TRIBUNAL D E GRANDE INSTANCE DE PARIS JUGEMENT rendu le 05 avril 2018

3ème chambre 4ème section N° RG: 15/10224

Assignation du : 18 juin 2015

DEMANDERESSES Société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC […] CALIFORNIE (USA)

Société CODEXIS INC. […] CALIFORNIE (USA) représentées par M^e Céline BEY, avocat au barreau de PARIS, vestiaire #P0127

DÉFENDEURS Monsieur Bernard O

S.A.S. PEACCEL […] 97490 SAINT DENIS (LA REUNION) représentés par Maître Grégoire GOUSSU de la SELARL AMAR GOUSSU S, avocats au barreau de PARIS, vestiaire #P0515

COMPOSITION DU TRIBUNAL Camille L, Vice-Présidente Laure ALDEBERT. Vice-Présidente Aurélie JIMENEZ, Juge assisté d’Alice ARGENTINI, Greffier,

DÉBATS À l’audience du 16 février 2018 tenue en audience publique devant Camille L, Laure ALDEBERT, juges rapporteurs, qui, sans opposition des avocats, ont tenu seules l’audience, et, après avoir entendu les conseils des parties, en ont rendu compte au Tribunal, conformément aux dispositions de l’article 786 du Code de Procédure Civile.

JUGEMENT Prononcé publiquement par mise à disposition au greffe Contradictoire en premier ressort La société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS, LLC est une filiale de la société américaine CODEXIS INC spécialisée dans les

biotechnologies et en particulier dans l’utilisation de la chimie de synthèse. Fondée en Californie en 2002 la société CODEXIS INC se présente comme une entreprise internationale, leader mondial de la biocatalyse créée spécifiquement pour délivrer des services d’optimisation d’enzymes uniques et des produits biocatalyseurs pour un usage dans des procédés industriels dans le secteur pharmaceutique et les marchés liés. (Pièce 1bis) La société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS, LLC est titulaire d’un brevet européen EP 1761879 délivré le 14 août 2013 intitulé « METHODES SYSTEMES ET LOGICIELS POUR IDENTIFIER DES BIOMOLECULES » ayant effet en France qui couvre une méthode de calcul de séquences de protéines qui est exploité par la société CODEXIS INC licenciée. (Pièce 2) Monsieur Bernard O professeur des universités à la Faculté des Sciences et Techniques de l’Université de Nantes est spécialisé en biochimie, biologie moléculaire et bio-informatique structurale et délivre des enseignements dans ces disciplines. La société PEACCEL immatriculée au RCS de Saint-Denis de La Réunion sous le n° 530 983 352, est une société française spécialisée en ingénierie et conception de protéines et en biologie synthétique dont Monsieur O est présenté comme le vice- président Recherche. Les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC (ci-après les sociétés CODEXIS) exposent avoir découvert que Monsieur Bernard O mettait à disposition du public sur son site internet www.bo-protscience.fr une méthode de prédiction de séquences de protéines dénommée « ProSAR » qui reprendrait selon elle les caractéristiques de son brevet et utiliserait la même formule mathématique.

Elles ont appris également qu’un lien vers le site www.bo- protscience.fr et l’outil proposé étaient présentés sur le site internet de la société PEACCEL www.peaccel.com. Elles ont fait établir un constat d’huissier le 10 février 2015 sur les deux sites internet et ont fait constater que les résultats à partir d’une requête de la plateforme ProSAR sur le site www.bo-protscience.fr étaient accessibles en France soit par téléchargement soit par l’envoi d’un fichier email selon un constat d’huissier établi les 6 février et 2 mars 2015. (Pièces 3 et 4) Après avoir fait procéder à une analyse technique des résultats, sur autorisation présidentielle donnée le 12 mai 2015 par le président sur délégation du tribunal de grande instance de Paris, la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC a fait procéder à une saisie contrefaçon au domicile de Monsieur O.

Au cours de la saisie du 21 mai 2015, l’huissier a copié les fichiers contenus sur le disque dur de l’ordinateur de Monsieur O, contenant notamment le code-source de l’outil ProSAR argué de contrefaçon qui a été mis sous scellé

Monsieur O a depuis supprimé l’accès à l’outil ProSAR. C’est dans ces conditions que les sociétés CODEXIS MAYFLOWER LLC et CODEXISINC ont, par acte en acte du 18 juin 2015, assigné Monsieur O et la société PEACCEL en contrefaçon du brevet européen EP 1761879 et réparation du préjudice. Au cours de la mise en état, les demanderesses ont sollicité une mesure d’expertise tendant à l’ouverture des scellés et à l’analyse du fichier saisi à laquelle il a été fait droit par ordonnance du 7 juillet 2016 désignant Monsieur Serge M , expert en informatique , systèmes d’information et en technologies numériques, spécialiste de la preuve numérique avec pour mission de décrire le fonctionnement de l’outil ProSAR comme suit: Se faire remettre par Maître L, huissier de justice, le scellé ouvert par lui contenant le disque saisi lors des opérations du 21 mai 2015,1e procès-verbal d’ouverture des scellés, le PV de saisie-contrefaçon du 21 mai 2015 et ses annexes ; Réunir un cercle de confidentialité composé de Monsieur O, d’un représentant de la société PEACCEL, de leur(s)conseil(s)en propriété industrielle et/ou de leur(s) avocat(s) d’une part, et du (des) conseil(s) en propriété industrielle des sociétés CODEXIS et/ou de leur(s)avocat(s) d’autre part ; Recueillir un engagement de confidentialité de chacune des personnes composant le cercle de confidentialité ; Recueillir les explications des avocats des parties ou du ou des conseils en propriété industrielles des parties et se faire remettre toute pièce qui s’avérerait nécessaire à l’exécution de sa mission; Analyser les fichiers contenus dans le disque saisi lors des opérations de saisie-contrefaçon et transmis par l’huissier et notamment analyser les opérations comme contenant le code- source de l’outil ProSAR; Décrire le fonctionnement du code-source de l’outil ProSAR ; Rechercher la présence de données relatives à des activités et des séquences de protéines ; Rechercher en particulier la présence de termes non-linéaires, notamment la présence d’au moins un terme non-linéaire qui est un terme de produit vectoriel et la présence d’un modèle de régression et les décrire ;

Rechercher en particulier la présence d’un modèle non-linéaire portant sur des interactions entre des résidus et le décrire. Les demanderesses avaient également demandé une mesure d’information pour obtenir des éléments concernant l’exploitation par la société PEACCEL de l’outil ProSar que le juge de la mise en état par ordonnance séparée du même jour a rejeté au motif que la demande n’était pas suffisamment justifiée. L’expert a déposé son rapport le 3 0 novembre 2016 et les parties ont été invitées à conclure. Au terme de leurs dernières écritures signifiées le 8 décembre 2017, les sociétés CODEXIS demandent au tribunal Vu notamment les articles L.613-3, L.613-9, L.615-1, L.615-5-1-1, L.615-2 et L.615-7-1 du code de la propriété intellectuelle; Vu les articles 11 et 1240 (ancien article 1382) du Code Civil;

- Dire et juger que la société CODEXIS INC. est recevable et bien fondée à solliciter l’indemnisation de son préjudice dans le cadre de la présente action;

- Dire et juger que les revendications 1, 2, 3, 7, 10 et 12 du brevet européen EP 1761879 appartenant à la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC sont nouvelles et procèdent d’une activité inventive;

- Dire et juger en conséquence que le brevet européen EP 1761879 appartenant à la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC est valable;

