Vu la rocédure suivante :

rocédure contentieuse antérieure :

L’association des o osants à la carrière de Semondans (ADOCS) a demandé au tribunal administratif de Besançon d’annuler l’arrêté du 17 mars 2022 ar lequel le réfet du Doubs a autorisé la société Maillard à oursuivre l’ex loitation de sa carrière sur la commune de Semondans et fixé les modalités de cette ex loitation, ensemble d’annuler la décision du 1er juillet 2022 ar laquelle le réfet du Doubs a rejeté son recours gracieux formé à l’encontre de cet arrêté.

ar un jugement n° 2201569 du 11 décembre 2024, le tribunal administratif de Besançon a annulé l’arrêté du réfet du Doubs du 17 mars 2022 en tant qu’il ermet la oursuite de l’ex loitation de la carrière de Semondans.

rocédures devant la cour :

I. ar une requête sommaire et des mémoires com lémentaires, enregistrés sous le n° 25NC00332 le 11 février 2024, le 24 février 2025, le 25 juin 2025 et le 19 juillet 2025, la société Maillard re résentée ar M^e Gury, demande à la cour :

1°) d’annuler ce jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 ;

2°) de rejeter la demande résentée ar l’association des o osants à la carrière de Semondans devant le tribunal administratif de Besançon ;

3°) de mettre à la charge de l’association des o osants à la carrière de Semondans le versement de la somme de 3 000 euros sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- le moyen d’annulation retenu ar les remiers juges tiré de l’incom atibilité du rojet de la société avec le schéma régional des carrières du Doubs est ino érant et en tout état de cause, infondé ;

- les moyens soulevés en remière instance ar l’association requérante tirés de l’insuffisance de motivation, des inexactitudes matérielles, des vices de rocédure, de l’atteinte au maintien des o ulations animales et végétales dans un état de conservation favorable et de l’erreur de droit ne sont as fondés ;

- il n’est as démontré de risque suffisamment caractérisé d’atteinte aux es èces rotégées et notamment au Grand-duc d’Euro e justifiant de solliciter une dérogation es èces rotégées.

ar des mémoires en défense, enregistrés le 6 juin 2025, le 26 juin 2025 et le 6 se tembre 2025, l’association des o osants à la carrière de Semondans, re résentée ar M^e Barbier Renard, conclut au rejet de la requête et à ce qu’une somme de 2 500 euros soit mise à la charge de la Société Maillard sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- les moyens soulevés ar la société ne sont as fondés ;

- une dérogation our es èces rotégées doit être accordée our que l’ex loitation soit oursuivie ;

- l’arrêté attaqué est insuffisamment motivé en raison de l’absence de traçabilité documentaire ;

- il est entaché d’inexactitudes matérielles ;

- il est entaché d’un vice de rocédure, dès lors qu’une nouvelle consultation du ublic aurait dû être organisée, le rojet ayant été substantiellement modifié ;

- il est entaché d’un vice de rocédure, dès lors que l’avis des communes concernées n’a as été ris en com te ;

- il est entaché d’un vice de rocédure, dès lors qu’il n’a as été récédé d’une nouvelle évaluation environnementale ;

- il n’aurait as dû être édicté, dès lors que la société Maillard a commis de nombreux manquements incom atibles avec l’ex loitation de la carrière ;

- il ne ermet as le maintien des o ulations animales et végétales dans un état de conservation favorable ;

- le rojet de la société Maillard est incom atible avec le schéma dé artemental des carrières du Doubs ;

- l’arrêté attaqué est entaché d’une erreur de droit dès lors que la société Maillard ne ouvait as régulariser sa situation en ro osant un dossier de modification des conditions d’ex loitation de sa carrière.

La clôture de l’instruction a été rononcée avec effet immédiat le 25 juillet 2025 sur le fondement de l’article L. 611-11-1 du code de justice administrative.

La cour a invité les arties à résenter des observations sur la ossibilité sur le fondement de l’article L. 181-18 du code de l’environnement de sursoir à statuer afin de ermettre la régularisation du vice susce tible d’être retenu tenant à l’absence de demande de dérogation es èces rotégées et de sus endre l’exécution de l’autorisation des arties de l’autorisation non viciée. ar ailleurs, les arties ont également été sollicités sur les conséquences à tirer de l’article L. 411-2-1 du code de l’environnement sur le résent litige.

ar des observations enregistrées le 12 se tembre 2025, la société Maillard, re résentée ar M^e Gury, s’o ose à une telle régularisation dès lors que le rojet ne com orterait as de risque suffisamment caractérisé our des es èces rotégées. Elle ro ose néanmoins de mandater un bureau d’étude afin d’établir la résence ou l’absence du Grand-duc d’Euro e sur la carrière en octobre et en janvier-février 2026. Enfin, dans l’hy othèse où sa résence serait avérée, elle ro ose des mesures d’évitement et de réduction afin de réduire les risques sur l’habitat et la conservation de l’es èce.

ar des observations enregistrées le 13 se tembre 2025, l’association des o osants à la carrière de Semondans re résentée ar M^e Barbier Renard s’o ose à la régularisation d’un tel vice dès lors qu’en tout état de cause, la dérogation ne ourrait être accordée en l’absence de raison im érative d’intérêt ublic majeur tel que cela résulte du jugement du tribunal administratif de Besançon n° 1801079 du 4 juillet 2019 devenu définitif. Toutefois, dans l’hy othèse où la cour déciderait de régulariser le vice, le délai accordé devrait au minimum être fixé à octobre 2026 afin de ermettre l’étude d’un cycle de re roduction entier des es èces rotégées sur le site ou ses alentours.

II. ar une requête sommaire et des mémoires com lémentaires, enregistrés sous le n° 25NC00341 le 12 février 2025, le 17 mars 2025 et le 26 juin 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche demande à la cour :

1°) d’annuler ce jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 ;

2°) de rejeter la demande résentée ar l’association des o osants à la carrière de Semondans devant le tribunal administratif de Besançon.

