Vu la procédure suivante :

Procédure initiale devant la cour

I. Par une requête et des mémoires enregistrés les 8 février, 29 septembre et 24 novembre 2021 sous le n° 21LY00407, le dernier d’entre eux n’ayant pas été communiqué, l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, représentée par M^e Monamy demande à la cour :

1°) d’annuler la décision du 7 décembre 2020 par laquelle le préfet de la Côte-d’Or a implicitement refusé de mettre la société Parc éolien des Sources du Mistral en demeure de déposer une demande de dérogation à la protection des espèces protégées au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement ;

2°) d’enjoindre à la société Parc éolien des Sources du Mistral de déposer, dans un délai à définir, une demande de dérogation ;

3 ) à titre conservatoire, dans l’attente de la délivrance de la dérogation de prescrire l’arrêt complet des éoliennes entre une heure après le lever du soleil et jusqu’à une heure avant son coucher, du 1er février au 31 mai et du 1er septembre au 30 novembre pour assurer la préservation du Milan royal et des autres espèces d’oiseaux protégées, tel que prescrit à titre subsidiaire par l’arrêté du 18 août 2020, ainsi que l’arrêt complet des éoliennes chaque nuit de mai à octobre inclus ou, à défaut, de renvoyer au préfet le soin de fixer ces prescriptions ;

4°) de mettre à la charge de l’État une somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que la décision contestée méconnaît les articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement en ce qui concerne le Milan royal et les chiroptères.

Par des mémoires enregistrés les 21 juillet, 29 septembre et 13 décembre 2021, le dernier d’entre eux n’ayant pas été communiqué, la société Parc éolien des Sources du Mistral conclut au rejet de la requête et demande de mettre à la charge de l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne une somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient qu’aucun moyen de la requête n’est fondé.

Par un mémoire enregistré le 30 septembre 2021, la ministre de la transition écologique conclut au rejet de la requête.

Elle soutient qu’aucun moyen de la requête n’est fondé.

II. Par une requête et des mémoires enregistrés les 7 janvier, 13 avril et 28 juin 2022, sous le n° 22LY00073, le dernier d’entre eux n’ayant pas été communiqué, l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et la fédération environnement durable, représentées par M^e Monamy, demandent à la cour :

1°) d’annuler l’arrêté du 6 septembre 2021 par lequel le préfet de la Côte-d’Or a fixé des prescriptions complémentaires pour l’exploitation du parc éolien exploité par la société Parc éolien des Sources du Mistral ;

2°) d’enjoindre à la société Parc éolien des Sources du Mistral de déposer, dans un délai à définir, une demande de dérogation à la protection des espèces protégées au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement ;

3°) de prescrire l’arrêt complet des éoliennes entre une demi-heure avant le coucher du soleil et jusqu’à une demi-heure après son lever, lorsque la vitesse de vent est inférieure ou égale à 10 m/s, du 15 mars au 15 novembre, pour assurer la préservation des chiroptères ainsi que la compensation des destructions de chauves-souris passées et à venir occasionnées par le parc éolien des sources du mistral ;

4°) de mettre à la charge de l’État une somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elles soutiennent que :

– l’arrêté de prescriptions complémentaires méconnaît les articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement, l’arrêté contesté n’ayant pas été précédé de la délivrance d’une dérogation à la protection des espèces protégées de chauve-souris ;

– il ne respecte pas les articles L. 110-1, L. 122-1-1 et L. 511-1 du code de l’environnement, aucune mesure de compensation n’étant prévue alors que les prescriptions mises en œuvre par l’arrêté contesté ne permettent pas d’éviter de nouvelles destructions de chiroptères ;

– il y a violation de l’article L. 511-1 du code de l’environnement en ce que cet arrêté ne permet pas d’empêcher la destruction de trop nombreux chiroptères.

Par des mémoires enregistrés les 11 mars, 14 avril et 17 juin 2022, le dernier d’entre eux n’ayant pas été communiqué, la société Parc éolien des Sources du Mistral, représentée par M^e Gandet, conclut au rejet de la requête et demande de mettre à la charge de l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et autre une somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que :

– la requête est irrecevable ;

– aucun moyen de la requête n’est fondé ;

– le cas échéant la cour devra surseoir à statuer en application des dispositions de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, dans l’attente d’une régularisation de l’arrêté.