- Dire et juger que l’outil ProSAR objet de la saisie contrefaçon diligentée le 21 mai 2015 fonctionne grâce un logiciel qui implémente une méthode contrefaisant les revendications n° 1, 2, 3, 7, 10 et 12 du brevet européen EP 1761879 appartenant à la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC;

- Dire et juger qu’en utilisant et en offrant d’utiliser l’outil ProSAR ainsi qu’en offrant , en mettant dans le commerce, en utilisant et en important les résultats obtenus par l’utilisation de l’outil ProSAR, Mr Bernard O et la société PEACCEL se sont rendus coupables d’actes de contrefaçon du brevet EP 1761879 appartenant à la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC;

En conséquence,
- Interdire à Mr Bernard O et la société PEACCEL d’utiliser et d’offrir l’utilisation de l’outil ProSAR par tout moyen quel qu’il soit ainsi que d’offrir, de mettre dans le commerce, d’utiliser et d’importer les résultats obtenus par l’utilisation de l’outil ProSAR ainsi que tout autre

outil EP 1761879 appartenant à la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC, et ce sous astreinte de 10.000 euros par jour de retard, à compter de la signification du jugement à intervenir;

- Condamner solidairement Mr Bernard O et la société PEACCEL à verser à chacune des sociétés CODEXIS Inc. et CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS, LLC la somme de 100.000 euros en réparation de leur préjudice commercial et d’image;

Subsidiairement:

— Faire injonction à la société PEACCEL d’avoir à produire, sous astreinte provisoire de 1.000 par jour de retard passé un délai de huit (8) jours à compter de la signification du jugement à intervenir et pendant un délai d’un (1) mois, tous les éléments et informations qui permettront aux demanderesses de connaître l’origine et l’étendue de la contrefaçon reprochée en l’espèce, à savoir:

o tous éléments et documents de quelle que nature qu’ils soient et notamment de nature technique et/ou financière relatifs à sa participation au développement et à la mise au point de l’outil ProSAR; o tous éléments et documents de quelle que nature qu’ils soient relatifs à sa participation à l’exploitation de l’outil ProSAR; o tous éléments et documents de quelle que nature qu’ils soient relatifs aux rapports qu’elle a entretenu et entretient avec Monsieur Bernard O et avec Monsieur Frédéric C; o tous éléments et documents relatifs aux échanges entre la société PEACCEL et ses clients et/ou prospects relatifs à l’outil ProSAR et notamment tous éléments relatifs à l’identité des personnes morales et/ou physiques auxquelles les slides de présentation communiquées par les demanderesses en pièce n°21 ont été adressés pou présentés; o tous éléments et documents de nature à justifier du chiffre d’affaires et du bénéfice réalisés par la société PEACCEL depuis son immatriculation, avec l’exploitation, directe ou indirecte, de l’outil ProSAR; o la copie de toutes les présentations commerciales, de tous les contrats, de tous les bons de commandes, de toutes les factures en relation avec l’outil ProsAR.

— Dire que tous les éléments et informations communiqués tels que demandés ci-dessus devront concerner l’ensemble des pays de l’Union Européenne et être certifiés par le Commissaire aux Comptes ou tout organe indépendant de la société PEACCEL, les frais éventuels devant demeurer à la charge de la défenderesse;

— Se réserver la liquidation des astreintes prononcées; En tout état de cause,

— Ordonner la publication du jugement à intervenir dans cinq revues professionnelles au choix des sociétés CODEXIS Inc. et CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS, LLC, en langue française et/ou en langue anglaise, quel que soit les pays de leur diffusion, au frais solidaires de Mr Bernard O et de la société PEACCEL et sans que le coût de chaque insertion ne soit supérieur à la somme de 15.000 euros H.T.;

- Ordonner la publication du jugement à intervenir sur les sites internet exploités par les défendeurs aux adresses suivantes www.bo- protscience.fr, www.peaccel.fr et www.peaccel.com dans des conditions de lisibilité maximum et, en toute hypothèse, au-dessus de la ligne de flottaison, sans mention ajoutée, en police Arial de taille 14, droit, de couleur noire sur fond blanc, dans un encadré, en-dehors de tout encart publicitaire, le texte devant être précédé du titre « communiqué judiciaire » en noir sur fond blanc, en lettres capitales et en police de caractère Arial de taille 16, pendant une durée de 15 jours consécutifs et dans un délai de 10 jours à compter de la signification de la décision, sous astreinte de 1.500 euros par jour de retard passé ce délai;

- Se réserver la liquidation des astreintes prononcées;

- Autoriser les sociétés CODEXIS Inc. et CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS, LLC à faire publier en anglais le dispositif du jugement sur leur propre site internet ainsi que sur les sites d’informations habituels pendant une durée de 15 jours consécutifs;

- Débouter Mr Bernard O et la société PEACCEL de toutes leurs demandes, fins et conclusions;

— Condamner solidairement Mr Bernard O et la société PEACCEL à verser aux sociétés CODEXIS Inc. et CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS, LLC, la somme de 150.000 euros au titre de l’article 700 du Code de Procédure Civile ;

- Condamner solidairement Mr Bernard O et la société PEACCEL aux entiers dépens, en ce compris les frais d’huissier résultant du procès-verbal de saisie-contrefaçon en date du 21 mai 2015 des constats des 10 février 2015, 6 février 2015 et 2 mars 2015, de la signification de l’assignation ainsi que des frais d’expertise, dont distraction au profit du cabinet GOWLING WLG.

En réponse, selon ses dernières écritures n°7 signifiées le 12 décembre 2017, Monsieur O demande au tribunal de : Vu les dispositions des articles 54, 56, 69 (1), 89 et 138(1) de la Convention sur le brevet européen ;

Vu les dispositions des articles L. 611-10, L. 611-11, L. 611-14, L. 613- 3, L. 613-5 b),L. 613-9, L. 614-12, L. 614-13, L. 615-1, L. 615-2, L. 615-3 et L 615-7 du Code de la propriété intellectuelle ; Vu les dispositions des articles 31,122, 515, 696, 699 et 700 du Code de procédure civile ; ■ DIRE ET JUGER M. Bernard O recevable et bien fondé en ses demandes ;

Y faisant droit, à titre principal : ■ DIRE ET JUGER que les revendications 1, 2, 3, 7, 10 et 12 du Brevet européen EP 1761879 dont est titulaire la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC sont dépourvues de nouveauté et/ou d’activité inventive ; ■ ANNULER les revendications 1, 2, 3, 7,10 et 12 du Brevet européen EP 1761879 dont est titulaire la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC ; ■ DIRE que la décision à intervenir, une fois devenue définitive, sera transmise par le greffe à l’Institut National de la Propriété Industrielle pour inscription au Registre National des Brevets ; ■ DÉBOUTER, en conséquence, les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. de leur action en contrefaçon de brevet ;

A titre subsidiaire : ■ DIRE ET JUGER que les revendications 1, 2, 3, 7, 10 et 12 du Brevet européen EP 1761879 dont est titulaire la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC ne sont pas reproduites par l’outil ProSAR ; ■ DÉBOUTER, en conséquence, les sociétés CODEXIS de leur action en contrefaçon de brevet ;

À titre très subsidiaire : ■ DIRE ET JUGER que les actes accomplis par M. Bernard O constituent des actes accomplis à titre expérimental au sens de l’article L. 613-5 b) du Code de la propriété intellectuelle ■ DÉBOUTER, en conséquence, les sociétés CODEXIS de leur action en contrefaçon de brevet ;

À titre infiniment subsidiaire :

■ DIRE ET JUGER que les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. ne démontrent ni l’existence, ni l’étendue d’un quelconque préjudice ; ■ DÉBOUTER, en conséquence, les sociétés CODEXIS de leur action en contrefaçon de brevet et à tout le moins réduire le quantum de leurs demandes d’indemnisation ;