La ministre soutient que :

- le jugement est irrégulier en ce que les remiers juges ont méconnu le rinci e du contradictoire dès lors que le mémoire en ré lique de l’association a été communiqué le 6 novembre 2024, soit seulement deux jours avant la clôture automatique de l’instruction le 8 novembre 2024 et qu’il contenait des éléments nouveaux dont le tribunal a tenu com te dans son jugement ;

- le jugement attaqué est également insuffisamment motivé concernant le moyen d’annulation retenu ;

- le moyen d’annulation retenu n’est as fondé dès lors que la com atibilité du rojet avec le schéma dé artemental des carrières s’effectue au regard de la nature des matériaux de substitution roduits qui demeure identique tant en qualité qu’en ro ortion malgré la modification des conditions d’ex loitation ;

- la carrière en litige est com atible avec les oints 1.1, 5.2.2, 5.2.3, 5.2.4 et 5.4 du schéma dé artemental des carrières du Doubs.

ar un mémoire enregistré le 9 avril 2025, la société Maillard, re résentée ar M^e Gury, demande à la cour qu’il soit fait droit aux conclusions résentées ar la ministre et ar suite, d’annuler le jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 et de rejeter la demande résentée ar l’association des o osants à la carrière de Semondans devant le tribunal administratif de Besançon.

ar des mémoires en défense enregistrés le 6 juin 2025, le 26 juin 2025 et le 6 se tembre 2025, l’association des o osants à la carrière de Semondans re résentée ar M^e Barbier Renard à conclut au rejet de la requête de la société Maillard et à ce qu’une somme de 2 500 euros soit mise à sa charge sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

- le recours du ministre est irrecevable en raison de la tardiveté du mémoire com lémentaire du ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche ;

- les moyens du ministre ne sont as fondés.

La clôture de l’instruction a été rononcée avec effet immédiat le 25 juillet 2025 sur le fondement de l’article L. 611-11-1 du code de justice administrative.

La cour a invité les arties à résenter des observations sur la ossibilité sur le fondement de l’article L. 181-18 du code de l’environnement de sursoir à statuer afin de ermettre la régularisation du vice susce tible d’être retenu tenant à l’absence de demande de dérogation es èces rotégées et de sus endre l’exécution de l’autorisation des arties de l’autorisation non viciée. ar ailleurs, les arties ont également été sollicités sur les conséquences à tirer de l’article L. 411-2-1 du code de l’environnement sur le résent litige.

ar des observations enregistrées le 13 se tembre 2025, l’association des o osants à la carrière de Semondans re résentée ar M^e Barbier Renard s’o ose à la régularisation d’un tel vice dès lors qu’en tout état de cause, la dérogation ne ourrait être accordée en l’absence de raison im érative d’intérêt ublic majeur tel que cela résulte du jugement du tribunal administratif de Besançon n° 1801079 du 4 juillet 2019 devenu définitif. Toutefois, dans l’hy othèse où la cour déciderait de régulariser le vice, le délai accordé devrait au minimum être fixé à octobre 2026 afin de ermettre l’étude d’un cycle de re roduction entier des es èces rotégées sur le site ou ses alentours.

ar des observations enregistrées le 17 se tembre 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche conclut à l’absence de risque suffisamment caractérisé our les es èces rotégées et dans l’hy othèse où la Cour retiendrait ce vice à ce qu’il soit accordé un délai minimal de vingt mois our sa régularisation.

III. ar une requête enregistrée sous le n° 25NC00429 le 24 février 2025 et un mémoire en ré lique enregistré le 16 avril 2025, la société Maillard re résentée ar M^e Gury demande à la cour :

1°) d’ordonner le sursis à exécution du jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 ;

2°) de mettre à la charge de l’association des o osants à la carrière de Semondans le versement de la somme de 3 000 euros sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

La société soutient que :

- le sursis à exécution du jugement attaqué eut être ordonné sur le fondement des articles R. 811-15 et R. 811-17 du code de justice administrative dès lors qu’il existe des moyens d’annulation du jugement sérieux et de nature à justifier le rejet des conclusions à fin d’annulation et que l’exécution du jugement attaqué risque en outre d’entrainer des conséquences difficilement ré arables ;

- au soutien de sa demande de sursis à exécution, la société re rend les moyens soulevés dans sa requête n° 25NC00332 ;

- l’exécution du jugement qui annule l’arrêté autorisant la oursuite de l’ex loitation em êche la société d’ex loiter la carrière en dé it de lourds investissements et de frais réguliers alors qu’en outre le résultat com table our l’année 2024 est négatif et qu’elle a l’obligation d’engager des frais su lémentaires de remise en état des lieux et de mise en œuvre de mesures de com ensation su lémentaires.

ar des mémoires en défense enregistrés le 4 avril 2025 et le 24 avril 2025, l’association des o osants à la carrière de Semondans, re résentée ar M^e Barbier Renard, conclut au rejet de la requête de la société Maillard et à ce qu’une somme de 2 500 euros soit mise à sa charge sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

La clôture de l’instruction a été rononcée avec effet immédiat le 25 juillet 2025 sur le fondement de l’article L. 611-11-1 du code de justice administrative.

Vu les autres ièces des dossiers.

Vu

- la directive n° 2011/92/UE du 13 décembre 2011 concernant l’évaluation des incidences de certains rojets ublics et rivés sur l’environnement ;

- l’ordonnance n° 2014-355 du 20 mars 2014 relative à l’ex érimentation d’une autorisation unique en matière d’installations classées our la rotection de l’environnement ;

- l’ordonnance n° 2017-80 du 26 janvier 2017 relative à l’autorisation environnementale ;

- le décret n° 2014-450 du 2 mai 2014 relatif à l’ex érimentation d’une autorisation unique en matière d’installations classées our la rotection de l’environnement ;

- le décret n° 2017-82 du 26 janvier 2017 relatif à l’autorisation environnementale ;

- l’arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux rotégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur rotection ;

- le schéma dé artemental des carrières du Doubs ;

- le code de justice administrative.

