité génère un fertilisant azoté destiné à l’épandage agricole ; / b) L’évaluation annuelle par le préfet de région de la pression d’épandage d’azote qui est égale à la quantité d’azote de toutes origines épandue sur des terres agricoles au cours de l’année ramenée à la surface agricole utile. / Lorsque cette mesure est mise en œuvre, les déclarations annuelles prévues au III de l’article

L. 211-3 peuvent être rendues obligatoires. Ces déclarations précisent notamment, pour les expéditions et livraisons de matières fertilisantes azotées mises sur le marché mentionnées aux articles L. 255-2 à L. 255-4 et aux 1° à 4° de l’article L. 255-5 du code rural et de la pêche maritime, leur ventilation selon la localisation du receveur, et pour les échanges de matières fertilisantes autres que celles mentionnées ci-avant, le détail des quantités d’azote par receveur ou fournisseur ; / 4° La limitation du solde du bilan azoté calculé à l’échelle de l’exploitation agricole exprimé en kilogrammes d’azote par hectare ; / 5° L’obligation de traiter ou d’exporter l’azote issu des animaux d’élevage au-delà d’un seuil d’azote produit par les animaux d’élevage à l’échelle de l’exploitation agricole, lorsque les surfaces exploitées en propre ne sont pas suffisantes pour permettre l’épandage des effluents dans le respect de l’équilibre de la fertilisation azotée mentionné au 3° du I de l’article R. 211-81 ; / 6° L’obligation de respecter un seuil de quantité d’azote restant dans les sols à la fin de la période de culture ou en entrée de l’hiver. / III. – 1° Dans les cantons en excédent structurel d’azote lié aux élevages qui ont été arrêtés à la date du 21 décembre 2011 par les préfets de département en application du décret n° 2011-1257 du 10 octobre 2011, les programmes d’actions régionaux comprennent les mesures définies au 3°, 4° et 5° du II. / 2° Les programmes d’actions régionaux délimitent les zones dans lesquelles la mesure prévue au 3° du II est rendue obligatoire. / Ces zones incluent au minimum tous les cantons en excédent structurel. Elles peuvent être élargies, dans la limite du département, afin d’assurer la cohérence territoriale de ce dispositif. Des dispositifs de surveillance définis sur des zones plus restreintes peuvent toutefois être maintenus à l’intérieur d’une zone de surveillance élargie. / 3° Les programmes d’actions régionaux définissent, pour chaque zone délimitée conformément au 2°, la valeur de référence, tenant compte d’une marge d’incertitude fixée par arrêté interministériel, qui est égale à la pression d’épandage d’azote de toutes origines au cours de l’année de référence, exprimée en kilogrammes d’azote par hectare. / 4° Les programmes d’actions régionaux comprennent un dispositif à mettre en œuvre dans les zones mentionnées au 2° en cas de dépassement de la valeur de référence assurant le retour à une pression d’épandage d’azote au plus égale à cette valeur de référence. Ce dispositif réduit la pression d’épandage d’azote de toutes origines de chaque exploitation ou élevage de la zone concernée au cours de l’année suivant le constat du dépassement. / Pour déterminer l’effort de réduction applicable aux exploitations ou élevages, les programmes d’actions régionaux définissent au moins deux classes de pression à partir de la répartition des pressions d’épandage d’azote de toutes origines de l’ensemble des exploitations ou élevages de la zone concernée au cours de l’année du dépassement. / Pour les exploitations ou élevages de la première classe dont la pression d’épandage est au plus égale à la valeur de référence, la pression d’épandage doit rester en dessous d’un plafond égal à la valeur de référence. / Pour les exploitations ou élevages dont la pression d’épandage est supérieure à la valeur de référence, l’effort de réduction est proportionné à leur contribution au dépassement. / 5° Les programmes d’actions régionaux peuvent exonérer du dispositif de réduction mentionné au 4° les exploitations agricoles ou élevages respectant les obligations prévues dans le cadre d’un dispositif garantissant le retour à une pression d’azote de toutes origines épandu dans chaque zone mentionnée au 2° au plus égale à la valeur de référence. / Cet autre dispositif, fondé sur des obligations de résultats en matière de réduction de la pollution azotée, contient au minimum des indicateurs de l’utilisation effective de l’azote par les cultures et des mécanismes de suivi et de contrôle dont il est régulièrement rendu compte au préfet de région. / IV. – Dans les zones des bassins versants, arrêtées par les préfets de département en application du décret n° 2011-1257 du 10 octobre 2011, où s’appliquaient à la date du 21 décembre 2011 des actions complémentaires, les programmes d’actions régionaux comprennent : / – soit la mesure mentionnée au 3° du I de l’article R. 211-81, renforcée sous la forme d’une limitation des apports d’azote de toutes origines à l’échelle de l’exploitation agricole ; / – soit les mesures prévues au 3° et au 4° du II. / V. – Le préfet de région met fin aux mesures ou dispositifs mentionnés aux articles III et IV dès lors que dans chacune de ces zones les masses d’eaux atteintes ou menacées par la pollution par les nitrates au sens de l’article R. 211-76 ont retrouvé une teneur en nitrate inférieure à 50 milligrammes par litre pendant au moins deux années consécutives et, pour les bassins connaissant d’importantes marées vertes sur les plages mentionnés au 8° du II de l’article L. 211-3, leur bon état mesuré selon les objectifs définis par le schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux de leur bassin hydrographique tel que défini à l’article L. 212-3. / VI. – Les programmes d’actions régionaux comprennent également toute autre mesure utile répondant aux objectifs mentionnés au II de l’article R. 211-80. (…) ».

14. Il résulte des dispositions précitées du code de l’environnement que, dans les zones vulnérables, l’utilisation des fertilisants organiques et minéraux, naturels et de synthèse contenant des composés azotés ainsi que les pratiques agricoles associées font l’objet d’un programme d’actions national comportant les mesures et actions nécessaires à une bonne maîtrise de ces fertilisants azotés, et de programmes d’actions régionaux qui sont arrêtés par le préfet de région.

15. L’arrêté ministériel du 30 janvier 2023 relatif aux programmes d’actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole précise, notamment, en son article 5 que : « Les mesures utiles répondant aux objectifs de restauration et de préservation de la qualité de l’eau mentionnées au VI de l’article R. 211-81-1 du code de l’environnement peuvent être rendues obligatoires sur l’ensemble de la zone vulnérable ou seulement sur certaines zones, en fonction des caractéristiques pédo-climatiques et agricoles et des enjeux propres à chaque zone vulnérable ou partie de zone vulnérable. ». En outre, selon l’article 7 de cet arrêté : « Les indicateurs permettant le suivi et l’évaluation de l’efficacité du programme d’actions régional sont précisés dans ce programme. Le préfet de région établit un tableau de bord par zone vulnérable ou partie de zone vulnérable, en individualisant, le cas échéant, les zones prévues au II, III et IV de l’article R. 211-81-1 du code de l’environnement. (…) ».