En tout état de cause : ■ DÉBOUTER les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. de l’intégralité de leurs demandes en toutes fins qu’elles comportent ; ■ CONDAMNER chacune des sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. à verser à M. Bernard O la somme de 10 000 euros au titre de l’indemnisation de son préjudice moral ;

■ CONDAMNER les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. à verser à M. Bernard O la somme de 125 000 euros au titre des dispositions de l’article 700 du Code de procédure civile, sauf à parfaire au jour du jugement en fonction des justificatifs qui seront produits par M. Bernard O ; ■ CONDAMNER les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. aux entiers dépens et dire qu’ils pourront être recouvrés directement par la SELARL AMAR GOUSSU S ;

■ ORDONNER la publication du jugement à intervenir dans cinq revues professionnelles au choix de M. Bernard O, en langue française et/ou anglaise, quels que soient les pays de leur diffusion, aux frais solidaires des sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. et sans que le coût de chaque insertion soit supérieur à la somme de 15 000 euros hors taxes. Selon ses dernières écritures signifiées le 22 novembre 2017 la société PEACCEL, demande au tribunal vu notamment les dispositions de l’article L. 613-3 du Code de la propriété intellectuelle et les dispositions des articles 515, 696, 699 et 700 du Code de procédure civile ;

□ DIRE ET JUGER la société PEACCEL recevable et bien fondée en ses demandes ;

Y faisant droit : □ DIRE ET JUGER que la société PEACCEL n’a commis aucun acte de contrefaçon du Brevet européen EP 1761879 dont est titulaire la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS, LLC ;

□ DIRE ET JUGER que la société PEACCEL n’a causé aucun préjudice aux sociétés CODEXIS ;

□ METTRE HORS DE CAUSE la société PEACCEL ; □ DÉBOUTER, en conséquence, les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. de leur action en contrefaçon de brevet à l’encontre de la société PEACCEL ; □ DÉBOUTER les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. de l’intégralité de leurs demandes en toutes fins qu’elles comportent ; □ CONDAMNER les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. à verser à la société PEACCEL la somme de 5 000 euros au titre des dispositions de l’article 700 du Code de procédure civile, sauf à parfaire au jour du jugement en fonction des justificatifs qui seront produits par la société PEACCEL □ CONDAMNER les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. aux entiers dépens et dire qu’ils pourront être recouvrés directement par la SELARL AMAR GOUSSU S ; □ ORDONNER la publication du jugement à intervenir dans cinq revues professionnelles au choix de la société PEACCEL, en langue française et/ou anglaise, quels que soient les pays de leur diffusion, aux frais solidaires des sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC. et sans que le coût de chaque insertion soit supérieur à la somme de 15 000 euros hors taxes.

L’ordonnance de clôture est intervenue le 14 décembre 2017

MOTIVATION

Sur la portée du brevet EP 1 761879 ci-après le brevet CODEXIS La société CODEXIS est titulaire d’un brevet européen EP 1 761 879 intitulé « METHODES SYSTEMES ET LOGICIELS POUR IDENTIFIER DES BIOMOLECULES » déposé le 21 juin 2005, avec revendication de priorité américaine US 874802 du 22 juin 2004, qui été délivré le 14 août 2013 (pièce 2) Il s’agit d’une méthode de prédictions de séquences de protéines qui fait intervenir une formule mathématique dans le but d’optimiser des protéines qui ont des fonctions variées dans les cellules ou tissus. Elles peuvent en effet fonctionner comme des catalyseurs de réactions chimiques (enzymes), des récepteurs de signaux, transporteurs de substances spécifiques ou molécules de signalisation comme des hormones.

Le but est d’accélérer leur processus de développement et d’en renforcer l’activité pour des médicaments ou des aliments.

Le public concerné dans ce secteur d’activité hors équipes de recherche académique est composé de sociétés de biotechnologies et pharmaceutiques. L’invention a vocation à être utilisée pour une utilisation industrielle et thérapeutique. L’invention concerne un procédé informatique et des produits de programmes informatiques associés pour identifier des résidus d’acide aminé pour variation dans une banque de variantes de protéines afin d’affecter une activité souhaitée. L’objectif est de rechercher dans la chaine des acides aminés quel acide aminé est à changer pour modifier la structure et obtenir la fonction souhaitée de la protéine. Une protéine est une entité chimique formée d’une ou plusieurs chaines polypeptidiques dont les unités de base sont des acides aminés. Les protéines sont produites à partir d’un répertoire de 20 acides aminés dits « standards » qui entrent dans la composition chimique des protéines. On appelle « résidu d’acide aminé » la partie d’un acide aminé qui n’est pas impliquée dans la liaison peptidique et qui distingue les 20 acides aminés les uns des autres

La « séquence » des acides aminés c’est à dire l’ordre dans lequel les acides aminés se succèdent dans la chaîne polypeptidique constitue la structure primaire de la protéine.

Le logiciel décrit va identifier l’impact des résidus. Selon la société CODEXIS en termes simplifiés, le procédé mis en œuvre par ordinateur selon la revendication 1 du brevet permet, à partir d’un ensemble de variant de protéines, d’identifier les acides aminés de la protéine, dont le remplacement par un autre acide aminé aura un impact significatif sur l’activité de la protéine. Cette « identification » est obtenue en mettant en œuvre un modèle mathématique connu sous le nom de modèle de régression dont le brevet donne des exemples.

Sur le problème posé et l’art antérieur La description du brevet identifie le problème posé dans les termes suivants : « La conception de protéine est connue depuis longtemps comme étant une tâche difficile ne serait-ce qu’en raison de l’explosion combinatoire des molécules possibles qui constituent un espace de

séquences interrogeables. L’espace de séquences des protéines est immense et impossible à explorer de façon exhaustive. En raison de cette complexité, de nombreux procédés d’approximation ont été utilisés pour concevoir de meilleures protéines ; le premier de ceux-ci est le procédé d’évolution directe. L’évolution directe des protéines est aujourd’hui dominée par différents formats de criblage et de recombinaisons à rendements élevé, souvent conduits de façon itérative." (Lignes 0002)

Il n’est en effet pas contesté que dans l’ingénierie de protéines, la production de mutants dans la séquence d’une protéine et l’évaluation de leur fonction constituent un travail extrêmement laborieux dès lors que le nombre de mutations à introduire augmente et qu’il existe une infinie de possibilités. Dés lors des méthodes informatiques sont apparus pour prédire quelles variations de résidus d’acide aminé opérer dans la séquence d’une protéine afin d’obtenir une activité souhaitée. Différentes techniques de calculs ont été proposées pour explorer l’espace de séquences-activités dont le document WO 03/075129 cité au titre de l’art antérieur. Il est indiqué dans le brevet que ces techniques en sont encore à leurs débuts et que des avancées significatives sont encore nécessaires. L’invention identifie une nouvelle méthode de recherche efficace de l’espace de séquences pour identifier des protéines fonctionnelles et celles qui ont la valeur la plus élevée de l’activité souhaitée. L’invention concerne des techniques pour générer et utiliser des modèles qui utilisent des termes non-linéaires, en particulier des fermes qui représentent des interactions entre deux résidus d’acide aminé ou plus dans la séquence. Au moins un des termes non-linéaires est un terme de « produit vectoriel » mettant en œuvre la multiplication de deux variables ou plus, chacune représentant la présence (ou l’absence) des résidus participant à l’interaction, comme indiqué au paragraphe [0004] du brevet. Selon 1' invention, différents procédés sont décrits pour générer de nouvelles banques de variant de protéines qui peuvent être utilisées pour explorer l’espace de séquences et d’activités de protéines. Une caractéristique d’un grand nombre de ces procédés est une procédure pour identifier des résidus d’acide aminé dans une séquence de protéine qui sont prédits comme ayant un impact sur une activité souhaitée. (Page 16) Selon le résumé figurant dans la partie descriptive du brevet, « 1' invention concerne des techniques pour générer et utiliser des modèles qui utilisent des termes non linéaires, en particulier des

