Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure :

La commune de Sidiailles a demandé au tribunal administratif d’Orléans d’annuler, d’une part, l’arrêté n° 21.231 du 30 août 2021 par lequel la préfète de région coordonnatrice du bassin Loire-Bretagne a désigné les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d’origine agricole dans le bassin Loire-Bretagne en tant qu’il n’exclut pas de ces zones la masse d’eau référencée FRGR0339 « La Joyeuse et ses affluents depuis la source jusqu’à la retenue de Sidiailles », d’autre part, l’arrêté n° 21.230 du 30 août 2021 par lequel la préfète de région coordonnatrice du bassin Loire-Bretagne a délimité les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d’origine agricole dans le bassin Loire-Bretagne, en tant qu’il n’exclut pas les sections cadastrales situées sur le territoire de la commune de Sidiailles, en dehors du bassin versant de la Joyeuse et, enfin, la décision de rejet de son recours gracieux formé contre ces deux arrêtés.

Par un jugement n° 22200651 du 6 juin 2024, le tribunal administratif d’Orléans a annulé les arrêtés de la préfète coordonnatrice de bassin Loire-Bretagne nos 21.230 et 21.231 du 30 août 2021 désignant les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d’origine agricole et délimitant ces zones, en tant qu’ils concernent les communes en intersection avec les bassins versants alimentant la masse d’eau de la Joyeuse (FRGR0339), ainsi que la décision implicite par laquelle le préfet coordonnateur de bassin a rejeté le recours gracieux formé par la commune de Sidiailles le 25 octobre 2021, dans la même mesure.

Procédure devant la cour :

Par une requête et des mémoires, enregistrés les 12 août 2024, 15 octobre 2024 et 14 novembre 2025, la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature demande à la cour :

1°) d’annuler ce jugement ;

2°) et de rejeter la demande de première instance de la commune de Sidiailles dans toutes ses conclusions.

Elle soutient que :

- le jugement est insuffisamment motivé ;

- le tribunal administratif ne pouvait se borner à prendre en compte les dispositions de l’arrêté ministériel du 5 mars 2015 pour s’assurer de la transposition de l’article 6 de la directive Nitrates, cette transposition étant également assurée par l’arrêté ministériel du 25 janvier 2010 établissant le programme de surveillance de l’état des eaux en application de l’article R. 212-22 du code de l’environnement ;

- l’arrêté ministériel du 5 mars 2015 précisant les critères et méthodes d’évaluation de la teneur en nitrates des eaux et de caractérisation de l’enrichissement de l’eau en composés azotés susceptibles de provoquer une eutrophisation et les modalités de désignation et de délimitation des zones vulnérables définies aux articles R. 211-75, R. 211-76 et R. 211-77 du code de l’environnement est compatible avec les dispositions de l’article 6 de la directive Nitrates dès lors que :

- les règles qu’il prévoit favorisent la désignation des zones vulnérables à la pollution aux nitrates, en dépit de la circonstance que dans le cas des eaux superficielles il n’impose pas la réalisation d’un prélèvement par an ;

- indépendamment des résultats obtenus lors de la campagne de prélèvements, le préfet coordonnateur de bassin peut désigner une zone dans un objectif de cohérence et d’efficacité de la mise en œuvre des programmes d’action ;

- la désignation des zones vulnérables est effectuée sous le contrôle du juge administratif qui apprécie le caractère significatif et représentatif des résultats des prélèvements ;

- l’article 6 de la directive Nitrates laisse une marge de manœuvre aux Etats membres dans la détermination de leur méthodologie de désignation des zones vulnérables aux nitrates ;

- en prévoyant douze prélèvements par an pour les eaux superficielles, l’article 6 de cette directive n’a pas pour objet et ne saurait avoir pour effet d’interdire aux Etats membres, en l’absence de ces douze prélèvements, de désigner des territoires en tant que zones vulnérables et, par conséquent, de prévoir pour ceux-ci la mise en œuvre de programmes d’action ;

- la Commission européenne n’a jamais signalé de manquement par la France à son obligation de transposition de l’article 6 de la directive Nitrates, s’agissant de la méthodologie d’évaluation de la teneur en nitrates des eaux prévue par l’arrêté du 5 mars 2015.

Par des mémoires en défense enregistrés les 3 octobre et 24 novembre 2025, la commune de Sidiailles, représentée par M^e Monamy, conclut au rejet de la requête et à ce que soit mise à la charge de l’Etat une somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle fait valoir que la requête est irrecevable et, à titre subsidiaire, que les moyens de la ministre de la transition écologique ne sont pas fondés.