Par un mémoire enregistré le 14 avril 2022, la ministre de la transition écologique conclut au rejet de la requête.

Elle soutient qu’aucun moyen de la requête n’est fondé.

Par un arrêt n° 21LY00407, 22LY00073 du 15 décembre 2022, la cour a rejeté ces demandes.

Procédure devant le Conseil d’État

Par une décision n° 471372 du 6 novembre 2024, le Conseil d’Etat statuant au contentieux, a annulé l’arrêt de la cour administrative d’appel de Lyon et a renvoyé l’affaire devant la même cour.

Procédure devant la cour après renvoi du Conseil d’État

Par trois mémoires, enregistrés les 4 avril, 6 et 20 mai 2025, ce dernier mémoire n’ayant pas été communiqué, l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et la fédération environnement durable, représentées par M^e Monamy, demandent à la cour :

1°) d’annuler la décision du 7 décembre 2020 ainsi que l’arrêté du 6 septembre 2021 du préfet de la Côte-d’Or susmentionnés ;

2°) d’enjoindre à la société Parc éolien des Sources du Mistral de déposer, dans un délai à définir, une demande de dérogation à la protection des espèces protégées au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement ;

3°) de prescrire, dans l’attente de l’obtention de ladite dérogation, l’arrêt complet du parc éolien ou, à tout le moins, l’arrêt complet des éoliennes entre une demi-heure avant le lever du soleil jusqu’à une demi-heure après son coucher tous les jours de l’année pour assurer la préservation du milan royal et des autres espèces d’oiseaux protégés, l’arrêt complet des éoliennes entre une demi-heure avant le coucher du soleil et jusqu’à une demi-heure après son lever, du 15 mars au 15 novembre, pour assurer la préservation des chiroptères ;

4°) de mettre à la charge de l’État et de la société Parc éolien des Sources du mistral une somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative

Elles maintiennent les moyens précédemment soulevés.

Par un mémoire enregistré le 18 avril 2025, le préfet de la Côte-d’Or conclut au rejet des requêtes.

Il fait valoir que les moyens soulevés ne sont pas fondés et le cas échéant la cour devra surseoir à statuer en application des dispositions de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, dans l’attente d’une régularisation de l’arrêté.

Par deux mémoires enregistrés les 6 et 19 mai 2025, ce dernier mémoire n’ayant pas été communiqué, la société Parc éolien des Sources du Mistral, représentée par M^e Deldique, conclut au rejet des requêtes et demande à la cour de mettre à la charge des associations requérantes une somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Elle soutient que les moyens soulevés ne sont pas fondés et que, le cas échéant, la cour devra surseoir à statuer en application des dispositions de l’article L. 181-18 du code de l’environnement, dans l’attente d’une régularisation de l’arrêté dans un délai d’au moins 18 mois.

Une ordonnance du 7 mai 2025 a fixé la clôture de l’instruction en dernier lieu au 21 mai 2025.

Les parties ont été invitées le 18 septembre 2025 à présenter des observations sur la possibilité pour la cour de surseoir à statuer sur le fondement de l’article L. 181-18 du code de l’environnement afin de permettre la régularisation du vice susceptible d’être retenu tiré de l’absence de demande de dérogation au titre des espèces protégées prévue au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

Par un mémoire enregistré le 28 septembre 2025, la société Parc éolien des Sources du Mistral a produit des observations en réponse à ce courrier qui ont été communiquées.

Par un mémoire enregistré le 1er octobre 2025, le préfet de la Côte-d’Or a produit des observations en réponse à ce courrier qui ont été communiquées.

Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

– le code de l’environnement ;

– l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

– l’arrêté du 29 octobre 2009 du ministre d’Etat, ministre de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer, en charge des technologies vertes et des négociations sur le climat, et du ministre de l’alimentation, de l’agriculture et de la pêche fixant la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ;

– le code de justice administrative.

Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience.

Après avoir entendu au cours de l’audience publique :

– le rapport de M^me Vanessa Rémy-Néris, première conseillère,

– les conclusions de M^me Bénédicte Lordonné, rapporteure publique,

– et les observations de M^e Gargam pour l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et la fédération environnement durable ainsi que celles de M^e Giorno, pour la société Parc éolien des Sources du Mistral.