termes qui représentent des interactions entre deux résidus ou plus dans la séquence. Ces termes non linéaires peuvent être des termes de « produit vectoriel » qui mettent en œuvre la multiplication de deux variables ou plus, chacune représentant la présence (ou l’absence) des résidus participant à l’interaction. Dans certains modes de réalisation, l’invention met en œuvre des techniques pour sélectionner les termes non linéaires qui décrivent le mieux l’activité de la séquence ». Il doit être noté qu’il existe souvent beaucoup plus de termes d’interaction non linéaires que d’interactions réelles entre des résidus. Par conséquent, afin d’éviter un surapprentissage, seul un nombre limité de termes non linéaires sont typiquement utilisés, et ceux qui sont utilisés doivent refléter des interactions qui affectent l’activité (0004) » Le nom de l’inventeur désigné dans le brevet est Monsieur FOX qui a publié un article sur son invention « Directed molecular évolution by machine learning and the iifluence of nonlinear interactions » le 20 janvier 2005. La revendication 1 du brevet est ainsi rédigée : elle comprend un préambule et 5 caractéristiques nommées par les parties a, b, c, d, e : 1 : « Procédé informatique pour identifier des résidus d’acide aminé pour variation dans une banque de variants de protéine afin d’affecter une activité souhaitée, ledit procédé comprenant : (a) la réception de données caractérisant un ensemble d’apprentissage d’une banque de variants de protéine, les données fournissant des informations d’activité et de séquence pour chaque variant de protéine dans l’ensemble d’apprentissage ; (b) à partir des données, le développement d’un modèle séquence- activité qui prédit l’activité en fonction du type de résidu d’acide aminé et de sa position correspondante dans une séquence de protéine, le modèle séquence-activité comprenant un ou plusieurs termes non linéaires, chacun représentant une interaction entre deux résidus d’acide aminé ou plus dans la séquence de protéine, et le modèle séquence-activité pouvant distinguer les résidus d’acide aminé qui ont un impact significatif sur l’activité souhaitée de ceux qui n’en ont pas ; (c) l’utilisation du modèle séquence-activité pour identifier un ou plusieurs résidus d’acide aminé à des positions spécifiques qui sont prédites comme ayant un impact sur l’activité souhaitée pour variation pour obtenir un impact sur l’activité souhaitée,

d) au moins un des termes non linéaires étant un terme de produit vectoriel comprenant un produit d’une variable représentant la présence d’un résidu ayant une interaction et d’une autre variable représentant la présence d’un autre résidu ayant une interaction, et

e) le développement dudit modèle séquence-activité comprenant la sélection d’un ou plusieurs termes de produit vectoriel dans un groupe de termes de produit vectoriel potentiels, les termes de produit vectoriel étant les termes de produit vectoriel représentant des interactions structurales réelles qui ont un impact significatif sur l’activité". La revendication 1 est suivie de 29 revendications numérotées 2 à 30 qui sont dépendantes. Les revendications n° 1,2, 3, 7,10 et 12 sont opposées. Elles se lisent comme suit: 2. Procédé de la revendication 1, le modèle séquence-activité comprenant une somme dudit au moins un terme de produit vectoriel et d’un ou plusieurs termes linéaires, chacun représentant la présence d’un résidu variable dans l’ensemble d’apprentissage.

3. Procédé de la revendication 1, la sélection d(es) un ou plusieurs termes de produit vectoriel comprenant l’exécution d’un algorithme génétique pour sélectionner un terme de produit vectoriel sur la base de la capacité prédictive de différents modèles utilisant différents termes de produit vectoriel. 7. Procédé de la revendication 1, la banque de variants de protéine comprenant des protéines d’origine naturelle ou des protéines dérivées de celles-ci. 10. Procédé de la revendication 1, le modèle séquence-activité étant un modèle de régression. 12. Procédé de la revendication 1, l’utilisation du modèle séquence- activité comprenant l’identification d’une séquence prédite par le modèle comme ayant la valeur la plus élevée de l’activité souhaitée. Les parties s’accordent sur la définition de l’homme du métier à savoir un spécialiste de la bio-informatique.

sur la validité du brevet EP 1 761 879 dit brevet CODEXIS Monsieur O conteste la validité de la revendication 1 et des revendications dépendantes 2, 3, 7,10 et 12 en contestant la validité de la revendication de priorité de la demande américaine et subsidiairement la nouveauté et l’activité inventive des revendications opposées. Sur la nullité de la revendication de priorité de la demande américaine Monsieur O conteste en premier lieu la validité de la revendication de priorité de la demande US 10/874802 déposée le 22 juin 2004 lors du

dépôt de son brevet CODEXIS en faisant valoir qu’il ne s’agit pas de la première demande au motif que l’ensemble des caractéristiques de l’invention et l’objet des revendications 1, 2, 3, 7, 10 et 12 étaient déjà divulguées dans les demandes antérieures, dénommées « Continuation-In-Part » notamment dans la deuxième demande CIP US 10/629351 (CIP2) en date du 29 juillet 2003. 11 en déduit que la première demande de CODEXIS pour la revendication de la priorité du Brevet n’est pas la demande US 10/874802 (CIP3), mais la demande US 10/629351 (CIP2) déposée le 29 juillet 2003 et que la demande de brevet déposée le 21 juin 2005 plus de deux ans après n’a pas respecté le délai de priorité de 12 mois de l’article 87.1 a) de la CBE courant à compter du 29 juillet 2003. Il en résulte selon elle que la date pertinente à prendre en compte pour la détermination de l’état de la technique opposable au brevet est – selon l’article 54(2) de la CBE – la date de dépôt du brevet, soit le 21 juin 2005 et que les revendications 1, 2, 3, 7, 10 et 12 du Brevet sont alors nulles pour défaut de nouveauté vis-à-vis de la demande de brevet US 2004/0161796 Al publiée le 19 août 2004 qui est la publication de la demande antérieure US 10/629351 (CIP2) qui selon Monsieur O divulgue toutes les caractéristiques de la revendication 1. Il en déduit que les revendications 1, 2, 3, 10 et 12 du brevet sont également nulles pour défaut de nouveauté vis-à-vis de l’article » Directed molecular évolution by machine learning and the influence of nonlinear interactions » de R. F – l’inventeur du brevet – publié le 20 janvier 2005. La société CODEXIS conteste la demande en faisant valoir que la demande US 10/874802 (CIP3) déposée le 21 juin 2004 est sa première demande pour l’invention revendiquée et que la combinaison des caractéristiques a) – e) de la revendication 1 du brevet CODEXIS a donc été divulguée pour la première fois dans la demande US 10/874,802 et que les revendications du brevet CODEXIS bénéficient donc bien de la priorité de la demande US 10/874,802. Elle fait valoir que la demande US 10/629351 (CIP2) ne contient pas la caractéristique « e »qui a été ajoutée lors de la procédure d’examen par courrier en date du 1 er juillet 2009 (Pièce n°30 et traduction libre n°30 bis), en réponse à une objection soulevée par l’examinateur de l’OEB au vu du document WO 03/075129. Elle explique que la modification apportée à la revendication 1 a convaincu l’examinateur de l’OEB qui a considéré que la combinaison de caractéristiques a) à e) n’était ni divulguée ni évidente au regard de l’art antérieur constitué par la demande WO 03/075129