La clôture de l’instruction est intervenue le 9 décembre 2025.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

- la directive 91/676/CEE du Conseil du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles ;

- le code de l’environnement ;

- le décret n° 2015-126 du 5 février 2015 relatif à la désignation et à la délimitation des zones vulnérables en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole ;

- l’arrêté de la ministre de l’écologie, du développement durable et de l’énergie du 5 mars 2015 précisant les critères et méthodes d’évaluation de la teneur en nitrates des eaux et de caractérisation de l’enrichissement de l’eau en composés azotés susceptibles de provoquer une eutrophisation et les modalités de désignation et de délimitation des zones vulnérables définies aux articles R. 211-75, R. 211-76 et R. 211-77 du code de l’environnement ;

- le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Ont été entendus au cours de l’audience publique :

- le rapport de M^me Aventino,

- les conclusions de M. Frémont, rapporteur public,

- et les observations de M^e Monamy représentant la commune de Sidiailles.

Une note en délibéré, présentée pour la commune de Sidiailles, a été enregistrée le 3 février 2026.

Considérant ce qui suit :

1. La préfète de région coordonnatrice du bassin Loire-Bretagne a, par deux arrêtés du 30 août 2021, désigné les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d’origine agricole dans ce bassin et délimité ces zones. La ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature fait appel du jugement du 6 juin 2024 par lequel le tribunal administratif d’Orléans a annulé ces arrêtés en tant qu’ils concernent les communes en intersection avec les bassins versants alimentant la masse d’eau de la Joyeuse (FRGR0339), ainsi que la décision implicite de rejet du recours gracieux de la commune de Sidiailles.

Sur la fin de non-recevoir opposée en défense :

2. Aux termes de l’article R. 411-1 du code de justice administrative : « La juridiction est saisie par requête (…). Elle contient l’exposé des faits et moyens ainsi que l’énoncé des conclusions soumises au juge / L’auteur d’une requête ne contenant l’exposé d’aucun moyen ne peut la régulariser par le dépôt d’un mémoire exposant un ou plusieurs moyens que jusqu’à l’expiration du délai de recours ».

3. Dans sa requête sommaire d’appel, enregistrée le 12 août 2024, la ministre chargée de l’écologie, après avoir rappelé les faits et la procédure et indiqué qu’un mémoire ampliatif développerait les moyens présentés, soutient que le jugement du tribunal administratif d’Orléans est insuffisamment motivé et que c’est à tort que les premiers juges ont retenu l’incompatibilité de l’arrêté du 5 mars 2015 avec la directive 91/676/CEE du 12 décembre 1991 dite « directive nitrate » pour prononcer l’annulation des arrêtés contestés concernant la commune de Sidiailles, dès lors que le Conseil d’Etat s’est déjà prononcé sur la conformité de cet arrêté au regard de la directive nitrate. Ainsi, cette requête sommaire, présentée par la ministre dans le délai d’appel, comprend l’énoncé de faits et de moyens précis et est suffisamment motivée. Par suite, la fin de non-recevoir opposée sur ce point par la commune de Sidiailles doit être écartée.

Sur la régularité du jugement attaqué :

4. Aux termes de l’article L. 9 du code de justice administrative : « Les jugements sont motivés ». Si la ministre en charge de l’écologie soutient que le tribunal administratif a insuffisamment motivé son jugement, ce moyen n’est pas assorti des précisions suffisantes pour en apprécier la pertinence.

Sur la légalité des arrêtés du 30 août 2021 ainsi que de la décision de rejet du recours gracieux :

En ce qui concerne le moyen d’annulation retenu par les premiers juges :