Les arties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience ublique :

- le ra ort de M^me Barrois, remière conseillère,

- les conclusions de M. Denizot, ra orteur ublic,

- et les observations de M^e Gury avocat de la société Maillard, ainsi que celles de Me icoche substituant M^e Barbier-Renard avocat de l’association des o osants à la carrière de Semondans.

Des notes en délibéré résentées ar l’association des o osants à la carrière de Semondans ont été enregistrées le 19 se tembre 2025.

Considérant ce qui suit :

1. ar un arrêté du 29 octobre 2015, com lété ar un arrêté du 9 mars 2018, le réfet du Doubs a autorisé la société Maillard à ex loiter une carrière de roches massives calcaires au lieu-dit « La Craie », sur le territoire de la commune de Semondans (Doubs), a rès lui avoir délivré, our ce même rojet, une autorisation de dérogation au régime de rotection des es èces en a lication de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, ar un arrêté du 14 novembre 2014. Le tribunal administratif de Besançon ayant annulé ce dernier arrêté ar un jugement du 21 se tembre 2017 au motif qu’il était insuffisamment motivé, le réfet a délivré à la société Maillard, le 26 décembre 2017, une nouvelle autorisation de dérogation au régime de rotection des es èces, laquelle a, à son tour, été annulée ar un jugement devenu définitif du même tribunal administratif du 4 juillet 2019 au motif que la dérogation accordée n’était as justifiée ar une raison im érative d’intérêt ublic majeur au sens de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. ar un arrêté du 4 octobre 2019, le réfet du Doubs a, en a lication de l’article L. 171-7 du code de l’environnement, d’une art, mis la société Maillard en demeure de régulariser sa situation administrative, soit en cessant son activité, soit en dé osant une nouvelle demande d’autorisation environnementale our tenir com te de l’annulation de la dérogation au régime de rotection des es èces et, d’autre art, a sus endu le fonctionnement de la carrière ex loitée ar cette société jusqu’à ce qu’il ait été statué sur la régularisation demandée. La sus ension de l’exécution de cet arrêté a été définitivement rejetée ar le Conseil d’Etat dans une décision n° 440734 du 28 avril 2021. A la suite du dé ôt le 23 juillet 2021 d’un dossier de modification des conditions d’ex loitation de sa carrière, le réfet du Doubs ar un arrêté du 17 mars 2022, a autorisé la société Maillard à oursuivre ses activités sur le site et a modifié les conditions d’ex loitation de sa carrière. ar les requêtes n° 25NC00332 et n° 25NC00341, la société Maillard et la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche font res ectivement a el du jugement du 11 décembre 2024 ar lequel le tribunal administratif de Besançon a annulé l’arrêté du réfet du Doubs du 17 mars 2022 en tant qu’il ermet la oursuite de l’ex loitation de la carrière de Semondans.

2. ar la requête n° 25NC00429, la société Maillard sollicite le sursis à exécution de ce même jugement.

3. Les trois requêtes concernant les mêmes arties et résentant les mêmes moyens soulevés contre la même décision ont fait l’objet d’une instruction commune. Il y a donc lieu de les joindre our y statuer ar un seul arrêt.

Sur la fin de non-recevoir soulevée ar l’association des o osants à la carrière de Semondans à l’encontre de la requête n° 25NC00341 :

4. Aux termes de l’article R. 612-5 du code de justice administrative, « Devant les tribunaux administratifs et les cours administratives d’a el, si le demandeur, malgré la mise en demeure qui lui a été adressée, n’a as roduit le mémoire com lémentaire dont il avait ex ressément annoncé l’envoi ou, dans les cas mentionnés au second alinéa de l’article R. 611-6, n’a as rétabli le dossier, il est ré uté s’être désisté ». Il résulte de cette dis osition que lorsque qu’un tribunal administratif ou une cour administrative d’a el choisit d’adresser une mise en demeure en a lication de cet article, ce tribunal ou cette cour doit, à condition que l’intéressé ait annoncé ex ressément la roduction d’un mémoire com lémentaire, qu’il ait reçu la mise en demeure révue, qu’elle lui laisse un délai suffisant our y ré ondre et l’informe des conséquences d’un défaut de ré onse dans ce délai, constater le désistement d’office du requérant si celui-ci ne roduit as le mémoire com lémentaire à l’ex iration du délai fixé.

5. En l’es èce, dans sa requête sommaire d’a el enregistrée le 12 février 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche annonçait la roduction d’un mémoire com lémentaire. Une mise en demeure de roduire ce mémoire dans un délai d’un mois com ortant toutes les mentions obligatoires lui a été notifiée le 14 février 2025. Dès lors que ce mémoire a été enregistré le 17 mars suivant soit avant l’ex iration du délai franc d’un mois de mise en demeure de roduire, il n’y avait as lieu our la cour de donner acte du désistement de la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche. La fin de non-recevoir o osée en défense ne eut dès lors qu’être écartée.

Sur la régularité du jugement :

6. La ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche soutient que les remiers juges auraient méconnu le rinci e du contradictoire en communiquant tardivement le 6 novembre 2024 soit seulement deux jours avant la clôture automatique de l’instruction le 8 novembre 2024, un mémoire de l’association requérante contenant des éléments nouveaux sur lesquels se sont fondés les remiers juges our rendre leur décision.