Sur ce Sur la demande principale en nullité de la revendication de priorité de la demande US 10/874802 déposée le 22 juin 2004 L’article 87(1) a) de la CBE dispose que :» Celui qui a régulièrement déposé, dans ou pour un État partie à la Convention de Paris pour la

protection de la propriété industrielle, une demande de brevet d’invention, de modèle d’utilité ou de certificat d’utilité, ou son ayant cause, jouit, pour effectuer le dépôt d’une demande de brevet européen pour la même invention, d’un droit de priorité pendant un délai de douze mois à compter de la date de dépôt de la première demande. » Conformément à l’alinéa (1) a) de l’article 87 de la CBE pour qu’une demande de brevet européen puisse bénéficier de la priorité d’une demande antérieure, celle-ci doit concerner la même invention que la demande antérieure. Cette condition est remplie si l’homme du métier peut, en faisant appel à ses connaissances générales, déduire directement et sans ambiguïté l’objet de cette revendication de la demande antérieure, considérée dans son ensemble. (La Grande Chambre de Recours de l’OEB dans son avis G2/98 (Pièce n° 29) Il convient donc d’examiner si l’objet des revendications 1, 2, 3,7, 10 et 12 du brevet CODEXIS peut être déduit directement et sans ambiguïté de l’enseignement de la demande US 10/629,351, ou bien si l’objet de ces revendications ne peut être déduit directement et sans ambiguïté que des parties de la demande US 10/874,802 qui ne figurent pas dans la demande US 10/629,351.

Une « continuation-in-part » (CIP) propre au droit américain des brevets est une demande de brevet qui reprend au moins une partie substantielle d’une demande antérieure et y ajoute de nouveaux éléments. L’enchainement des différentes demandes ayant abouti au dépôt du brevet CODEXIS peut être présenté comme suit:

La demande déposée initialement par CODEXIS est la demande provisoire US 60/360982, déposée le 1er mars 2002. La société CODEXIS a alors ensuite déposé le 3 mars 2003 une première demande US 10/379378 (CIP 1) en continuation en partie de la demande provisoire US 60/360982 (Provisoire) dont elle revendique la priorité, la demande US 10/379378 étant également appelée première demande CIP (de l’anglais Continuation-In-Part).

Suite à cette première demande CIP, CODEXIS a déposé le 29 juillet 2003 une deuxième demande CIP US 10/629351 (CIP2) en continuation de la première demande CIP US 10/379378 (CIP1), tout en revendiquant la priorité de demande provisoire US 60/360982 (Provisoire). Enfin, le 22 juin 2004, CODEXIS déposa une troisième demande CIP, à savoir la demande US 10/874802 (CIP3), en continuation de la deuxième demande CIP US 10/629351 (CIP2) et de la première demande CIP US 10/379378 (CIP1), tout en revendiquant la priorité de demande provisoire US 60/360982 (Provisoire). Monsieur O soutient que la troisième demande CIP US 10/874802 (CIP3) n’est pas la première demande pour l’invention revendiquée dans le brevet, les objets des revendications invoquées 1, 2, 3, 7, 10 et 12 du Brevet étant déjà divulgués dans la deuxième demande CIP US 10/629351 (CIP2), déposée antérieurement à la demande US 10/874802 (CIP3) Il lui appartient de démontrer que l’objet de la revendication 1 du brevet CODEXIS peut être déduit directement et sans ambiguïté de l’enseignement de la demande US 10/629351 par l’homme du métier.

Pour mémoire la revendication est composée de 5 caractéristiques « Procédé informatique pour identifier des résidus d’acide aminé pour variation dans une banque de variants de protéine afin d’affecter une activité souhaitée, ledit procédé comprenant : (a) la réception de données caractérisant un ensemble d’apprentissage d’une banque de variants de protéine, les données fournissant des informations d’activité et de séquence pour chaque variant de protéine dans l’ensemble d’apprentissage ; (b) à partir des données, le développement d’un modèle séquence- activité qui prédit l’activité en fonction du type de résidu d’acide aminé et de sa position correspondante dans une séquence de protéine, le modèle séquence-activité comprenant un ou plusieurs termes non linéaires, chacun représentant une interaction entre deux résidus d’acide aminé ou plus dans la séquence de protéine, et le modèle séquence-activité pouvant distinguer les résidus d’acide aminé qui ont un impact significatif sur l’activité souhaitée de ceux qui n’en ont pas ; et (c) l’utilisation du modèle séquence-activité pour identifier un ou plusieurs résidus d’acide aminé à des positions spécifiques qui sont prédites comme ayant un impact sur l’activité souhaitée pour variation pour obtenir un impact sur l’activité souhaitée

d) au moins un des termes non linéaires étant un terme de produit vectoriel comprenant un produit d’une variable représentant la présence d’un résidu ayant une interaction et d’une autre variable représentant la présence d’un autre résidu ayant une interaction, et

e) le développement dudit modèle séquence-activité comprenant la sélection d’un ou plusieurs termes de produit vectoriel dans un groupe de termes de produit vectoriel potentiels, les termes de produit vectoriel étant les termes de produit vectoriel représentant des interactions structurales réelles qui ont un impact significatif sur l’activité ».

En l’espèce si Monsieur O établit que les caractéristiques a, b, c, d sont divulguées dans le document CIP US 10/629351 (CIP2) il ne démontre pas que la caractéristique « e » se retrouve dans les documents antérieurs et procède par affirmation. Il ne peut sans opérer un renversement de la charge de la preuve prétendre que les sociétés CODEXIS « n’expliquent pas précisément en quoi les passages de la demande US 10/629351 (CIP2) cités ci- dessus en regard de la caractéristique e) de la revendication 1 ne permettraient pas, pour l’homme du métier faisant appel à ses connaissances générales, d’obtenir cette caractéristique e) (&48page 15 des écritures) Par ailleurs la société CODEXIS a justifié que cette caractéristique avait été rajoutée au cours de la procédure d’examen du brevet selon sa réponse du 1er juillet 2009 adressée à l’OEB ( pièce 30 et 30 bis) étant observé que Monsieur O a reconnu dans ses écritures que cette caractéristique « d » comme la « e » sont des caractéristiques essentielles de la revendication 1, en précisant au tribunal qu’ il est important de relever que les caractéristiques d) et e) ne figuraient pas dans l’objet de la revendication 1 de la demande telle que déposée correspondant au brevet, et que ces caractéristiques d) et e) ont dû être incorporées à la revendication 1 en cours d’examen, avec la réponse datée du 1 er juillet 2009, pour obtenir ultérieurement la délivrance du brevet en présence des antériorités citées dans le rapport de recherche. (&295 pages 65) Il s’ensuit que l’objet de la revendication 1 ne peut être déduit directement et sans ambiguïté que des parties de la demande US 10/874,802 qui ne figurent pas dans la demande US 10/629,351. La demande US 10/874,802 est donc bien la première demande divulguant cette combinaison de caractéristiques et la demande en nullité de la revendication de priorité de la demande US 10/874802 sera rejetée et la demande en nullité des revendications contestées du brevet de ce chef sera rejetée.