5. D’une part, la directive 91/676/CEE du 12 décembre 1991 (directive nitrate) vise à réduire la pollution des eaux provoquée ou induite par les nitrates à partir de sources agricoles et à prévenir toute nouvelle pollution de ce type. Elle prévoit, pour les besoins des objectifs ainsi fixés, à son article 3, que dans un délai de deux ans à compter de la notification de la présente directive, les États membres désignent comme zones vulnérables toutes les zones connues sur leur territoire qui alimentent les eaux atteintes par la pollution ou susceptibles de l’être et qui contribuent à la pollution. Cette liste est révisée au minimum tous les quatre ans. Son article 6 précise que : « 1. Aux fins de désigner les zones vulnérables et de réviser la liste établie, les États membres : a) dans un délai de deux ans à compter de la notification de la présente directive, surveillent pendant une période d’un an la concentration de nitrates dans les eaux douces : i) au niveau des stations de prélèvement des eaux superficielles prévues à l’article 5 paragraphe 4 de la directive 75/440/CEE et/ou d’autres stations de prélèvement représentatives des eaux superficielles des États membres, au moins une fois par mois et plus fréquemment durant les périodes de crues ; ii) au niveau des stations de prélèvement représentatives des nappes phréatiques des États membres, à intervalles réguliers, compte tenu des dispositions de la directive 80/778/CEE; / b) reprennent le programme de surveillance décrit au point a) tous les quatre ans au moins, sauf dans le cas des stations de prélèvement où la concentration de nitrates de tous les échantillons précédents s’est révélée inférieure à 25 milligrammes par litre et où aucun facteur nouveau susceptible d’accroître la teneur en nitrates n’a été constaté; en ce cas, le programme de surveillance ne doit être mis en œuvre que tous les huit ans; (…) 2. Les méthodes de mesure de référence définies à l’annexe IV sont utilisées. ».

6. D’autre part, aux termes de l’article L. 211-2 du code de l’environnement : « I. – Les règles générales de préservation de la qualité et de répartition des eaux superficielles, souterraines et des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales sont déterminées par décret en Conseil d’Etat. / II. – Elles fixent : / 1° Les normes de qualité et les mesures nécessaires à la restauration et à la préservation de cette qualité, en fonction des différents usages de l’eau et de leur cumul (…) ». L’article 1er du décret du 5 février 2015 relatif à la désignation et à la délimitation des zones vulnérables en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole, pris sur le fondement de ces dispositions, modifie les articles R. 211-75 à R 211-77 du code de l’environnement, qui transposent sur ce point la directive 91/676/CEE du Conseil du 12 décembre 1991. Aux termes de l’article R. 211-76 du code de l’environnement : « I. – Sont considérées comme atteintes par la pollution par les nitrates : / 1° Les eaux souterraines et les eaux douces superficielles, notamment celles servant ou destinées aux captages d’eau pour la consommation humaine, dont la teneur en nitrate est supérieure à 50 milligrammes par litre ; / 2° Les eaux des estuaires, les eaux côtières et marines et les eaux douces superficielles qui subissent une eutrophisation à laquelle l’enrichissement de l’eau en composés azotés provenant de sources agricoles contribue. / II. – Sont considérées comme susceptibles d’être polluées par les nitrates : / 1° Les eaux souterraines et les eaux douces superficielles, notamment celles servant ou destinées aux captages d’eau pour la consommation humaine, dont la teneur en nitrate est comprise entre 40 et 50 milligrammes par litre et ne montre pas de tendance à la baisse ; / 2° Les eaux des estuaires, les eaux côtières et marines et les eaux douces superficielles susceptibles de subir, si les mesures prévues aux articles R. 211-80 à R. 211-84 ne sont pas prises, une eutrophisation à laquelle l’enrichissement de l’eau en composés azotés provenant de sources agricoles contribue. / III. – L’identification des eaux définies aux I et II est fondée sur un programme de surveillance mis en œuvre sur l’ensemble du territoire et renouvelé tous les quatre ans au moins. (…) ». L’article R. 211-77 de ce code prévoit que « La désignation des zones vulnérables se fonde sur la teneur en nitrate des eaux douces et sur l’état d’eutrophisation des eaux douces superficielles, des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines qui résultent du programme de surveillance prévu par l’article R. 211-76, tout en tenant compte des caractéristiques physiques et environnementales des eaux et des terres, des connaissances scientifiques et techniques ainsi que des résultats des programmes d’action pris en application des articles R. 211-80 à R. 211-84. / Peuvent également être désignées comme zones vulnérables certaines zones qui, sans répondre aux critères définis au premier alinéa, sont considérées comme telles afin de garantir l’efficacité des mesures des programmes d’action mentionnés à l’alinéa précédent ». Les critères et méthodes d’évaluation de la teneur en nitrates des eaux et la caractérisation de l’enrichissement de l’eau en composés azotés susceptibles de provoquer une eutrophisation ont été précisés par un arrêté ministériel du 5 mars 2015, dont l’article 1er prévoit : « La teneur en nitrates retenue pour définir les eaux atteintes par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l’être est déterminée par le percentile 90 des teneurs en nitrates mesurées lors de la dernière campagne annuelle du programme de surveillance. La règle du percentile 90 consiste à prendre en compte la valeur en deçà de laquelle se situent 90 % des mesures réalisées au cours de la campagne annuelle du programme de surveillance. Lorsque dix mesures ou moins ont été réalisées au total lors de la campagne, la teneur en nitrates retenue pour définir les eaux atteintes par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l’être est la valeur maximale mesurée parmi toutes les mesures réalisées au cours de la campagne. » et l’article 3 prévoit que : « Les masses d’eau superficielles dont la teneur en nitrates dépasse 18 mg/l en percentile 90 sont considérées comme subissant ou susceptibles de subir une eutrophisation des eaux douces superficielles ; elles contribuent aussi à l’eutrophisation ou à la menace d’eutrophisation des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines. Les communes en intersection avec les bassins versants qui alimentent ces masses d’eaux sont désignées en tant que zone vulnérable. ».