7. Il résulte de l’instruction que la ministre avait soulevé devant le tribunal administratif de Besançon une fin de non-recevoir tirée de l’incom étence et du défaut de qualité du résident de l’association our agir en justice que les remiers juges ont écarté dans le jugement du 11 décembre 2024 rectifié en se fondant sur les rocès-verbaux de l’association désignant le résident et lui donnant mandat our agir en justice concernant le rojet en litige communiqués dans le mémoire du 6 novembre 2024. ar suite, le ministre n’ayant u résenter des observations sur ce mémoire faute de dis oser d’un délai suffisant, le jugement doit être annulé, sans qu’il soit besoin d’examiner l’autre moyen de régularité.

8. Il y a lieu, our la cour, de statuer immédiatement, ar la voie de l’évocation, sur les demandes résentées ar l’association des o osants à la carrière de Semondans devant le tribunal administratif de Besançon.

Sur le cadre du litige :

9. D’une art, aux termes de l’article L. 181-1 du code de l’environnement : « L’autorisation environnementale, dont le régime est organisé ar les dis ositions du résent livre ainsi que ar les autres dis ositions législatives dans les conditions fixées ar le résent titre, est a licable aux activités, installations, ouvrages et travaux suivants, lorsqu’ils ne résentent as un caractère tem oraire / : (…) 2° Installations classées our la rotection de l’environnement mentionnées à l’article L. 512-1. (…) » et de l’article L. 181-2 du même code : « I. – L’autorisation environnementale tient lieu, y com ris our l’a lication des autres législations, des autorisations, enregistrements, déclarations, absences d’o osition, a robations et agréments suivants, lorsque le rojet d’activités, installations, ouvrages et travaux relevant de l’article L. 181- 1 y est soumis ou les nécessite : / (…) 5° Dérogation aux interdictions édictées our la conservation de sites d’intérêt géologique, d’habitats naturels, d’es èces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats en a lication du 4° de l’article L. 411-2 ; (…) ». L’article L. 181-3 de ce code révoit notamment que « l’autorisation environnementale ne eut être accordée que si les mesures qu’elle com orte assurent également : / (…) 4° Le res ect des conditions, fixées au 4° de l’article L. 411-2, de délivrance de la dérogation aux interdictions édictées our la conservation de sites d’intérêt géologique, d’habitats naturels, des es èces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, lorsque l’autorisation environnementale tient lieu de cette dérogation ; (…) ». Aux termes de l’article L. 181-12 du même code : « L’autorisation environnementale fixe les rescri tions nécessaires au res ect des dis ositions des articles L. 181-3 et L. 181-4. (…) ». Aux termes de l’article L. 181-14 de ce code : « Toute modification substantielle des activités, installations, ouvrages ou travaux qui relèvent de l’autorisation environnementale est soumise à la délivrance d’une nouvelle autorisation, qu’elle intervienne avant la réalisation du rojet ou lors de sa mise en œuvre ou de son ex loitation. (…) L’autorité administrative com étente eut im oser toute rescri tion com lémentaire nécessaire au res ect des dis ositions des articles L. 181-3 et L. 181-4 à l’occasion de ces modifications, mais aussi à tout moment s’il a araît que le res ect de ces dis ositions n’est as assuré ar l’exécution des rescri tions réalablement édictées » et de l’article R. 181-46 du même code, « I. – Est regardée comme substantielle, au sens de l’article L. 181-14, la modification a ortée à des activités, installations, ouvrages et travaux soumis à autorisation environnementale qui : 1° En constitue une extension devant faire l’objet d’une nouvelle évaluation environnementale en a lication du II de l’article R. 122-2 ; 2° Ou atteint des seuils quantitatifs et des critères fixés ar arrêté du ministre chargé de l’environnement ; 3° Ou est de nature à entraîner des dangers et inconvénients significatifs our les intérêts mentionnés à l’article L. 181-3. La délivrance d’une nouvelle autorisation environnementale est soumise aux mêmes formalités que l’autorisation initiale. « . Ces dis ositions, a licables de uis le 1er mars 2017, résultent de l’ordonnance du 26 janvier 2017 relative à l’autorisation environnementale, dont l’article 15 révoit notamment que : « 1° Les autorisations délivrées au titre (…) du cha itre II du titre Ier du livre V du code de l’environnement dans leur rédaction antérieure à la résente ordonnance (…) sont considérées comme des autorisations environnementales relevant du cha itre unique du titre VIII du livre Ier de ce code, avec les autorisations, enregistrements, déclarations, absences d’o osition, a robations et agréments énumérés ar le I de l’article L. 181-2 du même code que les rojets ainsi autorisés ont le cas échéant nécessités ; les dis ositions de ce cha itre leur sont dès lors a licables, notamment lorsque ces autorisations sont contrôlées, modifiées, abrogées, retirées, renouvelées, transférées, contestées ou lorsque le rojet autorisé est définitivement arrêté et nécessite une remise en état ».

10. ar ailleurs, aux termes de l’article L. 171-7 du code de l’environnement : « Indé endamment des oursuites énales qui euvent être exercées, lorsque des installations ou ouvrages sont ex loités, des objets et dis ositifs sont utilisés ou des travaux, o érations, activités ou aménagements sont réalisés sans avoir fait l’objet de l’autorisation, de l’enregistrement, de l’agrément, de l’homologation, de la certification ou de la déclaration requis en a lication des dis ositions du résent code, ou sans avoir tenu com te d’une o osition à déclaration, l’autorité administrative com étente met l’intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu’elle détermine. / Elle eut édicter des mesures conservatoires et sus endre le fonctionnement des installations et ouvrages ou la oursuite des travaux, o érations ou activités jusqu’à ce qu’il ait été statué sur la déclaration ou sur la demande d’autorisation, d’enregistrement, d’agrément, d’homologation ou de certification (…) ».