16. Ainsi que le fait valoir le préfet de la région Bretagne, si la France a été condamnée à trois reprises, en 2002, en 2013 puis en 2014, par la Cour de justice de l’Union européenne pour des manquements dans l’application des dispositions de la directive 91/676/CEE du 12 décembre 1991, un programme d’actions national (PAN) a été mis en œuvre à partir de 2011 afin de définir le socle commun applicable à l’ensemble des zones vulnérables du territoire national et a été régulièrement renforcé en vue de remédier aux insuffisances initiales. Ce programme national a été décliné, au niveau du territoire breton, classé pour son ensemble en zone vulnérable, en programmes d’actions régionaux (PAR) tenant compte des spécificités de la région notamment en matière de sol, de climat, d’agriculture et de qualité de l’eau et fixant les mesures complémentaires nécessaires pour atteindre les objectifs de meilleure qualité des eaux, et de diminution de la pollution issue des nitrates d’origine agricole. A partir de 2010, l’Etat a complété cette action par la mise en œuvre, conjointement avec la région Bretagne et plusieurs acteurs du territoire, de plans de lutte contre les algues vertes (PLAV), ciblés sur les bassins versants algues vertes et destinés à mieux répondre aux enjeux sanitaires, environnementaux et économiques résultant de la prolifération d’ulves.

17. Il résulte cependant de l’instruction que les marées vertes persistent sur le littoral breton et que les surfaces couvertes par les ulves tendent même à augmenter en superficie et en durée. Le préfet de région rappelle lui-même que si les actions menées ont permis d’abaisser significativement la concentration moyenne en nitrates dans les cours d’eau bretons, cette concentration moyenne étant passée de 47,2 à 35,4 milligrammes par litre, entre 1995 et 2013, soit une diminution annuelle de 0,65 milligrammes par litre, cette évolution est plus limitée depuis 2014, avec une concentration de 31,7 milligrammes par litre atteinte en 2019. Dans un rapport publié en novembre 2020 de contribution à l’évaluation des programmes d’actions pour la lutte contre la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole, le Conseil général de l’environnement et du développement durable (CGEDD) a ainsi constaté, d’une part qu’après vingt-cinq années de programmes d’actions, les résultats en termes de teneur en nitrates des eaux superficielles et souterraines restent très loin des objectifs et semblent ne plus s’améliorer et, d’autre part, une perte de sens et un déficit d’appropriation des objectifs de la directive Nitrates par les acteurs, à raison notamment d’un mode d’information inadapté aux échelles territoriales et de mécanismes d’actions désormais complexes et contraignants. En ce qu’il fait état, pour ce qui concerne la Bretagne, de la stabilité de la concentration maximale en nitrates par bassin entre la 6e et la 7e campagne de surveillance, le rapportage de la mise en œuvre de la directive Nitrates par la France pour la période 2016-2019 constate donc une absence d’amélioration.

18. Dans son rapport de juillet 2021, la Cour des comptes fait état de résultats qui demeurent insuffisants en relevant que malgré une « légère tendance globale à la baisse des surfaces d’échouages et des tonnages collectés d’algues sur les sites sableux » observée depuis 2007 sur l’ensemble du territoire régional, et notamment dans les huit baies faisant l’objet du plan de lutte contre les algues vertes depuis 2010, de nouveaux pics ont été constatés en 2017 et en 2019, particulièrement dans le département des Côtes-d’Armor. Surtout, dans les sites concernés par des échouages sur vasières, une tendance à la hausse est observée depuis 2008, particulièrement dans le département du Morbihan. Les auteurs du rapport rappellent que : « ces vasières sont des espaces sensibles en matière de salubrité publique car elles peuvent s’avérer dangereuses pour les promeneurs et les pêcheurs à pied, compte tenu du risque d’émanations d’hydrogène sulfuré résultant du mélange de vases et d’algues accumulées. ». Ce constat de la persistance des échouages d’algues vertes sur les côtes bretonnes et de concentrations en nitrates dans les cours d’eau qui ne baissent plus est d’ailleurs partagé par les services de l’Etat. Dans l’exposé du contexte dans lequel s’inscrit le PLAV pour la période 2022-2027, il est admis que : « si une baisse significative des concentrations en nitrates dans les cours d’eau bretons a été observée depuis le début des années 2000 (les teneurs en nitrates, exprimées en percentile 90, sont passées de 52 mg/l en 2000 à 32 mg/l en 2015), la diminution est de plus en plus lente et un pallier semble avoir été atteint. ».

19. Après avoir constaté l’insuffisance des mesures retenues dans le 6e programme d’actions régional breton, adopté par arrêté du 2 août 2018, pour lutter contre la pollution par les nitrates d’origine agricole, le tribunal administratif de Rennes a, par un jugement n° 1806391 du 4 juin 2021, enjoint au préfet de la région Bretagne de compléter le 6e programme d’actions régional, d’une part, par toute mesure de maîtrise de la fertilisation azotée et de gestion adaptée des terres agricoles dans les bassins versants situés en amont des sites littoraux concernés par les échouages d’algues vertes qui sera jugée suffisamment efficace pour pallier l’insuffisance constatée du programme sur ce point, et, d’autre part, par la définition précise d’un mécanisme de mise en œuvre de mesures réglementaires contraignantes supplémentaires en cas de constat d’échec des mesures encouragées par le plan de lutte contre les algues vertes (PLAV). Si en exécution de ce jugement, le préfet de la région Bretagne a modifié le 6e programme d’actions régional, applicable pour la période 2017-2022, le tribunal administratif de Rennes a, par un jugement n° 2206278 du 18 juillet 2023, considéré que les prescriptions complémentaires ainsi faites aux agriculteurs demeuraient insuffisamment exigeantes et contraignantes pour pallier les insuffisances constatées du programme. En conséquence, il a été enjoint au préfet de la région Bretagne de compléter le 6e programme d’actions régional par l’adoption de mesures d’application immédiate, contrôlées dans leur exécution, de limitation de la fertilisation azotée et de gestion adaptée des terres agricoles, et par l’édiction de prescriptions particulières applicables sans délai aux installations classées pour la protection de l’environnement, propres à garantir le respect de plafonds d’apport d’azote adaptés aux capacités d’absorption des cultures, conformes aux préconisations scientifiques, et permettant une réduction effective du phénomène d’eutrophisation à l’origine du développement des algues vertes.