Une note en délibéré, présentée pour la société Parc éolien des Sources du Mistral, a été enregistrée le 13 octobre 2025.

Une note en délibéré, présentée pour l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et la fédération environnement durable, a été enregistrée le 17 octobre 2025.

Considérant ce qui suit :

Par plusieurs arrêtés du 7 juin 2013, le préfet de la Côte-d’Or a délivré à la société Parc éolien des Sources du Mistral les permis de construire et l’autorisation d’exploiter un parc de neuf éoliennes sur le territoire des communes de Sacquenay et Chazeuil, qui a été mis en service en juin 2019. A la suite d’un rapport de suivi environnemental transmis en mai 2020 à la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) Bourgogne, faisant état de cas de mortalité de chiroptères et d’oiseaux protégés, notamment de trois milans royaux au pied des éoliennes E2, E7 et E9, le préfet de la Côte-d’Or a, par un arrêté du 18 août 2020, fixé des prescriptions complémentaires destinées à prévenir les collisions mortelles entre les milans royaux et ce parc éolien. Le 7 décembre 2020, le préfet de la Côte-d’Or a implicitement rejeté la demande que lui avaient adressée l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne (ADPPVV) et autres, tendant à ce qu’il mette la société Parc éolien des Sources du Mistral en demeure de présenter une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, notamment en ce qui concerne les milans royaux. Par un arrêté du 6 septembre 2021, le préfet de la Côte-d’Or a imposé à cette société des prescriptions complémentaires destinées à prévenir les collisions mortelles entre les chiroptères protégés et ce parc éolien. Par un arrêt du 15 décembre 2022, la cour administrative d’appel de Lyon a rejeté les requêtes de l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et autres tendant à l’annulation de la décision implicite du 7 décembre 2020 et de l’arrêté du 6 septembre 2021. Par une décision du 6 novembre 2024, le Conseil d’Etat a annulé cet arrêt et renvoyé l’affaire devant la Cour.

Sur la recevabilité de la demande de première instance n°22LY00073 :

D’une part, aux termes de l’article L. 142-1 du code de l’environnement : « Toute association ayant pour objet la protection de la nature et de l’environnement peut engager des instances devant les juridictions administratives pour tout grief se rapportant à celle-ci. ». D’autre part, aux termes de l’article R. 181-52 du code de l’environnement : « Les tiers intéressés peuvent déposer une réclamation auprès du préfet, à compter de la mise en service du projet autorisé, aux seules fins de contester l’insuffisance ou l’inadaptation des prescriptions définies dans l’autorisation, en raison des inconvénients ou des dangers que le projet autorisé présente pour le respect des intérêts mentionnés à l’article L. 181-3. / Le préfet dispose d’un délai de deux mois, à compter de la réception de la réclamation, pour y répondre de manière motivée. A défaut, la réponse est réputée négative. / S’il estime la réclamation fondée, le préfet fixe des prescriptions complémentaires dans les formes prévues à l’article R. 181-45. »

Il résulte de l’article 2 des statuts de l’ADPPVV, que celle-ci a pour objet sur le territoire de plusieurs communes, notamment de Sacquenay et Chazeuil, « la défense de l’environnement et du patrimoine culturel de la Vallée de la Vingeanne en la protégeant de projets qui auraient un impact sur l’environnement, sur le paysage, sur le bâti de caractère ou sur la qualité de la vie. » Compte tenu de l’objet de l’arrêté en litige qui consiste à fixer des prescriptions complémentaires s’agissant du fonctionnement du parc éolien des Sources du Mistral dont le fonctionnement a occasionné la mort de chiroptères et d’oiseaux protégés, notamment de trois milans royaux au pied des éoliennes E2, E7 et E9, cet objet lui confère un intérêt à agir contre l’arrêté du 6 septembre 2021 du préfet de la Côte-d’Or. En outre, contrairement à ce que fait valoir le pétitionnaire, les dispositions de l’article R. 181-52 précitées n’ont pas pour objet d’instituer un recours préalable obligatoire et ne sauraient interdire aux associations requérantes de contester directement un arrêté fixant des prescriptions complémentaires en celui en litige. Par suite, sans qu’il soit besoin de se prononcer sur l’intérêt à agir de l’autre association requérante, la demande présentée en première instance par l’ADPPVV sous le n°22LY00073 est recevable et les fins de non-recevoir opposées en première instance par le pétitionnaire ne peuvent être accueillies.