7. Il résulte des dispositions de l’arrêté du 5 mars 2015 qu’il permet, pour la détermination des masses d’eau superficielles subissant ou susceptibles de subir une eutrophisation des eaux douces superficielles, et partant pour le classement des communes en zone vulnérable, la réalisation de dix mesures ou moins lors de la campagne annuelle du programme de surveillance. Cet arrêté est donc incompatible avec l’article 6 de la directive nitrate dont les dispositions, si elles confèrent une large marge d’appréciation aux Etats membres pour définir les critères et la méthode permettant de délimiter les zones vulnérables, imposent néanmoins, aux fins de désigner ces zones, une campagne de surveillance s’agissant des eaux superficielles, dans l’année précédant la désignation ou la révision, par l’intermédiaire de stations de prélèvement représentatives de l’état de ces eaux au moins une fois par mois, soit au minimum douze mesures. Si la ministre chargée de l’écologie soutient que cette campagne annuelle utilise les mesures issues du programme de surveillance de l’état des eaux établi en application des articles L. 212-2-2 et R. 212-22 du code de l’environnement, et que l’arrêté du 25 janvier 2010 établissant le programme de surveillance de l’état des eaux en application de l’article R. 212-22 du code de l’environnement assure également la transposition de la directive nitrate, cet arrêté se contente de préciser, à son article 4, que pour la contribution au programme de surveillance de la teneur des eaux en nitrates d’origine agricole, des contrôles complémentaires à ceux effectués dans ce cadre général peuvent être effectués sur certains sites d’évaluation à des fréquences différentes ou portant sur d’autres paramètres ou d’autres sites d’évaluation.

8. Toutefois, il ne peut être déduit de l’illégalité de l’article 1er de l’arrêté du 5 mars 2015 celle des arrêtés attaqués, intervenus sur ce fondement, qui classent en zone vulnérable et délimitent cette zone en ce qui concerne la commune de Sidiailles, sur la base de seulement sept prélèvements dans les eaux superficielles réalisés au cours de la campagne de surveillance, sans que soit recherché si, en l’espèce, ce classement et cette délimitation répondent ou non aux objectifs de la directive nitrate. Or, il ressort des pièces du dossier que pour constater l’eutrophisation du cours d’eau de La Joyeuse, la préfète s’est également fondée sur les résultats des campagnes de surveillance de celui-ci des dix années précédentes, établis en moyenne par environ neuf mesures par an, qui montrent que la valeur maximale de 18 mg/l fixée à l’article 3 de l’arrêté du 5 mars 2015 est régulièrement et chaque année atteinte ou dépassée alors qu’aucune origine autre qu’agricole de cette pollution n’a pu être identifiée. Dès lors ce classement et cette délimitation, effectués à la suite du constat d’une situation chronique d’eutrophisation, alors qu’en imposant des prélèvements mensuels dans l’année qui précède la détermination des zones vulnérables, les dispositions de l’article 6 de la directive nitrate ont pour objectifs de prendre en compte la variabilité des résultats liée aux caractéristiques des eaux superficielles, et plus généralement d’établir, dans les zones vulnérables qui alimentent les cours d’eau atteints par la pollution ou susceptibles de l’être, un cadre de mesures visant à réduire et à prévenir la pollution directe et indirecte des eaux par les nitrates d’origine agricole, ne méconnaissent pas en l’espèce ces objectifs.