20. Le préfet de la région Bretagne fait valoir que depuis la décision implicite en litige, il a tenu compte des évaluations de son action, par le rapport de juillet 2021 de la Cour des comptes et le rapport d’information du 9 février 2022 de la commission des finances du Sénat sur le suivi des recommandations du rapport « Algues vertes en Bretagne, de la nécessité d’une ambition plus forte », ainsi que par les injonctions du tribunal administratif dans ses jugements précités du 4 juin 2021 et du 18 juillet 2023. Il soutient que le 7e programme d’actions régional, adopté par arrêté du 24 mai 2024, après révision du plan d’actions national par arrêté du 30 janvier 2023, traduit la volonté de l’Etat de faire évoluer son action en matière de lutte contre les nitrates d’origine agricole, par l’adoption de mesures plus contraignantes. Il expose que, désormais, pour ce qui concerne les bassins connaissant d’importantes marées vertes, l’article 8.3.2 du plan prévoit une limitation du solde de la balance globale azotée (BGA) à 20 kg par hectare de surface agricole utile (SAU), assortie de l’obligation de télédéclarer annuellement les données permettant de calculer la BGA et l’article 8.3.9 prévoit l’obligation pour les éleveurs relevant de la réglementation relative aux installations classées pour la protection de l’environnement (A…) et pour leur prêteurs de terre de transmettre annuellement leur Plan Prévisionnel de Fumure (PPF) et leur Cahier d’enregistrement des Pratiques (CEP). Il ajoute qu’un nouveau plan de lutte contre la prolifération des algues vertes (PLAV) a été finalisé pour la période 2022 à 2027, comportant un engagement financier sans précédent de l’Etat incluant une enveloppe de 18 millions d’euros destinée aux mesures agro-environnementales et climatiques (MAEC). Il expose que ce 3e PLAV comporte un volet préventif visant à réduire les flux d’azote vers les baies, qui concentre l’essentiel des financements consistant en aides destinées aux agriculteurs, un volet curatif de ramassage systématique des algues vertes échouées sur les plages, un volet scientifique ayant pour objet d’encourager la recherche sur la prolifération des algues vertes. Outre ces volets préventif, curatif et d’accès à la connaissance déjà développés dans les précédents plans, ce 3e PLAV comporte un volet sanitaire ayant vocation à prendre en compte les enjeux sanitaires liés à la putréfaction des ulves, compte tenu des risques relatifs aux émanations d’hydrogène sulfuré.

21. Toutefois, l’association Eau & Rivières de Bretagne se prévaut de l’aggravation constatée au cours des dernières années en matière d’échouage d’ulves, avec de nouveaux secteurs atteints, telle que la plage de Fort Bloqué située à Ploemeur dans le département du Morbihan, et de l’ampleur croissante des phénomènes, notamment dans le Golfe du Morbihan et la rade de Lorient. Selon les données chiffrées communiquées par le préfet, aucune baisse significative de la concentration moyenne en nitrates des masses d’eau bretonnes n’a été relevée depuis 2020, le percentile 90 étant de 30,5 milligrammes par litre en 2023. S’agissant des huit baies concernées par le PLAV, et donc identifiées comme présentant une vulnérabilité particulière au phénomène d’échouage d’algues vertes, toutes présentent en 2022 des masses d’eau ayant une teneur en nitrates dépassant le seuil de 18 milligrammes par litre en percentile 90, fixé par l’arrêté ministériel du 5 mars 2015, deux d’entre elles présentant même des teneurs supérieures à 50 milligrammes par litre. L’association requérante soutient qu’eu égard à la détérioration de la situation, les mesures complémentaires adoptées demeurent insuffisantes. Alors que le préfet de la région Bretagne entend se prévaloir de l’article 9 du 7e programme d’actions régional consacré aux actions renforcées visant à réduire les surfaces d’échouage d’algues vertes sur vasières, l’association requérante fait valoir que la limitation de la mesure envisagée aux seuls bassins versants des rivières affichant des teneurs en nitrates supérieures ou égales à 29 milligrammes par litre paraît manifestement réductrice, dès lors que d’autres bassins versants sont concernés par ce phénomène et sont, d’ailleurs, identifiés comme tel par le SDAGE Loire Bretagne.

22. Ainsi que l’a relevé l’Autorité environnementale dans son avis délibéré sur le 7e programme d’actions régional nitrates de la région Bretagne, la réduction effective de la pollution par les nitrates suppose un programme d’actions « vraiment ambitieux et appliqué, et pleinement intégré dans une véritable stratégie d’ensemble d’amélioration effective des performances environnementale de l’agriculture. ». Elle rappelle, par ailleurs, dans son avis délibéré du 18 novembre 2021 sur le programme d’actions national sur les nitrates d’origine agricole, que « selon la littérature scientifique, l’eutrophisation des eaux superficielles ne pourra être maîtrisée en Europe occidentale qu’avec des concentrations moyennes en nitrates inférieures à 10 mg par litre. ». Chargée de procéder à l’évaluation environnementale du 7e programme d’actions régional, la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) de Bretagne a émis des réserves sur les effets probables du programme sur la qualité des eaux bretonnes en soulignant que les mesures envisagées ne semblent pas suffisantes pour atteindre le bon état des masses d’eau concernées. Concernant les zones de protection des captages, la DREAL de Bretagne constate que les mesures mises en œuvre seront probablement insuffisantes dans la mesure où, d’une part, les aires d’alimentation de captage n’ont pas toutes été définies et, d’autre part, les bandes enherbées n’auront que très peu d’impact s’agissant des captages en eaux souterraines, car ces dispositifs agissent sur les ruissellements, et non sur l’infiltration. Dans ces conditions, la limitation de certaines prescriptions prévues par l’article 8.3 du 7e programme d’actions régional aux seules zones de captage de l’eau destinée à la consommation humaine dont la teneur en nitrate est supérieure à 50 milligrammes par litre ou encore des actions renforcées prévues par l’article 9 aux seuls bassins versants des rivières affichant des teneurs en nitrates supérieures ou égales à 29 milligrammes par litre ne peuvent qu’être regardées comme insuffisantes.