Sur les conclusions à fin d’annulation :

D’une part, aux termes de l’article L. 171-7 du code de l’environnement dans sa rédaction applicable : « I. Indépendamment des poursuites pénales qui peuvent être exercées, lorsque des installations ou ouvrages sont exploités, des objets et dispositifs sont utilisés ou des travaux, opérations, activités ou aménagements sont réalisés sans avoir fait l’objet de l’autorisation, de l’enregistrement, de l’agrément, de l’homologation, de la certification ou de la déclaration requis en application du présent code, ou sans avoir tenu compte d’une opposition à déclaration, l’autorité administrative compétente met l’intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu’elle détermine, et qui ne peut excéder une durée d’un an. (…) ».

D’autre part, aux termes de l’article L. 411-1 du code de l’environnement : « I. – Lorsqu’un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l’écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d’intérêt géologique, d’habitats naturels, d’espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits: / 1° La destruction ou l’enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d’animaux de ces espèces ou, qu’ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ; (…) / 3° La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces (…) ». Aux termes de l’article L. 411-2 du même code : « I. – Un décret en Conseil d’Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : (…) / 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l’article L. 411-1, à condition qu’il n’existe pas d’autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l’autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : a) Dans l’intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels ; / b) Pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l’élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d’autres formes de propriété ; / c) Dans l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ; / d) A des fins de recherche et d’éducation, de repeuplement et de réintroduction de ces espèces et pour des opérations de reproduction nécessaires à ces fins, y compris la propagation artificielle des plantes ; / e) Pour permettre, dans des conditions strictement contrôlées, d’une manière sélective et dans une mesure limitée, la prise ou la détention d’un nombre limité et spécifié de certains spécimens (…) ». Enfin, l’alinéa 1 de l’article L. 411-2-1 du code de l’environnement, dans sa version issue de la loi du 30 avril 2025 portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne en matière économique, financière, environnementale, énergétique, de transport, de santé et de circulation des personnes dispose : « La dérogation mentionnée au 4° du I de l’article L. 411-2 n’est pas requise lorsqu’un projet comporte des mesures d’évitement et de réduction présentant des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque de destruction ou de perturbation des espèces mentionnées à l’article L. 411-1 au point que ce risque apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé et lorsque ce projet intègre un dispositif de suivi permettant d’évaluer l’efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire pour garantir l’absence d’incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées. ».

Aux termes de l’article R. 411-6 du même code : « Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 sont accordées par le préfet, sauf dans les cas prévus aux articles R. 411-7 et R. 411-8. / Le silence gardé pendant plus de quatre mois par l’autorité administrative sur une demande de dérogation vaut décision de rejet. / Toutefois, lorsque la dérogation est sollicitée pour un projet entrant dans le champ d’application de l’article L. 181-1, l’autorisation environnementale prévue par cet article tient lieu de la dérogation définie par le 4° de l’article L. 411-2. La demande est alors instruite et délivrée dans les conditions prévues par le chapitre unique du titre VIII du livre Ier pour l’autorisation environnementale et les dispositions de la présente sous-section ne sont pas applicables ». Aux termes de l’article R. 411-11 du même code : « Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 précisent les conditions d’exécution de l’opération concernée. Elles peuvent être subordonnées à la tenue d’un registre (…) ». Aux termes de l’article R. 411-12 du même code : « Les dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 peuvent être suspendues ou révoquées, le bénéficiaire entendu, si les conditions fixées ne sont pas respectées ». Aux termes de l’article 2 de l’arrêté du 19 février 2007 du ministre de l’agriculture et de la pêche et de la ministre de l’écologie et du développement durable fixant les conditions de demande et d’instruction des dérogations définies au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement portant sur des espèces de faune et de flore sauvages protégées : « La demande de dérogation (…) comprend : (…) La description, en fonction de la nature de l’opération projetée : (…) s’il y a lieu, des mesures d’atténuation ou de compensation mises en œuvre, ayant des conséquences bénéfiques pour les espèces concernées (…) ». Aux termes de l’article 4 de cet arrêté, la décision précise, en cas d’octroi d’une dérogation, « la motivation de celle-ci et, en tant que de besoin, en fonction de la nature de l’opération projetée, les conditions de celles-ci, notamment : (…) nombre et sexe des spécimens sur lesquels porte la dérogation » et « s’il y a lieu, mesures de réduction ou de compensation mises en œuvre, ayant des conséquences bénéfiques pour les espèces concernées ainsi qu’un délai pour la transmission à l’autorité décisionnaire du bilan de leur mise en œuvre ». Les arrêtés du 23 avril 2007 et du 29 octobre 2009 des ministres chargés de l’agriculture et de l’environnement fixent, respectivement, la liste des mammifères terrestres et des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection.