9. Il en résulte que la ministre chargée de l’écologie est fondée à soutenir que c’est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif d’Orléans a annulé les arrêtés du 30 août 2021 de la préfète de région coordonnatrice du bassin Loire-Bretagne en tant qu’ils concernent les communes en intersection avec les bassins versants alimentant la masse d’eau de la Joyeuse (FRGR0339) ainsi que la décision implicite de rejet du recours gracieux de la commune de Sidiailles. Il appartient à la Cour, saisie par l’effet dévolutif de l’appel, d’examiner les autres moyens soulevés par la commune de Sidiailles devant le tribunal administratif.

En ce qui concerne la légalité externe :

10. En premier lieu, aux termes de l’article R. 211-77 du code de l’environnement : « (…) II.- Le préfet coordonnateur de bassin élabore, pour l’application du I, un projet de désignation des zones vulnérables, en concertation avec des organisations professionnelles agricoles, des représentants des usagers de l’eau, des communes et de leurs groupements, des personnes publiques ou privées qui concourent à la distribution de l’eau, des associations agréées de protection de l’environnement intervenant en matière d’eau et des associations de consommateurs. / Le projet est simultanément soumis à la consultation des conseils régionaux et, en Corse, de l’Assemblée de Corse, des chambres régionales de l’agriculture, des agences de l’eau, et de la commission régionale de l’économie agricole et du monde rural intéressés par les désignations et transmis pour avis au comité de bassin. / Les avis sont réputés favorables s’ils n’interviennent pas dans un délai de deux mois à compter de la transmission de la demande d’avis. / En cas d’urgence, le préfet coordonnateur de bassin peut élaborer le projet en concertation avec des personnes et organismes mentionnés au premier alinéa qu’il choisit d’associer et réduire le délai prévu à l’alinéa précédent sans que ce délai puisse être inférieur à deux semaines. ».

11. Il ressort du rapport du bilan de la concertation d’avril 2021 sur la révision 2021 des zones vulnérables à la pollution par les nitrates d’origine agricole, que la phase de concertation préalable à l’édiction des arrêtés attaqués s’est déroulée de mi-octobre 2020 à février 2021, et a été organisée à l’échelle du bassin d’une part, et à l’échelle de la région d’autre part. A l’échelle du bassin, le préfet coordonnateur a tenu une réunion le 8 décembre 2020 en visio-conférence avec un groupe composé des membres de la commission planification du comité de bassin, élargie à 17 autres membres de ce même comité, pour présenter l’avant-projet des zones vulnérables. La présentation du projet a été effectuée lors de la commission agricole de bassin du 1er décembre 2020. Il ressort du compte-rendu daté du 8 janvier 2021 de la réunion de concertation à l’échelle du bassin, qui s’est tenue le 8 décembre 2020, et de l’annexe 1 énumérant les invités et participants, que l’ensemble des personnes devant être associées à la concertation en application du II de l’article R. 211-77 du code de l’environnement étaient bien présentes. Par ailleurs, au niveau régional, la réunion de concertation s’est tenue le 17 novembre 2020 et l’Agence régionale de santé, France Nature Environnement, la chambre d’agriculture de la région ont transmis leurs contributions par différents courriers. Il ressort en outre des pièces du dossier et des termes mêmes des arrêtés litigieux que les avis des conseils régionaux, des chambres régionales de l’agriculture, des agences de l’eau, des commissions régionales de l’économie agricole et du monde rural du Bassin Loire-Bretagne et du comité de bassin Loire-Bretagne ont bien été recueillis. Par suite, le moyen tiré de l’irrégularité de la procédure au regard des dispositions précitées doit être écarté.

12. En deuxième lieu, aux termes de l’article L123-19-1 du code de l’environnement : « I. – Le présent article définit les conditions et limites dans lesquelles le principe de participation du public, prévu à l’article 7 de la Charte de l’environnement, est applicable aux décisions, autres que les décisions individuelles, des autorités publiques ayant une incidence sur l’environnement lorsque celles-ci ne sont pas soumises, par les dispositions législatives qui leur sont applicables, à une procédure particulière organisant la participation du public à leur élaboration. / Les dispositions du présent article ne s’appliquent pas aux décisions qui modifient, prorogent, retirent ou abrogent les décisions mentionnées à l’alinéa précédent soumises à une procédure particulière organisant la participation du public à leur élaboration. / Ne sont pas regardées comme ayant une incidence sur l’environnement les décisions qui ont sur ce dernier un effet indirect ou non significatif. / II.-Sous réserve des dispositions de l’article L. 123-19-6, le projet d’une décision mentionnée au I, accompagné d’une note de présentation précisant notamment le contexte et les objectifs de ce projet, est mis à disposition du public par voie électronique et, sur demande présentée dans des conditions prévues par décret, mis en consultation sur support papier dans les préfectures et les sous-préfectures en ce qui concerne les décisions des autorités de l’Etat, y compris les autorités administratives indépendantes, et des établissements publics de l’Etat, ou au siège de l’autorité en ce qui concerne les décisions des autres autorités. Lorsque le volume ou les caractéristiques du projet de décision ne permettent pas sa mise à disposition par voie électronique, la note de présentation précise les lieux et horaires où l’intégralité du projet peut être consultée. / (…) Le projet de décision ne peut être définitivement adopté avant l’expiration d’un délai permettant la prise en considération des observations et propositions déposées par le public et la rédaction d’une synthèse de ces observations et propositions. Sauf en cas d’absence d’observations et propositions, ce délai ne peut être inférieur à quatre jours à compter de la date de la clôture de la consultation. (…) ».