23. L’association requérante soutient également que certaines des mesures du 7e programme d’actions régional, déjà contenues dans le 6e programme d’actions régional, n’ont jamais été suivies d’effet et qu’à l’exception de la prescription de l’article 8.3.5 sur la définition d’un seuil d’alerte pour les reliquats azotés (RPA, Rda, RDD) et de mesures correctives en cas de dépassement du seuil d’alerte, aucune des mesures adoptées ne constitue une réelle novation. Elle expose notamment, sans être utilement contredite, que la prescription fixée par l’article 8.3.2 du 6e PAR, dans sa version modifiée, prévoyant l’obligation de faire procéder à un contrôle technique pour les ouvrages de stockage avant septembre 2024 pour les sites d’exploitation situés dans les sous-bassins versants prioritaires n’a jamais été suivie d’effet. Elle fait également valoir que si, conformément aux prescriptions de l’article 8.3.7 de ce 6e PAR, le préfet du Finistère et le préfet des Côtes-d’Armor ont, par arrêtés, mis en place des programmes spécifiques pour les zones soumises à contraintes environnementales (ZSCE), les actions ainsi définies n’ont pas de caractère contraignant, puisque reposant, pendant trois ans, sur des démarches volontaires, et ne peuvent donc être regardées comme des mesures d’application immédiate.

24. Dans l’avis émis sur le 3e PLAV pour la période 2022-2027, le Conseil économique, social et environnemental régional (CESER) de Bretagne a admis des avancées dans les programmes de lutte contre les fuites d’azote mais s’est inquiété « du manque de mesures et de l’absence d’orientation préventives visant à la limitation des apports d’azote à la source. ». Le préfet de la région Bretagne, qui expose que le 3e PLAV prévoit, au titre des objectifs de moyens qu’il se fixe, que 40 % des agriculteurs des baies algues vertes soient engagés dans une forme de contractualisation visant à la lutte contre la pollution par les nitrates d’ici à 2024 et que 100 % des agriculteurs aient atteint les résultats définis dans les arrêtés de ZSCE, visant à une amélioration des pratiques agricoles individuelles, ne précise toutefois pas l’efficacité attendue de ces mesures alors que la Cour des comptes a relevé dans son rapport précité la difficulté à mettre en évidence l’impact spécifique des deux premiers PLAV sur la baisse de la concentration moyenne des cours d’eau en nitrates.

25. Au demeurant, l’association Eau & Rivières de Bretagne relève que le préfet de la région Bretagne ne justifie ni des outils permettant d’assurer le contrôle de la mise en œuvre des actions programmées, ni des moyens mobilisés pour rendre effectives les prescriptions du 7e plan d’actions régional de Bretagne. En se contentant de faire valoir, en termes généraux, non assortis des précisions utiles, que certaines des mesures prévues par ce 7e plan d’actions ne génèrent que peu de charges administratives, notamment parce qu’elles ont été déléguées à des organismes tiers, que l’effectif des directions départementales chargées des contrôles a été renforcé grâce au recours à l’intérim, que des mesures de télédéclaration ont été étudiées s’agissant des données BGA ou PPF et CEP ou encore que les budgets nécessaires au développement des applications et à la réalisation des prestations nécessaires à la mise en œuvre des mesures prévues sont adaptés, le préfet de la région Bretagne ne justifie pas des conditions effectives d’exécution des prescriptions visant à limiter la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole. Il n’établit pas même disposer des outils d’évaluation et de contrôle des mesures déjà engagées. Les seules copies de diaporamas présentés par les services de l’Etat faisant état du nombre d’agriculteurs sensibilisés aux actions contenues dans les arrêtés ZSCE ne peuvent, en tout état de cause, tenir lieu de justification de l’efficacité de tels programmes.

26. S’agissant plus spécifiquement des installations classées pour la protection de l’environnement (A…), la Cour des comptes a constaté, dans son rapport de juillet 2021, un manque de cohérence dans l’exercice par les préfets de département de leurs pouvoirs de police administrative, en lien avec la politique de lutte contre la prolifération algale. Elle a notamment signalé des marges de progrès dans l’instruction des dossiers dits A….. agricoles, un manque de suivi des petites exploitations se trouvant dans les BVAV, la diminution sensible des contrôles des exploitations agricoles, les services de l’Etat compétents ayant connu une forte baisse d’effectifs, et un niveau important de non-conformité des exploitations à risque. La Cour des comptes a également pointé l’absence de contrôle sérieux des pratiques d’épandage. Les éléments chiffrés de bilan des inspections menées en 2023, pour le seul département du Finistère, ou encore des actions de contrôles diligentés en 2021 sur le territoire breton, sans autre commentaire sur leur nature, leur portée et les résultats obtenus à l’issue, produits par le préfet de la région Bretagne, ne sauraient permettre de considérer que la stratégie de l’Etat s’agissant du contrôle de l’activité des A…, destinées à une activité d’élevage, a évolué depuis le rapport précité de la Cour des comptes.

En ce qui concerne la méconnaissance par le préfet de la région Bretagne de ses obligations résultant de la directive cadre sur l’eau :

27. La directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau, dont les dispositions transposées sont désormais codifiées aux articles L. 211-1 et suivants du code de l’environnement, a pour objet d’établir un cadre pour la protection des eaux de transition, des eaux côtières et des eaux souterraines permettant notamment de prévenir toute dégradation supplémentaire, de préserver et améliorer l’état des écosystèmes aquatiques, de renforcer et améliorer la protection de l’environnement aquatique notamment par des mesures spécifiques conçues pour réduire progressivement les rejets, émissions et pertes de substances prioritaires et l’arrêt ou la suppression progressive des rejets, émission et pertes de substances dangereuses prioritaires et d’assurer la réduction progressive de la pollution des eaux souterraines et de prévenir l’aggravation de leur pollution. L’article 4 de cette directive prévoit en son point 1, concernant les eaux de surface, notamment que les Etats membres doivent protéger, améliorer et restaurer les masses d’eau de surface afin de parvenir à un bon état des eaux au plus tard quinze ans après son entrée en vigueur. Le point 4 de ce même article permet cependant de reporter l’échéance du point 1 aux fins d’une réalisation progressive des objectifs pour les masses d’eau, à condition que l’état de la masse d’eau concernée ne se détériore pas davantage, sous réserve du respect de conditions qui sont définies. Enfin, le point 5 de cet article 4 prévoit que : «  Les Etats membres peuvent viser à réaliser des objectifs environnementaux moins stricts que ceux fixés au paragraphe 1, pour certaines masses d’eau spécifiques, lorsque celles-ci sont tellement touchées par l’activité humaine, déterminée conformément à l’article 5, paragraphe 1, ou que leur condition naturelle est telle que la réalisation de ces objectifs serai impossible ou d’un coût disproportionné, et que toutes les conditions sont réunies : / a) les besoins environnementaux et sociaux auxquels répond cette activité humaine ne peuvent être assurés par d’autres moyens constituant une option environnementale meilleure et dont le coût n’est pas disproportionné ; / b) les Etats membres veillent à ce que : – les eaux de surface présentent un état écologique et chimique optimal compte tenu des incidences qui n’auraient raisonnablement pas pu être évitées à cause de la nature des activités humaines ou de la pollution, / – les eaux souterraines présentent des modifications minimales par rapport à un bon état de ces eaux compte tenu des incidences qui n’auraient raisonnablement pas pu être évitées à cause de la nature des activités humaines ou de la pollution ; / c ) aucune autre détérioration de l’état des masses d’eau concernées ne se produit ; / d) les objectifs environnementaux moins stricts sont explicitement indiqués et motivés dans le plan de gestion de district hydrographique requis aux termes de l’article 13 et ces objectifs sont revus tous les six ans. ».