11. Il résulte de la décision n° 440734 du 28 avril 2021 du Conseil d’Etat que, lorsque la dérogation au régime de rotection des es èces rotégées révue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement est délivrée en vue de ermettre l’ex loitation d’une installation classée our la rotection de l’environnement, ou la artie de l’autorisation environnementale en tenant lieu, a fait l’objet d’une annulation contentieuse, il a artient au réfet de mettre en œuvre les ouvoirs qu’il tient de l’article L. 171-7 du code de l’environnement récité en mettant l’ex loitant en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu’il détermine et, le cas échéant, en édictant des mesures conservatoires ouvant aller jusqu’à la sus ension de l’ex loitation de l’installation en cause jusqu’à ce qu’il ait statué sur une demande de régularisation. Saisi d’une telle demande, il lui a artient d’y statuer en tenant com te de la situation de droit et de fait a licable à la date à laquelle il se rononce, notamment en tirant les conséquences de la décision juridictionnelle d’annulation et de l’autorité de chose jugée qui s’y attache, le cas échéant en abrogeant l’autorisation d’ex loiter ou l’autorisation environnementale en tenant lieu.

12. Dans l’hy othèse où, en raison des travaux réalisés notamment sur le fondement de la dérogation au régime de rotection des es èces rotégées révue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement avant qu’elle ne soit annulée our un motif de fond, la situation de fait, telle qu’elle existe au moment où l’autorité administrative statue à nouveau, ne justifie lus la délivrance d’une telle dérogation, il incombe ce endant au réfet de rechercher si l’ex loitation eut légalement être oursuivie en im osant à l’ex loitant, ar la voie d’une décision modificative de l’autorisation environnementale si elle existe ou ar une nouvelle autorisation environnementale, des rescri tions com lémentaires. Ces rescri tions com lémentaires com ortent nécessairement les mesures de com ensation qui étaient révues ar la dérogation annulée, ou des mesures équivalentes, mais également, le cas échéant, des conditions de remise en état su lémentaires tenant com te du caractère illégal des atteintes ortées aux es èces rotégées, voire l’ada tation des conditions de l’ex loitation et notamment sa durée.

13. D’autre art, il a artient au juge du lein contentieux des installations classées our la rotection de l’environnement d’a récier le res ect des règles relatives à la forme et à la rocédure régissant la demande d’autorisation au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date de délivrance de l’autorisation et celui des règles de fond régissant le rojet en cause au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date à laquelle il se rononce.

14. Il résulte de l’instruction qu’à la suite de l’édiction de l’arrêté du 26 décembre 2017 ar lequel le réfet du Doubs a autorisé la société Maillard à déroger au régime de rotection des es èces rotégées, des travaux de défrichement et de déca age ont été réalisés sur la surface concernée ar l’arrêté en litige, avant que cette dérogation ne soit annulée ar le tribunal administratif le 4 juillet 2019. ar l’arrêté attaqué du 17 mars 2022, le réfet a estimé que la situation de fait ne justifiait lus la délivrance d’une telle dérogation et a accordé l’autorisation d’ex loiter et d’extraire our une durée de six ans à com ter de la notification du résent arrêté et our une su erficie maximale de 4 hectares 52 ares 20 centiares en abrogeant les dis ositions et les annexes des arrêtés réfectoraux du 29 octobre 2015 et du 9 mars 2018 à l’exce tion de l’alinéa 1er de l’article 1 de l’arrêté du 29 octobre 2015 autorisant l’ex loitation d’une carrière de roches calcaires et une installation de traitement de matériaux et a tiré les conséquences de ces modifications sur les conditions d’ex loitation de la carrière notamment concernant le hasage. Il a également assorti son arrêté de rescri tions, à savoir les mesures de com ensation initialement révues ar la dérogation du 26 décembre 2017 annulée ar le tribunal, ainsi que des conditions de remise en état su lémentaires consistant en un reboisement du carreau inférieur sur une surface d’environ 1,8 hectares et la création de deux clairières herbacées d’une surface d’environ 0,3 hectares et des modalités de suivi de la biodiversité. En revanche, le niveau de roduction, les modalités d’extraction, et la conduite de l’ex loitation sont demeurés inchangés.

15. Dès lors que la durée et la su erficie autorisées ar l’arrêté attaqué sont moindres que celles de l’arrêté initial du 29 octobre 2015, les modifications a ortées n’en constituent as une extension au sens des articles L. 181-14 et R. 181-46 du code de l’environnement. De même, les modifications de l’installation n’atteignent as les seuils quantitatifs et des critères fixés ar arrêté du ministre chargé de l’environnement ermettant de les qualifier de substantielles au sens de cette même dis osition. Enfin et alors même qu’il est soutenu qu’une demande de dérogation es èces rotégées serait nécessaire, les éléments roduits au dossier ne ermettent as d’atteindre le degré de gravité exigé ar l’article R. 181-46 du code de l’environnement et ainsi de caractériser des dangers et inconvénients significatifs our les intérêts mentionnés à l’article L. 181-3 de ce même code.

16. Ainsi, en l’es èce, l’arrêté attaqué ne constitue as une nouvelle autorisation environnementale mais uniquement une décision modificative de l’autorisation environnementale accordée ar l’arrêté initial du 29 octobre 2015 en tant qu’elle ne com orte as de dérogation es èces rotégées. Il en résulte que cette décision modificative n’est as soumise aux mêmes formalités que l’autorisation initiale.

Sur la légalité de l’arrêté du 17 mars 2022 :

17. En remier lieu, il résulte de ce qui récède que tous les moyens dirigés contre l’arrêté du 17 mars 2022 tirés du non-res ect des conditions de fond et de forme de l’autorisation environnementale sont ino érants. Ainsi, l’association des o osants à la carrière de Semondans ne eut utilement soulever les moyens tirés de l’absence de consultation du ublic, de l’absence de rise en com te de l’avis des communes concernées, de l’absence de nouvelle évaluation environnementale et de l’incom atibilité de l’ex loitation avec le schéma dé artemental des carrières du Doubs.