Il résulte de ces dispositions que la destruction ou la perturbation des espèces animales concernées, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites. Toutefois, l’autorité administrative peut déroger à ces interdictions dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives tenant d’une part, à l’absence de solution alternative satisfaisante, d’autre part, à la condition de ne pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et, enfin, à la justification de la dérogation par l’un des cinq motifs limitativement énumérés et parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d’intérêt public majeur.

Le système de protection des espèces résultant des dispositions citées ci-dessus, qui concerne les espèces de mammifères terrestres et d’oiseaux figurant sur les listes fixées par les arrêtés du 23 avril 2007 et du 29 octobre 2009, impose d’examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l’applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l’état de conservation des espèces protégées présentes.

Le pétitionnaire doit obtenir une dérogation « espèces protégées » si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. A ce titre, les mesures d’évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire doivent être prises en compte. Dans l’hypothèse où les mesures d’évitement et de réduction proposées présentent, sous le contrôle de l’administration, des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé, il n’est pas nécessaire de solliciter une dérogation « espèces protégées ».

Les dispositions des articles L. 181-2, L. 181-3, L. 181-12, L. 411-2, L. 411-2-1 et R. 411-6 du code de l’environnement imposent, à tout moment, la délivrance d’une dérogation à la destruction ou à la perturbation d’espèces protégées dès lors que l’activité, l’installation, l’ouvrage ou les travaux faisant l’objet d’une autorisation environnementale ou d’une autorisation en tenant lieu comportent un risque suffisamment caractérisé pour ces espèces, peu important la circonstance que l’autorisation présente un caractère définitif ou que le risque en cause ne résulte pas d’une modification de cette autorisation. Lorsque la modification de l’autorisation conduit l’autorité administrative à imposer des prescriptions complémentaires dont l’objet est d’assurer ou de renforcer la conservation d’espèces protégées sur le fondement des dispositions de l’article L. 181-14 du code de l’environnement, il lui appartient de s’assurer que ces prescriptions présentent un caractère suffisant et, dans ce cadre, de rechercher si elles justifient, lorsqu’il demeure un risque caractérisé pour les espèces, d’imposer au bénéficiaire de solliciter une telle dérogation sur le fondement de l’article L. 171-7 du code de l’environnement.

Il ressort des pièces du dossier que, par l’arrêté du 18 août 2020, le préfet a fixé des prescriptions complémentaires visant essentiellement, en raison du nombre de milans royaux tués depuis la mise en service du parc éolien des Sources du Mistral, à expérimenter un système de bridage dynamique permettant la détection, la dissuasion acoustique et la régulation des éoliennes afin de limiter le risque de collision durant les périodes pré et postnuptiale alors qu’il est constant que le projet litigieux se situe dans un couloir migratoire du Milan royal. Il ressort des pièces produites que si, depuis la mise en œuvre de ce dispositif, aucun Milan royal n’a été découvert sur le site d’implantation du parc éolien, 5 oiseaux ont été retrouvés en 2020, 11 en 2021 en particulier un Milan noir, 24 en 2022, 9 en 2023, dont la plupart relèvent d’espèces protégées, et 10 en 2024. En outre, l’arrêté du 6 septembre 2021 fixant également des prescriptions complémentaires s’agissant des chiroptères, a prescrit l’arrêt des éoliennes entre le 1er avril et le 31 octobre entre le coucher et le lever du soleil. Ces mesures de bridage, qui ont fait l’objet d’un suivi environnemental, ne sont toutefois susceptibles de couvrir qu’environ 80 % de l’activité des chiroptères. L’efficacité des mesures de réduction édictées permettant de diminuer de manière suffisante le risque de destruction n’est pas ainsi démontrée. A ce titre, il ressort des suivis environnementaux réalisés par le bureau d’étude Biotope et notamment du dernier suivi datant de février 2025 que les données chiffrées ainsi relevées doivent être relativisées en raison du faible nombre de visites sur site réalisées en 2023 et 2024 notamment et de la vitesse de disparition des cadavres. Dans ces conditions, le risque de mortalité pour plusieurs espèces protégées étant avéré et l’efficacité des mesures de réduction envisagées n’étant pas établie, le projet litigieux présente un risque suffisamment caractérisé d’atteinte à des espèces protégées.