28. Aux termes de l’article L. 211-1 du code de l’environnement : « I.- Les dispositions des chapitres Ier à VII du présent titre ont pour objet une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau ; cette gestion prend en compte les adaptations nécessaires au changement climatique et vise à assurer : / 1° La prévention des inondations et la préservation des écosystèmes aquatiques, des sites et des zones humides ; (…) / 2° La protection des eaux et la lutte contre toute pollution par déversements, écoulements, rejets, dépôts directs ou indirects de matières de toute nature et plus généralement par tout fait susceptible de provoquer ou d’accroître la dégradation des eaux en modifiant leurs caractéristiques physiques, chimiques, biologiques ou bactériologiques, qu’il s’agisse des eaux superficielles, souterraines ou des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales ; / 3° La restauration de la qualité de ces eaux et leur régénération ; (…) II.- La gestion équilibrée doit permettre en priorité de satisfaire les exigences de la santé, de la salubrité publique, de la sécurité civile et de l’alimentation en eau potable de la population. Elle doit également permettre de satisfaire ou concilier, lors des différents usages, activités ou travaux, les exigences : / 1° De la vie biologique du milieu récepteur, et spécialement de la faune piscicole et conchylicole ; / 2° De la conservation et du libre écoulement des eaux et de la protection contre les inondations ; / 3° De l’agriculture, des pêches et des cultures marines, de la pêche en eau douce, de l’industrie, de la production d’énergie, en particulier pour assurer la sécurité du système électrique, des transports, du tourisme, de la protection des sites, des loisirs et des sports nautiques ainsi que de toutes autres activités humaines légalement exercées. (…) ». En application de l’article L. 212-1 du même code, chaque bassin ou groupement de bassins hydrographiques est doté d’un ou de plusieurs schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux qui fixe les orientations permettant de satisfaire à ce principe ainsi que les objectifs de qualité et de quantité des eaux.

29. En premier lieu, il est constant que l’atteinte du bon état des eaux en Bretagne, conformément à l’objectif fixé par la directive cadre sur l’eau, suppose une réduction significative des flux d’azote dans l’environnement, et par conséquent une lutte efficace contre le phénomène des marées vertes. Dans ces conditions, et eu égard à ce qui a été développé précédemment sur l’insuffisance des actions mises en œuvre pour lutter effectivement contre la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole, l’association Eau & Rivières de Bretagne, qui rappelle l’échéance de l’année 2027 pour atteindre l’objectif de bon état des eaux, conformément au nombre maximum de reports de cette échéance fixé par le c) du point 4 de l’article 4 de la directive cadre sur l’eau, est fondée à soutenir qu’en refusant de prendre des mesures supplémentaires, d’application immédiate, le préfet de la région Bretagne a méconnu la trajectoire tendant à atteindre le bon état des eaux. En outre, et alors qu’il n’est pas sérieusement contesté que la réduction des proliférations algales suppose que les concentrations des eaux en nitrates soient comprises entre 10 et 25 milligrammes par litre, il n’est pas justifié de la pertinence de la trajectoire suivie tendant seulement à se rapprocher de la valeur de 25 milligrammes par litre dans les bassins versants bretons.

30. En second lieu, les orientations fondamentales du SDAGE Loire-Bretagne pour la période 2022-2027, adoptées par arrêté du 18 mars 2022 de la préfète coordonnatrice du bassin Loire-Bretagne et destinées à permettre le respect des objectifs figurant à l’article 4 de la directive cadre sur l’eau, sont déclinées dans 14 chapitres visant notamment à réduire la pollution par les nitrates, à réduire la pollution organique, phosphorée et microbiologique, à maîtriser et réduire la pollution par les pesticides, à maîtriser et réduire les pollutions dues aux micropolluants, à protéger la santé en protégeant la ressource en eau, à gérer les prélèvements d’eau de manière équilibrée et durable, à préserver et restaurer les zones humides, à préserver la biodiversité aquatique, à préserver le littoral, ou encore à mettre en place des outils réglementaires et financiers. L’article 10A-1, se rattachant à l’orientation visant à réduire significativement l’eutrophisation des eaux côtières et de transition, prévoit que : « En application des articles L. 212-5-1-II 2° et R. 212-46 3° du code de l’environnement, les Sage possédant une façade littorale sujette à des proliférations d’algues vertes sur plages figurant sur la carte des échouages n°15 établissent un programme de réduction des flux d’azote parvenant sur les sites concernés et les commissions locales de l’eau suivent leur mise en œuvre. Ce programme comporte des objectifs chiffrés et datés permettant aux masses d’eau situées sur le périmètre du Sage d’atteindre les objectifs environnementaux fixés par le Sdage. / Le programme comprend des actions préventives (par exemple diminution des rejets et des pressions nettes quelle qu’en soit l’origine, réduction des transferts, augmentations des surfaces de dilution…) et peut comporter des actions complémentaires sur le stock d’algues vertes (ramassage hivernal ou printanier, en bas de plage ou au large) visant à réduire la reconduction interannuelle du phénomène. / En outre, pour les cours d’eau contribuant au déclassement des masses d’eau côtières au titre des marées vertes figurant sur la carte n°16 ci-après pour lesquels les estimations de l’objectif de réduction des flux d’azote nécessaire se situent à des valeurs d’au moins -30 % voire jusqu’à -60 % selon les baies, l’objectif à fixer par le Sage tient compte de l’écart entre la situation actuelle et l’objectif de bon état. / Considérant l’expérience acquise par les premiers programmes d’action déjà mis en œuvre dans le cadre du plan gouvernemental algues vertes, et de la baisse effective des concentrations de nitrates depuis le début des années 2000 grâce aux efforts collectifs menés sur les bassins versants concernés et la nécessité de poursuivre ces efforts jusqu’à l’atteinte du bon état des masses côtières dégradées en aval, cet objectif est maintenu à au moins 30 % (en référence aux concentrations moyennes annuelles des années 2010 à 2012 et en tenant compte de l’hydrologie), voire jusqu’à 60 % selon les baies. / Pour ces cas, les programmes existants de réduction des flux d’azote sont à réviser à leur achèvement, sinon il revient au préfet de les arrêter. Dans l’attente de leurs révisions, les décisions des pouvoirs publics sont compatibles avec une efficacité globale de – 30 %. / Les modalités de sortie du programme d’action seront définies au regard des résultats obtenus, de l’avancée des connaissances de ces milieux et de l’atteinte du bon état écologique des masses d’eau. ».