18. En deuxième lieu, l’association soutient que l’arrêté serait insuffisamment motivé en raison de l’absence de traçabilité documentaire. D’une art, ces omissions sont sans incidence sur sa légalité et d’autre art, l’arrêté qui vise l’ensemble des textes a licables, les récédents arrêtés réfectoraux, les décisions de justice, les avis rendus ar le maire, la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement Bourgogne-Franche-Comté et la commission dé artementale de la nature, des aysages et des sites (CDN S) ainsi que la demande de modification de la société et ra elle les circonstances de son édiction com orte bien l’énoncé des considérations de droit et de fait qui en constituent le fondement. ar suite, le moyen soulevé en ce sens est écarté.

19. En troisième lieu, l’arrêté attaqué serait entaché d’inexactitudes matérielles quant à l’année du jugement du 4 juillet 2019 du tribunal administratif de Besançon, la réalisation d’un diagnostic archéologique, la réalisation du défrichement et du déca age du terrain, une contradiction entre l’article 21.1 ortant sur les boisements de sénescence situés en dehors du érimètre de l’autorisation et la bande boisée vieillissante mentionnée à l’annexe 4 et une contradiction entre le tracé du chemin à l’article 26 de l’arrêté et l’annexe 5. Toutefois, l’ensemble de ces erreurs matérielles, qui ourraient être rectifiées ar le réfet, demeurent sans incidence sur la légalité de la décision attaquée. ar ailleurs, l’association soutient également que la cuve double aroi contenant du carburant révue à l’article 29 dudit arrêté aurait dû être visée à son article 2 ar les mentions des rubriques de la nomenclature des IC E 1432 et 4135. Cette cuve d’une ca acité inférieure à 10 m3 ne relève ce endant as des installations classées our la rotection de l’environnement soumises à déclaration. ar suite, le moyen tiré de ces inexactitudes matérielles est écarté.

20. En quatrième lieu, l’association soutient que les manquements ré étés de l’ex loitant aux rescri tions des arrêtés réfectoraux révéleraient que celle-ci ne dis ose ni des ca acités techniques, ni des ca acités financières our oursuivre l’ex loitation. Il résulte de l’instruction et notamment de l’ins ection réalisée le 7 se tembre 2022 qu’aucune non-conformité à l’arrêté du 17 mars 2022 n’a été relevée. ar suite, le moyen soulevé en ce sens est écarté.

21. En cinquième lieu, ainsi qu’ex osé aux oints 11, 12 et 16 du résent arrêt, le réfet a rès avoir mis en demeure l’ex loitant de régulariser sa situation, devait rechercher si l’ex loitation ouvait légalement être oursuivie en im osant à l’ex loitant et décider, ar la voie d’une décision modificative de l’autorisation environnementale, des rescri tions com lémentaires voire l’ada tation des conditions de l’ex loitation et notamment sa durée. ar suite, le moyen tiré de l’erreur de droit est écarté.

22. En dernier lieu, l’association soutient que l’arrêté attaqué orte atteinte au maintien des o ulations d’es èces rotégées dans un état de conservation favorable et est illégale en tant qu’il ne révoit as de nouvelle dérogation es èces rotégées. Il résulte de ce qui récède que la régularisation de l’autorisation environnementale initiale en tant qu’elle ne com ortait lus de dérogation es èces rotégées en raison de son annulation contentieuse im lique, si la situation de fait actuelle l’im ose toujours, d’abroger l’autorisation d’ex loiter ou d’édicter les mesures nécessaires à la rotection des es èces rotégées encore im actées ar l’activité et a minima, de re rendre voire de renforcer les mesures com ensatoires résentes dans la dérogation es èces rotégées et les conditions de remise en état du site.

23. Aux termes de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, relatif à la rotection des es èces naturelles : « I. – Un décret en Conseil d’Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : / (…) 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l’article L. 411-1, à condition qu’il n’existe as d’autre solution satisfaisante, ouvant être évaluée ar une tierce ex ertise menée, à la demande de l’autorité com étente, ar un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du étitionnaire, et que la dérogation ne nuise as au maintien, dans un état de conservation favorable, des o ulations des es èces concernées dans leur aire de ré artition naturelle : (…) / c) Dans l’intérêt de la santé et de la sécurité ubliques ou our d’autres raisons im ératives d’intérêt ublic majeur, y com ris de nature sociale ou économique, et our des motifs qui com orteraient des conséquences bénéfiques rimordiales our l’environnement (…) » et de l’article L. 411-2-1 du code de l’environnement, « La dérogation mentionnée au 4° du I de l’article L. 411-2 n’est as requise lorsqu’un rojet com orte des mesures d’évitement et de réduction résentant des garanties d’effectivité telles qu’elles ermettent de diminuer le risque de destruction ou de erturbation des es èces mentionnées à l’article L. 411-1 au oint que ce risque a araisse comme n’étant as suffisamment caractérisé et lorsque ce rojet intègre un dis ositif de suivi ermettant d’évaluer l’efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de rendre toute mesure su lémentaire nécessaire our garantir l’absence d’incidence négative im ortante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des o ulations des es èces concernées ».

24. D’une art, il résulte de ces dis ositions que la destruction ou la erturbation des es èces animales concernées, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites. Toutefois, l’autorité administrative eut déroger à ces interdictions dès lors que sont rem lies trois conditions distinctes et cumulatives tenant d’une art, à l’absence de solution alternative satisfaisante, d’autre art, à la condition de ne as nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des o ulations des es èces concernées dans leur aire de ré artition naturelle et, enfin, à la justification de la dérogation ar l’un des cinq motifs limitativement énumérés et armi lesquels figure le fait que le rojet ré onde, ar sa nature et com te tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison im érative d’intérêt ublic majeur.