Sur la demande subsidiaire pour défaut de nouveauté Monsieur O soutient que les revendications 1,2,7,10 et 12 du brevet CODEXIS sont nulles pour défaut de nouveauté vis-à-vis de l’article » Some récent developments in PLS modeling » de Wold et al, publié en 2001 dans Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, et les revendications 1,2, 3, 7, 10 et 12 du brevet sont nulles

pour défaut de nouveauté vis-à-vis de l’article » Development of proteo-chemometrics: a novel technology for the analysis of drug- receptor interactions » de Lapinsh et al, publié en 2001 dans Biochimica et Biophysic Monsieur O précise qu’aucune de ces antériorités n’a été prise en compte par l’OEB qui a examiné le brevet alors qu’elles font partie de l’art antérieur. Les sociétés CODEXIS contestent la pertinence de ces publications antérieures qui selon elles n’ont pas été prises en compte par les examinateurs spécialisés de 1' OEB à juste raison. Elles font valoir qu’elles portent sur des objets différents et notamment la méthode antérieure QSAR substantiellement différente et ne sont pas destructrices de nouveauté.

Sur ce L’article 54 de la convention de Munich sur le brevet européen (CBE) dispose: "une invention est considérée comme nouvelle si elle n 'est pas comprise dans l’état de la technique » Pour être comprise dans l’état de la technique et être privée de nouveauté, l’invention doit s’y trouver toute entière dans une seule antériorité au caractère certain, avec les mêmes éléments qui la constituent dans la même forme, le même agencement et le même fonctionnement en vue du même résultat technique.

Sur l’antériorité de l’article » Some récent developments in PLS modeling» de Wold et al, publié en 2001

Monsieur O soutient que l’article Wold et al concerne l’utilisation en chimiométrie de différents modèles, notamment d’un modèle mettant en œuvre une résolution partielle des moindres carrés, également appelé modèle PLS (de l’anglais Partial Least Squares). Cet article illustre selon lui des exemples avec des relations quantitatives structure-activité, également appelées QSAR (de l’anglais Quantitative Structure-Activity Relationships) pour des peptides et des protéines, telles que l’Elastase (Pièce O n° 6) Les sociétés CODEXIS soutiennent à raison que l’article ne décrit pas l’utilisation d’un « ensemble d’apprentissage d’une banque de variants de protéine » comme le requiert la revendication 1 du Brevet CODEXIS

L’article Wold et al concerne en effet des exemples de modélisation QSAR de peptides courts et non de protéines même s’il cite à titre d’exemple l’Elastase qui est une protéine, il ne s’agit que de la modélisation de la protéine Elastase en elle-même.

Monsieur O prétend que les protéines et les peptides sont des molécules interchangeables et que le terme protéine doit être entendu au sens large dans la revendication 1 du brevet CODEXIS.

Cependant le brevet CODEXIS indique clairement qu’il a pour objet l’optimisation de protéines pour utilisation industrielle et thérapeutique, (ligne 0001) dont il donne une définition précise dans la partie DEFINITIONS sous LA DESCRIPTION DETAILLEE DE L’INVENTION :(page 11)

Les termes « polypeptide » et « protéine » sont présentement utilisés de façon interchangeable pour désigner un polymère de résidus d’acide aminé. Typiquement, le polymère comporte au moins environ 30 résidus d’acide aminé, et généralement au moins environ 50 résidus d’acide aminé.(ligne 0024) Par ailleurs Monsieur O a reconnu dans ses écritures l’existence d’une différence entre les molécules,» le terme « protéine » est généralement employé pour désigner une chaîne de plus de 50 acides aminés, et le terme « peptide » pour désigner une chaîne d’environ une dizaine d’acides aminés ou plus (et de moins de 50). » (&20 de ses conclusions) L’invention ne se retrouve donc pas avec les mêmes éléments, la demande en nullité sur ce fondement sera rejetée.

Sur l’antériorité de l’article » Development of proteo- chemometrics: a novel technology for the analysis of drug- receptor interactions » de Lapinsh et al, publié en 2001 L’article de Lapinsh décrit une méthode pour analyser les interactions de type médicament/récepteur, en explorant les mécanismes de liaison entre des molécules chimiques et certains récepteurs adrénergiques. (Pièce O n°24) Conformément aux observations des sociétés CODEXIS appuyées par un avis technique (pièce 29) l’article ne décrit pas « un procédé informatique pour identifier des résidus d’acide aminé pour variation dans une banque de variants de protéine afin d’affecter une activité souhaitée » comme le décrit la revendication 1 du brevet CODEXIS L’objet des travaux de Lapinsh est différent de l’objet du brevet CODEXIS. L’article Lapinsh concerne en effet un procédé pour la conception rationnelle de médicaments.

Cette antériorité n’est donc pas pertinente. La demande en nullité de la revendication 1 vis à vis de ce document pour défaut de nouveauté sera donc rejetée. Sur la demande en nullité des revendications 1, 2, 7, 10 et 12 pour défaut d’activité inventive

Monsieur O prétend que les revendications 1,2,7,10 et 12 sont nulles pour défaut d’activité inventive vis-à-vis de la combinaison des enseignements des articles « A quantitative structure-activity relationship study of some substance P-related peptides » de Norinder et al, publié en 1997 dans Journal of Peptide Research et « INLR, ImplicitNon-Linear Latent Variable Régression » de Berglund et al, publié dans Journal of Chemometrics en 1997. Il fait valoir que la technique utilisée pour générer et utiliser des modèles qui utilisent des termes non-linéaires représentant des interactions entre deux résidus d’acide aminé dans la séquence, était bien connu de l’homme du métier, notamment de Wold et al et de Norinder et al, et ce plusieurs années avant la date de priorité revendiquée du Brevet, à savoir le 22 juin 2004. La société CODEXIS conteste que l’homme du métier soit arrivé de manière évidente à la méthode revendiquée en combinant ces antériorités.

Sur ce L’article 56 de la convention de Munich sur le brevet européen (CBE) dispose « une invention est considérée comme impliquant une activité inventive si, pour un homme du métier, elle ne découle pas de manière évidente de l’état de la technique. »

Pour apprécier l’activité inventive, il faut rechercher si l’homme du métier qui a su identifier un problème technique était conduit de manière évidente à trouver la solution en combinant divers enseignements. L’homme du métier, qui est en l’espèce un spécialiste de la bio- informatique cherchait à résoudre le problème posé à savoir une modélisation mathématique d’un ensemble d’apprentissage de variables de protéines. Sur l’antériorité de l’article » A quantitative structure-activity relationship study of some substance P-related peptides » de Norinder et al, publié en 1997 Au préalable Monsieur O fait valoir que la technique utilisée pour générer et utiliser des modèles qui utilisent des termes non-linéaires représentant des interactions entre deux résidus d’acide aminé dans la séquence, était bien connue de l’homme du métier, notamment de Wold et al et de Norinder et al, et ce plusieurs années avant la date de priorité revendiquée du Brevet, à savoir le 22 juin 2004.

Cependant l’article de Norinder (pièce n°7) concerne une étude de relation quantité entre structures et activité de peptides dont il n’est pas établi qu’elle pourrait être appliquée à des protéines. Il en résulte que pour les mêmes raisons que celles retenues pour l’article de Wold et al, la publication opposée n’est pas pertinente dès lors que son contenu ne concerne pas la modélisation de protéines et qu’un procédé informatique pour identifier des résidus aminés d’un peptide n’est pas transposable à une protéine. Sur l’antériorité de « INLR, Implicit Non-Linear Latent Variable Régression » de Berglund et al, publié dans Journal of Chemometrics en 1997. Il s’agit d’une façon de développer des modèles PLS non linéaires, (pièce OFFMANNn° 8) Monsieur O n’indique pas en quoi elle comble les insuffisances du document Norinder étant observé que les sociétés CODEXIS relèvent qu’il s’agit d’une modélisation QS AR d’un dipeptide et non d’une protéine.

Sur la combinaison des deux antériorités La revendication 1 implique donc une activité inventive vis à vis de ces documents.