31. En outre, la disposition 10A-5 du SDAGE, relevant de la même orientation, prévoit que : « L’eutrophisation et le risque d’eutrophisation des estuaires et de la mer sont généralisés sur notre littoral. L’ensemble du bassin Loire-Bretagne y contribue. En complément des objectifs fixés par les autres dispositions du Sdage, la baisse des teneurs en nitrates dans les cours d’eau du bassin Loire-Bretagne, contribuant significativement à l’eutrophisation marine, est recherchée. Afin de proportionner les efforts à réaliser sur chaque territoire, en termes d’intensité et d’échéance, en fonction de leur contribution à l’eutrophisation marine, il peut notamment être tenu compte des efforts déjà réalisés par les différents types d’usagers, des teneurs actuellement observées, de l’inertie des milieux aquatiques et de la faisabilité des mesures nécessaires. La progression vers la valeur guide de 18 mg/l de concentration en nitrates en percentile 90 dans les eaux douces superficielles peut s’étaler sur plusieurs cycles du Sdage. ».

32. L’association Eau & Rivières de Bretagne, qui produit des données sur l’évolution défavorable de la concentration en nitrates dans les cours d’eau bretons, expose que les mesures mises en œuvre au titre du 3e PLAV ne peuvent être regardées comme suffisantes pour un retour au bon état écologique des masses d’eaux, en ce que ce plan retient des objectifs différenciés de qualité des eaux à l’échelle de chaque baie, à horizon 2027, compatibles avec les objectifs du SDAGE Loire-Bretagne classant 25 masses d’eau littorales concernées par des échouages d’ulves en « objectifs moins stricts », correspondant à un objectif d’atteinte d’un « état moyen » de la qualité des eaux en 2027 en lieu et place d’un « bon état ». Elle se prévaut notamment de l’analyse de la Cour des Comptes dans son rapport de juillet 2021 qui a relevé que dans quatre des huit baies connaissant des phénomènes de marées vertes, l’Etat s’était fixé des objectifs inférieurs à l’ambition initiale de réduire de moitié la biomasse algale d’ici 2027 et que les objectifs différenciés adoptés par baies dans le cadre du 2e PLAV ne permettraient pas une réduction significative de la prolifération d’algues, seule pourtant susceptible de permettre d’atteindre un bon état des masses d’eaux côtières en 2027. La Cour relève d’ailleurs que : « en raison de la prolifération des algues vertes, les masses d’eaux côtières des huit baies retenues par le PLAV de 2010 demeuraient classées en 2020 en état médiocre ou en état moyen. ».

33. Il résulte de l’instruction que le 3e PLAV se contente de confirmer les objectifs fixés au titre du précédent PLAV, en fixant des objectifs 2027, constituant « une étape vers une atteinte d’objectifs à plus long terme », de 50 mg par litre en 2024 pour la baie Horn Guillec, de 33 mg par litre pour la baie de Quillimadec, de 32 mg par litre pour la baie Fresnaye, de 20 mg par litre pour la baie Douron, de 15 mg par litre pour les baies de Lieue de grève et de Douarnenez et de 120 tonnes d’unités d’azote par an pour la baie de Saint-Brieuc (flux printemps été), aucun objectif n’étant fixé pour la baie de La Forêt. Le préfet de région admet, en tout état de cause, que l’objectif n’est pas d’atteindre des concentrations en nitrates conformes au seuil fixé par l’article 3 de l’arrêté du 5 mars 2015, en ce qu’il soutient fonder son action sur la disposition précitée 10A-5 du SDAGE ne prévoyant pas d’atteindre la valeur guide de 18 mg par litre de concentration en nitrates à l’échéance 2027 mais seulement après plusieurs cycles de SDAGE. De surcroît, sans justifier que les conditions fixées par le point 5 de l’article 4 de la directive cadre sur l’eau permettant aux Etats de réaliser des objectifs environnementaux moins stricts sont, en l’espèce réunies, le préfet de la région Bretagne fait valoir que le classement en « objectifs moins stricts » de 25 masses d’eaux littorales ne traduit pas une remise en cause définitive de l’objectif d’atteinte de bon état des eaux, mais seulement son rééchelonnement dans le temps. Pour autant, et compte tenu des temps des réactions des sols, il n’établit pas, par les arguments qu’il développe, que les mesures mises en œuvre dans le cadre de ce 3e PLAV seraient suffisantes pour permettre une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau bretonne, dans le respect des intérêts fixés par les articles L. 211-1 et suivants du code de l’environnement.

34. Il résulte de l’ensemble de ce qui précède, et sans qu’il soit besoin de statuer sur l’ensemble des arguments développés par les parties, que malgré les programmes et plans adoptés, y compris depuis l’introduction du présent recours, les actions mises en œuvre à l’échelle du territoire de la Bretagne, bien qu’ayant concouru à diminuer la concentration moyenne en nitrates des cours d’eau bretons, demeurent insuffisantes pour permettre de lutter effectivement contre la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole et, ainsi, pour réduire durablement les échouages d’algues vertes sur le littoral. Compte tenu de l’obligation de se conformer aux objectifs fixés par le droit de l’Union européenne, dans les délais impartis, mais également des pouvoirs de police administrative dévolus aux préfets au titre des A…, l’association Eau & Rivières de Bretagne est fondée à soutenir que les carences du préfet de la région Bretagne dans la mise en œuvre de ces réglementations sont constitutives d’une faute de nature à engager la responsabilité de l’Etat.

En ce qui concerne les dommages résultant de la prolifération d’ulves :

35. L’association Eau & Rivières de Bretagne soutient que la prolifération d’algues vertes est à l’origine de déséquilibres des écosystèmes et de dommages irréversibles à l’échelle de la vie humaine. Elle signale les effets des amas d’algues sur les estuaires ou les baies, espaces cruciaux en termes de nurseries puis de nourricerie pour des nombreuses espèces de poissons, de consommation humaine. Elle rappelle l’impact de l’accumulation d’ulves putréfiées dans les vasières et marais salés des estuaires, contribuant à la disparition de certaines espèces et à la production d’hydrogène sulfuré, toxique pour toutes les espèces. Au-delà des dépôts d’algues sur les plages, les rochers et les vasières, directement visibles, l’association requérante fait valoir que l’eutrophisation des eaux littorales due aux apports excessifs de nitrates a également des effets sur les fonds marins.