Faisant suite à la décision rendue par le Conseil d’Etat, le pétitionnaire indique avoir mis en œuvre de nouvelles mesures de réduction qu’il a portées à connaissance du préfet consistant, depuis le 1er avril 2025, à activer le bridage dynamique sur l’ensemble de l’année (du 1er janvier au 31 décembre) afin de prendre en compte l’ensemble du cycle biologique du Milan royal et à prévoir un bridage des éoliennes du 1er avril au 31 décembre et permettant d’atteindre 93,8 % de l’activité de l’ensemble des chiroptères présents sur site. Toutefois, à la date du présent arrêt, le préfet de la Côte-d’Or n’a pris aucun nouvel arrêté portant modification des prescriptions complémentaires déjà édictées. Au demeurant, aucun suivi n’a été réalisé sur l’efficacité de ces mesures. Par suite, les requérantes sont fondées à soutenir que l’arrêté en litige et la décision implicite du 7 décembre 2020 méconnaissent les articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement, faute de dérogation prévue au 4° de l’article L. 411-2. Il s’en suit qu’en application des dispositions de l’article L. 171-7 du code de l’environnement précitées, le préfet était tenu de faire droit à la demande de l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et autres tendant à ce qu’il mette la société Parc éolien des Sources du Mistral en demeure de présenter une demande de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement et que la décision du 7 décembre 2020 rejetant implicitement cette demande doit être annulée.

Compte tenu de ce qui vient d’être énoncé, la cour n’est pas en mesure de se prononcer, en l’état du dossier, sur le moyen tiré de ce que l’arrêté en litige ne respecte pas les articles L. 110-1, L. 122-1-1 et L. 511-1 du code de l’environnement en l’absence de mesure de compensation prévue. Il y a lieu de réserver l’examen de ce moyen.

Sur les conclusions à fin d’injonction :

Compte tenu de l’annulation prononcée par la cour au point 12, il y a lieu d’enjoindre au préfet de la Côte-d’Or de mettre en demeure la société Parc éolien des Sources du Mistral, dans le délai de trois mois à compter de la notification du présent arrêt, de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

Sur l’application des dispositions de l’article L. 181-18 du code de l’environnement :

Aux termes de l’article L. 181-18 du code de l’environnement dans sa rédaction applicable en l’espèce  : « I. Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre une autorisation environnementale, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés : 1° Qu’un vice n’affecte qu’une phase de l’instruction de la demande d’autorisation environnementale, ou une partie de cette autorisation, peut limiter à cette phase ou à cette partie la portée de l’annulation qu’il prononce et demander à l’autorité administrative compétente de reprendre l’instruction à la phase ou sur la partie qui a été entachée d’irrégularité ; 2° Qu’un vice entraînant l’illégalité de cet acte est susceptible d’être régularisé par une autorisation modificative peut, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, surseoir à statuer jusqu’à l’expiration du délai qu’il fixe pour cette régularisation. Si une telle autorisation modificative est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations. II. En cas d’annulation ou de sursis à statuer affectant une partie seulement de l’autorisation environnementale, le juge détermine s’il y a lieu de suspendre l’exécution des parties de l’autorisation non viciées. »

Le sursis à statuer a pour objet de permettre la régularisation de l’autorisation attaquée. Cette régularisation implique l’intervention d’une décision complémentaire qui corrige le vice dont est entachée la décision attaquée. S’il constate que la régularisation a été effectuée, le juge rejette le recours dont il est saisi. En revanche, si aucune mesure de régularisation ne lui est notifiée, il appartient au juge de prononcer l’annulation de l’autorisation litigieuse.