25. Le système de rotection des es èces résultant des dis ositions citées ci-dessus, qui concerne les es èces de mammifères terrestres et d’oiseaux figurant sur les listes fixées ar les arrêtés du 23 avril 2007 et du 29 octobre 2009, im ose d’examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire dès lors que des s écimens de l’es èce concernée sont résents dans la zone du rojet, sans que l’a licabilité du régime de rotection dé ende, à ce stade, ni du nombre de ces s écimens, ni de l’état de conservation des es èces rotégées résentes.

26. Le étitionnaire doit obtenir une dérogation « es èces rotégées » si le risque que le rojet com orte our les es èces rotégées est suffisamment caractérisé. A ce titre, les mesures d’évitement et de réduction des atteintes ortées aux es èces rotégées ro osées ar le étitionnaire doivent être rises en com te. Dans l’hy othèse où les mesures d’évitement et de réduction ro osées résentent, sous le contrôle de l’administration, des garanties d’effectivité telles qu’elles ermettent de diminuer le risque our les es èces au oint qu’il a araisse comme n’étant as suffisamment caractérisé, il n’est as nécessaire de solliciter une dérogation « es èces rotégées ».

27. D’autre art, les dis ositions des articles L. 181-2, L. 181-3, L. 181-22, L. 411-2 et R. 411-6 du code de l’environnement im osent, à tout moment, la délivrance d’une dérogation à la destruction ou à la erturbation d’es èces rotégées dès lors que l’activité, l’installation, l’ouvrage ou les travaux faisant l’objet d’une autorisation environnementale ou d’une autorisation en tenant lieu com ortent un risque suffisamment caractérisé our ces es èces, eu im orte la circonstance que l’autorisation résente un caractère définitif ou que le risque en cause ne résulte as d’une modification de cette autorisation. Lorsque la modification de l’autorisation conduit l’autorité administrative à im oser des rescri tions com lémentaires dont l’objet est d’assurer ou de renforcer la conservation d’es èces rotégées, les dis ositions des articles L. 181-14, R. 181-45, R. 411-10-1 et R. 411-10-2 n’ont ni our objet ni our effet de faire dé endre la nécessité de l’obtention d’une dérogation « es èces rotégées » de la circonstance que cette modification résenterait un caractère substantiel. Il a artient à l’autorité administrative de s’assurer que les rescri tions com lémentaires qu’elle im ose résentent un caractère suffisant et, dans ce cadre, de rechercher si elles justifient, lorsqu’il demeure un risque caractérisé our les es èces, d’im oser au bénéficiaire de solliciter une telle dérogation sur le fondement de l’article L. 171-1 du code de l’environnement.

28. En l’es èce, les circonstances que la surface d’ex loitation ait été défrichée et déca ée et qu’il existe encore des es èces rotégées aux abords d’une carrière alors qu’elle a été en activité n’em ortent as ar elles-mêmes l’absence d’atteinte et de risque suffisamment caractérisé our des es èces rotégées.

29. Il résulte de l’instruction et notamment du dossier de com lément du 23 juillet 2021 adressé au réfet en vue de oursuivre l’ex loitation de la carrière élaboré ar le bureau d’études Sciences Environnement mandaté ar la société Maillard et du suivi écologique réalisé en 2019 sur trois journées dont seulement une consacrée aux chiro tères avec une écoute de 10 minutes et un inventaire écologique réalisé en 2021 sur deux journées dont aucune ne concernait les chiro tères, que même si les es èces rotégées résentes sur le site avant le défrichement ou le déca ement ont dis aru de cette artie de la carrière, il demeure ce endant des es èces rotégées aux abords ainsi que de nouvelles es èces ru estres otentielles qui euvent être im actées ar les nuisances consécutives à la re rise de l’ex loitation de cette carrière. armi ces es èces rotégées otentielles, sont mentionnées notamment le faucon èlerin, le faucon crécerelle, le Grand-duc d’Euro e et le grand corbeau ainsi que la bergeronnette grise et le rougequeue noir. Toutefois, le dossier de com lément écarte tout risque d’atteinte our les es èces rotégées ru estres dès lors que le très faible linéaire et la hauteur des fronts de taille ainsi que l’exiguïté de la fosse d’extraction excluent la re roduction de ces es èces sur la carrière et que si tel était néanmoins le cas, l’extraction accordée a rofondissant ce carreau, le gradin su érieur où ces es èces ourraient nichées ne serait lus im acté et exclut tout im act our les es èces contactées aux abords du site.

30. Il ressort également de l’étude de suivi écologique réalisée en 2023 ar le même bureau d’étude, sur la carrière de Semondans alors en activité, que les inventaires réalisés our l’avifaune nicheuse les 14 avril 2023 et 15 mai 2023 sur la base de cinq oints d’indices onctuels d’abondance assez éloignés de la carrière, ont révélé qu’avait été constatée la même diversité d’es èces qu’en 2019 malgré la sus ension de l’ex loitation entre mai 2021 et mars 2022. Les es èces atrimoniales contactées étaient ainsi toujours l’alouette lulu, le bruant jaune, le chardonneret élégant, le loriot d’Euro e, le milan royal, le ic mar, le ic noir, le verdier d’Euro e et la chouette hulotte.