36. Il résulte de l’instruction, et notamment des documents à caractère scientifique produits dans le cadre de l’instance, que la prolifération d’ulves, dit phénomène de bloom phytoplanctonique, a des impacts sur le milieu naturel et modifie l’équilibre de la faune et de la flore. Il résulte ainsi de l’expertise scientifique « Eutrophisation – manifestations, causes, conséquences et prédictibilité », menée collectivement en 2017 par le CNRS, l’INRA, l’IFREMER et l’IRSTEA, que : « la présence de fortes densités d’algues vertes en décomposition induit une diminution des concentrations en oxygène dans l’eau [ce qui provoque] la mortalité des macro-invertébrés et induit un changement de la structure de cette communauté. ». Il est précisé que : « les trois quarts des captures des pêches commerciales en Atlantique Nord proviennent (…) d’espèces dépendantes des milieux côtiers et estuariens pour au moins une phase de leur cycle de vie. ». Dans une note publiée en janvier 2014, le service de l’observation et des statistiques du Commissariat général au développement durable rappelle les risques liés à la manipulation des tas d’algues en décomposition, susceptibles d’exposer à des niveaux d’hydrogène sulfuré supérieurs aux seuils de dangerosité et l’impact négatif des algues vertes sur le tourisme et la conchyliculture. Il fait état du coût annuel important supporté par les collectivités locales pour assurer le ramassage des algues échouées et leur traitement mais également de la nécessité, en cas d’épisodes de toxicité constatés, d’interdire la vente et le ramassage des coquillages, voire de fermer les plages. Selon l’analyse faite en 2017 par le Ministère de l’environnement, consacrée aux marées vertes et à la fréquentation touristique, il est admis que : « les échouages d’algues vertes génèrent des risques pour la santé humaine et animale, nécessitent de mettre en place un ramassage et un traitement coûteux, nuisent aux activités économiques et de loisir sur la frange littorale, et notamment à la conchyliculture et au tourisme. ». Cette analyse détaille les impacts négatifs des marées vertes, sur le tourisme mais également sur l’activité économique et sur la qualité du cadre de vie, compte tenu notamment des odeurs de putréfaction des algues échouées en décomposition, engendrant des pertes d’aménités pour les habitants et pour la pratique d’activités récréatives telles que la baignade, la pêche à pied, les randonnées pédestres ou équestres le long des plages. Par les pièces qu’elle produit, et notamment des articles de presse concernant l’année 2023, l’association requérante établit la persistance des échouages d’algues vertes sur le littoral breton.

37. Ainsi qu’il a été exposé aux points 7 et 8, la prolifération d’algues vertes sur le littoral breton a directement pour origine la pollution des eaux superficielles et souterraines par les nitrates d’origine agricole, de sorte que la lutte contre cette pollution implique une réduction significative de la concentration en nitrates des rejets d’eau à la mer. Or, il résulte de ce qui a été développé précédemment que le préfet de la région Bretagne n’a pas mis en œuvre de mesures suffisantes pour atteindre les objectifs fixés par les directives européennes 91/676/CEE et 2000/60/CE. Dans ces conditions, l’association Eau & Rivières de Bretagne est fondée à soutenir que les dommages résultant de la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole constituent un préjudice écologique qui présente un lien suffisamment direct et certain avec la carence fautive du préfet de la région Bretagne à s’astreindre au respect des objectifs fixés par la réglementation européenne.

En ce qui concerne la réparation du préjudice écologique :

38. Aux termes de l’article 1246 du code civil : « Toute personne responsable d’un préjudice écologique est tenue de le réparer. ». L’article 1247 de ce code précise que : « Est réparable, dans les conditions prévues au présent titre, le préjudice écologique consistant en une atteinte non négligeable aux éléments ou aux fonctions des écosystèmes ou aux bénéfices collectifs tirés par l’homme de l’environnement. ». L’article 1248 de ce code dispose que : « L’action en réparation du préjudice écologique est ouverte à toute personne ayant qualité et intérêt à agir, telle que l’Etat, l’Office français de la biodiversité, les collectivités territoriales et leurs groupements dont le territoire est concerné, ainsi que les établissements publics et les associations agréées ou créées depuis au moins cinq ans à la date d’introduction de l’instance qui ont pour objet la protection de la nature et la défense de l’environnement. ». Aux termes de l’article 1249 dudit code : « La réparation du préjudice écologique s’effectue par priorité en nature. / En cas d’impossibilité de droit ou de fait ou d’insuffisance des mesures de réparation, le juge condamne le responsable à verser des dommages et intérêts, affectés à la réparation de l’environnement, au demandeur ou, si celui-ci ne peut prendre les mesures utiles à cette fin, à l’Etat. / L’évaluation du préjudice tient compte, le cas échéant, des mesures de réparation déjà intervenues, en particulier dans le cadre de la mise en œuvre du titre VI du livre Ier du code de l’environnement. ». Enfin, selon l’article 1252 de ce code : « Indépendamment de la réparation du préjudice écologique, le juge, saisi d’une demande en ce sens par une personne mentionnée à l’article 1248, peut prescrire les mesures raisonnables propres à prévenir ou faire cesser le dommage. ».

39. Il résulte de l’ensemble de ces dispositions qu’afin de permettre la réparation des atteintes causées à l’environnement tant par les personnes privées que publiques, le législateur a prévu une action contre le responsable de ces dommages qui peut être engagée par toute personne justifiant d’une qualité et d’un intérêt à agir. Cette action, qui a pour objet la réparation d’atteintes aux écosystèmes ou aux bénéfices que les êtres humains retirent collectivement de l’environnement, ne peut servir à obtenir la réparation de préjudices propres au requérant. Le juge saisi de cette action, qui doit être exercée dans le délai particulier de prescription de dix ans, doit privilégier la réparation en nature et, en cas d’impossibilité ou d’insuffisance des mesures de réparation seulement, accorder des dommages et intérêts affectés à la réparation de l’environnement. Le législateur a ainsi entendu créer une action spécifique, distincte du droit commun de la responsabilité.