Les documents antérieurs n’étant pas pertinents au regard de la divulgation de la revendication 1 du brevet, Monsieur O échoue à établir que la combinaison de ces documents aurait conduit ce dernier sans effort créatif à résoudre le problème posé d’une méthode prédictive de protéines.

Sur la demande subsidiaire en nullité des revendications 1, 2, 3,7, 10 et 12 pour défaut d’activité inventive Monsieur O soutient que les revendications 1,2, 3, 7, 10 et 12 sont nulles pour défaut d’activité inventive vis-à-vis de la combinaison des enseignements des articles Wold et al et « Optimizing the search algorithm for protein engineering by directed évolution» de F et al, publié en 2003 dans Protein Engineering. Toutefois il a déjà été retenu que l’article Wold et al n’était pas pertinent et ne suggère pas la revendication 1 du brevet CODEXIS ; Il s’en suit qu’il ne peut pallier les insuffisances de 1' article de F 2003 qui est l’auteur de l’invention qui a nécessité de passer par d’autres étapes pour parvenir à la solution du brevet.

Aucun document antérieur n’incitait donc l’homme du métier à résoudre ce problème comme l’enseigne la revendication 1 et Monsieur O ne démontre pas qu’à partir de ces documents, l’homme du métier serait arrivé à la revendication 1 sans effort inventif. La demande en nullité de la partie française des revendications 1 et des revendications dépendantes 2, 3, 7, 10 et 12 du brevet CODEXIS pour défaut d’activité inventive sera donc rejetée.

Sur la contrefaçon des revendications du brevet CODEXIS Les sociétés CODEXIS font valoir qu’il résulte des constats effectués sur le site www.bo-protscience.fr et des opérations de saisie- contrefaçon que l’outil ProSar fonctionne grâce à un procédé qui reproduit les revendications du brevet CODEXIS. Elles ajoutent que le défendeur a cosigné avec des scientifiques un article « A web-based tool for rational screening of mutants libraries using ProSAR » et sur son site à l’adresse http://www.bernardoffmann.fr un résumé, dans lequel il décrit les fonctionnalités de l’outil ProSAR qui confirment l’existence de la contrefaçon. (Pièces n°8 et 18) Monsieur O indique avoir conçu lui-même le programme mis en œuvre dans l’outil ProSar qui est selon lui différent en ce qu’il ne reproduit pas les caractéristiques « e » et « d » de la revendication 1 de l’invention; que les programmes informatiques étant différents, il ne peut y avoir de contrefaçon., La société PEACCEL conteste son implication dans les actes de contrefaçon reprochés. Elle reconnaît seulement avoir apporté une contribution financière pour l’hébergement du site internet www.bo- protsciences.com dont Monsieur O est titulaire et demande sa mise hors de cause. Elle reproche aux sociétés CODEXIS de faire un amalgame entre l’outil ProSar qu’elle n’a pas commercialisé et son outil iSAR qui est un outil de calcul pour l’optimisation et la sélection rationnelle de protéines qui est un procédé différent.

Sur ce

L’intérêt à agir de la société CODEXIS INC licenciée du brevet CODEXIS au côté de la société CODEXIS MAYFLOWER n’est plus contesté et il n’y a plus d’obstacle à déclarer les sociétés CODEXIS recevables à agir. La société PEACCEL ne conteste pas avoir contribué à l’hébergement du site internet bo-protscience.com donnant accès à l’outil ProSar litigieux ce qui suffît à la retenir dans la cause.

Sur l’examen de la contrefaçon

L’article L 613-3 du code la propriété intellectuelle énonce que « Sont interdites, à défaut de consentement du propriétaire du brevet :

b) L’utilisation d’un procédé objet du brevet ou, lorsque le tiers sait ou lorsque les circonstances rendent évident que l’utilisation du procédé est interdite sans le consentement du propriétaire du brevet, l’offre de son utilisation sur le territoire français ;

Sur la revendication 1 La société CODEXIS MAYFLOWER expose qu’elle détient de nombreux brevets dont le brevet européen en cause qui couvre la technologie dénommée Pro SAR. Elle soutient avec sa filiale CODEXIS que dans l’article intitulé « A web- based tool for rational screening of mutants libraries using ProSAR » publié par Bernard O , le professeur affirme expressément avoir implémenté le modèle ProSAR protégé que l’expert, Monsieur M a analysé .( pièces 8 et 18) Elle ajoute qu’il a reconnu lors des opérations de saisie contrefaçon qu’il s’était inspiré des publications des sociétés CODEXIS datant des années 2003 (« Optimizing the search algorithm for protein engineering by directed évolution ». Prot. Eng. 16, 589-597) et 2005 (« Directed molecular évolution by machine learning and the influence of nonlinear interactions ». Journal of Theoretical Biology 234, 187-199) et qu’il a immédiatement supprimé l’accès au site de l’outil (Pièce n° 19) Il n’est pas contesté que l’outil ProSar ayant fait l’objet de l’expertise est bien un programme informatique qui permet de générer un modèle mathématique dont le but est de prédire l’activité de nouveaux variants de protéines. Monsieur O reconnaît avoir développé et mis en ligne sur le site Internet www.bo-protscience.fr un outil permettant d’opérer une sélection rationnelle dans une banque de mutants en prédisant la relation structure/activité de séquences de protéines désigné» l’outil ProSAR »

Toutefois le terme « ProSAR » est l’abréviation convenue de l’expression scientifique « Protein Sequece Activity Relationship » pour désigner un outil pour le calcul des séquences de protéines sans faire référence à un logiciel précis et il appartient à la demanderesse de faire la preuve de la contrefaçon par la reprise des caractéristiques de la revendication 1 dans le fonctionnement de l’outil ProSar développé par Monsieur O.

Par ailleurs Monsieur O a pu dans son activité d’enseignant chercheur développer une autre méthode mathématique à partir des travaux antérieurs CODEXIS sans nécessairement mettre en œuvre le même procédé sachant que la recherche de méthodes pour prédire de façon informatique l’activité d’une biomolécule est un domaine vaste qui intéresse la recherche et que des technologies différentes et concurrentes existent. Les sociétés CODEXIS prétendent en comparant l’outil ProSar dans un tableau que toutes les caractéristiques de la revendication 1 sont reprises et que les revendications dépendantes 1, 2, 3,7, 10 et 12 le sont également. Elles s’appuient sur la synthèse générale du rapport d’expertise de Monsieur M déposé le 30 novembre 2016 et les constats d’huissier effectués sur le site internet www.bo-potscience.com et la saisie au domicile de O. (Pièces 24, 3,5, 14)

Il ressort de la synthèse générale de l’expert en page 23 de son rapport: « Au vu de ce qui précède, les caractéristiques générales du programme PROSAR peuvent être résumées comme suit : □ Le programme PROSAR fonctionne à partir de données d’entrée constituées de variants associés à des indicateurs d’activité □ Le programme PROSAR permet de générer un modèle mathématique dont le but est de prédire l’activité de nouveaux variants, en fonction des séquences des résidus qui les composent □ Ce modèle mathématique est constitué de termes linéaires et de termes quadratiques □ Les termes quadratiques sont destinés à prendre en compte les phénomènes de non linéarité (pièce 3, slide 36) □ Un terme quadratique est constitué par le produit terme à terme des valeurs contenues dans 2 colonnes correspondants à 2 résidus à 2 positions différentes dans la structure primaire d’un ensemble de variants (pièce 3, slide 36) A ces caractéristiques générales, s’ajoutent un ensemble de caractéristiques qui paraissent plus spécifiques, notamment : □ La mise en œuvre d’un modèle de régression avec procédure de validation croisée (« cross validation ») désignée « k-fold cross validation » □ L’estimation d’une erreur moyenne (« inaccuracy ») de chaque modèle généré