31. Toutefois, l’arrêt de l’ex loitation de la carrière de uis le 17 décembre 2024 à la suite de l’annulation de l’arrêté du 17 mars 2022 ar le jugement attaqué du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 a attiré la venue de nouvelles es èces rotégées ru estres sur le site de la carrière. Ainsi, il résulte d’un inventaire de la faune sauvage local réalisée ar un référent de la ligue de rotection des oiseaux à roximité immédiate du site de la carrière de Semondans de janvier à mai 2025 que lusieurs es èces rotégées ont été contactées aux abords de la carrière dont le busard saint martin classé en catégorie critique, le faucon crécerelle, le grand corbeau, la bergeronnette grise et le rougequeue noir. L’association a orte également suffisamment d’éléments our établir la résence d’un Grand-duc d’Euro e, rotégé ar l’article 3 de l’arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des es èces rotégées, aux abords de la carrière et considérer comme très robable qu’il niche sur la carrière en raison de deux contacts à 500 mètres à l’est de la carrière et à 150 mètres au nord de la carrière et de ce que les caractéristiques de la artie de la carrière à l’arrêt corres ondent à son habitat habituel alors qu’aucun autre site de nidification n’est connu en Franche-Comté. La circonstance o osée ar la société Maillard que l’association ne uisse rouver avec certitude la résence du nid sur le site en raison d’un arrêté réfectoral en interdisant l’accès, d’une art, ne contredit as la résence avérée de cet oiseau aux abords immédiats de la carrière et, d’autre art, ne eut être o osée à l’association des o osants à la carrière de Semondans qui se trouve dans une situation de formalité im ossible alors qu’elle en a, en outre, directement informé le réfet du Doubs le 11 juin 2025 our qu’il renne toutes les mesures utiles.

32. De lus, même si l’arrêté attaqué com orte une mesure d’évitement en ce que la artie non déca ée et non défrichée de la carrière ne sera lus ex loitée, une mesure de réduction sur la artie déjà ex loitée consistant en la réduction de sa durée d’ex loitation ainsi que des modalités de suivi de la biodiversité, ces mesures restent néanmoins insuffisantes our rotéger les es èces résentes sur le site et aux abords et réduire ainsi le risque d’atteinte qui, en l’absence d’étude actualisée, ne eut être évalué récisément.

33. Dans ces circonstances articulières d’im ossibilité d’accéder au site our établir avec certitude la résence du nid et en tout état de cause, de la résence avérée de lusieurs es èces rotégées aux abords immédiats de la carrière, il est nécessaire à minima que des rescri tions com lémentaires soient édictées afin d’assurer ou de renforcer le maintien de ces o ulations d’es èces rotégées dans un état de conservation favorable.

34. Il a artient au juge des installations classées our la rotection de l’environnement d’a récier le res ect des règles relatives à la forme et la rocédure régissant la demande d’autorisation au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date de délivrance de l’autorisation, et d’a liquer les règles de fond a licables au rojet en cause en vigueur à la date à laquelle il se rononce, sous réserve du res ect des règles d’urbanisme, qui s’a récie au regard des circonstances de fait et de droit a licables à la date de l’autorisation. Lorsqu’il relève que l’autorisation environnementale contestée devant lui méconnaît une règle de fond a licable à la date à laquelle il se rononce, il eut, dans le cadre de son office de lein contentieux, lorsque les conditions sont rem lies, modifier ou com léter l’autorisation environnementale délivrée afin de remédier à l’illégalité constatée, ou faire a lication des dis ositions de l’article L. 181-18 du code de l’environnement.

35. ar suite, il y a lieu d’enjoindre au réfet d’édicter des mesures d’évitement et de réduction su lémentaires, ada tées aux es èces rotégées résentes aux abords et sur le site, ce qui nécessitera au réalable la réalisation d’inventaires, actualisés à la suite de l’arrêt de l’ex loitation de la carrière, et ortant sur le cycle biologique com let de l’avifaune. La re rise de la oursuite de l’ex loitation est conditionnée ar l’édiction de cet arrêté com lémentaire.

36. Il résulte de l’ensemble de ce qui récède que le sur lus des conclusions de la demande de l’association des o osants à la carrière de Semondans résentée devant le tribunal administratif de Besançon doit être rejeté.

Sur les frais liés à l’instance dans les dossiers n° 25NC00332 et 25NC00341 :

37. Dans les circonstances de l’es èce, il n’y a as lieu de faire droit aux conclusions de la société Maillard et de l’association des o osants à la carrière de Semondans résentées sur le fondement des dis ositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Sur la demande de sursis à exécution de la requête n° 25NC00429 :

38. Dès lors que le résent arrêt se rononce sur la requête en a el de la société Maillard contre le jugement du tribunal administratif du 11 décembre 2024, sa demande de sursis à exécution de ce même jugement est devenue sans objet. Il n’y a lus lieu d’y statuer.

39. Dans les circonstances de l’es èce, il n’y a as lieu de faire droit aux conclusions de la société Maillard résentées sur le fondement des dis ositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

D É C I D E :

Article 1er : Le jugement du tribunal administratif de Besançon du 11 décembre 2024 est annulé.

Article 2 : Il est enjoint au réfet du Doubs d’édicter des rescri tions com lémentaires d’évitement et de réduction de l’atteinte ortée aux es èces rotégées ce qui nécessitera au réalable la réalisation d’inventaires, actualisés à la suite de l’arrêt de l’ex loitation de la carrière, et ortant sur le cycle biologique com let de l’avifaune. La re rise de la oursuite de l’ex loitation de la carrière est subordonnée à l’édiction de cet arrêté.

Article 3 : Le sur lus des conclusions de la demande de l’association des o osants à la carrière de Semondans résentée devant le tribunal administratif de Besançon est rejeté.

Article 4 : Le sur lus des conclusions des requêtes n° 25NC00332 et 25NC00341 est rejeté.

Article 5 : Il n’y a lus lieu de statuer sur la requête n° 25NC00429.

Article 6: Le résent arrêt sera notifié à la société Maillard, à l’association des o osants à la carrière de Semondans et à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche et au réfet du Doubs.

Délibéré a rès l’audience du 18 se tembre 2025, à laquelle siégeaient :

- M. Wallerich, résident de chambre,

- M^me A…, résidente-assesseur,

- M^me Barrois, remière conseillère.

Rendu ublic ar mise à dis osition au greffe, le 9 octobre 2025.

La ra orteure,

Signé : M. Barrois

Le résident,

Signé : M. Wallerich

La greffière,

Signé : E. Delors

La Ré ublique mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la êche en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les arties rivées, de ourvoir à l’exécution de la résente décision.

our ex édition conforme,

La greffière,

E. Delors