40. En l’espèce, l’association Eau & Rivières de Bretagne demande au préfet de la région Bretagne de prendre toutes les mesures nécessaires pour réparer le préjudice écologique résultant du surplus de déversement d’azote, notamment en ordonnant des mesures permettant, dans un délai suffisamment bref, d’atteindre les objectifs qu’il s’est lui-même fixé. Ainsi qu’il a été dit, et qu’il résulte du consensus scientifique, la réparation des atteintes portées à la biodiversité par le phénomène des marées vertes suppose principalement de réduire la concentration en azote des cours d’eau. Ainsi que l’expose M. D…, dans la note précitée « Les nitrates, l’agriculture et l’eau en Bretagne » : « limiter les fuites d’azote nécessite non seulement d’équilibrer les quantités d’azote apportées avec les besoins des plantes, mais aussi d’éliminer autant que faire se peut toutes ces situations à risque de fuites de nitrate. ». Il précise également que : « pour espérer avoir des résultats visibles rapidement, il faut (…) agir de façon suffisamment forte sur une surface importante. ». Ce constat rejoint celui de l’Autorité environnementale qui, dans son avis délibéré sur le 7e programme d’actions régional nitrates de la région Bretagne, a souligné que : « en matière de lutte contre les pollutions par les nitrates, c’est l’ensemble du processus qui est à revoir pour améliorer la qualité de l’eau. ». Insistant sur la nécessité d’élargir le cadre d’action, elle ajoute que : « le processus doit également porter des actions d’intérêt général, au-delà des actions d’intérêt collectif, celles-ci ayant démontré, en six générations de programmes, leur inefficacité environnementale. Cette démarche ne peut qu’aller de pair avec une revue du projet stratégique national de la politique agricole commune sans laquelle l’ensemble des programmes visant à réduire l’empreinte environnementale de l’agriculture sont voués à l’échec. ». Il s’ensuit que les mesures concrètes susceptibles de permettre la réparation du préjudice écologique constaté peuvent revêtir différentes formes, dont certaines excèdent le seul champ de compétences du préfet de la région Bretagne. Au demeurant, le choix de ces mesures concrètes à mettre en œuvre relève de l’appréciation des services de l’Etat. Il y a donc seulement lieu d’enjoindre au préfet de la région Bretagne de prendre, dans un délai de dix mois, toutes les mesures utiles de nature à réparer le préjudice écologique constaté et de prévenir l’aggravation des dommages en résultant, notamment en agissant pour maîtriser la fertilisation azotée, afin de limiter effectivement la concentration en nitrates des eaux bretonnes, et en se dotant d’outils de contrôle permettant un pilotage effectif des actions menées.

En ce qui concerne la réparation du préjudice moral :

41. Ainsi qu’il résulte de ses statuts, l’association Eau & Rivières de Bretagne, fondée en 1969, œuvre notamment à la défense des intérêts des usages de l’eau et des milieux aquatiques, du fait des atteintes à la qualité de l’eau affectant directement ou indirectement la santé publique, à l’amélioration de la gestion équilibrée des eaux bretonnes, à la protection de la faune et de la flore des espaces naturels aquatiques et à la lutte contre la pollution directe et indirecte de l’eau, des milieux et écosystèmes aquatiques. Elle se donne également pour but « de faire œuvre d’éducation populaire en élevant la conscience écologique, la connaissance des règles qui régissent les équilibres naturels et le respect du patrimoine naturel, en développant les comportements citoyens individuels et collectifs des consommateurs. ». En tant qu’association agréée au titre de la protection de l’environnement sur le territoire régional de la Bretagne, elle participe notamment aux instances de concertation administratives compétentes sur le territoire breton en matière d’environnement. Compte tenu des actions menées visant à lutter contre la pollution des masses d’eau bretonnes et à la préservation des milieux aquatiques, l’association Eau & Rivières de Bretagne est fondée à soutenir que la carence fautive du préfet de la région Bretagne à mettre en œuvre des mesures permettant de réduire de manière plus effective et immédiate la concentration en azote des cours d’eau bretons, contribuant ainsi à la persistance de marées vertes, a été de nature à porter atteinte aux intérêts qu’elle entend défendre et a fait obstacle aux objectifs qu’elle s’est assignée. Elle justifie ainsi qu’il en résulte pour elle un préjudice moral suffisamment direct et certain. Dans les circonstances de l’espèce, il sera fait une juste appréciation de ce préjudice en condamnant l’Etat à verser à l’association Eau & Rivières de Bretagne la somme de 5 000 euros.

Sur les intérêts et leur capitalisation :

42. L’association Eau & Rivières de Bretagne a droit aux intérêts au taux légal sur la somme de 5 000 euros à compter du 3 juin 2022, date de réception de sa demande par le préfet de la région Bretagne, et à la capitalisation de ces intérêts à compter du 3 juin 2023, date à laquelle était due, pour la première fois, une année d’intérêts, ainsi qu’à chaque échéance annuelle à compter de cette date.

Sur les frais liés au litige :

43. Il y a lieu, dans les circonstances de l’espèce, de mettre à la charge de l’Etat une somme de 2 000 euros au titre des frais exposés par l’association Eau & Rivières de Bretagne et non compris dans les dépens.

D É C I D E :

Article 1er : L’Etat versera à l’association Eau & Rivières de Bretagne la somme de 5 000 euros en réparation de son préjudice moral. Cette somme sera assortie des intérêts au taux légal à compter du 3 juin 2022 et de leur capitalisation à compter du 3 juin 2023, puis à chaque échéance annuelle à compter de cette dernière date.

Article 2 : Il est enjoint au préfet de la région Bretagne de prendre dans un délai de dix mois toutes les mesures utiles de nature à réparer le préjudice écologique résultant de la pollution des eaux par les nitrates d’origine agricole et à prévenir l’aggravation des dommages en résultant, en agissant pour maîtriser la fertilisation azotée, afin de limiter effectivement la concentration en nitrates des eaux bretonnes et en se dotant d’outils de contrôle permettant un pilotage effectif des actions menées.

Article 3 : L’Etat versera à l’association Eau & Rivières de Bretagne la somme de 2 000 euros au titre des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 4 : Le surplus des conclusions de la requête est rejeté.

Article 5 : Le présent jugement sera notifié à l’association Eau & Rivières de Bretagne et à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche.

Une copie du présent jugement sera adressée au préfet de la région Bretagne.

Délibéré après l’audience du 13 février 2025, à laquelle siégeaient :

M. Berthon, président,

M^me Thalabard, première conseillère,

M^me Pellerin, première conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 13 mars 2025.

La rapporteure,

signé

M. Thalabard

Le président,

signé

E. Berthon

La greffière,

signé

I. Le Vaillant

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun, contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.