□ La sélection d’une population des meilleurs modèles (« élite ») après application de 2 procédures dites de « recombinaison » (ou « brassage » ou « cross-over ») et de « mutation » □ Le calcul d’une valeur, dite « sensibilité » qui permet d’estimer l’importance relative des différents résidus aux différentes positions variables dans un jeu de données. »Monsieur O conteste la reprise des caractéristiques «d » et « e » de la revendication 1. La première énonce (d) au moins un des termes non linéaires étant un terme de produit vectoriel comprenant un produit d’une variable représentant la présence d’un résidu ayant une interaction et d’une autre variable représentant la présence d’un autre résidu ayant une interaction, La seconde (e) le développement dudit modèle séquence-activité comprenant la sélection d’un ou plusieurs termes de produit vectoriel dans un groupe de termes de produit vectoriel potentiels, les termes de produit vectoriel étant les termes de produit vectoriel représentant des interactions structurales réelles qui ont un impact significatif sur l’activité ». Il n’est pas contesté qu’il s’agit de caractéristiques essentielles de la revendication 1 du brevet CODEXIS qui décrivent le fonctionnement du programme et sont au cœur du brevet. En premier lieu Monsieur O soutient que « les termes quadratiques contenus dans le modèle ProSAR, qui sont des produits terme à terme, ne seraient pas des termes de produit vectoriel, contrairement à ce qu’exige la caractéristique d) de la revendication 1 sus rappelée. La sociétés CODEXIS rétorquent que l’outil ProSAR met bien en œuvre des termes de « produit vectoriel » tels que définis dans le brevet CODEXIS et que l’argumentation de Monsieur O repose sur une interprétation erronée de l’expression « produit vectoriel » qui a été le terme choisi pour la traduction de « cross product » dans le brevet littéralement « produit croisé » et que cette caractéristique se retrouve dans l’outil prétendument contrefaisant. Selon l’expert « le modèle mathématique (de l’outil ProSAR) est constitué de termes linéaires et de termes quadratiques. Les termes quadratiques sont destinés à prendre en compte les phénomènes de non-linéarité. Un terme quadratique est constitué par le produit terme à terme des valeurs contenues dans 2 colonnes correspondants à 2 résidus à 2 positions différentes dans la structure primaire d’un ensemble de variants. » (Passage précité de la synthèse générale) Les sociétés CODEXIS affirment que cette définition du « terme quadratique » correspond à celle donnée pour le « produit vectoriel » dans le brevet CODEXIS.

Monsieur O ne conteste pas que les termes quatradiques sont des termes non linéaires et que l’invention concerne des techniques pour générer et utiliser des modèles qui utilisent des termes non-linéaires, en particulier des termes qui représentent des interactions entre deux résidus d’acide aminé ou plus dans la séquence. Il rappelle cependant que dans le brevet CODEXIS au moins un des termes non-linéaires est, un terme de « produit vectoriel » mettant en œuvre la multiplication de deux variables ou plus, chacune représentant la présence (ou l’absence) des résidus participant à l’interaction, comme indiqué au paragraphe [0004] du Brevet qui n’est pas un terme quadratique. Monsieur O sans contredire que le terme « produit vectoriel » est traduit par « cross-product » en anglais, donne la définition d’un produit vectoriel en pages 57 et 58 de ses écritures avec des figures illustrant la notion de produits croisés qui selon lui n’est pas assimilable au terme quatradique composé par le produit terme à terme de son outil ProSar. Les sociétés CODEXIS soutiennent que cette définition du produit vectoriel ne correspondrait pas à l’interprétation qui sera faite par l’homme du métier à la lumière de la description du brevet et que le procès-verbal de constat dressé le 2 mars 2015, tout comme l’article que Monsieur O a cosigné (Pièce n° 18), montrent que l’outil ProSAR met bien en œuvre des termes de « produit vectoriel » tels que définis dans le Brevet CODEXIS. Toutefois le tribunal ne peut se contenter d’une affirmation qui ne ressort pas à 1 'évidence du brevet qu’aucune analyse technique extérieure ne vient étayer. Il sera en effet observé qu’au cours de l’expertise « les parties se sont opposées en réunion sur la notion de « produit vectoriel » évoquée dans le brevet, Monsieur O indiquant que le programme ProSar n’utilise pas cette notion et ne met en œuvre aucune fonction mathématique de produit vectoriel/ Codexis estimant qu’il ne s’agit que de la traduction française du brevet et que celui-ci définit cette notion comme la multiplication de variable représentant la présence ( ou l’absence) de résidus intervenant dans une interaction. L’expert a conclu que l’analyse du brevet ne relevait pas de sa mission et que cette question est laissée à l’appréciation du tribunal ». (Page 37 du rapport) Par ailleurs les schémas représentatifs du mode opératoire de l’outil ProSAR, extraits des annexes au procès-verbal de constat du 10 février 2015 et l’article technique de Monsieur O « A web-based tool for rational screening of mutants libraries using ProSAR » publié dans un cadre académique ne suffisent pas à soutenir les allégations des sociétés CODEXIS et la preuve de l’existence d’un produit croisé.

10 en résulte que CODEXIS qui succombe dans l’administration de la preuve de la reprise d’une caractéristique essentielle de la revendication principale du brevet et ne peut prétendre que l’outil ProSar reproduit la revendication 1 dont les revendications 2, 3, 7,10 et 12 dépendent.

Cet élément suffit à constater que l’outil ProSAR ne reprend pas le fonctionnement du programme informatique du brevet CODEXIS sans qu’il y ait lieu de statuer sur la reprise de la revendication « e » dans le fonctionnement de l’outil litigieux ou l’existence ou non d’un processus de sélection de protéine.

Sa demande en contrefaçon sera en conséquence rejetée

Sur la demande reconventionnelle de Monsieur O Monsieur O sollicite réparation du préjudice moral qu’il a subi du fait des opérations de saisie contrefaçon qui a eu lieu à son domicile par surprise pour prendre connaissance d’un outil qu’il n’a pas commercialisé. Toutefois Monsieur O n’établit pas l’existence d’une faute de la part de la société CODEXIS qui a pu se méprendre sur l’étendue de ses droits en mettant en œuvre une saisie contrefaçon à des fins probatoires sans avoir à l’avertir. Par ailleurs il ne justifie pas de l’existence d’un préjudice distinct de celui qui sera réparé par la condamnation fondée sur l’article 700 du code de procédure civile.

Sur les autres demandes Les conditions sont réunies pour allouer à Monsieur O la somme de 40.000 euros et à la société PEACCEL la somme de 4000 euros sur le fondement de l’article 700 du code de procédure civile auxquelles les sociétés CODEXIS seront condamnées in solidum. L’exécution provisoire est compatible avec la nature de l’affaire, elle est nécessaire et sera ordonnée.

PAR CES MOTIFS Statuant publiquement par remise au greffe le jour du délibéré, par jugement contradictoire et en premier ressort, Déclare les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC recevables à agir

Rejette la demande de mise hors de cause de la société PEACCEL

Rejette la demande de nullité du brevet EP 1 761 879 appartenant à la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC Déboute la société CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et et CODEXIS INC de leurs demandes en contrefaçon Déboute Monsieur Bernard O de sa demande reconventionnelle.

Condamne in solidum les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC à verser à Monsieur O la somme de 40.000 euros et à la société PEACCEL la somme de 4.000 euros au titre de l’article 700 du code de procédure civile. Condamne les sociétés CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS LLC et CODEXIS INC aux entiers dépens, dont distraction au profit de la SELARL AMAR GOUSSU S, par application de l’article 699 du code de procédure civile

Ordonne l’exécution provisoire de la présente décision