Il résulte de ce qui a été dit au point 11 que l’arrêté du 6 septembre 2021 en litige est entaché d’un vice tiré de l’absence de demande de dérogation prévue au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. Ce vice est susceptible d’être régularisé par une autorisation modificative comportant une telle dérogation, prise après la consultation prévue à l’article R. 181-28 du code de l’environnement.

Il y a lieu de sursoir à statuer sur la présente requête, pendant un délai de dix-huit mois à compter de la notification du présent arrêt, pour permettre à la société pétitionnaire de transmettre à la cour une autorisation environnementale modificative comprenant la dérogation prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

Il y a également lieu de suspendre l’exécution de l’arrêté du 7 juin 2013 valant autorisation d’exploiter un parc de neuf éoliennes sur le territoire des communes de Sacquenay et Chazeuil délivré par le préfet de la Côte-d’Or à la société Parc éolien des Sources du Mistral jusqu’à la délivrance éventuelle de la dérogation requise.

Sur les frais liés au litige dans l’instance précédemment enregistrée sous le n°21LY00407 :

Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mise à la charge des associations pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et fédération environnement durable, qui ne sont pas dans la présente instance les parties perdantes, la somme demandée par le pétitionnaire au titre des frais exposés et non compris dans les dépens. Il y a lieu, en revanche, de faire application de ces dispositions et de mettre à la charge de l’Etat une somme de 2 000 euros au titre des frais exposés par les requérantes et non compris dans les dépens.

DECIDE :

Article 1er : La décision du 7 décembre 2020 par laquelle le préfet de la Côte-d’Or a implicitement refusé de mettre la société Parc éolien des Sources du Mistral en demeure de déposer une demande de dérogation à la protection des espèces protégées au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement est annulée.

Article 2 : Il est enjoint au préfet de la Côte-d’Or de mettre en demeure la société Parc éolien des Sources du Mistral, dans le délai de trois mois à compter de la notification du présent arrêt, de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

Article 3 : Il est sursis à statuer sur les requêtes de l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et de la fédération environnement durable pendant un délai de dix-huit mois à compter de la notification du présent arrêt, dans l’attente de la production, par le préfet de la Côte-d’Or, d’une mesure de régularisation de l’illégalité mentionnée au point 12 du présent arrêt.

Article 4 : Pendant la période de dix-huit mois mentionnée à l’article précédent, le préfet de la Côte-d’Or fournira à la cour, au fur et à mesure de leur accomplissement, les actes entrepris en vue de la régularisation prévue à l’article précédent.

Article 5 : L’exécution de l’arrêté du 7 juin 2013 valant autorisation d’exploiter un parc de neuf éoliennes sur le territoire des communes de Sacquenay et Chazeuil délivré par le préfet de la Côte-d’Or à la société Parc éolien des Sources du Mistral est suspendue jusqu’à la délivrance éventuelle de la dérogation prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

Article 6 : Les conclusions présentées par la société Parc éolien des Sources du Mistral, au titre de l’instance précédemment enregistrée sous le n°21LY00407, en application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées.

Article 7 : L’Etat versera, au titre de l’instance précédemment enregistrée sous le n° 21LY00407, la somme de 2 000 euros à l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et à la fédération environnement durable au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 8 : Tous droits et moyens des parties sur lesquels il n’est pas statué par le présent arrêt sont réservés jusqu’en fin d’instance.

Article 9 : Le présent arrêt sera notifié à l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, à la fédération environnement durable, à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature et à la société Parc éolien des Sources du Mistral.

Copie en sera adressée au préfet de la Côte-d’Or.

Délibéré après l’audience du 7 octobre 2025, à laquelle siégeaient :

M. Jean-Yves Tallec, président de chambre,

M^me Aline Evrard, présidente-assesseure,

M^me Vanessa Rémy-Néris, première conseillère.

Rendu public par mise à disposition au greffe, le 29 octobre 2025.

La rapporteure,

Vanessa Rémy-NérisLe président,

Jean-Yves Tallec

La greffière,

Péroline Lanoy

La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées de pourvoir à l’exécution de la présente décision.

Pour expédition conforme,

La greffière