13. Les arrêtés portant désignation et la délimitation des zones vulnérables ont, au sens des dispositions précitées, une incidence sur l’environnement, et ces arrêtés n’étant pas soumis, par des dispositions leur étant propres, à une participation du public, les dispositions précitées de l’article L. 123-19-1 du code de l’environnement sont utilement invocables.

14. Il ressort de la note de présentation du projet de révision des zones vulnérables à la pollution par les nitrates d’origine agricole mise à disposition du public, qu’elle présentait tant son contexte que ses objectifs, ainsi que la possibilité, en application de l’arrêté ministériel du 5 mars 2015, d’effectuer une délimitation infra communale pour les communes désignées en zone vulnérable à l’échelle du bassin versant de masse d’eau en dépassement de seuil. Cette délimitation apparait ainsi dans les différentes cartes intégrées à ce rapport. Il est en outre précisé, dans le rapport, que la délimitation infra communale est définie à partir des limites des bassins versants en dépassement de seuil et qu’elle sera définitivement réalisée à partir des sections cadastrales intersectées par le bassin versant contaminé. Par ailleurs, les dispositions de l’article L. 123-19-1 précitées n’imposent pas que le bilan de la consultation contienne une réponse précise à chaque observation recueillie. Le courrier adressé par la commune de Sidiailles figure en annexe de cette note, qui synthétise de façon générale les observations de la commune, et d’autres participants, critiquant la méthodologie employée pour le classement. Ainsi la consultation a été conduite selon une procédure régulière au regard des dispositions de l’article L. 123-19-1 du code de l’environnement.

15. En troisième lieu, aux termes de l’article 3 directive 2001/42/CE relative à l’évaluation des incidences de certains plans et programmes sur l’environnement : « Champ d’application – 1. Une évaluation environnementale est effectuée, conformément aux articles 4 à 9, pour les plans et programmes visés aux paragraphes 2, 3 et 4 susceptibles d’avoir des incidences notables sur l’environnement. / 2. Sous réserve du paragraphe 3, une évaluation environnementale est effectuée pour tous les plans et programmes : a) qui sont élaborés pour les secteurs de l’agriculture, de la sylviculture, de la pêche, de l’énergie, de l’industrie, des transports, de la gestion des déchets, de la gestion de l’eau, des télécommunications, du tourisme, de l’aménagement du territoire urbain et rural ou de l’affectation des sols et qui définissent le cadre dans lequel la mise en œuvre des projets énumérés aux annexes I et II de la directive 85/337/CEE pourra être autorisée à l’avenir; ou b) pour lesquels, étant donné les incidences qu’ils sont susceptibles d’avoir sur des sites, une évaluation est requise en vertu des articles 6 et 7 de la directive 92/43/CEE. / 3. Les plans et programmes visés au paragraphe 2 qui déterminent l’utilisation de petites zones au niveau local et des modifications mineures des plans et programmes visés au paragraphe 2 ne sont obligatoirement soumis à une évaluation environnementale que lorsque les États membres établissent qu’ils sont susceptibles d’avoir des incidences notables sur l’environnement. / 4. Pour les plans et programmes, autres que ceux visés au paragraphe 2, qui définissent le cadre dans lequel la mise en œuvre des projets pourra être autorisée à l’avenir, les États membres déterminent s’ils sont susceptibles d’avoir des incidences notables sur l’environnement. (…) ». Aux termes de l’article L. 122-4 du code de l’environnement : « I. – Pour l’application de la présente section, on entend par : 1° « Plans et programmes » : les plans, schémas, programmes et autres documents de planification élaborés ou adoptés par l’Etat, les collectivités territoriales ou leurs groupements et les établissements publics en dépendant, ainsi que leur modification, dès lors qu’ils sont prévus par des dispositions législatives ou réglementaires, y compris ceux cofinancés par l’Union européenne ; (…) II.- Font l’objet d’une évaluation environnementale systématique : 1° Les plans et programmes qui sont élaborés dans les domaines de l’agriculture, de la sylviculture, de la pêche, de l’énergie, de l’industrie, des transports, de la gestion des déchets, de la gestion de l’eau, des télécommunications, du tourisme ou de l’aménagement du territoire et qui définissent le cadre dans lequel les projets mentionnés à l’article L. 122-1 pourront être autorisés ; (…) ». Aux termes de l’article R. 122-17 de ce code : « I. – Les plans et programmes devant faire l’objet d’une évaluation environnementale sont énumérés ci-dessous : (…) 23° Programme d’actions national pour la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole prévu par le IV de l’article R. 211-80 du code de l’environnement ; / 24° Programme d’actions régional pour la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole prévu par le IV de l’article R. 211-80 du code de l’environnement ; (…) ».

16. Les arrêtés en litige, qui ne portent pas sur des plans et des programmes, n’entrent pas dans le champ des dispositions de l’article R. 122-17 du code de l’environnement, pas plus qu’ils n’entrent dans le champ de l’article L. 122-4 et de l’article 3 de la directive. Le moyen tiré de ce qu’ils auraient dû être précédés d’une évaluation environnementale ne peut dès lors qu’être écarté, de même que celui tiré de l’exception d’illégalité de l’article R. 122-17 du code de l’environnement.

En ce qui concerne la légalité interne :

17. Aux termes de l’article 1er de l’arrêté du 5 mars 2015, pris par le ministre chargé de l’écologie sur le fondement du V de l’article R. 211-77 du code de l’environnement et précisant les critères et méthodes d’évaluation de la teneur en nitrates des eaux et de caractérisation de l’enrichissement de l’eau en composés azotés susceptibles de provoquer une eutrophisation et les modalités de désignation et de délimitation des zones vulnérables définies aux articles R. 211-75, R. 211-76 et R. 211-77 de ce code : « La teneur en nitrates retenue pour définir les eaux atteintes par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l’être est déterminée par le percentile 90 des teneurs en nitrates mesurées lors de la dernière campagne annuelle du programme de surveillance. La règle du percentile 90 consiste à prendre en compte la valeur en deçà de laquelle se situent 90 % des mesures réalisées au cours de la campagne annuelle du programme de surveillance. Lorsque dix mesures ou moins ont été réalisées au total lors de la campagne, la teneur en nitrates retenue pour définir les eaux atteintes par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l’être est la valeur maximale mesurée parmi toutes les mesures réalisées au cours de la campagne. ». Aux termes de l’article 3 de cet arrêté : « Les masses d’eau superficielles dont la teneur en nitrates dépasse 18 mg/l en percentile 90 sont considérées comme subissant ou susceptibles de subir une eutrophisation des eaux douces superficielles ; elles contribuent aussi à l’eutrophisation ou à la menace d’eutrophisation des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines. Les communes en intersection avec les bassins versants qui alimentent ces masses d’eaux sont désignées en tant que zone vulnérable. ».

18. D’une part, il ressort des pièces du dossier que l’analyse des sept résultats de prélèvements de la masse de la Joyeuse, eau superficielle, réalisés au cours des mois d’octobre, novembre et décembre 2018, puis en février, avril et juin 2019, depuis la station n°04067283 située sur le territoire de la commune de Préveranges, montrent des teneurs en nitrates en octobre 2018 et en février 2019 de 21 mg/L dépassant le maximum de 18 mg/L fixé à l’article 3 de l’arrêté du 5 mars 2015. En se bornant à faire état de ce que ces mesures sont aberrantes dès lors qu’elles présentent des résultats strictement et parallèlement identiques, la commune de Sidiailles n’établit pas leur caractère erroné alors qu’elles ont été réalisées par un organisme agréé. En outre, ainsi qu’il est mentionné au point 8 de l’arrêt, ces résultats sont corroborés par ceux des campagnes générales de surveillance de ce cours d’eau des dix années précédentes, établis en moyenne par environ neuf mesures par an, qui montrent que cette valeur maximale est régulièrement et chaque année atteinte ou dépassée. La circonstance que les données ainsi recueillies sont supérieures à celles des données du point d’analyse du captage d’eau de Sidiailles, n’est pas davantage de nature à établir une incohérence dans les résultats des données alors que ces prélèvements n’ont pas été effectués sur la même station de prélèvement et que la station située à Préveranges est également représentative de la qualité de la masse d’eau La Joyeuse. A cet égard, la représentativité de la station à l’échelle d’une masse d’eau ne saurait être justifiée par sa localisation sur le territoire de la commune mais est au contraire déterminée comme « site d’évaluation » au regard des critères précisés par l’arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d’évaluation de l’état écologique, de l’état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface pris en application des articles R. 212-10, R. 212-11 et R. 212-18 du code de l’environnement par le ministre de la transition écologique et solidaire et modifié par arrêté du 27 juillet 2018. L’annexe 10 de cet arrêté précise au demeurant les règles de prise en compte de plusieurs sites d’évaluation au sein d’une masse d’eau en indiquant que pour l’évaluation de l’état chimique de masses d’eau disposant de plusieurs sites d’évaluation, l’état chimique de la masse d’eau correspond à l’état chimique de ces stations lorsqu’ils coïncident, sinon à l’état chimique de la station la plus déclassante.

19. La commune se prévaut également de la présence de la station d’épuration à proximité de cette station de prélèvement et de la pression liée aux macro polluants organiques ainsi que de la circonstance que la typologie des terres du bassin versant est composée majoritairement de prairies. Toutefois, la cour de justice de l’Union européenne dans son arrêt C-293/97 du 29 juillet 1999 a interprété les dispositions de la directive nitrate comme prévoyant que le classement en zone vulnérable doit concerner les terres qui alimentent des eaux menacées ou atteintes par la pollution au nitrate, lorsque le rejet de composés azotés de source agricole contribue de manière significative à cette menace ou à cette pollution par les nitrates. Ainsi, à la supposer établie, la circonstance que la pollution relevée ne soit pas exclusivement d’origine agricole et alors qu’il n’est pas contesté que près de la moitié des terres du bassin versant est constituée de terres cultivées, n’est pas de nature à caractériser une erreur manifeste du classement en zone vulnérable de la masse d’eau FRGR0339 « La Joyeuse et ses affluents depuis la source jusqu’à la retenue de Sidiailles ».

20. D’autre part, en intégrant dans la délimitation de ce zonage les sections cadastrales AL et BD, aux motifs qu’elles recoupent sur au moins 10% de leur surface, une masse d’eau superficielle classée, la préfète n’a pas davantage commis d’erreur manifeste d’appréciation.

21. Il résulte de ce qui précède, sans qu’il soit besoin de se prononcer sur la recevabilité de la demande de première instance, que la ministre chargée de l’écologie est fondée à soutenir que c’est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif d’Orléans a fait droit à la demande de la commune de Sidiailles en annulant les arrêtés de la préfète coordonnatrice de bassin Loire-Bretagne n°21.230 et n°21.231 du 30 août 2021 désignant les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d’origine agricole et délimitant ces zones en tant qu’ils concernent les communes en intersection avec les bassins versants alimentant la masse d’eau de la Joyeuse (FRGR0339), ainsi que la décision implicite par laquelle le préfet coordonnateur de bassin a rejeté le recours gracieux formé le 25 octobre 2021, dans la même mesure.

Sur les frais liés au litige :

22. Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce qu’une somme soit mise à la charge de l’Etat, qui n’est pas la partie perdante dans la présente instance.

D É C I D E :

Article 1er : Le jugement n° 2200651 du 6 juin 2024 du tribunal administratif d’Orléans est annulé.

Article 2 : La demande de première instance de la commune de Sidiailles est rejetée, ainsi que le surplus des conclusions d’appel des parties.

Article 3 : Le présent arrêt sera notifié à la commune de Sidiailles et à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature.

Une copie sera adressée au préfet coordonnateur du bassin Loire-Bretagne.

Délibéré après l’audience du 29 janvier 2026, à laquelle siégeaient :

M. A…, premier vice-président de la cour, président de chambre,

M^me Mornet, présidente-assesseure,

M^me Aventino, première conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe le 26 février 2026.

La rapporteure,

B. AventinoLe président,

B. A…

La greffière,

I. Szymanski

La République mande et ordonne à la ministre la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature, en ce qui la concerne, ou à tous commissaires de justice à ce requis, en ce qui concerne les voies de droit commun, contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision.